DNA FRAGMENT ANALIZI

1
DNA FRAGMENT ANALIZI
Hafta XI PCR Temelli Genetik Analiz Yaklasimlari

• Doç. Dr. Hilâl Özdag

2

• DNA FRAGMENT ANALIZI

• STR/SSR/Microsatellit Analizi
• Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
• Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)
• Loss of Heterozygosity (LOH)
• MI (Microsatellite Instability)
• SNP Genotipleme

3

• DNA FRAGMENT ANALIZI

• Boy tayini
• Agaroz jel elektroforezi
• Agaroz
• NuSieve
• Metaphor
• Poliakrilamid jel elektrofezi
• Kapiller elektroforez
• Genetik analizör (Otomatik DNA Dizi Analiz
  Sistemi)
• Qiagen Egene
• Agilent Bioanalyzer

4

• DNA FRAGMENT ANALIZI

• Boy tayini
• Agaroz jel elektroforezi
• Agaroz
• NuSieve
• Metaphor

Johnson N et al, BMC Med Gen., 2004, 5
http//www.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/p15.htm
l
5

• DNA FRAGMENT ANALIZI

• Boy tayini
• Agaroz jel elektroforezi/PAGE

http//www.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/p15.htm
l
6

• DNA FRAGMENT ANALIZI

• Boy tayini
• PAGE

ANALYTICAL BIOCHEMISTRY 253, 130132 (1997)
http//www.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/p15.htm
l
7

• DNA FRAGMENT ANALIZI
• Kapiller Elektroforez
• Genetik Analizör

8

• DNA FRAGMENT ANALIZI
• Kapiller Elektroforez
• Genetik Analizör

STR/Microsatellite Analysis
RFLP/AFLP/TRFLP
9

• DNA FRAGMENT ANALIZI

10pleks
10

• DNA FRAGMENT ANALIZI

Fragment boylarinin tespiti
11

• DNA FRAGMENT ANALIZI

Elektroferogramlarin karsilastirilmasi
12

• DNA FRAGMENT ANALIZI

L O H
13

• DNA FRAGMENT ANALIZI

L O H
14

• DNA FRAGMENT ANALIZI
• QIAxcel/EGene

• 0.5 kbden küçük fragmentler için 3-5 bçine dek
  ayirim saglar.
• Hazir kapiller kartuslarinin içindeki polimerin
  içinde çok düsük konsantrasyonda EtBr
  bulunmaktadir.
• Ayni anda 96 örnege kadar analizi gerçeklestirmek
  mümkündür.
• Sistemde RNA analizi yapmak da mümkündür.

2 agaroz
15

• DNA FRAGMENT ANALIZI
• Agilent/Bioanalyzer

16

• DNA FRAGMENT ANALIZI
• Agilent/Bioanalyzer