Predicci

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Predicción de Estructura 3D de Proteínas Reconocim
iento de Plegamiento (threading) Florencio
Pazos ALMA Bioinformatics, S. L.
2
MREYKLVVLGSGGVGKSALTVQFVQGIFVDEYDPTIEDSY RKQVEVDCQ
QCMLEILDTAGTEQFTAMRDLYMKNGQGFAL VYSITAQSTFNDLQDLRE
QILRVKDTEDVPMILVGNKCDL EDERVVGKEQGQNLARQWCNCAFLESS
AKSKINVNEIFYD LVRQINR
MLEILDTAGTEQFTAMRDLYMKNGQGFAL VYSITAQSTFNDLQDLREQI
LRVKDTEDVPMILVGNKCDL EDERV
3
Clasificaciónes de m?todos de predicción de
estructura de proteínas
Nivel estructura proteínas
Secundaria --------
terciaria
cuaternaria
1D 2D
3D 4D
Representación de la proteína
AAVLYFGREDHTLLVY
Uso de información extra
AAVLYFGREDHTLLVY
AAVLYFGREDHTLLVY
docking
- dinámica molecular - minimización de energía
pred. str. secundaria
mutaciones correlacionadas
Ab Initio
docking con filtros
- modelado por homología - threading
pred. str. secundaria
No Ab-Initio
4
Relación entre parecido estructural y parecido en
secuencia
Chotia Lesk, 1986

id seq. gt misma str. 3D seguro id seq. gt a
veces misma str. a veces no
dependiendo del tamaño de la región alineada
5
Relación entre parecido estructural y parecido en
secuencia
Espacio de secuencias
Espacio de estructuras
Diseño por homología
threading
6
Campos de aplicación de Modelado por Homología y
Threading
id seq. con alguna estructura
0
30
100
threading
modelado por homología
7
(No Transcript)
8
(No Transcript)
9
(No Transcript)
10
(No Transcript)
11
(No Transcript)
12
Algoritmos de threading Perfiles de secuencia
estructura secundaria
Kelley et al., 2000 http//www.bmm.icnet.uk/3dpss
m
13
threading. Ejemplos
14
threading. Ejemplos
15
threading Post-procesamiento de
resultados Combinación con información adicional
16
threading Post-procesamiento de
resultados Combinación con información adicional
Devos et al., 2001
17
threading Post-procesamiento de
resultados Visualización y manipulación
interactiva de modelos
Pazos et al., 1999
http//www.cnb.uam.es/pazos/threadlize
18
threading Post-procesamiento de
resultados Automatización. Combinación de
resultados
http//pdg.cnb.uam.es8081
19
threading Post-procesamiento de
resultados Automatización. Filtrado de modelos
De Juan et al., 2001
20
(No Transcript)
21
threading Evaluación de m?todos II) CAFASP 98,
00, 02
http//www.cs.bgu.ac.il/ dfischer/CAFASP2
22
threading Evaluación de m?todos III)
EVA/LiveBench
http//maple.bioc.columbia.edu/eva/
23
(No Transcript)
24
Modelado por Homología vs. Threading
0
30
100
id seq. con alguna estructura
threading
modelado por homología
gt 30 con algun PDB
cualquier secuencia
aplicación
nivel atómico
fold alineamiento
calidad modelos
- cadenas laterales - loops
- diferencia en loops y gaps - movimientos de
dominios - cambios en el backbone
70
50
25
(No Transcript)
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Predicción de Estructura 3D de Proteínas Reconocim
iento de Plegamiento (threading) Florencio
Pazos ALMA Bioinformatics, S. L. pazos_at_almabioinf
o.com http//www.almabioinfo.com