Hyperchem - PowerPoint PPT Presentation

1 / 17
About This Presentation
Title:

Hyperchem

Description:

?? ????? ??????????????? ???????? ?? ????????? ???????? ?????????; ... ????? ????? ? ????????????? ????????? ?? ??????????? (File Auto save... – PowerPoint PPT presentation

Number of Views:595
Avg rating:3.0/5.0
Slides: 18
Provided by: hell1
Category:

less

Transcript and Presenter's Notes

Title: Hyperchem


1
????????? ????????
????? ????? ?????????
2
????? ?? ?????? ????
????? ? ????? ?? ?? ?????
  • ???? ???????? ???? ??????? ????????? ?? ??????
    ???????????? ????? ?? ???????????? ???????
  • ?? ????? ??????????????? ???????? ?? ?????????
    ???????? ?????????
  • ???? ?? ??????? ????????? ?? ???????????? ?????
    ?????
  • ????? ?? ???????????? ?????????? ? ???? ???????
    ???????? ??????? ???????.

3
?????? ?????? ? Hyperchem
?? - ??????? ?? ????? ????????? ???????? 1
? ????????????? ????? ????????? ? ???????????
??????? ??????? ???????
AMBER - ??????????? ?? ??????? ? ??????????
???????? ?? ?????? 95 ???? ?? ?? ???????? ? ??
????? ????????? ???????? 2
? ????????????? ????? ????????? ? ???????????
??????? ?????????? ???????
1 N. L. Allinger, J. Am. Chem. Soc., 99, 8127
(1977) N. L. Allinger and Y. H. Yuh, QCP?,
Bloomington, Indiana, Program 395 U. Burkert
and N. L. Allinger, Molecular Mechanics, ACS
Monograph 177 (1982). 2 S. J. Weiner et al., J.
Am. Chem. Soc., 106, 765 (1984) Weiner et al.,
J. Comp. Chem., 7, 230 (1986) Cornell et. al.,
J. Am. Chem. Soc. 117, 5179-5197 (1995)
4
?????? ?????? ? Hyperchem
?PLS - ??????? ?? ?????????? ?? ???????? 3
? ?????? ????? ?????????????? ???????????-????????
?? ???????? ??? ??????????? ???????? ??
????????????
BIO - ?????? ?? CHARMM, ??????????? ?? ??????? ?
?????????? ???????? 4
? ????????????? ????? ????????? ? ???????????
??????? ?????????? ???????
3 W. L. Jorgensen and J. Tirado-Rives, J. Amer.
Chem. Soc., 110, 1657 (1988) J. Pranata, S.
Wierschke, and W. L. Jorgensen, J. Amer. Chem.
Soc., 113, 2810 (1991). 4 A. D. MacKerell et.
al. J. Phys. Chem. B, 102, 3586
(http//www.pharmacy.umaryland.edu/alex/research.
html)
5
????????? ?? ???????? ????
?????????? ?? ?? ???????? !
?????? ?????? ?????????????? ????????
?????????, ????? ?? ????????? ?? ????? ????
Display ? Labels ? Type
?? - \Hyper7\Runfiles\mmptyp.txt A?BER -
\Hyper7\Runfiles\ambertyp.txt
amber94typ.txt OPLS - \Hyper7\Runfiles\oplstyp.tx
t BIO - \Hyper7\Runfiles\charmmtyp.txt
biotyp.txt
6
????????? ?? ???????? ????
?????????? ?? ?? ???????? !
?????? ?????? ????????? ?? ??? ??????????? ??
????????????????? ?????????????? ??????? ??????
??? ??-?????????!
Display ? Labels ? Charge
??????? ?? ???????? ?? ???????? ?????? ?
?????????? ?? ????? ?????? ????. ??? ????????
????? RESP ??? QChem.
7
??????????? ?? ?????? ?????????
??? ????? ?? ????????? ??? ??????????? ?????? ??
????? ????, ??????, ???? ...
... ????? ?? ?? ??????? ?????? ????? ...
... ?? ? ???????? ???????? !!!
Setup ? Edit parameters (??? ??????? ???? ??
????????)
8
??????????????? ??????????????
?? ?????? ?? ????????????????? ?????????????? ?
??????????? ???????? ??? ??? ??????? ???????
????????? ???????????
??????? ???????????
9
??????????????? ??????????????
? ??? ?????????? ?? ?????????????? ?????
???????????????? ????? ??????? ????? ??
??????????? ?? ??? ??????? ??????
Cutoff
? ?????????????? ????? ?????? ????? ?? ??????????
gt Rcutoff ?? ???????????
PME
? ?????????????? ????? ??????? ????? ?? ???????
???? ???? ?? ???????
10
?????????????? ??????
Hyperchem ?????? ?????????? ??????????? ??
?????????????? ??????. ?????????? ?? ????????
?????????
  • ?????? ?? ????????? ???? ?? ????????.
  • ?????? ?? ????????? (Select ? Name selection ?
    Torsion1).
  • ???????? ?? ?????????? ?? ?????????????? ???????
    (Compute ? Conformational seacrh )

11
?????????????? ??????
  • ????? ????? ? ????????????? ????????? ??
    ??????????? (File ? Auto save )!
  • ???????? ?? ????????? (Run ? Start).

12
?????????????? ??????
?????????? ???????
Edit ? Put molecule
????????? ?? ???????? ??????? ????? ?????????
?????? ??????
13
????? ????? (??) ?????
????????? ?? ????????? ??????????? (????????????)
?? ??????? ???????.
?????? ?? ?????????? ????? ???????? ????????? ?
??-????? ???????, ? ???? ? ??-?????? ????
????????? ?????? exp(-DE/kT).
? ???????? ????????? ???????? ?? ??????????
???? ? ????? ????? ????? ??????????
  • ??? ??????? ?? ???????? ??????? ?? ??????? ?
    ????? ??????? ?? ???????
  • ?? ?????????? ??? ???????? ???????????
  • ??? ?????? ?? ?????????????? ?????????.

????? ????? ??????? ???? ?? ?? ????????? ?
????????? ???????? (??????????) ??? ????????
????? (????????).
14
????????? ?? ???????????
????? ?? ?????? ??????? ?? ??????????? ??
????????? ?? Setup ? ???? ???? ?? ????????? ??
???????????
Compute ? Monte Carlo
15
????????? ?? ???????????
???????????? ?? ????????? ?? ????? ?? ??
??????????? ?? ????? ???? ???????? ???????? ??
????????????? ??????? ?? ????? run.
16
????????? ?? ???????????
?????????? ????????? ?? ??????? ?/??? ??????????
????????? ?? ?????????? ?? 1 ??? ??????? runs.
?????? ?? ???????? ? ?????????? ??????????!
Compute ? Monte Carlo ? Playback ? Averages
Ep(ave) 14.13 ? 3.33 kcal/mol
Q1(ave) 57.7 ? 4.9 o
17
????????????? ??????
  • ????????? ???? 10.
  • () ??????? ??-????????? ?? ??. ????????? ???????
    ????????? ?????, ?? ?? ??????????
    ???-?????????????? ???????????.
  • () ???????? ???-????????? ??????????? ?
    ?????????????? ??????. ???????? ????????? ? ????
    ?? ?. 2.
Write a Comment
User Comments (0)
About PowerShow.com