Kahina RAMDANI

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Quantitative Phylogénétique Assessment of
Microbiol Communities in Diverse Environments 

• Kahina RAMDANI
• Master I Biologie et Ecologie Marine

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INTRODUCTION METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

• Les microorganismes jouent un rôle essentiel
  dans le cycle des éléments nutritifs et
  interagissent intimement avec de nombreuses
  espèces.
• Le but de cette étude est de déterminer lhabitat
  préféré pour lensemble des clades microbiens.

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INTRODUCTION METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

• Cette étude a été faite sur quatre grands
  ensembles de données hétérogéniques des
  communautés microbiennes, distinctes et qui sont
  dérivées denvironnements séparés
  géographiquement.
• - Les eaux de surface de locéan
• - Drainage minier acide
• - Os de baleine des grands fond
• - Les terres agricoles

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INTRODUCTION METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

• Amplification gène ribosomique (16S et 18S) par
  PCR et séquençage
• Extraction PCR Clonage des
  Séquençage
• ADN
  fragments Comparaison
  
• 
  séquences
• Le séquençage de Shotgun des communautés dADN
  métagénomique (donne un accès non biaisé des
  organismes non cultivés et aucune étape
  damplification des PCR nest impliqué.
• Larbre de référence utilisé est larbre de F D.
  Ciccarelli, 2006 daprès 31 gènes universels chez
  les organismes dont le génomes est complètement
  séquencé.

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INTRODUCTION METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

• Les gènes marqueurs montrent que certaines
  communautés évoluent plus vite que dautres
• Proteobacteries est le phylum le plus dominant
  dans la vie microbienne dans les deux
  environnements marin et terrestre.

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INTRODUCTION METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

• Les organismes qui évoluent relativement vite
  sont plus répondus dans le milieu marin
  (Prochlorococci).
• Dans une grande échelle de temps, observation de
  remarquables changements de lhabitat préféré.

• Les organismes qui évoluent plus lentement sont
  trouvés dans les échantillons des terres
  agricoles (Gloeobacter).
• Dans une courte échelle de temps, une stabilité
  remarquable de lhabitat .

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Protéobactéries
Cyanobactérie
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INTRODUCTION METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

• En général, les résultats obtenus n ont pas
  beaucoup changé, en particulier, parce quil ny
  a pas eu de commentaires sur la diversité mais
  des discussions sur les clades entiers et non pas
  uniquement sur les espèces individuelles.
• Les taxons microbiens ont un environnement
  préféré et sélectif.

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• Larbre obtenu a permis de tracer lhabitat
  préféré des organismes microbiens à travers le
  temps et aussi à quelle fréquence les lignées
  changent leurs environnements préférés.