Reuni

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Reunión anual del TDWGSan Petersburgo,
septiembre 2005

• Resumen

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(No Transcript)
3
Historia del TDWG (20 años) Frank Bisby

• 1985 DB botánica en Reading y Zootron cumple 3
  años. Sept TDWG-I, Ginebra
• Entra en IUBS
• 1989 Canarias
• 1990 Delphi GPSIS, IOPI. La mitad de los
  asistentes fundan GBIF. El último día se empieza
  a hablar de montar un sistema de BD común.
• 1992 Jalapa2004 Christchurch
• Se intenta cambiar el nombre para que incluya
  ecólogos y biomoles, pero falla. Sigue TDWG.

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(No Transcript)
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Domingo 11/9 (ZIN)

• 0930 Structure of Descriptive Data (SDD)
• 1100 Coffee    
• 1130 Natural Collections Descriptions/TDWG
  Executive Meeting
• 1300 Lunch
• 1430 Taxonomic Concept Exchange Standard (TCS)
• 1600 Coffee
• 1630 Protocol Developers group
• 1930 Evening Reception

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(No Transcript)
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Lunes 12/9 (BIN)

• TDWG Standards Walter Berendsohn
• 1000 Welcome by the Chair
• 1005 Welcome by the Host Institute (Zoological
  Institute of the Russian Academy of Sciences)
• Standards Procedure Walter Berendsohn
• 1010 Stan Blum Report of the Procedures
  Subgroup and current procedure for voting on the
  proposed standards
• 1020 Lee Belbin An overview of current practice
  in other Standardization Bodies
• 1040 Discussion
• 1100 Coffee
• Proposed standards for ratification (I) Stan Blum
• 1130 Gregor Hagedorn SDD (Structured
  Descriptive Data)
• 1215 Jessie Kennedy TCS (Taxonomic Concept
  Exchange Standard)
• 1300 Lunch
• Proposed standards for ratification (II) Adrian
  Rissoné
• 1430 Stan Blum Darwin Core (Core Biological
  Collection Data)
• 1445 Walter Berendsohn ABCD-Schema (Access to
  Biological Collection Data)
• 1530 Discussion of standards for collection data
  
• 1600 Coffee
• Announcement and Presentation of Emerging
  Standards Walter Berendsohn
• 1630 Markus Döring TAPIR (TDWG Access Protocol
  for Information Retrieval)

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Martes 13/9 (ZIN)

• Sesiones paralelas pre-café
• Biodiversity Informatics for taxonomic research
  in Russia
• Oleg Pugachev
• Data exchange formats, protocols and their
  integration (I)
• Sally Hinchcliffe
• Sesiones paralelas post-café
• Application design and Tools for taxonomic
  research
• Anna Weitzman
• Data exchange formats, protocols and their
  integration (II)
• Sally Hinchcliffe
• Posters/Demostraciones
• Sesiones paralelas vespertinas
• Biodiversity data applications
• Alexander Ryss
• Taxonomic ontologies, identifiers and schemas
• Neil Thomson

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Miércoles 14/9

• Excursión
• GBIF Data Provider Training
• Banquete

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Jueves 15/9 (BIN)

• Enhancing the efficiency of data mobilisation
• Gregor Hagedorn
• 1100 Coffee
• Tools for the improvement of data quality and
  their application
• Arthur Chapman
• 1310 Lunch
• TDWG perspectives and the global biodiversity
  network
• Walter Berendsohn
• 1600 Coffee
• The Species 2000 and ITIS Catalogue of Life
  assembling and disseminating the whole
• Dmitri Geltman

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Viernes 16/9 (ZIN)

• Sesión Ejecutiva (British Council) Walter
  Berendsohn
• Report of the Chair of the Executive Committee
• Treasurer's report
• Election of officers
• Result of ballots on standards
• TDWG meetings 2006 and 2007
• Future of TDWG Interaction with the TDWG/GBIF
  Project
• Other Business
• 1200 Lunch
• 1330 Computer Demonstrations   
• 1430 Plenary Session
• Institute of Distributed Taxonomy
• 1600 Coffee
• 1630 Break-out Groups
• Gutenberg
• Image/Multimedia
• SDD

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Sábado 17/9 (ZIN)

• Observation
• Georeferencing
• SDD
• Natural Collections Descriptions
• Spatial Data

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(No Transcript)
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87 presentaciones

• 23.    Open Source for species identification an
  application of SVG (Scalable Vector Graphics) to
  a web based version of IDAO
• 24.    Electronic collection of agricultural
  crops, their wild-growing relatives and pest
  organisms within the Former Soviet Union
• 25.    An Internet-based information resource on
  the family Dolichopodidae (Insecta Diptera)
• 26.    Structured Descriptive Data (SDD) version
  1.0
• 27.    Remote annotation in a distributed access
  system - How to provide feedback?
• 28.    Machine Learning for Extracting Darwin
  Core Data from Museum Labels
• 29.    Development of GBIF data services
• 30.    Using the Catalogue of Life in GBIF
• 31.    The Gordon and Betty Moore Foundation
  grant for the GBIFTDWG partnership
• 32.    A machine learning environment for the
  automatic mark-up of taxonomic descriptions with
  XML
• 33.    Modularisation of the TDWG XML standards
• 34.    AlgaTerra calibrating micro algal
  information on the Internet
• 35.    EOL a database application for presenting
  results of taxonomic revisions on the web.
• 36.    The Catalogue of Life Web-services
• 37.    Workflow as a Metaphor for Biodiversity
  Problem-Solving
• 38.    The contribution of monitoring data to
  information about biodiversity
• 39.    The Taxonomic Concept Schema an XML
  standard for exchanging taxonomic names and
  concepts
• 40.    ABCDEFG a draft Extension For
  Geosciences to the ABCD XML schema
• 41.    Databases on the Supersite of the
  Zoological Institute Web-portal Beetles
  (Coleoptera) and Coleopterists

• 1.     Experience exporting and importing SDD 1.0
• 2.     An ontological approach to the
  organisation of biological information
• 3.     HERBIS is the Erudite Recorded Botanical
  Information Synthesizer electronic data
  publication from herbarium specimens a click
  away
• 4.     The PBI Solanum project an international
  collaboration to monograph Solanum
• 5.     ABCD the proposed standard XML schema
  for Access to Biological Collection Data
• 6.     Twenty years of TDWG no more the
  travelling tea-party!
• 7.     Completing the Catalogue of Life phase 2
  of the programme.
• 8.     The Darwin Core 2
• 9.     Graphic identification tool applied to
  West African trees
• 10.    CHRONOS Systems approach to the
  development of paleobiological taxonomic
  databases and dictionaries
• 11.    Towards best practice in georeferencing -
  Project BioGeomancer
• 12.    Data quality tools for use in
  georeferencing natural history location data -
  Project BioGeomancer
• 13.    Detecting spelling errors in taxonomic
  databases
• 14.    A standards-based structure for supporting
  the exchange of biocollections data
• 15.    WDC-MARE / PANGAEA Publication of
  observational data on the base of persistent
  identifiers (DOI)
• 16.    A first TAPIR implementation - the BioCASe
  PyWrapper serves a new protocol.
• 17.    Make the tapir work. Practical potential
  of the TDWG Access Protocol for Information
  Retrieval (TAPIR)
• 18.    Website and web application design for
  biodiversity informatics applications
  incorporating the stakeholders
• 19.    MorphBank The requirements and
  implementation of a digital image phylogenetic
  database

15
87 presentaciones

• 45.    Internet and XML-based program tools for
  the everyday work of taxonomists
• 46.    The bird monitoring data exchange schema
• 47.    The catalogue of the World Ocean
  Ophiuroidea (Echinodermata) from the collection
  of samples of the Institute of Oceanology RAN
  (Laboratory of Bottom Fauna)
• 48.    ZOOCOD - the data standard for the
  building taxonomic tables and representation of
  multilevel hierarchies in the relation databases
• 49.    Database Weed Plants in Russia Flora
  results and perspectives
• 50.    FloraWeb the German Web Flora
• 51.    World Database of Fleas (Insecta
  Siphonaptera) SIPHONAPTERA) experience of
  morphological analysis
• 52.    The Royal Museum for Central Africa in the
  era of biodiversity informatics
• 53.    Tropicos in taxonomic toil daucus or
  ferula?
• 54.    Integrated search on taxonomic databases
• 55.    SPICE protocol and SPICE system
• 56.    The CIDOC Conceptual Reference Model
  (CRM), a core-ontology for information
  integration
• 57.    Distribution maps of Russian Umbelliferae
  simple technique of electronic view
• 58.    Legacy Infrastructure Network for Natural
  Environments (LINNE)
• 59.    Concept of a simple database providing
  storage and management of the information on
  regional fauna and flora
• 60.    Spatial modelling of plant species
  potential habitats
• 61.    Information technology tools in
  biodiversity research basic results and trends
• 62.    A Web-based collaborative environment for
  building the Cypriniformes Tree of Life
• 63.    Species 2000 Metadatabase practicality
  and dreams

• 66.    The revision of the genus Bursaphelenchus
  Fuchs (Nematoda Parasitaphelenchidae) and
  analysis of the phylogeny and evolution with the
  use of the information technology tools
• 67.    ALTER-Net - An Object Oriented Approach to
  Ecological and Biodiversity Data Networking
• 68.    Serving Our Audiences What teachers want
  from a tree of life visualization
• 69.    Illustrated catalogue of the types of
  plant taxa of the Vir Herbarium (Wir)
• 70.    Access rights management and access
  control for BioCASE
• 71.    SDD and the Key to Life
• 72.    Natural Collections Descriptions (NCD) a
  standard for describing entire collections.
• 73.    Collections of digital iconographic
  pictures of plants to decides taxonomic questions
  on living collections in Russian and Chinese
  botanical gardens
• 74.    Using TAPIR views for integrating
  Biodiversity data sources into existing standard
  applications
• 75.    Mapping equivalences the role of a name
  server in providing access to real-world
  biodiversity datasets
• 76.    Database of the herbaceous perennial
  plants of the Polar-Alpine Botanical Garden used
  outdoors in the Northern Territories introduction
  experiments
• 77.    Services for improving integrity in
  federated taxonomic information systems
• 78.    Usable georeferencing infrastructure
  preliminary lessons with BioGeomancer
• 79.    Pitfalls and prospects for spatially
  challenged occurrence data
• 80.    Making TAPIR data providers BioMOBY
  services first steps.
• 81.    Data exchange formats experience from the
  National Biodiversity Network
• 82.    Taxon names in multiscript languages
• 83.    OBIS continues its global expansion
  through content, standard, and service
  development
• 85. TROPICOS Next Generation - The newest
  version of the global plant taxonomic data source

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103 participantes
17
Asuntos más relevantes

• Organización y administración
• Estándares
• Votaciones de estándares listos
• Retirada de la propuesta de DC2
• Propuestas de nuevos estándares
• Propuesta de nuevos grupos de trabajo
• Meta-TDWG
• Historia
• Beca de la Fundación Moore
• Contrato de un equipo técnico
• Nombre del TDWG
• GBIF y TDWG
• Desarrollo técnico actual
• Protocolos/wrappers
• TAPIR
• ABCD
• SPICE
• Servicios
• ToL

• Cuestiones científicas
• GUID, LSID
• TCS
• Información georreferenciada
• BioGeoMancer
• Imágenes, multimedia
• ENBI-Images
• Catálogos y bases de datos desarrolladas
• Generales
• OBIS
• MorphBank
• TROPICOS
• Particulares
• Filogenia y sistemática
• Metadatos y ontologías
• NCD
• CIDOC
• DOI
• Redes colaborativas

18
Estándares, Protocolos y Sopas de Letras
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(No Transcript)
20
ESTÁNDARES en TDWG

• Stan Blum Procedimientos
• Revisión El comité de estándares prepara una
  propuesta para el comité ejecutivo que se
  distribuye al menos 60 días antes de la reunión
  anual el borrador está desde 180 días antes. En
  la reunión se discute y se reparten papeletas
  luego se vota durante varias semanas.
• Lee Balvin Nuevo proyecto de estándares
• nuevo proyecto de trabajo colaborativo gracias a
  una beca de la fundación Moore. Se ha contratado
  un gerente, un ingeniero de sistemas y un
  programador (Ricardo Pereira). Tareas
• Revisar los estándares de trabajo del TDWG (TDWG,
  CODATA, GGF, IEEE, etc.)
• Analizar otros estándares, incluyendo GBIF
• Poner cosas en común con la gente reunida en San
  Petersburgo
• Elaborar un estándar de buenas prácticas que se
  hará circular entre los miembros. Deberá estar
  listo a finales de abril de 2006.

21
SDD Greg Hagedorn, Bob Morris

• SDD promueve la codificación de taxones, como en
  DELTA (SDD es una especie de actualización de
  DELTA-II) (matrices taxon/carácter)
• Se recomienda una estandarización, aunque son los
  científicos los que los definen
• SDD NO intenta estandarizar la terminología, sino
  que es un marco para que los biólogos realicen
  esa estandarización.
• No publica datos taxonómicos no estructurados
• Se incluyen datos descriptivos y ontologías
• definiciones de términos
• definiciones de caracteres y estados
• SDD utiliza una descripción con lenguaje natural
  (XML) y generación dinámica
• SDD propone
• Caracteres ( variables) cualitativos,
  cuantitativos, estadísticas...
• Conceptos ( árboles) organización de los
  caracteres
• Modificadores ( métodos estandarizados de
  extensión) frecuencia, probabilidad,
  localización...

22
Darwin Core 2 (DC2) Stan Blum

• Estado de la cuestión
• La georreferenciación que se exigía en la nueva
  versión no iba a estar disponible
• Los campos de localidad no son obligatorios
• Toda la georreferenciación pasa a ser una
  extensión
• Las fechas se convierten en margen de fechas (de
  a)
• Se abre un espacio para una futura definición de
  GUID
• Los campos temporales pasan a ser ISO pero se
  expresan en días julianos
• Los atributos de DiGIR se han eliminado
• Con todo esto, se abre una discusión y el
  resultado es
• la retirada de DC2 de la propuesta! No parece
  que esté aún en condiciones de pasar a ser un
  estándar
• Se replantea volver a proponerlo para la
  siguiente reunión una vez que se hayan acordado
  los asuntos anteriores y se haya designado un
  arquitecto para el sistema
• La georreferenciación parece el principal
  escollo, aunque deben acomodarse muchas otras
  cuestiones planteadas en esta reunión

23
ABCD-Schema 2.0 Walter Berendsohn

• Prescinde del concepto de taxón (queda para el
  TCS?)
• Extensible
• Con gestión de IPR
• Compatible con DC a través de 47 elementos
• Europa está usándolo para una red de 180 BD
  conectadas
• El estándar el el esquema XML (NO la
  documentación)

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TAPIR Markus Döring

• Desarrollo
• Javier de la Torre, Steven Perry, Robert Gales,
  Renato De Giovanni, Markus Döring, Donald Hobern
• Sirve a BioCASE y a DiGIR a través de wrappers
  desarrollados en Berlin y Kansas
• De momento, una única URL para un GET que
• Pide datos a un proveedor (p.ej. GBIF)
• Traduce con XML, XLST a las especificaciones de
  otro proveedor (p.ej. KML)
• Recupera la nueva información (p.ej. Google
  Earth)
• Toda aplicación que pueda trabajar con XML y un
  esquema definido es un posible cliente TAPIR
• GBIF usa TAPIR como el proveedor central de XML
• Negociaciones para que TAPIR pase a ser el
  servicio para BioMOBY (biología molecular)
• http//ww3.bgbm.org/protocolwiki/
• http//jarvis.local/tapir/pywrapper.cgi

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TCS Jessie Kennedy

• Taxonomic Concept Schema
• Trata de resolver la guerra principal entre
  nombres y conceptos en taxonomía, y una
  batalla secundaria sobre la historia de los
  nombres
• Propuesta actual para el CONCEPTO taxon
• Nombreautorañosegún(nombre,publicación,año)def
  inición
• Incluye una lista taxonómica conceptual
• http//www.soc.napier.ac.uk/tdwg/index.php

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Bibliografía Anna Weizmann

• La bibliografía está ausente de los estándares
  del TDWG
• Se contemplan tres niveles
• Microcitación (línea de cita)
• Gutenberg Core
• Modelo completo (con frontispicio, TDC,
  tratamiento taxonómico, etc.)
• Está bastante verde aunque se ha organizado dos
  grupos de trabajo para microcitas y GC, y para el
  modelo completo (Chuck Miller, Donald,
  Whitebread, Stan, etc.)

27
(No Transcript)
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Servicios y Servidumbres
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(No Transcript)
30
Servicios de GBIF análisis Donald Hobern

• Demuestra la integración de muchos estándares
  (DiGIR, BioCASE, DC, ABCD, CoL)
• pero
• La interfaz es sólo HTML
• Capacidad de búsqueda limitada
• Modelo de datos (UDDI) inadecuado
• Pobre tratamiento de la homonimia
• El XML actúa como una caja negra
• por tanto...
• El portal va a moverse hacia una segunda
  generación
• http//wiki.gbif.org/dadi/wiki/wikka.php

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HERBIS Reed Beaman

• En el mundo hay del orden de 1G ejemplares de
  museo, con 1,5M especies
• Procesándolas a 10 minutos por especimen, salen
  166m horas 21M días 833kpax/año
• En Chania se propuso usar la imagen del herbario
  para extraer los datos de las etiquetas HERBIS
  es un OCR inteligente que lo hace
• Usa OCR, NHR y NLP
• Se plantea ponerlo como web service
• Exige resoluciones de escaneo de 300 dpi para OCR
  y 600 dpi en tipos o e-préstamos TIFF o LL JP2K
• Significa imágenes de 22 Mpx
• Usa PostgreSQL, Tomcat, AXIS/SOAP
• http//www.herbis.org/

32
CIDOC Christian Ore, Heinz Lampe

• CIDOC gestiona la documentación museística del
  ICOM (Comité Internacional de Museos)
• Describe los metadatos de las colecciones que se
  deben almacenar
• Incluye objetos en muchos niveles si cumplen una
  serie de condiciones, pasan a otro nivel
• Ejemplo Objeto biológicoinformación
  adecuadaholotipo
• Tiene aspecto de mapa conceptual

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LITCHI Richard White

• Objetivo Automatización de tareas taxonómicas
• Modelización del conocimiento y de las reglas de
  integridad
• Basado en web
• Compara listas para buscar inconsistencias,
  duplicaciones, sinonimias,etc.

34
Georreferenciación Arthur Chapman

• Documento de Buenas Prácticas
• BioGeoMancer
• Principios
• Exactitud (radio de incertidumbre)
• Eficacia probabilidad de acertar con el objeto
  correcto
• Eficiencia cantidad de trabajo necesario para
  obtener buenos datos geográficos
• Fiabilidad grado de consistencia
• Accesibilidad
• Transparencia
• Actualización
• Relevancia
• Operativo, pero está siendo refinado. Por
  ejemplo el radio de incertidumbre puede ser
  reducido enmascarando áreas imposibles (costas)
• http//www.biogeomancer.org/

35
Georreferenciación (II) John Wieczorek

• Se propone usar BioGeoMancer para georreferenciar
  aceptablemente las BD con datos geográficos no
  estructurados. Secuencia
• Interpretación de los datos literales análisis
  de expresión, NLP
• Interpretación de los tipos de localidades (50
  feature, 21 locality not recorded, 17
  offset from feature,)
• Puede no haber delimitadores, puntuación
  interpretación por reglas
• Las referencias de localidad pueden ser inexactas
  (punto/área) construcción de descriptor
• Interpretación espacial final

36
Georreferenciación (III) Renato DeGiovanni

• Escenario 1 BD no georreferenciada
• A BGM para interpretar los datos la georef.
  Vuelve a la BD
• Escenario 2 BD georreferenciada
• A un validador. Se ha preparado un marco Java
  para GBIF.
• Resultados Etiquetas XML que pueden pegarse al
  registro, a sus partes, o a toda la BD
• Tests en desarrollo
• Detección de errores
• Inconsistencias lat/long con regiones con
  elevación con hábitat fechas con recolector o
  itinerario, etc.
• Outliers
• Por jacknife inverso (estadístico)
• Por distribución esperada del taxon
• http//cvs.sourceforge.net/viewcvs.py/gbif/DataTes
  ter/
• http//georef22.peabody.yale.edu/bg/workbench.jsp

37
Errores de deletreo en las BD taxonómicas
Richard White

• Algoritmos para detectar errores cuando NO se
  dispone de vocabularios (agudo en las BD
  taxonómicas)
• Se buscan parejas de nombres similares (ILDIS,
  MARINE, SP2K, PMA, CNIP) contra controles con
  errores conocidos
• Se buscan caracteres inválidos
• Proximidades fonéticas (obviamente, agudo en
  inglés pero no en otros idiomas) SoundeX, PhoniX
• Algoritmos de transformación y n-gramas
• Llaves maestras (comodines) como un digest de
  la palabra
• Tienen muchos falsos positivos. Máxima tasa de
  errores en los invertebrados

38
Imagen digital Arturo H. Ariño

• Posibilidad de usar imágenes en sustitución de
  los ejemplares
• Requerimientos mínimos de calidad para uso
  científico
• Requisitos de metadatos
• Casos especiales
• Manual ENBI de buenas prácticas para imagen
  digital de series tipo
• Combinación bancos de imágenes-datos
  alfanuméricos nuevos slots para DiGIR (GBIF)
• Interacción con anotación remota (Morris)

39
Redes de Pesca
40
LINNE Reed Beaman

• Objetivo Taxonomía -gt Megaciencia
• Renacimiento de la sistemática por los estudios
  de biodiversidad creación de infraestructuras de
  información
• LINNE Ciberlaboratorio para taxonomía
• Modernización de colecciones
• Verificaciones y puestas al día
• Enlace entre laboratorios
• Trabajo virtual

41
ALTER-Net Kathyn Schantz

• Red para integrar datos biológicos y ecológicos
  sobre biodiversidad
• Orientada a objetos
• Incluye ontologías
• Las ontologías incluyen actores (gente,
  instituciones)
• Específica de dominios

42
Base de Datos de Bases de Datos
43
(No Transcript)
44
TROPICOS Chuck Miller

• Arquitectura de información botánica (1M nombres,
  100K artículos, 50K autores)
• Incluye referencias digitalizadas (BOTANICUS)
  (182 vols, 82000 págs, 2500 págs/semana)
• http//mobot.mobot.org/W3T/Search/vast.html
• www.botanicus.org

45
Sp2000 Catalogue of Life Yuri Roskov

• Estado en 2005
• 527 K sp
• 414 K syn
• 253 K nombres vulgares
• 24 DB
• Cobertura completa 2011
• Actual/Estimaciones
• Virus 2k
• Archaea 105
• Bacterias 6k
• Protos 6k/80k
• Hongos 27k/72k
• Plantas 50k/270k
• Animales 130k/1344k
• Construida a partir de varias DB pero ahora se
  encajan en ITIS
• Acaba de pasar (diciembre) de listas anuales a
  listas dinámicas

46
MorphBank Gregg Riccardi

• Depósito fiable y seguro de imágenes taxonómicas,
  material digital y la información asociada
• Soporta matrices de imágenes para taxonomía
• Esquema relacional las imágenes están asociadas
  a los especímenes, asociados a especies, etc.
• Diversos proyectos lo están usando
• Permite anotaciones
• Permite relaciones explícitas entre objetos
• Usa la jerarquía de ITIS

47
Tomates Verdes Crudos
48
GUIDs Donald Hobern

• Se ha establecido una lista de correo y se prevé
  un workshop en febrero de 2006 en Durham
• Hay en marcha una discusión sobre qué camino
  seguir (LSID, DOI, etc.)
• Polarización entre partidarios de GUID y TCS
• Proyecto por la Fundación Moore
• Tarea principal Desarrollar GUIDs para cada
  registro
• Se establece un grupo de trabajo
• Se ha abierto una discusión electrónica
• Borrador para Abril de 2006
• Final Julio 2006

49
Reunión Ejecutiva

• Minutas 2004 listas se aprueban
• Estándares
• No se aceptarán más en formato no electrónico
• No se crean nuevos grupos hasta que se haya
  desarrollado la nueva estructura del TDWG
• Votación de recomendación
• ABCD 27/2/1
• SDD 26/1/3
• TCS 23/4/3
• Estructura
• Con la Moore se va a desarrollar un proyecto de
  infraestructura (TIP)
• Cuentas
• 52 miembros
• 123 participantes NZ, 103 RU
• Nuevos cargos
• Todos los votos a favor de la junta
• TDWG 2006,2007
• Ofertas Baton Rouge St. Louis Rolling (NC)
  INRA (FR),Bratislava convocatoria definitiva
  BMG, St. Louis
• Secretaría del TIP
• Redefinición de nombre y objetivos
  International Working Group on Taxonomic
  Databases