Nicolas Jacq, jacqclermont'in2p3'fr

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Soumission de jobs sur EGEE

• Nicolas Jacq, jacq_at_clermont.in2p3.fr
• Laboratoire de Physique Corpusculaire, CNRS/IN2P3
• IUT dAurillac, licence bioinformatique
• 23/11/2005

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Plan

• Ordonnanceur de taches (Workload Management
  System)
• Soumission de Job sur EGEE
• Le cycle de vie du job
• Préparation dun job
• Exemple de base
• Langage de description des jobs (JDL)
• Job soumission et contrôle
• Autres fonctions et divers

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Le WMS

• Les utilisateurs soumettent leur jobs via le
  Workload Management System
• Le but du WMS est dordonnancer, distribuer et
  manager les ressources dune grille de calcul.
• Il permet aux utilisateurs de
• Soumettre leur jobs
• Les exécuter
• Connaître leurs statuts
• Récupérer les sorties
• Le WMS essaye doptimiser lutilisation des
  ressources de la grille
• Ainsi que dexécuter les jobs aussi vite que
  possible

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Sous-ensembles du WMS

• Le WMS est composé de différentes parties
• User Interface (UI) point dentrée pour les
  utilisateurs
• Resource Broker (RB) lordonnanceur,
  responsable de trouver LA meilleure ressource où
  le job pourra être exécuté
• Job Submission Service (JSS) Le système de
  soumission
• Information Index (BDII) Un serveur qui
  collecte les informations sur létat de la grille
  pour approvisionner le RB en information.
• Logging and Bookkeeping services (LB) Base de
  données sur létat des jobs

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Job Submission Scenario
Replica Location Service (RLS)
Information System (IS)
Resource Broker (RB)
Storage Element (SE)
Logging Bookkeeping (LB)
Job Submission Service (JSS)
Computing Element (CE)
6
A Job Submission Example
Job Status
submitted
Replica Location Service (RLS)
Information System (IS)
Resource Broker (RB)
Storage Element (SE)
Logging Bookkeeping (LB)
Job Submission Service (JSS)
Computing Element (CE)
7
A Job Submission Example
Job Status
submitted
Replica Location Service (RLS)
Information System (IS)
Resource Broker (RB)
Storage Element (SE)
Logging Bookkeeping (LB)
Job Submission Service (JSS)
Computing Element (CE)
8
A Job Submission Example
Job Status
submitted
Replica Location Service (RLS)
Information System (IS)
waiting
Resource Broker (RB)
Storage Element (SE)
Job Status
Logging Bookkeeping (LB)
Job Submission Service (JSS)
Computing Element (CE)
9
A Job Submission Example
Job Status
submitted
Replica Location Service (RLS)
Information System (IS)
waiting
ready
scheduled
Resource Broker (RB)
running
Storage Element (SE)
BrokerInfo
Job Status
Logging Bookkeeping (LB)
Job Submission Service (JSS)
Computing Element (CE)
10
A Job Submission Example
Job Status
submitted
Replica Location Service (RLS)
Information System (IS)
waiting
ready
scheduled
Resource Broker (RB)
Storage Element (SE)
Logging Bookkeeping (LB)
Job Submission Service (JSS)
Computing Element (CE)
11
A Job Submission Example
Job Status
submitted
Replica Location Service (RLS)
Information System (IS)
waiting
ready
scheduled
Resource Broker (RB)
Storage Element (SE)
Logging Bookkeeping (LB)
Job Submission Service (JSS)
Computing Element (CE)
12
A Job Submission Example
Job Status
submitted
Replica Location Service (RLS)
Information System (IS)
waiting
ready
scheduled
Resource Broker (RB)
running
Storage Element (SE)
Logging Bookkeeping (LB)
Job Submission Service (JSS)
Computing Element (CE)
13
A Job Submission Example
Job Status
submitted
Replica Location Service (RLS)
Information System (IS)
waiting
ready
scheduled
Resource Broker (RB)
running
Storage Element (SE)
done
Logging Bookkeeping (LB)
Job Submission Service (JSS)
outputready
Output Sandbox
Computing Element (CE)
14
A Job Submission Example
Job Status
submitted
Replica Location Service (RLS)
Information System (IS)
waiting
ready
scheduled
Output Sandbox
Resource Broker (RB)
running
Storage Element (SE)
Job Status
done
Logging Bookkeeping (LB)
Job Submission Service (JSS)
outputready
Computing Element (CE)
cleared
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Préparation dun job

• Pour pouvoir soumettre un job on doit
• Donner une description de celui-ci
• Quel programme?
• Quelles données?
• Quels softs, quels OS, quels besoins spécifiques
• Avoir un programme autant que possible
• Exécutable sur une plate-forme inconnue
• Portable autant que possible
• Sans liens absolus, path spécifiques et autres
  liens  rigides  (comme le fait dutiliser HOME
  dans le  code )
• Avoir des données entrantes (pas nécessaires)

16
Comment faire un Job Description

• Version minimale ( mytest.jdl)
• On spécifie ici
• Le programme et ses arguments
• On définie les STDOUT et STDERR
• On dit que faire des outputs

Executable /bin/echoArguments
BonjourStdError stderr.logStdOutput
stdout.logOutputSandbox stderr.log,
stdout.log
17
Exemple de Job Soumission

• Créer un proxy grid-proxy-init
• Entrer son mot de passe de certificat
• On récupère un proxy
• Soumet le job edg-job-submit mytest.jdl
• Et on récupère du système un identifiant de job
  unique (JobId)
• Requête de status edg-job-status JobId
• Pour émettre une requête au système de LB afin
  de connaître létat du job
• Quant le job entre dans létat OutputReady on
  peut récupérer les output edg-job-get-output
  JobId
• Et le système retourne le nom dun répertoire
  temporaire (sur lUI) ou se trouvent nos fichiers
  de sortie

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La soumission

• fokke_at_mu7 hello grid-proxy-init
• Your identity /Odutchgrid/Ousers/Osara/CNFokk
  e Dijkstra
• Enter GRID pass phrase for this identity
• Creating proxy ...................................
  .. Done
• Your proxy is valid until Tue Jun 1 221146
  2004
• fokke_at_mu7 hello edg-job-submit mytest.jdl
• Selected Virtual Organisation name (from UI conf
  file) tutor
• Connecting to host mu3.matrix.sara.nl, port 7772
• Logging to host mu3.matrix.sara.nl, port 9002
• 
  
• JOB SUBMIT OUTCOME
• The job has been successfully submitted to the
  Network Server.
• Use edg-job-status command to check job current
  status. Your job identifier (edg_jobId) is
• - https//mu3.matrix.sara.nl9000/Nz6PWWJCjtT7YY3
  PJWDu5Q

JobId
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Connaître le statut

• fokke_at_mu7 hello edg-job-status
  https//mu3.matrix.sara.nl9000/Nz6PWWJCjtT7YY3PJW
  Du5Q
• 
  
• BOOKKEEPING INFORMATION
• Status info for the Job https//mu3.matrix.sara.
  nl9000/Nz6PWWJCjtT7YY3PJWDu5Q
• Current Status Done (Success)
• Exit code 0
• Status Reason Job terminated successfully
• Destination mu6.matrix.sara.nl2119/jobman
  ager-pbs-long
• reached on Tue Jun 1 081425 2004
• 
  

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Récupérer les sorties

• fokke_at_mu7 hello edg-job-get-output
  https//mu3.matrix.sara.nl9000/Nz6PWWJCjtT7YY3PJW
  Du5Q
• Retrieving files from host mu3.matrix.sara.nl (
  for https//mu3.matrix.sara.nl9000/Nz6PWWJCjtT7YY
  3PJWDu5Q )
• 
  
• JOB GET OUTPUT OUTCOME
• Output sandbox files for the job
• - https//mu3.matrix.sara.nl9000/Nz6PWWJCjtT7YY3
  PJWDu5Q
• have been successfully retrieved and stored in
  the directory
• /tmp/jobOutput/fokke_Nz6PWWJCjtT7YY3PJWDu5Q
• 
  
• fokke_at_mu7 hello cat /tmp/jobOutput/fokke_Nz6PWW
  JCjtT7YY3PJWDu5Q/std.out
• Goede Morgen

21
Job Description Language (JDL)

• Basé sur Condors CLASSified ADvertisement
  language (ClassAd).
• ClassAd est un langage extensible.
• Construit sur des séquences dattributs.

Executable /bin/echoArguments
BonjourStdError stderr.logStdOutput
stdout.logOutputSandbox stderr.log,
stdout.log
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Différents types dattributs

• Deux grandes catégories dattributs
• Ceux concernant le job
• Définissent le job lui-même.
• Ceux concernant les ressources
• Utilisés par lordonnanceur (RB) pour définir la
  ressource utilisée pour lexécution du job.
• Permettent de définir les caractéristiques de
  calcul requises
• Utilisées par lutilisateur pour construire des
  demandes précises ( librairies disponibles,etc )
• Ces attributs sont définis à laide du préfixe
  other.
• Définissent les caractéristiques liées aux
  données
• Ce sont les données entrantes , lélément de
  stockage où les données sont prises ou bien
  mises, les protocoles,

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Attributs de jobs

• Executable (obligatoire)
• Le nom de la commande à exécuter.
• Arguments (option)
• Les arguments de la commande à exécuter.
• StdInput, StdOutput, StdErr (option)
• La définition des entrées/sorties/erreurs
  standards.
• Environment (option)
• Ensemble de valeurs lié à lenvironnement
  dexécution.
• InputSandbox (option)
• Liste des fichiers se trouvant sur lUI qui
  seront transférés avec le job.
• Ces fichiers seront copiés sur le CE cible.
• OutputSandbox (option)
• Liste des fichiers générés par le job qui seront
  accessibles via loutput sandbox

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Attributs de ressources

• Requirements
• Besoins du job vis à vis des ressources de
  calcul.
• Sont spécifiés à partir des attributs qui sont
  définis dans le système dinformation de la
  grille.
• Sils ne sont pas définis dans le JDL, ce sont
  les valeurs définies par défaut dans lUI qui
  sont utilisées
• Default other.GlueCEStateStatus "Production"
  (Les ressources utilisables devront absolument
  présenter lattribut demandé)
• Rank
• Cest une préférence, concernant lordre de
  rangement des ressources qui remplissent les
   requirements 
• Si non spécifié, utilise la valeur définie sur
  lUI
• Default - other.GlueCEStateFreeCPUs (le plus
  grand nombre de CPU libres)

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Attributs de données

• InputData (option)
• Référant aux données utilisées en entrée par le
  job .
• PFNs et/ou LFNs.
• DataAccessProtocol (seulement si InputData est
  spécifié)
• Le protocole ou la liste de protocoles de
  communication utilisables par lapplication pour
  accéder aux INPUTDATA.
• OutputData (option)
• Référant aux données de sorties qui seront
  récupérables

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Exemple de fichier JDL

• Executable gridTest
• StdError stderr.log
• StdOutput stdout.log
• InputSandbox /home/joda/test/gridTest
• OutputSandbox stderr.log, stdout.log
• InputData lfntestbed0-00019
• DataAccessProtocol gridftp
• Requirements other.ArchitectureINTEL \
  other.OpSysLINUX other.FreeCpus gt4
• Rank other.GlueHostBenchmarkSF00

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Commande de Job Soumission

• edg-job-submit r ltres_idgt -c ltconfig filegt
  -o ltoutput filegt --vo ltVO namegt ltjob.jdlgt
• -r le job est directement envoyé par le RB sur le
  CE identifié par ltres_idgt
• -c utilise le fichier de configuration ltconfig
  filegt afin de surcharger les valeurs par défaut
  de lUI
• -o renvoi lidentifiant de job dans ltoutput
  filegt
• --vo la virtual organization sous laquelle le job
  doit être exécuté

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Autres commandes du WMS UI

• edg-job-list-match
• Liste les ressources correspondantes à la
  description du job.
• Permet de connaître le résultat de
  lordonnancement sans soumettre le job.
• edg-job-cancel
• Annule le job.
• edg-job-status
• Affiche létat du job.
• edg-job-get-output
• Récupère le contenu de OutputSandbox
• edg-job-get-logging-info
• Affiche des informations sur les diverses états
  pris par le job tout le long de son existence.
• Utilisé essentiellement pour le debuging.

29
Configuration dune UI

• Les valeurs définissant une User Interface
  peuvent être modifiées par lutilisateur si la
  configuration par défaut nest pas satisfaisante
• Les principales caractéristiques dune UI sont
• RB(s)
• Liste des ressource broker qui seront utilisés.
• Defaut JDL Requirements
• other.GlueCEStateStatus "Production 
• Defaut JDL Rank
• other.GlueCEStateFreeCPUs
• Virtual Organisation par défaut
• Quel VO sera utilisé par défaut.

30
Le système dordonnancement

• Lordonnanceur est le cur du WMS.
• Il doit trouver la meilleure ressource où le job
  sera exécuté.
• Il interagit avec le système de management des
  données et le système dinformation.
• Le CE choisi par le RB doit remplir les
  conditions requises par le job (environnement
  dexécution, accès aux données,)
• Si plus de un CE satisfait les contraintes, cest
  celui proposant la meilleure condition pour le
  requirement rank qui est choisi.

31
Soumission de job

• Trois familles de scénarios sont possibles.
• En utilisant le Ressources Broker, cest à dire
  en excluant le cas ou lon soumet le job
  directement au job manager dun site.
• Scénario 1 Soumission directe
• Le job est directement soumis au CE (spécifié par
  le paramètre r de la commande edg-job-submit).
• Le RB neffectue aucune recherche de ressources.
• Peut ( et généralement cest le cas) générer des
  erreurs si on utilise lattribut InputData.
• Lutilisateur est responsable de la cohérence de
  son job.

32
Job Soumission, sans InputData

• Scénario 2 Soumission de job sans Requirements
  liés aux données
• Aucun CE ni données entrantes ( input data) sont
  précisés
• Le RB utilise lalgorithme de recherche de
  ressource qui comporte deux phases
• Le RB contact le système dinformation afin de
  déterminer quels CE peuvent satisfaire les
  demandes.
• Si plus de deux sont proposés alors on utilise
  lattribut rank pour faire le choix.

33
Job soumission avec des données sur la grille

• Scénario 3 Le CE nest pas spécifié et lon a
  des données en entrée
• Le RB contact le service de management des
  données afin de déterminer quels SE peuvent
  satisfaire les besoins (quels SE possèdent les
  données requises)
• Le RB cherche le meilleur compromis (best effort)
  entre
• Les CE où lutilisateur a le droit de soumettre
  ces jobs.
• Les SE qui ont été déterminé préalablement.
• La stratégie du RB est de soumettre les jobs au
  plus près des données.
• Les deux phases suivantes sont les mêmes que dans
  le scénario précédent (uniquement pour les CE qui
  satisfont les requirements de données)
• Requirements check
• Rank computation

34
Erreurs de commande sur UI

• Les commandes utilisables aux niveaux de lUI
  acceptent de nombreux paramètres, les erreurs
  associées sont
• Argument is not allowed (Largument est
  inconnu)
• Argument must be specified at the end of the
  command (on a oublié le fichier JDL ou bien
  lidentifiant du job à la fin de la commande)
• Argument is missing for the output option
  (le paramètre requis par un argument de la
  commande a été oublié)
• Argument -all cannot be specified with argument
  input (Certains arguments ne peuvent pas être
  utilisés simultanément )
• CEId format is ltfull hostnamegtltport
  numbergt/jobmanager-ltservicegt. The provided CEID
  http//lx01.absolute.com10854/jobmanager has a
  wrong format. (le format de description du CE est
  mauvais)

35
Erreurs de RB

• Lors des appels au RB deux erreurs sont
  possible
• Resource Broker grid013g.cnaf.infn.it7771 not
  available (la connexion au service du RB nest
  pas possible, de nombreuses causes sont
  possibles)
• Unable to get LB address from RB
  grid013g.cnaf.infn.it (Le RB nest pas capable
  de donner l'adresse du service de LB associé)

36
Erreurs de fichiers JDL

• Lorsque les commandes de lUI vérifient les
  fichiers JDL, des erreurs peuvent être signalées
• Mandatory Attribute default error in the
  configuration file /opt/edg/etc/UI_ConfigENV.cfg
  (il ny pas de valeur par défaut)
• Mandatory Attribute missing in JDL file
  Executable (lexécutable nest pas défini)
• Multiple InputSandbox attribute found in JDL
  file (lattribut InputSandbox est multiple)

37
Renouvellement de proxy

• Pourquoi?
• Pour éviter les erreurs provoquées par une
  expiration de proxy.
• WMS supporte un mécanisme de renouvellement de
  proxy basé sur lutilisation dun serveur de
  proxy. La procédure pour utiliser ce serveur est
• Créer un proxy
• grid-proxy-init
• Enregistrer ce proxy dans le serveur de proxy
  MyProxy
• myproxy-init s ltservergt -t ltcredgt -c ltproxygt
• server nom du serveur de proxy
• cred nombre dheures durant lesquelles le proxy
  reste valide dans le serveur
• proxy durée de vie des proxy renouvelés
• grid-proxy-init hours lthoursgt command
• Le proxy est AUTOMATIQUEMENT renouvelé par le WMS
  sans intervention de lutilisateur

38
Job de type MPI

• LCG-2
• Support limité
• Quelques sites peuvent tourner des jobs de type
  MPI
• JobType
• JobTypeMPICH
• NodeNumber 8
• Rajouter MPICH comme requirement

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Autres types de Jobs

• Interactif
• StdOutput, StdInput et StdError sont renvoyés à
  lutilisateur
• A travers X windows

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Informations utiles

• The LCG-2 User Guide
• https//edms.cern.ch/file/454439/1/LCG-2-UserGui
  de.pdf
• ClassAd
• https//www.cs.wisc.edu/condor/classad