Service Commun en Biologie

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Service Commun en Biologie
Le SERCOBIO, dirigé par Fabrice Martin-Laurent,
lie par une convention l INRA, l Université de
Bourgogne, lINSERM, le CNRS et lENSAD. Cette
structure gère l investissement déquipements
lourds ainsi que leur mise en place et leur
fonctionnement dans le cadre de services communs.
Le SERCOBIO gère actuellement trois services
commun ?Centre de Microscopie CMAB (Claude
Imbert) SCME (Silvio Gianinazzi) ?Service
Commun en Cytométrie de Flux (Anabelle
Legrand) ?Service Commun de Séquençage et de
Génotypage (Laurent Philippot)
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Service de Séquençage et de Génotypage
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Service de Séquençage et de Génotypage

• Le SSG c est quoi?
• ?Dernier service commun du SERCOBIO (début de
  laventure décembre 2000)
• Le SSG sert à quoi?
• ?réalisation de séquences nucléotiques d ADN
• ?analyse de fragments d ADN pour le génotypage
• ?quantification de gènes (PCR quantitative)
• ?utilisation de filtres et puces à ADN
  (détection/transcription de gènes)
• ?développement de techniques nouvelles d études
  des acides nucléiques
• ?participation à l enseignement et à la
  formation permanente

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Service de Séquençage et de Génotypage
Le SSG c est qui? Intervenants du Campus
Universitaire Dijonnais? Laboratoire de
Malherbologie, INRA?Station de Génétique et
dAmélioration des Plantes, INRA?UMR 692,
INRA-UB, Laboratoire Phytopharmacie?UMR
BBCE-IPM, INRA-UB, ?UMR CNRS5561, CNRS-UB,
Laboratoire dEcologie et dEvolution?UMR MGS,
Laboratoire de Microbiologie et Géochimie des
Sols? CESG Intervenants  extérieurs  ?CHU,
Faculté de Médecine, Laboratoire de Génétique
moléculaire?Promogène (start up hébergée par
l Unité INSERM dirigé par Mr Solari)
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Service de Séquençage et de Génotypage

• Le SSG c est quoi pour l instant?
• un séquenceur/génotypeur (Beckman, CEQ2000XL,
  2000)
• deux séquenceurs/génotypeurs de type LICOR (2003,
  2004)
• un lecteur de microarrays Affimetrix (juin 2002)
• une PCR quantitative ABI7900
• Le SSG ce sera quoi à l avenir?
• ? 2005 un robot pipeteur
• ? 2006 un robot extracteur

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Service de Séquençage et de Génotypage
Les techniques de génotypage ? T-RFLP (Terminal
Restriction Fragment Length Polymorphism)?
Marqueurs micro-satellites (pool-plexage)? AFLP
(Amplified Fragment Length Polymorphism Analysis)
? A-RISA (Ribosomal Intergenic Spacer
Analysis)? Marqueur SNP (Single Nucleotide
Polymorphism) ? Tilling Les techniques
quantitatives ? PCR quantitative SYBRGreen et
TaqMan ? Lecture de puces à ADN
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Service de Séquençage et de Génotypage

• Comment ça marche ?
• réservation du séquenceur en ligne via le site
  web SERCOBIO
• mise en route, maintenance et gestion des
  appareils assurés par D BRU (AI MGS),
• ? préparation des échantillons, lancement de
  l analyse, analyse et/ou transfert des données
  assurés par l utilisateur,
• Le coût du fonctionnement du séquenceur/génotypeur
  SSG ?
• ? un abonnement de 250 (HT)/an,
• ? un coût de 2,30 (HT) par séparation soit
  18,40 (HT) pour 8 échantillons,
• ?analyse LICOR coût fonction longueur du gel,

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Service de Séquençage et de Génotypage

• Quelle perspective pour le SSG ?
• vers une plateforme RIO réponse appel offre
• Localisation dans le bâtiment CMSE