AFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism)

1
AFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism)

• Hazirlayan Mehmet Emin DIKEN

2

• Zabeau ve Vos tarafindan 1993 te bulunmus Vos ve
  Kuiper tarafindan gelistirilmistir.
• Genoma ait rastgele DNA bölgelerinin ayni anda
  haritalanmasi olarak ifade edilebilir.
• Analiz etme, karsilastirma,organizmalardaki
  genomun tamaminda meydana gelen farkliliklarin
  karsilastirilmasi amaçli kullanilir.
• Türlerin farkliliklarinin tespiti ve filogenetik
  siniflandirmada bir numarali yöntem haline
  gelmistir.
• Ayni zamanda bu teknik kisa sürede gerekli
  incelemeleri bize saglar.

3
AFLP Tekniginin Kullanim Alanlari

• mikrobiyolojik tiplendirme
• popülasyon genetigi
• adli tip
• bitki ve hayvan türlerinin islahi
• genetik haritalarin olusturulmasi

4
AFLP uygulama basamaklari

• 1. DNA ekstraksiyonu islemi yapilir.

5

• 2. DNAnin uygun restriksiyon enzimleri ile
  kesilir. Küt uç ve yapiskan uç olusturan enzimler
  kullanilir. Bunlar dört birimlik MseI ve alti
  birimlik EcoRIdir.

6

• 3. Adaptör moleküllerin restriksiyon enzimleri
  ile kesilmis DNA moleküllerine baglanir.
  Adaptörler, enzimin tanidigi baz dizilerini,
  birde 20 nükleotid kadar bildigimiz dizilerden
  olusur.

7

• 4. Restriksiyon enziminin kesim bölgelerine
  baglanan adaptörler ile olusan yeni DNA parçalari
  amonyum asetat ve saf alkolle ile çökertildikten
  sonra70lik alkol ile yikanarak distile su
  içerisinde süpanse edilir.

8
Adaptör moleküllerinin baglandigi DNA
parçalarinin çogaltilmasi iki asamada
gerçeklestirilir

• Ön seçici çogaltma
• Seçici çogaltma

9
Ön seçici çogaltma
10
Seçici çogaltma
11

• 5. Bu sekilde PCR için gerekli kalip DNA
  hazirlanmis olur.

12

• 6. PCR ile çogaltilan DNA fragmentleri agaroz
  jel elektrofezinde yürütülür.

13

• 7. Analiz için gerekli veriler sekildeki
  cihazdan elde edilen grafiklerdir. Bu grafikler
  AFPL skorlama programlari ile elde edilir.

14
AFLP SKORLAMA

• Gelistirilen AFLP skorlama programlari, olusan
  DNA fragmentlerinin matematiksel olarak ifade
  edilmesini saglamaktadir.
• Bu sekilde olusturulan veri bankalari, hem
  verilerin yorumlanmasini kolaylastirmakta hem de
  sonuçlarin global karsilastirilmasini
  saglamaktadir.

15

• ÖNEMI
• AFLP taksonomik çalismalari desteklemek için
  büyük ölçüde kabul edilmistir. Çünkü AFLP ayni
  genomige sahip türlerin hangi birbirleri
  arasindaki iliskileri net bir sekilde açiklar.
  Böylece tüm canli gruplarin siniflandirilmasinda
  büyük önem tasimaktadir. Bunu bakteriler üzerinde
  yapilan bir örnekle su sekilde analiz edebiliriz.

16
(No Transcript)