Sumario TDWG Annual Meeting 2006

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Reunión Anual TDWG 2006Sumario
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Acerca del TDWG

• TDWG (Taxonomic Databases Working Group )
• Grupo de trabajo internacional sobre bases de
  datos taxonómicas
• Es una organización sin ánimo de lucro,
  afiliada a la Unión Internacional de Ciencias
  Biológicas (IUBS), formada para
• establecer colaboraciones internacionales entre
  diferentes proyectos de bases de datos biológicas
• promover la divulgación de la información sobre
  los organismos vivos para beneficio de la
  sociedad.
• Para conseguir sus objetivos el TDWG
• Desarrolla, adopta y promueve estándares para el
  intercambio de datos sobre los organismos vivos.
• Actúa como foro de discusión a través de
  reuniones, publicaciones y newsletter

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Historia

• 1985. Primera reunión. Génova.
• Desde entonces, reunión anual cada año en
  una ciudad distinta (en España1989 Las Palmas
  Gran Canaria (Jardín Botánico) y en 1995, Real
  Jardín Botánico de Madrid)
• La Mayoría de las instituciones y proyectos
  miembros provenían del campo botánico (estándares
  de datos de bases taxonómicas de plantas)
• A partir de 1994 Expansión a otras áreas de
  trabajo como la zoología, microbiología,
  geológía, etc
• 1988. Afiliación a (IUBS) Unión Internacional de
  Ciencias Biológicas

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TDWG 2006 meeting

• Fecha 15-22 de Octubre
• Lugar Missouri Botanical Garden-St Louis,
  Missouri, U.S.A.
• Más de 160 participantes de 22 países y de 94
  instituciones científicas, museos, etc.
• Programa de trabajo
• http//tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/doc
  uments/TDWG2006_Schedule_Active_061016.pdf
• 85 Presentaciones, posters y comunicaciones.
• Sesiones de trabajo organizado en
• Presentaciones ,Symposios,
• Posters, Demostraciones on-line
• Sesiones de trabajo de los subgrupos

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TDWG 2006 meeting

• Presentaciones
• http//tdwg2006.tdwg.org/programme/presentations/

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TDWG 2006 meeting

• Temas tratados
• La nueva infraestructura del TDWG
• Estándares
• Identificadores Globales únicos (GUIDsGlobally
  Unique Identifiers)
• Ontologías y semántica
• Lenguajes de representación de datos (UML, BNF,
  RDF, XML)
• Presentación del trabajo de los subgrupos y
  sesiones paralelas de trabajo
• Simposio sobre Aplicaciones para datos de
  biodiversidad

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TDWG Infrastructure Project (TIP)

• Objetivo Rediseñar la infraestructura del TDWG
• Financiación y Duración
• 1.5 mill (Fundacion GordonBetty Moore)
• Julio 2005-Diciembre 2007
• En Oct-2006 (80 objetivos cumplidos)
• Tareas
• Trabajo sobre la nueva constitución
• Technical Arquitecture Group (TAG)
• Rediseñar la Documentación (Especificaciones,
  Plantillas)
• Desarrollo de Identificadores globales Únicos
• Rediseñar el Entorno de trabajo
• TDWG website
• Automatización del proceso de desarrollo de
  estándares

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Nueva Constitución

• Nombre
• TDWG (Biodiversity Information Standars)
• Nueva constitución http//wiki.tdwg.org/twiki/pub
  /Process/WebHome/TDWG_Constitution_2006-08-16.pdf
• Establece como miembros a dirigirse a los
  creadores, administradores y usuarios de
  información sobre biodiversidad vs proyectos de
  bases de datos biológicas
• El Comité Ejecutivo aumenta sus atribuciones
  debido al cambio en la nueva infraestructura de
  trabajo
• Nuevo articulo 10. Votaciones
• Las decisiones han de estar basadas en el
  consenso en vez de en una mayoría simple.
• El comité ejecutivo asegurará ese consenso
  mediante mecanismos como revisiones y peticiones
  de comentarios públicos.
• Si no se alcanza un consenso, el comité
  ejecutivo convocará una votación sobre el tema en
  cuestión
• El sistema de votación seguirá siendo el
  mecanismo de elección del comité ejecutivo,
  officers y de todo aquél proceso que dicta la
  actual constitución

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Nuevo Proceso de Desarrollo de los Estándares

• Nueva Estructura del TDWG
• http//tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/sl
  ides/StanBlum_ProcessOverview.ppt
• El TDWG necesita un nuevo Marco de trabajo para
• Proporcionar una visión unificada e integrada de
  los estándares del TDWG
• Fomentar la coordinación y la comunicación
  interno
• Asegurar revisiones críticas (públicas y por
  expertos), así como consensos
• Control del Ciclo de vida de los estándares
  (mantenimiento y retirada, consenso, no anual)
• Asegurar la coherencia entre TDWG estándares y
  comunicación con estándares externos (OGC, W3C,
  etc.)

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Nueva estructura organizativa

• Nueva estructura organizada a través de
• Interest Group
• Supervisar el progreso de los estándares así como
  el estatus de los mismos (uso activo,
  sustitución/retirada)
• Actualizaciones de estatutos
• Task Group
• Para realizar tareas ó productos concretos
  (estándar)
• Para crear un IG ó TG se requiere de la
  elaboración y aprovación (Comité Ejecutivo) de
  unos estatutos (intenciones, actividades, etc) y
  un convener
• En proceso. Los antiguos subgrupos están
  readaptando su estructura
• Borrador de cómo posible escenario futuro
• http//tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/doc
  uments/TDWG_Group_Structure_WorkingDraft_061014.pd
  f

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Nuevo Proceso de Desarrollo de los Estándares
(slide by Stan Blum)
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Nuevo entorno de trabajo

• El TDWG Infrastructure Project (TIP), ha
  desarrollado un entorno de trabajo basado en una
  nueva web con varias herramientas de trabajo
  colaborativo on line
• El TDWG website http//www.tdwg.org. Canal de
  comunicación para los miembros y los usuarios.
  Información sobre los Interest y Task Group,
  sobre los estándares y sobre las actividades
  destacadas. Cada subgrupo puede editar la
  información referente a su trabajo.
• El TDWG wiki wiki.tdwg.org. Sistema utilizado
  por los miembros de los subgrupos para
  desarrollar el trabajo de forma colaborativa
  desarrollando borradores de los estándares,
  documentación, etc. Para usuarios registrados
• El TDWG blog http//www.tdwg.org/blog.
  Aplicación que permite a los miembros compartir
  ideas de forma informal en forma de artículos
• El TDWG Proceedings http//www.tdwg.org/ojs.
  Aplicación que funciona como una revista on line
  para la publicación de actas de los eventos,
  proceso de desarrollo de los estándares, etc
• Repositorio de estándares http/rs.tdwg.org
  donde están los paquetes de información de los
  estándares (documentos RDDL (Lenguaje de
  descripción de directorio de recursos ), .xsd,
  etc). Principalmente documentos para acceso por
  las máquinas (software) por lo que se considera
  que deben de tener urls permanentes. Documentos
  experimentales también pueden ser cargados aquí
  durante el proceso de desarrollo del estándar.
  Acceso vía WebDAV
• TYPO3. http//www.tdwg.org/typo3.Aplicación para
  el manejo de estándares (proceso)
• Mailing lists http//lists.tdwg.org. Listas de
  correo públicas.

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Nueva estrategia de documentación

• Documentación toda aquella información que
  define y ayuda al desarrollo de los estándares
• Basada en tres tipos de documentos
• Tipo 1 documentos que han de formar parte del
  estándar de forma obligatoria (XML Schemas,
  especificaciones definidas de acuerdo a lenguajes
  controlados)
• Controlados por -IG Process-
• Altamente estables una vez ratificado el estándar
• En inglés
• Tipo 2 documentos que forman parte del estándar
  a modo informativo (no obligatorios) (Ejemplos,
  código, diagramas, ilustraciones, etc)
• Tipo 3 documentos que quedan fuera del estándar
  (tutoriales, guías, wikis, grupos de discusión)
• Documentos tipo 1 tipo 2? Estándar ? (paquete
  de informaciónmetadatos)

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GUIDS (Globally Unique Identifiers) en la
Informática para la Biodiversidad

• Creación de un Task Group en esta dirección
  TDWG-GUID Group
• 2 reuniones (Febrero y Junio 2006) (estudio de
  los requerimientos-evaluación de
  tecnología-documentación)
• wiki (http//wiki.gbif.org/guidwiki/wikka.php?wakk
  aHomePage), y mailing list (http//mailman.nhm.k
  u.edu/mailman/listinfo/tdwg-guid)
• Necesidad de Identificadores únicos
• Intercambio de información en la red (Internet)
  con datos servidos desde múltiples fuentes
  Modelado de la información de biodiversidad
  (registros) en objetos ? Surge la necesidad de
  identificar objetos de forma única
• Los GUIDS son
• Globales y permanentes. Solucionan la
  identificación de objetos provenientes de
  distintas fuentes
• Poseen mecanismos que definen al objeto
  (metadatos)
• Evaluadas distintas tecnologías (LSID, DOI
  (Digital Objet Identifier), Handles,
  PURL(Persistent Uniform Resource Locator))
• Recomendado el uso de LSID (Life Sciences
  Identifier).

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LSID (Life Sciences Identifier )

• Desarrollado por OMG (The Object Management
  Group) W3C
• Arquitectura cliente-servidor
• LSID authority server resolver client
• No centralizada
• Estructura
• urnlsidauthoritynamespaceobjectrevision
• Ejemplo
• urnlsidindexfungorum.orgnames213649
• resolución en http//lsid.biopathways.org/reso
  lver/
• Implementaciones
• Open Source (sourceforge.net) lsid.sourceforge.net
  
• IBM (Java, C, Perl)
• Kevin Richards (Landcare Research NZ) (Microsoft
  .NET)
• Ejemplos de servidores LSID
• Bio Pathways, Index Fungorum, IPNI (IPNIThe
  International Plant Names Index ), uBio
  (Universal Biological Indexer and Organizer)
• Por hacerdefinir cómo usar LSID en la
  aplicaciones

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Estándares y Protocolos
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ABCD (Access to Biological Collections Data )

• ABCD Access to Biological Collections Data (Nueva
  versión 2.0.6a)
• Será el Estándar del Task GroupABCD del
  Interest Group Primary Biodiversity Data
• Para datos de colecciones biológicas (especímenes
  y observaciones)
• Proporciona definiciones semánticas
• Estructura jerárquica (alta estructuración con
  gran número de elementos. Pretende cubrir un
  máximo de detalle)
• Trabaja con extensiones
• Posibilidad de trabajo con diferentes niveles de
  detalle (atomización/fusión)
• Incluye GUIDs
• Indica en que idioma está la información
  contenida
• Permite la repetición de registros (por ejemplo
  revisiones)
• Compatibilidad con Darwin Core (versiones 1.2 y
  1.4), HISPID (Herbarium Information Standards and
  Protocols for Interchange of Data ), etc.
• http//www.bgbm.org/tdwg/codata/schema/

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Extensión EFG-Geocase

• Extensión EFG del esquema ABCD
• Será el estándar del Task GroupABCDEFG del
  Interest Group Primary Biodiversity Data
• Para datos de colecciones paleontológicas,
  geológicas (minerales,fósiles, rocas)
• Compatible con la extensión DarwinCoPE
  (DarwinCore Paleontology Extension)
• XML Schema (http//eim.metapath.org/ABCDEFGWeb/EFG
  -1.XSD.html)
• GeoCASE BioCASEEFG
• (http//projects.naturkundemuseum-berlin.de/synthe
  sys_activity_d/index.htm)
• Próximo workshop Berlín Enero 2007 (dirigido a
  instituciones dispuestas a usar este esquema)

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Darwin Core (DwC)

• Será el estándar del Task Group DarwinCore del
  Interest Group Primary biodiversity data
• Estándar diseñado para facilitar el intercambio
  de información de datos primarios de las
  colecciones (especimenes).
• Información en espacio y tiempo El qué, el
  cuando y el dónde.
• Trata de recopilar conceptos ampliamente
  utilizados por diferentes disciplinas que
  trabajan en biodiversidad
• Simplicidad
• minimizando las barreras entre los proveedores de
  datos
• maximizando la disponibilidad para los usuarios
• Para intercambio no para modelos de datos
• Versiones http//wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/Dar
  winCore/DarwinCoreVersions
• 1.2 (la versión usada mayoritariamente)
• 1.4 (Borrador)
• incluye GlobalUniqueIdentifier
• independiente del protocolo DiGIR
• Extensiones mecanismos para compartir
  información adicional (Paleontológica,Curatorial,
  Geospatial)
• Temas futuros (debates)
• Lista de elementos ordenados-mayor estructuración
  (orden-herencia,)
• Vocabularios controlados

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NCD (Natural Collections Descriptions)

• Será el Estándar del Task Group NCD del Interest
  Group Institutions, Organisations, Agents
• XML Schema para intercambio de descripciones de
  colecciones de historia natural (especimenes,
  archivos, observaciones, material de libros,
  bases de datos, fotografías, etc
• Cada registro definiría una colección entera
  según el NCD Business card
• Relación con otros estándares Dublin-Core y EAD
  (Encoded Archival Description)
• Origen Biocase project (Biodiversity Collections
  Access Service for Europe )
• Desarrollado por RAVNS (Resources Available in
  the Natural Sciences) es un grupo formado por la
  mayoría de bibliotecarios y archivistas de
  historia natural de Norte América e Inglaterra
• Pretenden tener una implementación del estándar
  ya testada a finales del 2006 y una versión
  estable (final draft) para el primer cuatrimestre
  del 2007
• Documentos
• Esquema http//www.nhm.ac.uk/hosted_sites/tdwg/NC
  D/NCDv0pt40.xsd
• Diagrama http//www.nhm.ac.uk/hosted_sites/tdwg/N
  CD/NCDv0pt40.png
• Uso de este estándar NLBIF Metadatabase
• Catálogo de organizaciones, colecciones y
  personas
• Desarrollado como open source por el nodo
  holandés de GBIF.

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TCS (Taxonomic Concept Schema)

• Será el estándar del Task Group TNC (Taxon Names
  and Concepts).
• Objetivo Promover el estudio de la nomenclatura
  y los conceptos taxonómicos
• Desarrollan estándares y modelos de datos para
  representar la nomenclatura y la taxonomía y cómo
  se relaciona con modelos de información en
  biodiversidad (como los que describen especímenes
  y observaciones)
• wiki http//wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/TNC/Web
  Home
• Presentación de la primera versión TCS1 el año
  pasado, aprovada.?incorporados los cambios
  TCS1.01
• Objetivo del estándar
• Permitir el intercambio de información entre de
  conceptos taxonómicos definidos en
  clasificaciones taxonómicas publicadas, en bases
  de datos.
• Representación de un modelo abstracto para
  conceptos taxonómicos que pueda ser mapeado con
  los diversos modelos de los proveedores de este
  tipo de datos
• XML Schema http//www.tdwg.org/uploads/media/v10
  1.xsd
• Documentación Guía de usuario http//www.tdwg.org
  /uploads/media/User_Guide_01.pdf
• Projectos que usan este estándar
• SEEK (Science Environment for Ecological
  Knowledge )
• Euro Med
• EML (Ecological Metadata Language)

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SDD (Structured Descriptive Data)

• Será el Estándar del Task Group SDD del Interest
  Group Descciptions (Species descriptions)
• Surge como sustitución y modernización del
  anterior estándar DELTA
• http//wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/SDD/Primer/Sdd
  Introduction
• Desarrolla un esquema para controlar cómo se
  construye el vocabulario para trabajar con
  descripciones.
• Para expresar y transferir información
  descriptiva de organismos biológicos y taxones
• conceptos y caracteres descriptivos y conceptos y
  caracteres de jerarquización
• Incluye descripciones, ontologías, terminología y
  herramientas de identificación
• Version 1.1 es la aconsejada para
  implementaciones.
• Posibles usos de SDD
• codificar descripciones cortas (sumarios)
• descripciones en lenguaje natural
• para creación de claves
• Proyectos que lo usan
• LUCID 3 software para identificación y diagnosis
• UMB import/export generator
• acepta XML Schema y mapea
• produce código java para import/export
• Electronic Field Guide (EFG) Project
  (http//efg.cs.umb.edu/SDD)
• UMB visual SDD editor

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TAPIR (TDWG Access Protocol for Information
Retrieval )

• TAPIR es un WebService protocolo para acceso a
  datos estructurados provenientes de bases de
  datos distribuidas de estructura lógica y física
  diferentes
• TAPIR combina las características de los
  protocolos BioCASe y DiGIR protocolos y amplía
  las posibilidades de comunicación entre
  aplicaciones cliente y proveedores de datos a
  través de Internet
• Su potencialidad permite la interoperabilidad no
  solo entre especimenes u observaciones si no que
  se puede utilizar en otros dominios (geológico,
  ecológico, clima, secuenciación genética,
  geoespacial, etc.)
• Implementaciones
• PyWrapper 2.0 de Biocase es la primera
  implementación del TAPIR provider
• PHP DiGIR provider está siendo actualizada para
  integrar TAPIR
• La primera red en implementar TAPIR Plant
  Genetic Resources Community CGIAR (Grupo
  Consultivo para la Investigación Agrícola
  Internacional ) Generation Challenge Programme

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TAPIR (TDWG Access Protocol for Information
Retrieval )

• Características
• Trabaja con GUIDs
• TAPIR Request/Response
• requests pueden ser hechas en
• documentos XML
• Key-Value Pairs (HTTP)
• responses siempre codificadas en XML
• Operaciones posibles ping, metadata,
  capabilities (servicios), inventory y search
• XML Schema Definition (XSD) para describir y
  validar la estructura de los mensajes
  request/response
• No trabaja con un esquema en concreto
• Conceptual Schemas (XML Schema, RDF Schema)
  (DarwinCore, ABCD, TCS,NCD)
• Outputmodels-capabilities response
• Knownoutputmodels
• Anyoutputmodels (mappedConcepts)
• Especificaciones http//www.tdwg.org/dav/subgroup
  s/tapir/1.0/docs/TAPIRSpecification_2006-12-06.htm
  l
• Esquema http//ww2.biocase.org/svn/tapir/trunk/pr
  otocol/tapir.xsd

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OTROS
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Geospatial

• Probablemente se formará un Geospatial Interest
  Group (GIG)
• Objetivo integración de estándares,
  especificaciones, tecnologías y buenas prácticas
  entre la comunidad biológica y la geoespacial
• Cooperación TDWG-OGC (Open Geospatial
  Consortium)
• Firmado MoU
• http//www.opengeospatial.org/pressroom/pressrele
  ases
• El TDWG y el the OGC colaborarán en el
  desarrollo de esquemas y perfiles del OGC como el
  GML (Geography Markup Language) y estándares del
  TDWG para la representación de localizaciones de
  especimenes biológicos, organismos y su
  distribución, comunidades, movimientos, etc
• El proyecto BioGeomancer (http//www.biogeomancer.
  org/)
• Colaboración entre expertos de historia natural y
  geoespaciales
• Está desarrollando WebServices y aplicaciones de
  escritorio que permitirán georeferenciar a los
  colectores, conservadores, etc
• El trabajo con estándares está basado en
• GML para la descripción de los aspectos
  espaciales de los datos de historia natural.
• Integrando con DwC2 y ABCD

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Imagenes

• Probablemente se formará un Images Interest Group
  (IIG)
• Objetivo Desarrollar una estándarización en los
  mecanismos para el manejo y la transferencia de
  información descriptiva acerca de los media
  incluyendo
• Trabajo http//wiki.cs.umb.edu/twiki/bin/view/TDWG
  Image
• Manual de buenas prácticas para Imágenes de
  especímenes (enbi project).
• Uso de imágenes en sustitución de los ejemplares
• Metadatos para la descripción
• Formatos de archivo (JPEG2000 )
• estándar ISO con nueva forma de codificar/decof
  imágenes, sonidos, películas
• Alta compresion
• Decodificacion de Regions of Interest (ROIs)
  ?posibilidades de embeber en una imagen de un
  especimen un ABCD XML recordpdf
• JPIP (JPEG2000 Interactive Protocol), necesario
  cliente (kdu_show client from Kakadu Software )
• Estándares para el manejo de LSID para imágenes
• Qué debe de ir asociado al dato/metadato en la
  resolución

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Observaciones

• Estarían ubicados como un Task Group en Interest
  Group Primary biodiversity data
• Una observación caracteriza la presencia/ausencia
  de un organismo ó conjunto de organismos a través
  de un evento de recolección en una localización
  determinada
• Posible desarrollo de un estándar. Core
• Quien
• Cuando
• Donde
• Como
• Evidencia (especimen,imagen,literatura)
• Biología asociada (número de individuos,densidad,
  distribución,evidencia de reproducción)
• Medio ambiente (habitat, condiciones del lugar,
  tiempo)
• http//wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/Observational/
  WebHome

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Especies Invasivas

• Probablemente se formará un Interest Group
  Invasive Species Information Systems - ISIS
• Objetivo Trabajo con especies invasivas incluida
  taxonomía, distribuciones, terminología,
  descripciones, herramientas de identificación,
  etc
• Checklists ? mapas ? modelos
• Trabajan con GISIN (Global Invasive Species
  Information Network)

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Monitorización DiGIR providers- The Big Dig

• The "Big Dig" es un proyecto de ecoforge.net
  desarrollado en 2006 por el Natural History
  Museum and Biodiversity Research Center of the
  University of Kansas.
• http//bigdig.ecoforge.net/
• Servicio que genera de manera automática informes
  del estado y las características de los DiGIR
  providers
• StatusUna vez al día
• Schema Una vez a la semana
• Evalua el estado de las instalaciones de los
  DiGIR provider
• Examina registros y reporta las características
  del software instalado
• Status, versión, número de colecciones, número de
  registros, schema, tiempo de respuesta, encoding
• Ayuda a los administradores ante posibles
  problemas

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Openmodeller

• Desarrollado por CRIA (Centro de Referência em
  Informação Ambiental)
• Proyecto Open Source de sourceforge
• Librería para modelado de nichos
• Intenta proveer métodos para el modelado usando
  una variedad de algoritmos (GARP, Bioclim, CSM
  etc ya implementados)
• Estándar propuesto OMWS (open standard for
  distributed ecological niche modelling)
• http//openmodeller.sf.net