A1263206694pRqlI

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Microbial eukaryotes in the hypersaline
anoxic LAtalante deep-sea basin
Bazañez-Marquez Tania Accolla Chiara
2
But de lexpérience

• Intérêt croissant pour les environnements hyper
  salés
• Études précédentes présence deucaryotes
  unicellulaires négligeable
• Découvertes récentes diversité inattendue au
  sein de la communauté eucaryote

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LE BASSIN PROFOND DE LATALANTEUN DHAB (Deep
Hypersaline Anoxic Basin)
4
LE BASSIN PROFOND DE LATALANTEUN DHAB (Deep
Hypersaline Anoxic Basin)

• Caractéristiques
• Couche entre 3499 m et 3501 m de profondeur
  caractérisée par un gradient de salinité très
  fort

Surface à 3499 m Surface à 3499 m Surface à 3501 m Surface à 3501 m
Salinité () 39 365
Température (C) 14.03 14.03
Oxygène (µM) 19.08 n.d.
Ammonium (µM) 5.05 3000
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Matériel et méthode
1. Échantillonnage à 3499 et 3501 m

• Système Modus-Scipack
• une sonde CTD
• une série de bouteilles de Niskin
• un senseur de pression

Daprès E. Malinverno et al. (2006). Annals of
Geophysics,vol.49,N.2/3
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2. Extraction des acides nucléiques
Méthode non liée à la culture traditionnelle
suivie par lobservation au microscope

ARN ribosomal

• Filtration
• Destruction chimio-mécanique des cellules
• Enlèvement de lADN avec DNase I
• Isolement de lARN et inhibition de la RNase
• Détermination de la concentration de lARN
  (spectrophotométrie) et de son intégrité

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3. Construction du cDNA

• transcriptase inverse
• ARN cDNA
  
• PCR
  amplification
• Clonage

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4. Séquençage et regroupement en phylotypes

• Séquences partielles regroupées en phylotypes
• (unités opérationnelles taxonomiques)

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5. Analyse phylogénétique

• Comparaison des séquences de cDNA avec celles de
  GenBank
• Alignement (programme plus alignement manuel)
• Construction dun premier arbre
• Analyse plus détaillée et construction de
  sous-arbre
• 1000 Bootstrap et analyse bayesienne

Affiliation phylogénétique approximative
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UPPER HALOCLINE

• Jakobida
• Métazoaires
• Chlorobiontes
• Cercomonads
• Haptobiontes
• Straménopiles

• Ciliés
• Uncult. Marine Alveolate
• Fungi
• Radiolaires
• Choanoflagellés

LOWER HALOCLINE

• Jakobida
• Métazoaires
• Dinobiontes
• Cryptobiontes

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CILIÉS
6 espèces lower halocline 1 espèces upper
halocline
Oligohymenophorea
1 espèces lower halocline 1 espèces upper
halocline
Prostomatea
2 espèces lower halocline
Plagiopytea
Phyllopharyngea
1 espèces upper halocline
2 upper et lower halocline
Séquence non assignable à aucune classe connue
4 espèces lower halocline 4 espèces upper
halocline
Spirotrichea
Armophorea
Zones abyssales
Litostomatea
La mer des les Sargasses
Karyorelictea
Lost City Vent
Heterotrichea
lagunes
12
(No Transcript)
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DINOBIONTES
Apicomplexes
Gonyaulacales
Blastodiniales
Prorocentrales
Amoebophrya sp.
Peridiniales
Gymnodiniales
Non cultivable Alvéolés Groupe II
Locéan pacifique
Zones abyssales
Non cultivable Alvéolés Groupe I
La mer des Sargasses
Côte Atlantique
Ciliés
Zone Antarctique
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STRAMÉNOPILES
Bacillariophyta
Hypochytriomycota
Labyrinthulidae
Oomycota
Bicosoecida
La Méditerranée
Blastocystis nominis
Locéan pacifique
Stramenopiles marins GroupeIII
Zones abyssales
La mer des Sargasses
Côte Atlantique
Zone Antarctique
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CERCOBIONTES
Cercomones
2 espèces
Acantharia
Polycystinea
Locéan Pacifique
La mer des Sargasses
Lost City Vent
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(No Transcript)
17
Acanthoecidae
Choanoflagelle
Amoebidium parasiticum
Ascomycota
Bymenomycetes
Urodinomycetes
Basidiomycota
Ustilaginomycetes
enivrement non assignable
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Haplosporidia
Jakobia

• Antarctique
• Groenland
• Lagunes oligothrophiques
• La mer des Sargasses

Mesodinium/ Myrionecta
Euglenozoa
Heterobosea
Microsporidia
Diplomonadida
Parabasalida
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CONCLUSION

• cet article donne une possibilité de poursuivre
  la recherche dans ce domaine.
• Ils ont trouvé une grande diversité dorganismes
• Les auteurs ont conclu que la méthode
  dhybridation in situ est très efficace pour les
  organismes non cultivables.

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• Beaucoup de séquences sont proches des séquences
  trouvées dans dautres environnements
• Diversité entre les communautés des deux couches
  du gradient

21
REFERENCES

• Altsins M., Tese A. et Anderson O. (2000) A
  survey of flagellate diversity at four deep-sea
  hydrothermal vents in the Eastern Pacific Ocean
  using structural and molecular aproches. J
  Eukaryot Microbiol 47 400-411 text online
  Dicembre 2009
• Cavalier-Smith T., Chao E. (2006) Phylogeny and
  Megasystematics of Phagotrophic Heterokonts
  (Kindom Cromista) J of Molecular Evolution
  62388-420
• Stock R. (2009) Tecnicas de Hibridación in situ
  UNAM Mexico Instituto de Biotecnología Impresion
  UNAM. 2-23 p
• Aloisi G., Pierre C., Della Vedova B., Corselli
  C. (2001) Carbon isotope measurements in the
  Brines of URANIA and LAtalante anoxiic basins,
  Eastern Mediterranean. Instituto di Biologia del
  Mare, Venezia, Italia. Archo Oceano Limno
  2287-90
• Edgcomb V., Orsi W., Leslin C., Epstein S., Bunge
  J., Jeon S., Yakimov M., Behnke A., Stoeck T.
  (2009) Protistan community patterns within the
  brine and haloclineof deep hypersaline anoxic
  basins in the eastern Mediterranean Sea.
  Extremophiles 13151167
• Malinverno E., Gasparoni F., Gerber H.W. and
  Corselli C. (2006) The exploration of Eastern
  Mediterranean deep hypersaline anoxic basins with
  MODUS a significant example of technology
  spin-off from the GEOSTAR program. Annals Of
  Geophysics, Vol. 49, N. 2/3729-737
• MacGregor B.J., Moser D.P., Baker B.J., Alm E.W.,
  Maurer M., Nealson K.H., Sthal D.A. (2001)
  Seasonal and Spatial Variability in Lake Michigan
  Sediment Small-Subunit rRNA Concentrations. Appl.
  Environ. Microbiol Vol 67, No 9 39083922