Dialogue clinique - microbiologie

1
Dialogue clinique - microbiologie

• Patrick De Mol, Microbiologie Médicale, CHU de
  Liège

2
Dialogue clinique - microbiologie

• Les bases du dialogue
• Les acteurs
• Les points critiques
• Lexemple des hémocultures
• Lévolution de la microbiologie

3
E. Yourassowsky
4
E. Yourassowsky
5
E. Yourassowsky
6
E. Yourassowsky
7
E. Yourassowsky
8
Prise en charge des patients  infectés 
patient
clinicien
infectiologie
Infection control
microbiologie
9
Les acteurs  spécialisés  de la prise en charge
des maladies infectieuses
microbiologie
Infection control
Médecine du travail
Surveillance des maladies contagieuses ISP,
inspection provinciale
Infectiologie
GGAb
10
Spécificité de la microbiologie

• Analyse de chimie
• Dosage dun paramètre

• Analyse bactériologique
• Recherche dun agent étiologique et
  détermination de sa sensibilité aux
  anti-infectieux

11
Le processus de la biologie clinique
Pré-analytique Prise de décision Prescription
Prélèvement Transport - Encodage
Analytique Réalisation de lanalyse validation
du résultat
Post-analytique Transmission du résultat -
lecture et interprétation prise en compte
12
Clinical Microbiology Laboratories Current
Challenges
Specimen collection
Cost effective timely
13
Méthodes diagnostiques disponibles

• Détection des microorganismes/de leurs produits
• Techniques directes
• Microscopie
• Ag, toxines, composants chimiques (?ie gazeuse)
• Hybridation (séquences DNA/RNA)
• Techniques damplification
• Cultures
• PCR
• Détection de la réponse immunitaire à une
  infection
• Organismes non cultivables, cultures dangereuses
• Souvent nécessité de sera appariés ou présence IgM

14
Choix des tests à réaliser

• QUELS EXAMENS ? QUELLES METHODES ?
• Utilité, besoin clinique
• Qualité
• Sensibilité, spécificité, VPP et VPN
• TAT (Test turnAround Time)
• Accessibilité
• Coût/remboursement
• Personnel
• Prévalence de la  maladie 
• Instrumentation

15
Quespérer dune analyse microbiologique ?

• Agent étiologique
• Orientation thérapeutique
• Suivi thérapeutique
• Contagiosité
• Garbage in garbage out

16
Les points critiques Prélèvements inutiles

• Culture de
• drains,
• abcès périanaux
• vieilles urines,
• expectorations  salivées 
• Selles hospitalisées hormis C dificile
• Sondes urinaires
• Frottis en dehors du site de linfection

17
Les points critiques limites des cultures

• Faux positif mise en évidence de bactéries sans
  rapport avec la pathologie
• Flore résidente
• Contamination de léchantillon
• Délai de mise en culture
• Mauvais prélèvement
• Contamination au laboratoire
• Provoque
• Traitement inutile voire toxique
• Retard au vrai diagnostic

18
Les points critiques limites des cultures

• Faux négatif pas dagent infectieux objectivé
  alors quil sagit bien dun infection
• Prélèvement en dehors du site de linfection
• Délai de mise en culture
• Traitement antibiotique ou antiseptique
• Techniques de laboratoire inadéquates
• Provoque un retard au diagnostic
• Complique le choix thérapeutique

19
Le rapport clinicien-labo les hémocultures

• Critères de décision (t gt 38,5 )
• Prélèvement
• Nombre de flacons
• Nombre de ponctions
• Site de ponction
• Procédure de ponction
• Étiquetage, identification
• Transport stockage
• Encodage
• Incubation

20
(No Transcript)
21
Le rapport clinicien-labo les hémocultures

• Si examen microscopique ? communication du
  Gram
• Informatique / téléphone / tour qui reçoit et
  que fait-il?
• Identification antibiogramme
• Informatique / téléphone / tour qui reçoit et
  que fait-il?
• Alerte informatique ?

22
Impact de la microbiologie sur la prise en charge
des maladies infectieuses
Impact clinique de lidentification des hémocultures () Impact clinique de lidentification des hémocultures () Impact clinique de lidentification des hémocultures ()
Résultats 8h Résultats 48h
Début de AB 10 (9,1) 0
Chgt en tt efficace 8 (7,3) 1 (0,9)
Chgt en moins cher 38 (34,5) 21 (18,1)
Arrêt des AB 6 (5,5) 4 (3,4)
Pas de chgt en tt de réf 40 (36,4) 64 (55,2)
Recommandations non suivies 8 (7,3) 26 (22,4)
J Clin Microbiol 1989 271342-5
23
Conclusions de G. Trenholme, J Clin Microbiol
1989 271342-5

• Plus les résultats sont communiqués rapidement,
  plus ils sont pris en compte pour initier un
  traitement AB, améliorer son efficacité ou encore
  choisir un traitement moins cher

24
Percentage of all antimicrobial interventions
occurring within the first 8 h (initiations,
solid bars discontinuations, open bars) after
each event of interest. , P lt 0.001 for
differences noted in therapy initiations. , P lt
0.05 for differences noted in therapy
discontinuations
Detection and treatment of bloodstream infection
laboratory reporting and antimicrobial management
Journal of Clinical Microbiology, 2003, p.
495-497, Vol. 41,
25
Conclusion de E. Munson, Journal of Clinical
Microbiology, 2003, p. 495-497, Vol. 41

• La plupart des interventions thérapeutiques ont
  lieu lors du prélèvement ou après communication
  du Gram par téléphone
• La communication des résultats dantibiogramme a
  le moins dimpact thérapeutique

26
Hospital mortality and infection related mortality
Kollef, M. H. et al. Chest 1999115462-474
27
Conclusions de Kollef, M. H. et al. Chest
1999115462-474

• Le traitement inapproprié dinfections chez les
  patients admis en USI (8,5) est un déterminant
  important de mortalité

28
Effects of rapid detection of bloodstram
infections on length of hospitalisation and
hospital charges j clin microbiol 41 3118-25

• ? délai de notification ? ? durée
  dhospitalisation

29
Outcome of inappropriate initial antimicrobial
treatment in patients with methicillin-resistant
Staphylococcus aureus bacteraemia
Survival curves stratified according to
appropriateness of empirical treatment. Thirty
case-patients with methicillin-resistant S.
aureus bacteraemia who received appropriate
empirical antibiotic treatment (solid line) were
compared with 30 matched-control patients who
received inappropriate empirical antibiotic
treatment (dotted line).
Kim, S.-H. et al. J. Antimicrob. Chemother. 2004
54489-497
30
Conclusion de Kim, S.-H. et al. J. Antimicrob.
Chemother. 2004 54489-497

• Un délai de 2 jours dans lutilisation
  dantibiotiques appropriés pourrait ne pas
  affecter lévolution de bactériémies à MRSA

31
Manual detection systems

• daily examination
• systematic subculture
• early isolated colonies for identification and
  susceptibility testing

32
Automated detection systems
Bactec radiometric culture system BacT/Alert
blood culture system Bactec 9000 series Vital
blood culture system
33
Colorimetry BacT/Alert

• Colorimetric Sensor in all bottles
• Growing organisms produce CO2 ? Sensor changes
  from green to yellow
• Continuous Scanning and Analysis of Bottles
• Virtually no Influence by Light and/or
  Temperature
• identification of positive bottles prior to
  incubation

34
Comparative detection time to positivity in
BACTEC Plus/F and Hemoline
35
Comparison between detection systems

• Manual detection system
• cheap (?)
• isolated colonies
• easy microscopy
• adapted medium types
• broth100 f / bottle
• brothpaddle 160f

• Automated detection system
• fast
• continuous
• sensitive
• 10 ml standard
• ? workload
• bottle 95 f

36
Impact de la microbiologie sur la prise en charge
des maladies infectieuses

• Patients non hospitalisés peu de bactério
• Patients hospitalisés 60 AB subissent une
  analyse bactério
• Prise en compte des résultats par le clinicien
  50
• Prise en charge rapide facteur de bon pronostic
  pour les infections sévères
• Diagnostic étiologique
• Amélioration du pronostic?
• Réduction des coûts?

37
Accuracy and appropriateness of antimicrobial
susceptibility test reporting for bacteria
isolated from blood cultures j clin microbiol,
42 2258-60

• 116 épisodes de bactériémies
• 18 épisodes (16 ) avec erreurs didentification
  ou de sensibilité aux AB
• 38 épisodes (33) avec notification inappopriée
  de la sensibilité aux AB

38
Diagnostic moléculaire

• Intérêt clinique
• Détection précoce des infections en particulier
  asymptomatiques
• Détection des agents  difficiles 
• Monitoring des traitements
• Changement du paysage du laboratoire
• intégration,
• Automation
• Coûts élevés
• Forte pression des firmes

39
Diagnostic moléculaire cost effectiveness of PCR

• Néphropatie à poliomavirus BK
• Diagnostic permet de les rejets dallogreffes
  rénales en modulant le tt immunosuppressif
• Très cost-effectif
• Méningite à entérovirus
• Diagnostic rapide et précis
• Exclusion dinfection bactérienne
• Réduction de traitement, dhospitalisation
• Cost-effective chez lenfant en été
• Tuberculose pulmonaire
• Confirmation précoce du diagnostic de labo
• Peu dimpact clinique ou économique

CID 2006431463-7
40
Interprétation erronée de PCR Chlamydia, sans
faux positif ni négatif
Test Interprétation Statut Scénario
Infection Pas dinfection ADN résiduel après tt
- Pas dinfection Infection Prélèvement cervical , infection urétrale
Infection Pas dinfection Présence de sperme infecté sans infection vaginale
- Pas dinfection Infection Infection haute, sans excrétion basse
41
Évolution de la (micro)biologie clinique

• Les tests
• ? Rapidité
• ? Sensibilité
• ? Spécificité
• ? Coûts

• Les laboratoires
• ? Centralisation
• Plateau technique
• ? Spécificité

Les microbiologistes ? nombre
42
Epilogue les analyses microbiologiques, une arme
à double tranchant.

• Bien réalisées, les analyses bactériologiques
  permettent un diagnostic rapide et précis, donc
  une meilleure qualité de la prise en charge
  thérapeutique et une réduction des coûts
• Mal conduites, elles conduisent à des diagnostics
  erronés, à des traitements inutiles ou retardés,
  à une majoration des souffrances et des coûts
• Cest sans doute le bon maniement de larme que
  permet le dialogue clinicien - biologiste

43
Les occasions de dialogue