Fabien Jourdan Candidature pour les postes U 167, U 286, U 493, U 959'

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Fabien JourdanCandidature pour les postes U 167,
U 286, U 493, U 959.
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Docteur en informatique (LIRMM Université
Montpellier 2)

• Jury
• Antoine De Daruvar (professeur Université
  Bordeaux 2) Rapporteur
• Tamara Munzner (Assistant Professor
  UBC,Vancouver Canada) Rapporteur
• Maylis Delest (professeur Université Bordeaux
  1) Présidente
• Guy Melançon (professeur Université Montpellier
  3) Examinateur
• Jacques Marti (professeur Université Montpellier
  2) Examinateur
• Franck Molina (CR2 faculté de pharmacie
  CPBS) Examinateur
• Olivier Gascuel (DR LIRMM) Examinateur
• Financement
• Ecole doctorale Biologie Santé (CBS2), moniteur
  CIES.
• Encadrants
• Informatique Guy Melançon (professeur
  Université Montpellier 2)
• Biologie Jacques Marti (professeur
  Université Montpellier 3)

thèse soutenue le 7 décembre 2004 Visualisation
d'information dessin, indices structuraux et
navigation. Applications aux réseaux biologiques
et aux réseaux sociaux.
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Expériences professionnelles et collaborations

• Etudes
• Licence et maîtrise dinformatique 1998 1999
• D.E.A dinformatique 1999 2000
• Expérience universitaire
• Allocataire moniteur (UM2) octobre 2000
  septembre 2004
• Demi-ATER (UM2) octobre 2004 août 2005
• Expérience en entreprise
• Action de transfert technologique octobre 2004
  janvier 2005
• Collaborations
• Avec lUniversité du Québec à Chicoutimi depuis
  octobre 2000
• (mobilité dun mois, juin 2002, coopération
  franco-québécoise)
• Avec léquipe de visualisation du LaBRI depuis
  octobre 2000

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Recherches
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Visualisation de voies métaboliques

• Objectif
• Visualiser, dans le métabolisme, des données du
  transcriptome.
• Contributions
• Dessin de voies métaboliques inspiré des
  représentations papiers.
• Intégration à un outil de léquipe de Jacques
  Marti (BIOTAG).
• Application

Visualisation de données SAGE (données
dexpression)
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Visualisation de réseaux petits mondes

• Objectif
• Exploiter les propriétés petit-mondes de
  certains réseaux traités en visualisation
  dinformation.
• Contributions
• Définition dune mesure, étendant lindice de
  clustering aux arêtes.
• Clustering basé sur cette mesure.
• Méthode de clustering multi-échelle des réseaux
  petit-mondes.
• Applications

Réseaux sociaux
Génie logiciel
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Visualisation dindices structuraux

• Objectif
• Visualiser simultanément deux mesures sur les
  éléments dun réseau.
• Contributions
• Action de lutilisateur sur un scatter-plot
  flou.
• Segmentation de limage différents niveaux de
  granularité.

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Représentation de données multidimensionnelles

• Objectif
• Placer, dans le plan, un grand nombre déléments
  de données, en fonction de leurs similarités.
• Contributions
• Méthode en O(NlogN) (meilleure méthode
  jusqualors O(NvvN) )
• Approche multi-échelle et validation sur des
  données comportant jusquà 100000 éléments.
• Publication 1 conférence internationale avec
  actes
• Jourdan et Melançon Multiscale hybrid MDS.
  8th IEEE International Conference on Information
  Visualisation, 388-393, 2004.

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Recherches en cours

• Utilisation du MDS pour laide à la
  classification
• Objectif rendre visuellement le résultat dun
  algorithme
• de classification appliqué à des cinétiques de
  gènes.
• Collaboration Laurent Brehelin (CR en
  bioinformatique, LIRMM)
• Patrice Duroux (Post-doctorant, LIRMM)
• Visualisation multi-échelle de réseaux
  petit-mondes
• Objectif intégrer des informations sémantiques
  
• (en biologie, géographie) à lindice permettant
  de calculer le
• clustering.
• Collaboration Guy Melançon (Professeur, UM3)
• Alain Guénoche (CR, Aix-Marseille)
• Edition de graphes quotients
• Objectif pouvoir modifier interactivement un
  graphe quotient.
• Collaboration David Auber (Maître de
  conférence, Bordeaux 1)
• Publication acceptée
• Auber et Jourdan. Interactive Refinement of
  Multi-scale Network Clusterings . International
  Conference on Information Visualisation, 2005.

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Perspectives de recherches

• Utilisation du MDS pour la biologie
• Observation MDS donne une vue globale de
  linformation. MDS est utilisable dès quune
  distance est décrite entre éléments.
• Perspectives Utiliser cette méthodologie sur
  les ARN
• Collaboration participants de NavGraphe
  travaillant sur les ARN
• Indices structuraux et réseaux biologiques
• Observation la nature petit-monde de certains
  réseaux biologiques est exploitée en
  bioinformatique.
• Perspectives utiliser cette approche pour la
  définition de modules et motifs.
• Collaboration INRIA (projet HELIX,
  Marie-France Sagot)
• Navigation de graphes quotients
• Observation actuellement, nous pouvons
  identifier et modifier les graphes quotients mais
  la navigation nexploite cette structure
  hiérarchique.
• Perspectives proposer des méthodes spécifiques
  aux graphes quotients.
• Collaboration Auber, Chiricota et Melançon

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Insertion au laboratoire

• Equipe
• Combinatoire et algorithmique
• Thème de recherche
• Génération aléatoire et visualisation
• Projets
• Visualisation
• AMBI Algorithmes et Méthodes pour la Bio-
  Informatique
• Liens avec les travaux du
• CBIB (centre de bioinformatique de Bordeaux)

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Enseignements et administration
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Enseignements

• Réseau
• Volume horaire 80 heures (TD/TP) Diplômes
  IUP2, Maîtrise
• Programmation (java)
• Volume horaire 66 heures (TD/TP) Diplômes
  Master1, DESS Bioinformatique
• Programmation (C)
• Volume horaire 40 heures (TD/TP) Diplômes
  IUP1
• Programmation (Scheme)
• Volume horaire 60 heures (TD/TP) Diplômes
  DEUG1
• Logique
• Volume horaire 24 heures (TD) Diplômes IUP1
• Algorithmique
• Volume horaire 48 heures (TD) Diplômes IUP1
• Encadrement de stagiaires
• Stage de DEA Effectif total un étudiant
  ayant poursuivi en thèse
• Stage décole dingénieur Effectif total deux
  étudiantes (EPSI, INSA)
• Stage de maîtrise Effectif total huit
  étudiants sur trois ans

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Insertion dans léquipe pédagogique

• Responsabilité denseignement en
• Réseaux et protocoles
• Réseaux, routage
• Intégrer des équipes denseignement en
• Traitement informatique du son
• Bases de Données
• Autres enseignements
• Master en visualisation dinformation
• Enseignement de la bioinformatique

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Administration

• Représentant, élu, des doctorants au conseil du
  département informatique du LIRMM
• Participation à la mise en place dune
  commission locaux au LIRMM Période 2003
  2004
• Représentant du département informatique pour la
  refonte du site Web du LIRMM
• Période 2003 2004
• Création et gestion dun serveur de
  bibliographies pour le projet bioinformatique du
  LIRMM
• Serveur Tomcat utilisant des servlets
  Période 2002 2004
• Responsable de léquipe de volley du LIRMM
• Période 2001 2004

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• Auber et Jourdan. Interactive Refinement of
  Multi-scale Network Clusterings . International
  Conference on Information Visualisation, 2005.
• Jourdan Drawing, clustering and visualization
  of biological pathways , First Symposium on
  bioinformatics and pathways, 2004.
• Chiricota,Jourdan et Melançon Metric-Based
  Network Exploration and Multiscale Scatterplot.
  , IEEE Symposium on Information Visualization,
  135-142, 2004.
• Jourdan et Melançon Multiscale hybrid MDS.
  8th IEEE International Conference on Information
  Visualisation, 388-393, 2004.
• Jourdan et Melançon A tool for Metabolic and
  regulatory pathways Visual Analysis ,Conference
  on Visualization and Data Analysis, 217-226,
  2003.
• Chiricota, Jourdan et Melançon Software
  component capture using graph clustering. , IEEE
  International Workshop on Program Comprehension,
  217-226, 2003.
• Auber, Chiricota, Jourdan et Melançon
  Multiscale Visualization of Small World Networks.
  , IEEE Symposium on Information Visualization,
  75-81, 2003.
• http//www.lirmm.fr/fjourdan/