Presentacin de PowerPoint

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INTRODUCCIÓN AL USO DE MARCADORES MOLECULARES
PARA CARACTERIZACIÓN DE BIODIVERSIDAD
BIOINFORMÁTICA
JOSÉ ROBERTO ALEGRÍA COTO Depto. de Desarrollo
Científico y Tecnológico ralegria_at_conacyt.gob.sv
San Andrés, CENTA Auditorio 2
Martes 10 de Diciembre 2002.
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CONTENIDO

• OBJETIVO
• Presentar un esbozo
• de la importancia de
• la Bioinformática
• como herramienta de
• apoyo a investigación
• en Biotecnología.
• Que es la Bioinformática
• Herramientas Bioinformáticas
• Bases de Datos
• Disciplinas OMICAS

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Tecnología del ADN BIOINFORMÁTICA
Campo convergente de la biología, computación e
información tecnológica en una misma disciplina.
La meta última de este campo es posibilitar el
descubrimiento de nuevas ideas biológicas, así
como crear una perspectiva global de la que
puedan ser discernidos principios unificadores de
la biología (www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.
html).
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Tecnología del ADN BIOINFORMÁTICA

• Tres subdisciplinas importantes dentro de la
  Bioinformática son
• Desarrollo de nuevos algoritmos y estadísticos
  que aseguren relaciones entre miembros de grandes
  bases de datos.
• Análisis e interpretación de varios tipos de
  datos (nucleótidos, secuencias de aa, dominios de
  proteínas, estructuras proteícas).
• Desarrollo e implementación de herramientas que
  capaciten el acceso eficiente y manejo de
  diferentes tipos de información.
• (www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.html).

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Tecnología del ADN BIOINFORMÁTICA
ANÁLISIS E INTERPRETACIÓN DE DATOS. Se ilustran
varias vías en las cuales entradas individuales a
bases de datos de secuencias y estructuras pueden
ser ordenadas para revelar patrones y tendencias
en biología.
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1.- Secuencias de familias vecinas pueden ser
identificadas en base a similitud de cada
secuencia a otros miembros de la familia. 2.-
Secuencias comunes en familias pueden ser
identificadas en alineamientos múltiples. 3.-
Esos motivos pueden proveer acercamientos a la
función bioquímica de los miembros de la familia.
4.- Conglomerados de secuencias en árboles que
reflejan el grado de similitud entre cada
secuencia y todas las otras en la familia revelan
relaciones evolutivas. Finalmente la
identificación de homólogos de cada gen en bien
caracterizadas vías metabólicas provee
información acerca de la prevalencia de esta vía
en otros organismos. (www.ncbi.nlm.nih.gov/Educati
on/index.html).
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Tecnología del ADN BIOINFORMÁTICA
Varios tipos de Datos. Diferentes tipos de datos
son colectados y guardados en bases de dato para
facilitar su recuperación. Representados aquí
están secuencias de aa, dibujos de dominios de
proteína, diferentes interpretaciones de
estructuras 3D, y datos de hidrofobicidad. Las
bases de datos consisten datos obtenidos
experimentalmente tales como secuencias
nucleotídicas y estructuras 3D son conocidas como
bases de datos primarias. Los datos que son
obtenidos del análisis o tratamiento de datos
primarios tales como estructuras secundarias,
trazas de hidrofobicidad, y dominios son
almacenados en bases de datos secundarias. Una
base de datos de proteinas de traducción
conceptual de secuencias nucleótidas puede ser
considerada una base de datos secundaria.
(www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.html).
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Tecnología del ADN HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS
Servicios de Análisis Integrados (BLAST) Busca
Rápida en la Base de Datos de Similitudes (NIX)
Identificación Nucleótidica (THEATRE)
Representación Visual Comparativa de Factores de
Transcripción (PIX) Identificación de Proteínas
(GLUE) Ligamiento Genético a Usuarios
Ambientales (PIE) Interfase Filogenética
Ambiental (MAGI) Interfase General de
Alineamiento Múltiple (PINT) Ensamblamiento
de Secuencias Programas y Bases de Datos
Ejemplos de Lista de Bases de Datos Opciones
Comunes      EMBOSS, Jemboss, GCG, Pine,
Clustal, Staden, Password Listado por
Categoría    Acidos Nucléicos, Proteínas,
Filogenia, Genomas, Mapeo, Ligamiento,
     Bibliografía, Manuales, Servicios
Listados de Categorías Utilizadas, Listados
Alfabéticos de todas las opciones.
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Tecnología del ADN BASES DE DATOS DE SECUENCIAS
DE ADN
(www.hgmp.mrc.ac.uk/Bioinformatics/Databases/)
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Tecnología del ADN BASES DE DATOS DE SECUENCIAS
DE PROTEÍNAS
(www.hgmp.mrc.ac.uk/Bioinformatics/Databases/)
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Tecnología del ADN PROTEÓMICA
La Proteómica es la caracterización sistemática
a gran escala de las proteínas presentes en una
célula, tejido u organismo. Es una disciplina en
su infancia limitada por la tecnología disponible
para quienes la practican. Este es un diferente
paradigma del reduccionismo convencional de la
investigación científica que típicamente se
enfoca en un simple gen o una proteína en tanto,
que la investigación del Proteoma (conjunto de
todas las proteínas que intervienen en los
procesos biológicos de una especie) aborda
problemas tales como el nivel de proteínas o
actividades que cambian entre dos condiciones
experimentales (Spelcher, 2002. The Scientist
16(8) 12, Apr. 15).
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Tecnología del ADN DISCIPLINAS ÓMICAS
Está ocurriendo la transición de décadas de
biología reduccionista, enfocadas a un gen o a
una proteína, por utilización de las nuevas
disciplinas omicas que incluyen
Transcriptómica (espectro de moléculas de ARN en
cada célula tipo), Metabolómica (todos los
químicos en la célula), Fisiómica (función de
órganos, tejidos y ultimadamente el organismo
completo). Crítico para el éxito de esta
revolución es la bioinformática y nuevas
estrategias de computación, para modelar las
propiedades de células, órganos y estados de
enfermedad, produciendo órganos y pacientes
virtuales (Goldman, M., Bio-It World Nov.24
2002).
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www.conacyt.gob.sv
MUCHAS GRACIAS POR SU ATENCION
Atentamente ROBERTO ALEGRIA ralegria_at_conacyt.gob
.sv