Pr

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William Ritchie, TAGC INSERM, Marseille
The ATD project is funded by the European
Commission within its FP6 Programme, under the
thematic area "Life sciences, genomics and
biotechnology for health", contract number
LHSG-CT-2003-503329
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Differential repression of alternative
transcripts a screen for miRNAtargets

• Courts ARNnc (20-25 nt) qui servent de
  régulateurs post-transcriptionnels
• Issus de mRNAs de plus grande taille (60-90)
  qui forment des tiges boucles pre-miRNA

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Differential repression of alternative
transcripts a screen for miRNAtargets
Mir-124
Mir-1

• Plant miRNA clivage des mRNA
• Animal miRNAs repression de la traduction
• Lim et al. (2005) dans le model animal les
  miRNAs peuvent abaisser le niveau des messagers

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Differential repression of alternative
transcripts a screen for miRNAtargets

• Se fixent sur la région non traduite du 3 (UTR)

CDS
CDS

• Comment sont affectés les niveaux dexpression
  si une forme est ciblée et une autre ne lest pas
  ?
• Trouver des gènes qui possèdent au moins deux
  isoformes dont une (la plus longue) a une cible
  de miRNA (dans lUTR 3) et lautre nen a pas.

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Differential repression of alternative
transcripts a screen for miRNAtargets

• la reconaissance de la cible par le miRNA
  implique souvent une courte séquence 6-8 nt
  hautement conservée apellé  seed 

• En utilisant les données dEnsembl un assemblage
  de 3495 UTRs conservés (human, mouse, dog, rat)
  est crée
• Recherche de toutes les sequences de 7nt
  sequences parfaitement conservés cibles
  potentielles de miRNA

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Differential repression of alternative
transcripts a screen for miRNAtargets

• En utilisant des comptages dEST on compare le
  niveau dexpression des isoformes ciblées et des
  isoformes non ciblées

P0.38
P7e-5

• Les isoformes ciblées ont un niveau dexpression
  plus élevé !!!

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Differential repression of alternative
transcripts a screen for miRNAtargets

• Mais ny a-t-il pas un effet tissu spécifique ?
• evoc ontology (v26)

MiR-124a
MiR-1
nt
t
t
t
t
nt
nt
nt
Non Cardiovascular
Brain
Cardiovascular
Non Brain
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Differential repression of alternative
transcripts a screen for miRNAtargets
31
10
15
43
29
61
84
39
16
11
lt10
25
35
19
26
lt10
lt10
42
9
Disrep
Cible potentiel de miRNA

• 10 genes
• 3 types tissulaires differents

Tissu 1
Tissu 2
Tissu 3
Tous tissus
Pgt0.05
Pgt0.05
Plt0.05
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Differential repression of alternative
transcripts a screen for miRNAtargets
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Differential repression of alternative
transcripts a screen for miRNAtargets
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Differential repression of alternative
transcripts a screen for miRNAtargets
45 in miRNA registry
38 predicted by recent studies
128 novel precursors
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Et les cibles qui ne correspondent pas a des
precurseurs de miRNA

• Certaines cibles ne correspondent pas a des
  precurseurs potentiels
• Peut etre des sites de fixation dun autre type
  dARNnc
• Longueur inconnue, structure inconnue
• Rechercher des motifs conservés et strusturéc

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Et les cibles qui ne correspondent pas a des
precurseurs de miRNA

• Alignements tout génome l'UCSC en utilisant des
  chaines de Markov et un filtre synthenie
• (homme,souris,chien,rat zebrafish ou fugu)
• 5' UTR, 3' UTR, Intron, Intergenique
• Recherche de regions conservées
• Conservation d'une structure (RNAz pgt0,9)
• Clustering hierarchique des differentes
  structures

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• RNAforester

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• Trop de branches tue la branche !!

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• Trop de branches tue la branche !!