Pr

1
Version 2.2 Septembre 2008 ESCI
2
Accès au modèle système terre et Analyse des
résultats

• IPSL - Pôle de modélisation du climat
• Le modèle système terre de IPSLCM4_v1 vers
  le ESM
• Principes retenus
• Fonctionnement simplifié de MODIPSL (SVN)
• Les nouveaux scripts basés sur libIGCM
• Les fichiers de résultats
• Le parallélisme
• Les simulations déjà réalisées
• NetCDF et les utilitaires nco, cdo

3
Les laboratoires et les tutelles
4
IPSL

• Fédération de 5 laboratoires - Observatoire des
  Sciences de lUnivers
• le Centre détude des Environnements Terrestre et
  Planétaires (CETP),
• le Laboratoire de Météorologie Dynamique (LMD)
• le Laboratoire dOcéanographie et du Climat
  Expérimentation et Approches Numériques (LOCEAN)
• le Laboratoire des Sciences du Climat et de
  lEnvironnement (LSCE)
• le Service dAéronomie (SA)
• 8 tutelles
• Centre National de la Recherche Scientifique
  (CNRS),
• Université Pierre et Marie Curie - Paris 6
• Université Versailles Saint-Quentin en Yvelines
• Commissariat à lEnergie Atomique (CEA)
• lInstitut de Recherche et Développement (IRD)
• Ecole Normale Supérieure
• Ecole Polytechnique
• Centre National dEtudes Spatiales (CNES).
• 800 personnes
• Projets fédératifs
• Pôle de modélisation du climat - 80 personnes -
  Pascale Braconnot

5
Pôle de modélisation

• Missions
• Fédérer les études multidisciplinaires
  (scientifiques ou techniques) faisant intervenir
  les composantes du modèle de l'IPSL
• Identifier et coordonner les simulations de
  références
• Fédérer et rationaliser les moyens, les
  développements techniques
• Animation scientifique
• Modèle climat
• Atmosphère
• Océan et glace de mer
• Surfaces continentales
• Cycle du carbone
• Chimie
• IPSLCM4_v2

• NEMO/OPA

• INCA

NEMO/TOP/PISCES
6
Conseil scientifique du pôle de modélisation
7
Contraintes liées aux différentes activités
scientifiques

• Tests sensibilité
• KE/Ti
• Flux eau
• Paleo
• ???

IPSL_CM4(IPCC)
IPSLCM4_v1
IPSL_CM4(IPCC)
Utilisation des sols Paléo végétation
Cycle du carbone (Pisces, flux de carbone,
transport carbone)
IPSL_CM4(loop)
Passage LMDZ4
Passage Versions // des modèles
IPSL_CM4(//)
Haute résolution
IPSLCM4_v2
IPSL_CM4(chimie-aérosols)
IPSL_ESM_V1
INCA
Nouvel exercice GIEC 2009
Evolution des composantes
IPSLCM5
Nouveau modèle
8
Historique des versions du modèle couplé

• IPSLCM4_v1 figé en juillet 2004 pour
  réalisations IPCC
• IPSLCM4_v1_OASIS3 - version recommandée jusquen
  juillet 2007
• Intègre LMDZ4 tag IPCC
• Résolutions 144x96x19 et 144X142x19 ajoutées pour
  essais
• Utilisation de OASIS3 (fichiers en NetCDF,
  compilation type PRISM)
• Utilisation de IOIPSL 2, version Fortran 90
• Peut tourner avec nouveaux scripts communs
  (libIGCM)
• IPSLCM4_LOOP - référence LOOP
• Ajout cycle du carbone stomate (ORCHIDEE),
  PISCES (OPA)
• Intègre LMDZ4
• IPSLCM4_v2 - version recommandée depuis juillet
  2007 -
• Nouveaux scripts (libIGCM)
• Modipsl, IOIPSL et CONFIG gérés sous svn/forge
• Trac pour wiki et suivi tickets
• Dernières versions LMDZ et Orchidee (inclus
  parallélisme)
• IPSL_ESM_V1, IPSLCM5 en cours
• Principes similaires, utilisables pour toute
  configuration

NEW
9
Energy, water cycle
Circulation, precip...
Evaporation, rivers...
SST, ice extent..
Vegetation, soil carbon
CO2
Carbon cycle
Biogeochemistry
DMS
NOx, O3
Iron
Chemistry, aerosols
Chemistry
Sea salt
10
Deux centres de calcul privilégiés IDRIS/CNRS et
CCRT/CEA
IDRIS/CNRS CCRT/CEA
Calculateur brodie.idris.fr NEC SX-8, été 2006 10 noeuds 80 processeurs mercure.ccc.cea.fr NEC SX-8R, nov 2006 8 noeuds 64 processeurs
Connexion brodie.idris.fr(filtrage par adresse) idefix1.saclay.cea.fr puis mercure.ccc.cea.fr
Compilation brodie (tx7) mercure (tx7)
Exécution brodie01-10 mercure10-17
Fichiers gaya fer
Post-traitement rhodes mercure (tx7)
Serveur DODS dods.idris.fr dods.extra.cea.fr/data/
Assistance-Support assist_at_idris.fr hotline.ccrt_at_cea.fr
01 69 35 85 55 01 69 26 66 66
www.idris.fr www-ccrt.ccc.cea.fr8000
11
Et sur mon poste de travail?
Calculateurs Serveur local, PC/Linux, Mac OSX, ...
CVS accès aux sources Tout système Unix-like
SVN accès aux sources A installer en plus du système de base. Voir http//subversion.tigris.org/ et packages
Compilateur Fortran 90 avec jeu doptions testées Compilateur sur tout système orienté calcul Compilateur conseillé g95 Compilateur gnu gfortran PGI pgf90 NAG f95 Intel ifort
Bibliothèque déchanges de messages pour coupleur Tout système orienté calcul parallèle MPI
Bibliothèque NetCDF 3.6.2 Tout système orienté calcul ou soi-même
Interface Fortran 90 NetCDF À compiler avec le même compilateur
Espace fichiers de stockage n Gigaoctets
Utilitaires nco, cdo Tout système orienté calcul climat
Python, Ferret Tout système orienté calcul
Assistance-Support Groupe ESCI
Retour dexpérience Apprécié
12
Historique des versions de référence du modèle
couplé IPSL depuis IPSLCM4_v1

• IPSLCM4_v1 LMDZ-ORCHIDEE-OASIS-ORCA-LIM-IOIPSL
  Cette version névolue plus.Base des
  réalisations pour IPCC
• IPSLCM4_LOOP LMDZ-ORCHIDEE (stomate)-OASIS-ORCA
  -LIM-PISCES-IOIPSL2
• IPSLCM4_v1_OASIS3 LMDZ4-ORCHIDEE-OASIS3-ORCA-LIM
  -IOIPSL2Cette version a évolué pour inclure
  LMDZ4, OASIS3, une troisième résolution pour LMDZ
  et a été portée sur brodie (SX-8 de lIDRIS) et
  mercure (SX-8R du CCRT). Elle névolue plus.
• IPSLCM4_v2 version en cours de validation
  finale, inclut toutes les évolutions récentes.
  Premier couplé avec LMDZ/ORCHIDEE parallèle
• IPSL_ESM_V1 première version du Earth System
  Model incluant ChimieLMDZ-ORCHIDEE-OASIS-ORCA-LI
  M-IOIPSL-INCA
• IPSLCM5
• En cours. Premier couplé avec NEMO.

NEW
13
Version de référence

• Chaque composante est validée en forcé par les
  personnes ad hoc
• tag fixé
• atlas sur les serveurs dods IDRIS et CCRT.
• Une expérience type est disponible (site
  http//mc2.ipsl.jussieu.fr)
• IPSLCM4_v1 2L24 (préindustrielle - base
  simulation IPCC), 2L20 (actuel)
• IPSLCM4_v2 CDT5v2CT (144x142)
• Poursuite de la démarche itérative
• Nouvelle étude
• Suivi des nouveautés
• Orchidee 1_9_2
• LMDZ4 avec parallélisme LMDZ4_V3_4
• Nouveaux scripts (libIGCM_v1)
• Configurations cohérentes en plus grand nombre
• LMDZ4INCA_v2, ORCA2LIM_v2, LMDZ4OR_v2
• IPSL_ESM_V1, IPSLCM5

14
Différentes composantes du modèle couplé
IPSLCM4_v2
Responsables ESCI
Information
Tag
Composante
72x45x19, 96x71x19, 144x96x19, 144x143x19
L. Fairhead
LMDZ4
LMDZ4_V3_4
M. Mancip
orchidee_1_9_2
ORCHIDEE
ipsl_cm4_v2
key_orca_r2 key_ice_lln
Équipe système OPA
ORCA_LIM
SVN
J. Bellier
v2_1_3
IOIPSL
A. Caubel et CERFACS
CPL
OASIS 3
Head
Compilation et fichiers dentrée
A. Caubel, MA Foujols et groupe CPLIPSL
IPSLCM4_v2
IPSLCM4_v2_2
Nouveaux scriptsexécution et post-traitements
S Denvil, P Brockmann, M Mancip
libIGCM
libIGCM_v1
NEW
15
Documentations

• Wiki Pôle http//forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg
• Accès sources SVN
• Accès aux tickets dincident
• Accès aux pages wiki
• Contrainte être inscrit dans le projet (demande
  aux administrateurs) pour pouvoir modifier wiki,
  tickets et sources.
• Compte commun climato/climato
• Machine commune de gestion des projets - Olivier
  Thauvin (SA)
• Wiki IPSL (intranet) http//wiki.ipsl.jussieu.fr
  /wiki_ipsl
• Wiki IPSLCM4_v2 http//forge.ipsl.jussieu.fr/igc
  mg/wiki/IPSLCM4_v2_PAR
• Documentation libIGCM (inclut exemple IPSLCM4_v2)
  http//forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki

16
Documentation forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg
WIKI
Sources SVN
Tickets
17
Principes (1/7)
ATMOSPHERE
18
Principes (2/7)
PROCESSUS de SURFACE
 DRIVER OFFLINE 
ORCHIDEE_OL
ORCHIDEE
LMDZ
19
Principes (3/7)
ORCHIDEE_OL
ORCHIDEE
LMDZ
20
Principes (4/7)
OCEAN
GLACE
TRACEUR
ORCHIDEE
21
Principes (5/7)
ORCHIDEE
LMDZ
OPA
LIM
TRC
22
Principes (6/7)
COUPLEUR CERFACS
ORCHIDEE
LMDZ
OPA
LIM
OASIS
23
Principes (7/7)
ORCHIDEE_OL
ORCHIDEE
LMDZ
OPA
LIM
TRC
OASIS
24

• Accès à modipsl (SVN) brodie ou mercure mkdir
  IPSLCM4_v2
• brodie ou mercure cd IPSLCM4_v2
• brodie ou mercure
• svn co http//forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modi
  psl/trunk modipsl

IPSLCM4_v2
modipsl
.svn
bin
util
modeles
lib
doc
tmp
config
25
IPSLCM4_v2

• Accès à modipsl (SVN) brodie ou mercure cd
  modipsl/util

modipsl
bin
modeles
config
doc
.svn
tmp
util
lib
26
1 - Id 2 -----------------------------------
---------------------------------- 3 -This file
is the definition file of the script "model". 4
------------------------------------------------
--------------------- 5 - Each model is defined
by 6 - (prefix -H-) model informations, 7 -
(prefix -M-) the email address of the model
manager, 8 - (prefix -C-) elements to extract
for the model, in the order 9 - name of the
component in the repository 10 - tag/revision
of the component 11 - index of the repository
in the server table 12 - installation path in
the local working directory 13 - local
working directory in modipsl 14 - (prefix -S-)
containing the control system and server
address. 15 - 16 - The tag "?" correspond to
the default model version. 17 - Invoking
"model" with -H overrides any tag with "?". 18
------------------------------------------------
--------------------- 19 - Repository
informations 20 - 21 -S- 1 cvs
anonymous_at_cvs.ipsl.jussieu.fr/home/ioipsl/CVSROOT
22 -S- 2 cvs sechiba_at_cvs.ipsl.jussieu.fr/home/
ssipsl/CVSREP 23 -S- 3 cvs lmdzbrowse_at_cvs.lmd.ju
ssieu.fr/home/cvsroot 24 -S- 4 cvs
opa_at_cvs.ipsl.jussieu.fr/home/opalod/CVSROOT 25
-S- 5 cvs nemo_at_cvs.ipsl.jussieu.fr/home/opalod/
NEMOCVSROOT 26 -S- 6 cvs inca_at_cvs.ipsl.jussieu.f
r/home/incaipsl/CVSROOT 27 -S- 7 svn
--username nemo_user http//forge.ipsl.jussieu.fr/
nemo/svn 28 -S- 8 svn http//forge.ipsl.jussieu.
fr/igcmg/svn 29 --------------------------------
----------------------------------
27

• -
• 87 -H- IPSLCM4_v2 IPSLCM4_v2 configuration
  with parallel LMDZ4 and ORCHIDEE
• 88 -H- IPSLCM4_v2 official release october
  2007
• 89 -H- IPSLCM4_v2 ORCA tag ipsl_cm4_v2
• 90 -H- IPSLCM4_v2 IOIPSL/src svn tags/v2_1_3
• 91 -H- IPSLCM4_v2 LMDZ4 tag LMDZ4_V3_4
• 92 -H- IPSLCM4_v2 ORCHIDEE tag orchidee_1_9_2
• 93 -H- IPSLCM4_v2 OASIS3 tag HEAD
• 94 -H- IPSLCM4_v2 IPSLCM4_v2 svn new scripts
  
• 95 -M- IPSLCM4_v2 arnaud.caubel_at_lsce.ipsl.fr
• 96 -C- IPSLCM4_v2 IOIPSL/tags/v2_1_3/src HEAD
  8 IOIPSL/src modeles
• 97 -C- IPSLCM4_v2 ORCHIDEE
  orchidee_1_9_2 2 . modeles
• 98 -C- IPSLCM4_v2 OASIS3 ?
  1 prism .
• 99 -C- IPSLCM4_v2 LMDZ4
  LMDZ4_V3_4 3 . modeles
• 100 -C- IPSLCM4_v2 CONFIG/tags/IPSLCM4_v2/IPSLC
  M4_v2_2 HEAD 8 IPSLCM4_v2 config
• 101 -C- IPSLCM4_v2 tags/libIGCM_v1
  ? 1 . .
• 102 -C- IPSLCM4_v2 OPA/SRC_ORCA
  ipsl_cm4_v2 4 . modeles
• 103 -C- IPSLCM4_v2 OPA/SRC_UCL
  ipsl_cm4_v2 4 . modeles

28

• Accès à MODIPSL (SVN)
• svn_ano cd modipsl/util
• Accès à IPSLCM4_v2
• brodie ou mercure ./model IPSLCM4_v2
• (la 1ère fois, voir Annexe 1 pour login
  et mots de passe)

IPSLCM4_v2
modipsl
bin
.svn
util
modeles
libIGCM
doc
tmp
config
prism
lib
IPSLCM4_v2
LMDZ4
UTIL
OPA
ORCHIDEE
CVS
IOIPSL
CPL
29

• Accès à MODIPSL (SVN)
• svn_ano cd modipsl/util
• Accès à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles
• brodie ou mercure ./ins_make

IPSLCM4_v2
modipsl
util
prism
modeles
lib
doc
bin
tmp
.svn
config
libIGCM

• AA_make.gdef

IPSLCM4_v2

• AA_make.ldef
• AA_make

Makefile
30

• Accès à MODIPSL (SVN)
• svn_ano cd modipsl/util
• Accès à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles ./ins_make
• Installation de lexpérience type
• brodie ou mercure Editer ../config/IPSLCM4_v
  2/EXP00/config.card
• Modifier JobName, JobNumProcTot,
  JobClass(Brodie)
• ./ins_job

IPSLCM4_v2
modipsl
libIGCM
lib
config
util
modeles
doc
bin
tmp
.svn
IPSLCM4_v2
AA_job
NEW
EXP00
Job_JobName
config.card
31

• Accès à MODIPSL
• svn_ano cd modipsl/util
• Accès à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles ./ins_make vi
  ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card
• Installation de lexpérience type (partie
  post-traitement) brodie ou mercure ./ins_job

IPSLCM4_v2
modipsl
NEW
libIGCM
config
modeles
AA_atlas_LMDZ AA_atlas_ORCHIDEE AA_atlas_ORCA_LIM
AA_create_ts AA_create_se
atlas_LMDZ.job atlas_ORCHIDEE.job atlas_ORCA_LIM.j
ob create_ts.job create_se.job
32

• Accès à MODIPSL (SVN) svn_ano cd modipsl/util
• Acces à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles ./ins_make
• Installation de lexpérience type
• vi ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card
• ./ins_job
• Compilation brodie ou mercure cd
  ../config/IPSLCM4_v2
• brodie ou mercure gmake

IPSLCM4_v2
modipsl
NEW
util
config
lib
doc
bin
tmp
.svn
IPSLCM4_v2
Makefile
33
Accès au modèle IPSLCM4_v2 (9/9)
IPSLCM4_v2

• Accès à MODIPSL (SVN) svn_ano cd modipsl/util
• Acces à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles ./ins_make
• Installation de lexpérience type
• vi ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card ./in
  s_job
• Compilation cd ../config/IPSLCM4_v2 gmake
  attention brodie
• Soumission du Job de lancement
• brodie ou mercure cd EXP00
• brodie ou mercure qsub Job_JobName

modipsl
config
IPSLCM4_v2
EXP00
Job_JobName
COMP
PARAM

• dynami.param
• gcm.def
• geogram.param
• inice.param
• namcouple
• namelist
• offline.def
• orchidee.def
• output.param
• physiq.def
• run.def
• run.param.li
• thermo.param

• lim.card
• lim.driver
• lmdz.card
• lmdz.driver
• oasis.card
• oasis.driver
• opa.card
• opa.driver
• orchidee.card
• orchidee.driver

34
Récupérer, compiler et lancer le modèle couplé
IPSLCM4_v2

• Accès à MODIPSL (SVN) svn co http//forge.ipsl.ju
  ssieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
• Acces à IPSLCM4_v2 cd modipsl/util ./model
  IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles ./ins_make
• Installation de lexpérience type (et
  post-traitements)
• Modifier JobName dans ../config/IPSLCM4_v2/EXP
  00/config.card
• ./ins_job
• Compilation cd ../config/IPSLCM4_v2 gmake
• Soumission du Job de lancement cd EXP00 qsub
  Job_JobName

35
Nouveaux scripts libIGCM
NEW

• Infrastructure commune cohérente de script
• libIGCM
• libIGCM/AA_job un script commun à toutes les
  configurations
• libIGCM/libIGCM_card, liBIGCM_comp,
  libIGCM_config, libIGCM_date, libIGCM_debug,
  libIGCM_post, libIGCM_sys.ksh des bibliothèques
  de fonctions en ksh utilisées par les jobs
• libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_brodie.ksh,
  libIGCM_sys_mercure.ksh, des fonctions
  système spécifique à chaque machine
• CARD
• Des couples de fichiers card et driver décrivent
  les fichiers et programment le fonctionnement de
  chaque composante dune configuration
• PARAM
• Des fichiers de paramètres des différentes
  composantes
• config.card
• une fiche descriptive dune configuration pour
  une simulation donnée
• run.card (run.card.init)
• Une fiche dinformation sur la simulation en
  cours dexécution

36
Script de référence libIGCM/AA_job
37
Schéma synoptique de la libIGCM
38
config.card UserChoices
1 2 This is config.card file for restart
with an NEW libIGCM simulation tree. 3 4

5 D-- Compatibility
- 6 Compatibility 7 libIGCM1.0 8 D--
UserChoices - 9 UserChoices 10
11 -- (lt8 chars
MAX for JobName) 12 JobNameLO1 13
LongName"SCRIPT_V1" 14 TagNameIPSLCM4_v2 15
16 -- leap,
noleap, 360d 17 CalendarType360d 18 -- Début
et fin de Job 19 -- "YYYY-MM-DD" 20
DateBegin1860-01-01 21 DateEnd1869-12-30 22
23 -- 1Y, 1M,
5D, 1D 24 PeriodLength1M 25

39
config.card Batch
25 26 -- PBS
Class (required on brodie mono/multi) 27
JobClassmono 28 JobClassmulti 29
30 -- Total
Number of Processors (minimum is 2 for a coupled
configuration) 31 JobNumProcTot2 32
JobNumProcTot4
40
config.card Composantes
33
34 D--
ListOfComponents - 35 ListOfComponents 36
D- For each component, Name of
component, Tag of component 37 ATM (lmdz,
LMDZ.4) 38 SRF (orchidee,
ORCHIDEE.1.9) 39 OCE (opa, OPA8.2) 40
ICE (lim, LIM.1) 41 CPL (oasis,
OASIS3) 42
43
D-- Executable - 44 Executable 45
Namerun_file 46 D- For each
component, Real name of executable, Name of
executable for oasis 47 ATM (gcm.e,
lmdz.x) 48 SRF ("", "") 49 OCE
(opa, opa.xx) 50 ICE ("", "") 51
CPL (oasis, oasis)
41
config.card Restarts
53
54 D-- Restarts
- 55 Restarts 56 D- If you want a GENERAL
RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y' 57
OverRulen 58 D- Last day of the experience
used as restart 59 RestartDate1869-12-30 60
D- Define restart simulation name (gt
JOB_OS) 61 RestartJobNameCD1 62 D- Path
Server Group Login (gt PSGL) 63
RestartPath/u/rech/ces/rces452/IGCM_OUT/IPSLCM4_
v1_OASIS3 64 Attention login depend de la
machine 66
67 D-- Post
- 68 Post 69 D- Do we rebuild parallel
output, this flag determines 70 D- frequency of
rebuild submission 71 RebuildFrequencyNONE 72
D- If you want to monitor variables, this flag
determines 73 D- frequency of post-processing
submission 74 MonitoringFrequencyNONE 75 D-
If you want to produce time series, this flag
determines 76 D- frequency of post-processing
submission 77 TimeSeriesFrequency10Y 78 D- If
you want to produce seasonal average, this flag
determines 79 D- the period of this average 80
SeasonalFrequency10Y
y pour un redémarrage depuis une autre simulation
Donner la date, le nom de la simulation et le
chemin daccès aux fichiers
42
config.card Post
53
54 D-- Restarts
- 55 Restarts 56 D- If you want a GENERAL
RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y' 57
OverRulen 58 D- Last day of the experience
used as restart 59 RestartDate1869-12-30 60
D- Define restart simulation name (gt
JOB_OS) 61 RestartJobNameCD1 62 D- Path
Server Group Login (gt PSGL) 63
RestartPath/u/rech/ces/rces452/IGCM_OUT/IPSLCM4_
v1_OASIS3 64 Attention login depend de la
machine 66
67 D-- Post
- 68 Post 69 D- Do we rebuild parallel
output, this flag determines 70 D- frequency of
rebuild submission 71 RebuildFrequencyNONE 72
D- If you want to monitor variables, this flag
determines 73 D- frequency of post-processing
submission 74 MonitoringFrequencyNONE 75 D-
If you want to produce time series, this flag
determines 76 D- frequency of post-processing
submission 77 TimeSeriesFrequency10Y 78 D- If
you want to produce seasonal average, this flag
determines 79 D- the period of this average 80
SeasonalFrequency10Y
43
config.card une composante type ATM
82
83 D-- ATM - 84
ATM 85 86 WriteFrequency"1M 1D HF" 87
If config_Restarts_OverRule 'n' all params are
read 88 Restart n 89 Last day of the
experience used as restart 90 RestartDate1999-12
-30 91 Define restart simulation name 92
RestartJobName2L18 93 RestartPathARCHIVE/p8
6denv/SORTIES_CPL_IPSL 94 Old component name
for restart (if empty, use new name) 95
OldName 96 97
98
D-- OCE - 99 OCE 100 WriteFrequency"1M
1D" 101 Restart n 102 -- Last day of the
experience used as restart 103 RestartDate1999-1
2-30 104 Define restart simulation name 105
RestartJobName2L18 106 RestartPathARCHIVE/p
86denv/SORTIES_CPL_IPSL 107 Old component name
for restart (if empty, use new name) 108 OldName
y pour un redémarrage ATMdepuis une autre
simulation
Donner la date, le nom de la simulation et le
chemin daccès aux fichiers
44
run.card le fichier de suivi
contient la date du run en cours ou du run en
attente last date of loop
.suivi Configuration last PREFIX OldPrefix
HVMPSTOI_00071231 Compute date of loop
.suivi PeriodDateBegin 0008-01-01 PeriodDateEnd
0015-12-31 CumulPeriod 2 State of Job "Start",
"Running", "OnQueue", "Completed" PeriodState
Running contient la trace des
executions PostProcessing postraitements
state .date PostState Start MonitoringRunnin
gn MonitoringCompleted TimeSeriesRunningn Time
SeriesCompleted SeasonalRunningn SeasonalComple
ted
45
run.card le fichier de suivi

• Log
• Executable Size
• LastExeSize ( 0, 13871536 )?
• CumulPeriod PeriodDateBegin PeriodDateEnd
  RunDateBegin RunDateEnd
  RealCpuTime UserCpuTime SysCpuTime ExeDate
• 1 18600101 18600130
  20060203_120003 20060203_130212 3049
  2895 135 ATM_Aug_2_1535-CPL
  _Aug_1_1628
• 2 18600201 18600230
  20060203_120003 20060203_130212 3065
  2959 125 ATM_Aug_2_1535-CPL
  _Aug_1_1628

46
Job_JobName
Initialisation des paramètres de batch (exemple
PBS)

• Définition de la mémoire limitePBS -l
  memsz_job4.0gb limite mémoire
• Définition du nombre de processeurs PBS -v
  PBS_NUM_PROC_TOTJobNumProcTot provient
  de config.card
• Définition des limites temps CPU
• Sur Brodie
• PBS -l cputim_job10000 limite en temps CPU
  pour lensemble du job
• Sur Mercure
• PBS -l elapstim_req10000 limite en temps
  réel elapsed pour lensemble du job

NEW
NEW
47
Job_JobName PBS tableau des classes IDRIS
brodie news class             -l cputim_job
(limite en temps CPU par job)
100000 ----------------------------
-------------------- (10H)

t2 t2L

TMPDIR lt 30Gb
TMPDIR lt 90Gb t2XL 20000
--------------------------------
(2H)
t1
t1L TMPDIR lt 90Gb

TMPDIR lt 30Gb TMPDIR lt 30Gb
03000 ----------------------
-------------------------- (1/2H)

t0 t0XL

TMPDIR lt
30Gb TMPDIR lt 90Gb
--------------------------------------------
-----gt 6Gb
10Gb 20Gb
-l memsz_job (limite memoire par job)
Susceptible de changement permanent
48
Job_JobName PBS tableau des classes IDRIS
brodie news class (suite)    

Classes multiprocesseurs (lt8) au sein
d'un noeud (MPI ou OpenMP)

Parametres NQSII a specifier PBS -q
multi PBS -l cpunum_jobltNprocgt Nombre de
processeurs (1 lt Nproc lt 8) -l
cputim_job (limite en temps CPU par job)
120000 ----------------- (12H)
p2t2
1
lt Nproc lt 2 TMPDIR lt 45Gb
10000 ----------------- (1H)
p2t1
1 lt
Nproc lt 2 TMPDIR lt 45Gb
-------------------gt -l memsz_job
(limite memoire par job)
15Gb
NEW
Susceptible de changement permanent
49
Job_JobName PBS tableau des classes IDRIS
brodie news class (suite)     -l
cputim_job (limite en temps CPU par job)
240000 ---------------------------
(24H)
p4t2
3
lt Nproc lt 4     
TMPDIR lt 90Gb 10000 -----------------
(1H)
p4t1

3 lt Nproc lt 4      
TMPDIR lt 45Gb
---------------------------gt -l memsz_job
15Gb 30Gb
-l cputim_job 240000 -------------------
-------- (24H)
p6t2

5 lt Nproc lt 6          
TMPDIR lt 90Gb 10000
--------------------------- (1H)

p6t1
5 lt Nproc lt 6
     TMPDIR lt 90Gb
-----------------------------gt -l
memsz_job
30Gb
NEW
  -l cputim_job  
480000 -----------------------------
(48H)
p8t2

7 lt Nproc lt 8
TMPDIR lt 300Gb
20000 ----------------------------- (2H)

p8t1

7 lt Nproc lt 8
TMPDIR lt 100Gb
----------------------------gt -l memsz_job
60Gb
Susceptible de changement permanent
50
Job_JobName PBS tableau des classes CCRT
NEW
mercure class QUEUE ACT TYPE CPU NODE
TIME MEM LIM/USER HOSTS test Oui Urgent 1
1 1h00 32G 8 2 mercure10,mercure11,,me
rcure17 prod Oui Normal 1 1 24h00 20G
- -(20) mercure10,mercure11,,mercure17 bigmem
Oui Normal 1 1 24h00 64G - -
mercure10,mercure11 bigtime Oui Normal 1 1
100h00 32G 3 -(1) mercure16,mercure17 testpara
Oui Urgent 8 8 30m00 52G 3 1
mercure10,mercure11,,mercure17 parallel Oui
Normal 8 1 24h00 32G - -
mercure10,mercure11,,mercure17 para8 Oui
Normal 8 4 24h00 52G - -
mercure10,mercure11,,mercure17 scalaire Oui -
1 1 24h00 8G 8 3 mercure
Susceptible de changement permanent
51
Job_JobName PBS Caractéristiques pour une
expérience de 1 mois ORCA2xLMD9671
NEW
Temps CPU
Mémoire
Temps écoulé
Plateforme
1200 à 1600 s
2.5 Gb (3.2 Gb 1er mois)
1200 à 1800 s
Brodie 2 procs
1600 à 1700 s
3.7 Gb (4.1 Gb 1er mois)
520 à 700 s
Brodie 4 procs
1000 à 1700 s
2.5 Gb (3.2 Gb 1er mois)
1100 à 1300 s
Mercure 2 procs
1000 à 1700 s
3.7 Gb (4.1 Gb 1er mois)
450 à 700 s
Mercure 4 procs
52
Job_JobName PBS_NUM_PROC_TOT
Lancement de LMDZ/ORCHIDEE sur plusieurs
processeurs

• Pour gagner en temps de restitution, il est
  possible de lancer LMDZ/ORCHIDEE sur plusieurs
  processeurs en parallèle.
• Cela est efficace sur les NEC tant que lon garde
  des domaines de taille suffisante pour garder la
  vectorisation efficace.
• A la résolution standard (96x71), il est
  recommandé dutiliser 4 processeurs en tout 3
  processeurs pour LMDZ/ORCHIDEE et 1 processeur
  quoasis et OPA se partagent.
• A préciser par le paramètre JobNumProcTot de
  config.card avant le lancement de la commande
  ins_job
• A changer dans les entêtes batch de Job_JobName
• Attention! Modifier aussi le paramètre PBS de la
  mémoire en conséquence.
• PBS -l memsz_job5.0gb

53
Job_JobName PeriodNb
Lancement de plusieurs périodes par job

• Pour éviter de lancer une foule de petits jobs
  qui reprennent la file dattente à
• chaque fois, il est possible de lancer en boucle
  n périodes par job.
• Le paramètre à modifier est dans Job_JobName (1
  par défaut)
• PeriodNb1
• Attention! Modifier le paramètre PBS du temps en
  conséquence.
• Définition des limites temps CPU
• Sur Brodie
• PBS -l cputim_job100000 limite en temps CPU
  pour lensemble du job
• Sur Mercure
• PBS -l elapstim_req100000 limite en temps
  réel elapsed pour lensemble du job

54
Job_JobName DRYRUN
Tests de lexpérience

• Pour tester une nouvelle expérience et ne lancer
  que certaines étapes de la
• simulation, il est possible par la variable
  DRYRUN de diminuer les actions
• lancées.
• Elle est positionnée à 0 par défaut.

55
Les utilitaires de post-traitement CCRT, IDRIS
IPSLCM4_v2

create_ts.job create_se.job Retour des
jobs là rhodes WORKDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/Jo
bName mercure SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/Jo
bName atlas_ORCA_LIM pour océan et glace de
mer atlas_LMDZ pour atmosphère atlas_ORCHIDEE
pour surfaces continentales Les atlas sont
basés sur ferret et sur fast http//dods.ipsl.ju
ssieu.fr/fast/
modipsl
libIGCM

• create_ts
• create_se
• atlas_...

56
Flux des données (1/6)

• Un fichier descriptif par composante (par ex
  opa.card)
• Fichiers dentrée texte (namelist)
• Fichiers dentrée binaires
• conditions initiales
• conditions limites (bathymetry)
• Exécutable (opa.xx)
• Fichiers de sorties binaires (netCDF)
• Fichiers de sorties texte (ocean.output)
• Fichiers de redémarrage (restart.nc)

57
Flux des données (2/6)
UserChoices OPA_NPDT_JOURS15 InitialStateFile
s List ()? BoundaryFiles List ()? ListNonDel
(R_BC/OCE/config_UserChoices_TagName/RESO
L_OCE/LEVITUS_1m_Temperature_Pot_Ice_nomask.nc,
.), \ (R_BC/OCE/config_UserChoices_TagNa
me/RESOL_OCE/runoff_1m_nomask.nc,
.)? ParametersFiles List (SUBMIT_DIR/PARAM/
namelist_RESOL_OCE, namelist)? RestartFiles
List (config_UserChoices_JobName_PeriodDateE
nd_restart.nc, restart.nc, orcaini.nc)? Output
Text List (ocean.output, opa.xx.prt,
solver.stat, ftrace.out.2.0)?
58
Flux des données (3/6)
OutputFiles List (PREFIX_NWRITE_DATE_OPA_
grid_T.nc, R_OUT_OCE_NWRITE/PREFIX_WF1_gr
id_T.nc, Post_1M_grid_T),\ (PREFIX_NWRITE_DA
TE_OPA_diaznl.nc, R_OUT_OCE_NWRITE/PREFIX_
WF1_diaznl.nc, Post_1M_diaznl),\ (PREFIX_NWRI
HF_DATE_OPA_grid_V.nc, R_OUT_OCE_NWRIHF/P
REFIX_WF2_grid_V.nc, NONE)? Post_1M_grid_T
Patches ()? GatherWithInternal (nav_lon,
nav_lat, deptht, time_counter)? MonitoringVars
(sosstsst, sossheig, sohefldo, sowaflup,
sosaline, soicecov)? TimeSeriesVars (iowaflup,
sohtc300, sohefldo, soicecov, somxl010, sorunoff,
sosaline, sossheig, sosstsst, sowaflep, sowaflcd,
sowaflup)? Post_1M_diaznl Patches
()? GatherWithInternal (lon, lat, deptht,
time_counter)? MonitoringVars (sozonfha,
sozonfhd, sozonfhe)? TimeSeriesVars (zotempeg,
zotempea, zosaling, zosalina, sozonfha, sozanfha,
sozonfhd, sozanfhd, sozonfhe, sozanfhe, sozonfhg,
sozanfhg, sozonfho, sozanfho, sozonfsd, sozanfsd,
sozonfsg, sozanfsg, sozonfso, sozanfso)?
59
Flux des données (4/6) OPA LIM
OPA LIM
60
Flux des données (5/6) OASIS
grids.nc masks.nc areas.nc wa2o.flx wa2o.run wa2o.
cal wo2a.tsg

cf_name_table.txt namcouple _ORCA2xLMD9671_ORCA2x
LMD7245
OASIS3
61
Flux des données (6/6) LMDZ ORCHIDEE

LMDZ ORCHIDEE
62
Nomenclature des noms des fichiers de sortie
Output, Analyse, Debug, JobName_PeriodDateB
egin_PeriodDateEnd_XX_NomFichier Output/DA et
Analyse/TS_DA XX 1D Output/MO et
Analyse/TS_MO XX 1M Analyse/SE
JobName_SE_PeriodDateBegin_PeriodDateEnd
_NomFichier Restart JobName_PeriodDateEnd
_NomFichier
63
Arborescence sur serveur fichiers
IPSLCM4_v2
rhodes cd HOMEGAYA/IGCM_OUT mercure cd
DMFDIR/IGCM_OUT
JobName
SRF
OCE
CPL
Exe
ATM
ATLAS
ICE
Out
Restart
Analyse
Output
Debug
SE_1860_1969
TS_DA
SE
TS_MO
OCE_TUVW
SRF
ATM
ICE
INS
DA
HF
MO
64
Arborescence sur serveur fichiers
-- ICE -- Analyse
-- SE -- TS_MO
-- Debug -- Output
-- MO -- Restart --
MONITORING -- OCE --
Analyse -- SE
-- TS_MO -- Debug --
Output -- DA --
MO -- Restart -- Out
-- SRF -- Analyse
-- SE -- TS_MO --
Debug -- Output --
MO -- Restart
rhodes cd HOMEGAYA mercure cd
DMFDIR IGCM_OUT/ -- IPSLCM4_v2 -- JobName
-- ATLAS -- ATM --
Analyse -- SE
-- TS_DA -- TS_HF
-- TS_MO -- Debug --
Output -- DA --
HF -- MO --
Restart -- CPL -- Analyse
-- SE -- Debug
-- Output -- MO
-- Restart -- Exe
65
mc2.ipsl.jussieu.fr
66
mc2.ipsl.jussieu.fr/simules.html
67
mc2.ipsl.jussieu.fr/testing.php?expVV20
Time Series Utilitaire Répertoire gaya Lancement Dods IDRIS dods.ipsl.jussieu.fr Dods IPSL dods.ipsl.jussieu.fr/mc2ipsl/calculo/ Nouveaux scripts
1xYearly 1 fichier par variable create_ts_ye Atm/Analyse/TS_YE À la main OK_DODS_MO2STn Atm/TS_YE Synchro IPSL (SD) Pas encore
1xMonthly idem create_ts Atm/Analyse/TS OK_POST_MO2STn OK_DODS_MO2STn Atm/TS Synchro IPSL (SD) Oui Atm/TS_MO
1xDaily idem create_ts Atm/Analyse/DA2TS A la main OK_DODS_MO2STn Atm/DA Synchro IPSL (SD) Oui Atm/TS_DA
4xDaily idem create_ts Atm/Analyse/HF2TS A la main OK_DODS_MO2STn Atm/HF Synchro IPSL (SD) Oui Atm/TS_HF
68
mc2.ipsl.jussieu.fr/testing.php?expVV20
Seasonnal cycle Util Répertoire gaya Lancement Dods IDRIS dods.ipsl.jussieu.fr Dods IPSL dods.ipsl.jussieu.fr/mc2ipsl/calculo/ Nouveaux scripts
MO2SE base atlas, 1 fichier, 12 mois, moyenne 10 ans mo2se Atm/Analyse/MO2SE OK_POST_SEy Toujours Atm/MO2SE Synchro IPSL (SD) Oui Atm/MO2SE
MO2YE 1 fichier 1 moyenne annuelle mo2ye Atm/Analyse/MO2YE OK_POST_MO2YEy OK_DODS_MO2YEy Atm/MO2YE Non Pas encore
MO2SN mo2sn Atm/Analyse/MO2SN OK_POST_MO2SNy OK_DODS_MO2SNy Atm/MO2SN Non Pas encore
69
mc2.ipsl.jussieu.fr/testing.php?expVV20
Utilitaire Répertoire gaya Lancement Dods IDRIS dods.ipsl.jussieu.fr Dods IPSL dods.ipsl.jussieu.fr/mc2ipsl/calculo/ Nouveaux scripts
Monitoring create_ts More/Monit/WWW/Monitoring OK_POST_monitoringy toujours Monitoring Synchro IPSL (SD) Pas encore
Atlas mo2ye More/Atlas/WWW/VV20/SE_1860_1869 OK_POST_ATAS_SEy toujours SE_1860_1869 Synchro IPSL (SD) Oui Atm/MO2SE
Ocean additionals mo2sn More/Atlas/WWW/VV20/Images A la main TKE2.job Toujours (si dispo) Images Synchro IPSL (SD) Pas encore
70
(No Transcript)
71
(No Transcript)
72
(No Transcript)
73
(No Transcript)
74
Accès direct aux fichiers sur les serveurs SVN et
CVS
MODIPSL
brodie ou mercure svn co http//forge.ipsl.juss
ieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
IOIPSL
brodie ou mercure svn co http//forge.ipsl.juss
ieu.fr/igcmg/svn/IOIPSL/trunk/src src
Création du répertoire ./.svn
CPL
brodie ou mercure cvs dpserveranonymous_at_cvs.i
psl.jussieu.fr/home/ioipsl/CVSROOT login
                                                  
                                                  
            (passwdanonymous)
OPA
brodie ou mercure cvs d pserveropa_at_cvs.ipsl.j
ussieu.fr/home/opalod/CVSROOT login

(passwdopa2000)
brodie ou mercure cvs d pserverlmdzbrowse_at_pia
f.lmd.jussieu.fr/users/lmdz/cvsroot login
(passwdlmdzb2000)
LMDZ
brodie ou mercure cvs d pserversechiba_at_cvs.ip
sl.jussieu.fr/home/ssipsl/CVSREP login
(passwdipsl2000)
ORCHIDEE
Création du fichier HOME/.cvspass
75
Annexe 2Caractéristiques dun fichier netCDF
Auto descriptif Portable à Accès direct
Modifiable Partageable
Le fichier contient linformation sur les
variables contenues
Fichiers accessibles par des machines ayant des
modes différents de stockage des entiers, des
caractères et des nombres à virgules flottantes
Possibilité daccéder à une donnée sans avoir à
parcourir lensemble des données qui la précède
Possibilité dajouter des données dans un fichier
Possibilité davoir simultanément un accès en
écriture et plusieurs accès en lecture
76
Structure du fichier netCDF En-tête

• Informations sur les dimensions
• Informations sur les attributs
• (voir conventions CF)
• Informations sur les attributs des
• variables
• ( sans leurs valeurs)
• (voir conventions CF)

dimensions lon 72 lat 46
presnivs 19 time_counter
UNLIMITED // (1 currently)
// global attributes
Conventions "GDT 1.3"
file_name "histmth.nc"
production "An IPSL model"
TimeStamp "2003-MAR-05 103738 GMT0100"
associate_file "dyn_hist_ave.nc
dynzon.nc histhf.nc histmth.nc sechiba_out.nc
cpl_atm_tauflx.nc cpl_atm_sst.nc"
variables float lon(lon)
lonunits "degrees_east"
lonvalid_min -180.f
lonvalid_max 175.f
lonlong_name "Longitude"
lonnav_model "Default grid" float
lat(lat) latunits
"degrees_north" latvalid_min
-90.f latvalid_max 90.f
latlong_name "Latitude"
latnav_model "Default grid"
float presnivs(presnivs)
presnivsunits "mb"
presnivspositive "unknown"
presnivsvalid_min 388.2433f
presnivsvalid_max 100426.5f
presnivstitle "presnivs"
presnivslong_name "Vertical levels" float
time_counter(time_counter)
time_counterunits "seconds since 1979-01-01
000000" time_countercalendar
"360d" time_countertitle
"Time" time_counterlong_name
"Time axis" time_countertime_or
igin " 1979-JAN-01 000000" float
tsol(time_counter, lat, lon)
tsolunits "K"
tsolmissing_value 1.e20f
tsolvalid_min 1.e20f
tsolvalid_max -1.e20f
tsollong_name "Surface Temperature"
tsolshort_name "tsol"
tsolonline_operation "ave(X)"
tsolaxis "TYX"
tsolinterval_operation 1800.f
tsolinterval_write 2592000.f
tsolassociate "time_counter nav_lat nav_lon"
ncdump -h COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc
77
Structure du fichier netCDF - Données

• données de taille fixe
• données de taille variable

data tsol 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 248.3489,
248.3532, 248.3445, 248.003, 247.5628, 247.1862,
246.7824,
78
Utilitaires netCDF - ncgen -
ncgen génère un fichier netCDF ou un
programme C ou FORTRAN permettant de créer un
fichier netCDF. Si aucune option nest spécifiée
lors de linvocation de ncgen, le programme se
limite à vérifier la syntaxe de lentrée CDL
produisant des erreurs lors de la violation de
la syntaxe
79
Utilitaires netCDF - ncgen -
Syntaxe UNIX ncgen -b -o netcdf-file
-c -f -n input-file
-b Créée un fichier (binaire) netCDF. Si
loption  -o  est absente un nom par
défaut sera construit à partir du nom netCDF
(spécifié après le mot clef netcdf) en y
ajoutant lextension  .nc  ATTENTION si un
fichier portant ce nom existe, il sera écrasé. -o
netcdf-file spécifie le nom du fichier créé.
Si cette option est présente, elle implique la
présence de loption  -b . -c Génère un
code source en C qui va créer un ficier netCDF
correspondant à la spécification netCDF. Le
code source est écrit sur la sortie standard.
Ce nest utile que pour des fichiers CDL
relativement petits, du fait que toutes les
données sont incluses dans les variables
dinitialisation du programme généré.
80
Utilitaires netCDF - ncgen -
-f Génère un code source en FORTRAN qui va
créer un fichier netCDF correspondant à la
spécification netCDF. Le code source est écrit
sur la sortie standard. Ce nest utile que pour
des fichiers CDL relativement petits, du
fait que toutes les données sont incuses dans
les variables dinitialisation du programme
généré. -n Cette option est dépréciée. Fonctio
nne selon le même principe que loption  -b 
sauf que lextension est  .cdf . Cette option
nest supportée que pour assurer la compatibilité
ascendante.
81
Utilitaires netCDF - ncdump -

• ncdump génère sur la sortie standard une
  représentation textuelle CDLdun ensemble de
  meta-données netCDF avec la possibilité dexclure
  toutou partie de données variables.
• La sortie de ncdump doit pouvoir servir dentrée
  à ncgen
• ncdump et ncgen peuvent donc être utilisées
  comme fonctions inverses
• pour passer dune représentation textuelle à une
  représentation binaireet inversement.ncdump
  peut être aussi simplement utilisée pour explorer
  les fichiersnetCDF dans le but dafficher
• les noms et longueurs des dimensions
• les noms, types et formes des variables
• les noms et valeurs des attributs
• et optionnellement les valeurs des données pour
  les variables dun fichier netCDF

82
Utilitaires netCDF - ncdump -
Syntaxe UNIX ncdump -c -h -v var1,
-b lang -f lang-l len -p fdig, ddig
-n name input-file
-c affiche les valeurs des variables
coordonnées ainsi que les déclarations detoutes
les dimensions, variables, et attributs des
valeurs.La valeur des données des variables non
coordonnées ne sont pas affichées. Cette option
et la plus adaptée pour une rapide visualisation
de la structure etdu contenu dun ensemble de
données netCDF -h affiche seulement
linformation den-tête. Cest à dire seulement
les déclarationsdes dimensions, variables et
attributs dun fichier mais pas les valeursdes
variables. Le résultat de lutilisation de cette
option est identique à celuide loption  -c  à
lexception du fait que les valeurs de variables
coordonnéesne sont pas incluses.
83
Utilitaires netCDF - ncdump -
-v var1, le résultat va inclure la valeur des
données des variables spécifiées,en plus des
déclarations des dimensions, variables et des
attributs.Une liste dune ou plusieurs
variables, séparées par des virgules,doit être
spécifiée à la suite de loption. La liste doit
représenter un seulargument pour loption. Elle
ne doit donc pas contenir de blanc ou
autrecaractère espace.Les noms des variables
indiquées doivent effectivement exister dans
lefichier dentrée netCDF.Par défaut, en
labsence de cette option et en labsence des
options -c  ou  -h  les valeurs des données
de toutes les variables sontaffichées.
84
Utilitaires netCDF - ncdump -
-b lang une brève annotation, au format CDL
(texte commencant par les caractères//) sera
incluse dans la section des données à laffichage
pour chaque ligne de données afin didentifier
les valeurs des données des variables
multi-dimensionnelles.Si lang débute avec la
lettre C ou c les conventions du langage C
seront utilisées (indices basés sur zéro et
dernière dimension variant la plus vite)Si lang
débute avec la lettre F ou f, les convention
du langage FORTRAN seront utilisées (indices
basés sur un et première dimension variant la
plus vite) - f lang Même principe que
précédemment à lexception que lannotation sera
complète. - l len Change la valeur par défaut
de la longueur dune ligne à laffichage(80
caractères)
85
Utilitaires netCDF - ncdump -
-p float_digits,double_digits spécifié la
précision par défaut (nombre de chiffre
significatifs) à utiliser lors de laffichage des
valeurs des données, double précision ou
flottant, des attributs et des variables. Si
spécifiée, cette valeur surchage la valeur de
lattribut C_format, sil existe, dune
variable. Les flottants seront affichés avec
float_digits pour les nombres significatifs. Si
le champ double_digits est aussi spécifié, les
valeurs en double précision seront affichées avec
le nombre de chiffres significatifs
correspondant. En labsence de loption  -p 
les valeurs par défaut de la précision sont
respectivement 7 et 15 pour les flottant et la
double-précision. La précision requise influe sur
la taille du fichier CDL. Si les deux champs sont
spécifiés, ils doivent être séparés par une
virgule et apparaître comme un seul argument pour
loption (pas de blancs).
86
Utilitaires netCDF - ncdump -
- n name CDL requière un nom pour un ensemble
de données netCDF afin dêtre utilisé par
 ncgen b  pour la génération du nom par défaut
dun ensemble de données netCDF.
Par défaut ncdump construit ce nom à partir du
dernier champ du nom de lensemble des
données netCDF dentrée, en y enlevant toute
extension. Loption  -n  sert à spécifier
un autre nom. Même si le nom du fichier de
sortie utilisé par  ncgen b  peut être
spécifié, il est préférable - dutiliser
ncdump pour changer le nom par défaut afin
déviter décraser un ensemble de données
netCDF lors de lutilisation de ncdump. -
déditer le fichier CDL résultant - et
dutiliser  ncgen b  pour générer un ensemble
de données netCDF à partir du fichier CDL
édité.
87

• Utilitaires netCDF
• ncdump -
• ncgen -

rhodes cd HOMEGAYA/IGCM_OUT/IPSLCM4_V2/COURS/
ATM/Output/MO mercure cd DMFDIR/IGCM_OUT/IPSL
CM4_V2/COURS/ATM/Output/MO rhodes ou mercure
ncdump -h COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc
rhodes ou mercure ncdump -h COURS_1m_19790101_19
790130_histmth.nc gt toto rhodes ou mercure
ncdump -c COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc gt
tata rhodes ou mercure diff toto tata rhodes ou
mercure \rm f toto tata
Affiche sur la sortie standard les valeurs des
variables coordonnées
88

• Utilitaires netCDF
• ncdump -
• ncgen -

rhodes ou mercure ncdump p15 b
fCOURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc
gtCOURS_1m_19790101_19790130.cdl rhodes ou
mercure emacs COURS_1m_19790101_19790130.cdl
rhodes ou mercure ncgen o COURS_1m_19790101_1
9790130.ncCOURS_1m_19790101_19790130.cdl
89

• Utilitaires nco
• ncrcat -

ncrcat -A -C -c -D dbg -d
dim,min,max,stride -F -h -l
path -n loop -O -p path -R -r -v
var, -x input-files output-files ncrcat
concatène des variables enregistrées parmi un
nombre arbitraire de fichiers d'entrée. La
dimension du fichier netCDF de sortie est par
défaut la somme des dimensions des fichiers
netCDF dentrée. Les fichiers d'entrée peuvent
avoir des tailles différentes mais tous doivent
avoir des dimensions spécifiées.
Lenregistrement des coordonnées doit avoir la
même syntaxe.
90

• Utilitaires nco
• ncrcat -

ncrcat v tsol COURS_1m_197901-901_197901-930_
histmth.nc COURS_1m_197910-201_197910-230_hist
mth.nc COURS_1m_198801-901_198801-930_histmth.
nc COURS_1m_198810-201_198810-230_histmth.nc C
OURS_1m_19790101_19880130_TSOL.nc
91

• Utilitaires nco
• ncra -

ncra -A -C -c -D dbg -d
dim,min,max,stride -F -h -l
path -n loop -O -p path -R -r -v
var, -x -y op_typ input-files
output-files ncra