PUBMED

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PUBMED

• I. INTRODUZIONE

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Pubmed che cosa è?

• Banca dati bibliografica biomedica accessibile
  gratuitamente online, sviluppata dal National
  Center for Biotechnology Information (NCBI)
  presso la NLM (National library of medicines)
• La NLM è la biblioteca affiliata allNIH
  (National Institute of Health ) punto di
  riferimento per la ricerca medica degli Stati
  Uniti.
• E la base dati più grande e prestigiosa nel
  settore biomedico a livello mondiale

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Cos'è una banca dati bibliografica?

• è un archivio elettronico di riferimenti
  bibliografici
• contiene esclusivamente citazioni di articoli,
  spesso provvisti di abstract
• l'applicazione di software specifici consente
  lutilizzo di altri servizi di supporto (full
  text, localizzazione )
• a causa dell'alto costo di mantenimento, la
  maggior parte delle banche dati è consultabile
  solo a pagamento

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Vantaggi della ricerca in banche dati (rispetto a
ricerche in internet)

• Alta quantità di risultati positivi e mirati
• Alta qualità
• Il valore scientifico delle informazioni è
  garantito dalla selezione condotta da qualificati
  comitati scientifici.

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un po di storia

• 1879 INDEX MEDICUS
• 1964 NASCE IL MEDLARS (Medical literature
  Analysis and retrieval system)
• 1971 Dal MEDLARS AL MEDLINE
• 1980 Riversamento in CD-ROM
• 1997 DAL MEDLINE AL PUBMED

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MEDLARS

• Attualmente è composto da 40 banche dati.
• Ricordiamo
• Pubmed
• Toxnet base di dati di tossicologia che permette
  di interrogare gli archivi CCRIS, DART,IRIS,
  GENETOX
• Cancernet b.d. per loncologia con gli archivi
  CANCERLIT (bibliografico) e PDQ (protocolli di
  trattamento)

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Pubmed Cosa contiene?

• 4 database
• MEDLINE
• citazioni dal 1966 ad oggi abstract MESH
  aggiornamento settimanale
• OLDMEDLINE
• con citazioni dal 1951 al 1965 , no abstract, no
  MESH
• PREMEDLINE (In Process citations)
• per citazioni non ancora indicizzate no MeSH
  aggiornamento giornaliero
• PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS
• per citazioni ricevute via elettronica
  direttamente dalleditore. Non ancora pubblicate
  in cartaceo

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Medline Un po di numeri

• circa 17 milioni di citazioni di articoli
  scientifici di ambito biomedico o scienze affini
  (dalle 500 alle 3000 ogni giorno)
• Copre circa il 25 dellintera produzione
  mondiale di riviste biomediche (4800 riviste)
• Le riviste provengono per il 40 dallarea
  statunitense e l88 degli articoli è in lingua
  inglese
• Gli abstract sono presenti nel 76 degli
  articoli
• il testo pieno non è previsto a meno che non si
  trovino articoli disponibili gratuitamente
  online. Questi sono raggiungibili grazie al
  sistema di linking ed al software ENTREZ

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PUBMED e non solo il sistema ENTREZ

• ENTREZ (Entrez Molecular Sequenze Database
  System) sviluppato dal NCBI.
• Sistema che integra la banca dati Pubmed con
  archivi sulla biologia molecolare
• permette, in un insieme integrato, di ricercare
  sequenze molecolari e informazioni bibliografiche

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Accesso agli archivi disponibili NUCLEOTIDE
sequenze di DNA PROTEIN sequenze di
proteine GENOME dati su genoma STRUCTURE
strutture a 3D TAXONOMY OMIM catalogo dei geni
umani e dei disordini genetici PMC (Pubmed
central)
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PUBMED http//pubmed.gov

• II. LA RICERCA

12
(No Transcript)
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http//pubmed.gov
Maschera per ricercare Per raffinare la ricerca
Accesso a servizi aggiuntivi e strumenti utili
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La Citazione bibliografica
autore
Titolo articolo
Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine
n. Identificativo del premedline
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I record bibliografici

• Base dati è una collezione di dati organizzati in
  record
• Ogni record è una citazione bibliografica
• Record è un insieme di campi
• Campo è un singolo specifico dato
• Ogni campo è contraddistinto da etichette o TAG
  importanti per effettuare ricerche mirate

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(No Transcript)
17
TAG PRINCIPALI utili nella ricerca(elenco
completo nellhelp)

• AU campo autore
• TI campo titolo
• TA nome della rivista
• LA lingua di pubblicazione dellarticolo
• MH Mesh terms (soggetti)
• DP data di pubblicazione(A/M/G)
• EDAT data di inserimento nel pubmed (A/M/G)
• AB abstract

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Funzioni di ricerca comuni a tutte le basi dati

• Stopwords (articoli, congiunzioni) trascrizione
  superflua
• Troncamento () si cercano le varianti che hanno
  radice in comune
• Operatori booleani AND, OR, NOT
• n.b. trascriverli in maiuscolo
• Parentesi si stabilisce un ordine di priorità

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Tipologie di ricerca semplice o complessa

• RICERCA SEMPLICE
• Per cercare gli articoli più recenti
• Quando si ha un solo termine di ricerca
• Per cercare gli articoli di un autore
• Per cercare gli articoli con il titolo di un
  periodico
• Può essere LIBERA (1) o PER CAMPI (2)

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1. RICERCA LIBERA

• la maschera di ricerca consente di inserire
  liberamente i termini che vengono così ricercati
  in tutti i campi.
• N.B. Utile usare la funzione Limits (filtri) per
  delimitare la ricerca

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Ricerca libera
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(No Transcript)
23
(No Transcript)
24
(No Transcript)
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2. RICERCA PER CAMPI

• Serve a limitare i risultati di una ricerca con
  termine non qualificato che ha dato troppi
  risultati
• Come limitare ?
• Termine TAG del campo

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Esempi di ricerca per campi

• Cell
• Cell AU
• Cell TA
• Cell TI
• Come si ricerca un autore
• Cognome iniziale/i nome (es Veronesi U)
• oppure
• Cognome AU

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RICERCA COMPLESSA

• Quando
• si utilizza più di un concetto e bisogna
  combinare più termini o più ricerche
• si vogliono usare voci di soggetto (MESH)

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Ricerca complessa con più termini

• Utilizzare gli operatori booleani (in maiuscolo)
• AND (intersezione) per recuperare documenti che
  contengono entrambi i termini inseriti in ricerca
• OR (unione) per recuperare documenti che
  contengono almeno uno dei due termini
• NOT per recuperare documenti che contengono solo
  il primo termine di ricerca escludendo laltro

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(No Transcript)
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Ricerca per frase

• Racchiudere i termini fra virgolette o usare il
  tag tw
• Automaticamente trova le frasi da una lista
  preordinata
• Esempio
• - Breast tumours
• così trova i casi di tumore non
  necessariamente al seno - and ghiandola mammaria
  (145593)
• - breast tumours tumori al seno (1347)

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(No Transcript)
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Ricerca con parentesi risultati
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Ricerca per soggetto i MESH

• Tesauro MeSH (Medical Subject Headings)
• dizionario di termini controllati usati per
  sintetizzare i soggetti del documento e
  descrivere il contenuto informativo dellarticolo
  
• Vantaggi
• Ricerca completa non si perdono i sinonimi o
  voci affini
• Precisione nella ricerca
• Svantaggi
• Non si trovano record premedline e publisher
  supplied (i più recenti!)

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I Mesh

• Per ogni articolo vengono assegnati uno o più
  intestazioni (max15)
• Per specificare meglio il soggetto o un aspetto
  (es pathology, drug therapy) di questo vengono
  inserite sottointestazioni (subheadings) per ogni
  mesh
• Per visualizzare le intestazioni scegliere il
  formato di visualizzazione Medline

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Ricerca con il TAG Mesh risultati 0
36
Il Mesh database Archivio dei soggetti
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Vantaggi del Mesh Database

• Controllo del termine immesso
• se non presente vengono proposte voci simili o
  affini e le definizioni
• Visualizzazione
• dei sinonimi (entry terms),
• della struttura ad albero
• delle sottointestazioni
• Automatic explosion, No expl
• Argomento principale (Major Topic)

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Esempio di ricerca con il mesh database
Definizione del concetto
39
(No Transcript)
40
(No Transcript)
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Mesh database Struttura ad albero
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Ricerca con sottointestazioni, senza esplosione
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(No Transcript)
44
(No Transcript)
45
visualizza come viene interpretata la strategia
di ricerca da pubmed Si possono inserire altri
termini liberi o intestazioni usando AND,OR,NOT
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Altre funzioni utili nella ricerca A. La barra
degli strumenti

1. Limits
2. Preview/Index
3. History
4. Clipboard
5. Details

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3. History (archivio delle ricerche)

• Pubmed conserva le strategia di ricerca e i
  risultati numerandole e ponendole nellordine in
  cui sono state eseguite
• Si possono combinare le ricerche eseguite usando
  gli operatori booleani (si deve riportare il
  simbolo cancelletto)
• Accetta un massimo di 100 ricerche
• Le ricerche vanno perse dopo unora

48
(No Transcript)
49
2. Preview/index(no premedline, né publisher
supplied )

• Permette di vedere e selezionare i soggetti
  presenti nel DB in ordine alfabetico partendo
  dal termine in esame
• fra parentesi accanto cè lindicazione del
  numero dei record

50
(No Transcript)
51
Altre funzioniB. La barra a sinistra

• PUBMED TUTORIAL
• (guida ufficiale interattiva)
• PUBMED help
• (strutturato a capitoli come un libro)
• SINGLE CITATION MATCHER
• CLINICAL QUERIES ( per articoli che si
  riferiscono alla ricerca clinica)
• JOURNAL DATABASE

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1. Single citation matcher

• utile per rintracciare rapidamente una citazione
• si conoscono già alcuni dati del riferimento,
  ma la citazione è incompleta o sbagliata
• utile anche per trovare gli indici della rivista
  indicando la rivista e lanno

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2. CLINICAL QUERIES

• Scopo facilitare la ricerca di articoli che si
  riferiscono alla ricerca clinica
• Strategia di ricerca
• suddivisione degli articoli in
• - 4 ambiti
• terapia diagnosi - prognosi eziologia
• - 2 livelli
• Sensitivity (lt precisione) specificity

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Ricerca clinica
Revisioni sistematiche, metanalisi, revisioni di
clinical trial, evidence-based medicine, linee
guida
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3. JOURNAL DATABASE

• Permette di selezionare un periodico tramite il
  titolo (anche abbreviato), ISSN.
• Serve per cercare citazioni tratte da quel
  periodico

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PUBMED http//pubmed.gov

• III. I RISULTATI DELLA RICERCA
• IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI

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I risultati
Quadro sintetico ma esauriente dello stato della
ricerca in determinati settori
58
Visualizzazione dei risultati
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Risultati

• Lista in ordine cronologico inverso (dal più
  recente al meno recente)
• Per visualizzarne uno cliccare sugli autori
• Per visualizzarne più di uno spuntare le
  citazioni e cliccare su display dopo aver scelto
  il formato
• Il formato automatico è il summary
• Altri formati
• Brief (con primo autore parte del titolo e pmid)
• Abstract con abstract ma non i mesh
• Citation con abstract più mesh
• Medline con tutti i campi

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PUBMED dalla citazione al full-text

• (A sinistra di ogni citazione)
• Foglio vuoto citazione priva di abstract
• Foglio scritto citazione con abstract
• Foglio evidenziato in arancio e verde citazione
  con fulltext disponibile in nellarchivio pubmed
  central
• Foglio evidenziato in verde citazione con link
  al sito delleditore che offre gratuitamente il
  full text

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Pubmed i servizi

• Related articles
• permette di cercare articoli su argomenti
  simili, in ordine di somiglianza
• Links
• si può accedere a books (libri attinenti), link
  out (ulteriori risorse online), composti e altro.
  
• Variano per ogni citazione

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Link out esempio
63
Selezionando la citazione
Links al full text delleditore e del PMC
related articles
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IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI

• TEMPORANEA
• Clipboard blocco appunti
• max 500 citazioni selezionate
• si svuota dopo 8 ore di inattività
• PERMANENTE
• Send to file salva fino a 10000 record alla
  volta in formato .txt o .html

65
Per stampare
Per salvare
66
Anteprima di stampa (selezionando send to print)
67
Per Stampare

• Selezionare send to print
• Oppure
• Selezionare formato con abstract per le citazioni
  che interessano e selezionare il file
  stampa del browser

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Per salvare una strategia di ricerca MyNcbi

• Utile per strategie che hanno dato ottimi
  risultati
• Occorre registrarsi (gratuita)
• Salva fino a 100 ricerche
• Permette aggiornamenti
• servizio che ripete periodicamente le ricerche e
  invia i risultati alla mail data in fase di
  registrazione

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Salvare in MyNCBI
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Filtri in MyNCBI
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TOXNETlinformazione tossicologica

• http//toxnet.nlm.nih.gov

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(No Transcript)
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TOXNET archivi contenuti
Base dati Produttore Contenuto
CCRIS Chem. Carc. Res Inform sys NCI National Cancer Inst 8000 record chimici con risultati di test di carcinogeneticità e mutagenicità
CHEMID PLUS NLM 367000 schede di sostanze chimiche
DART/ETIC Develop. Reproductive toxic / Environ. Terat. Inform center NLM gt 100000 citazioni bibliografiche relative alla tossicologia dello sviluppo e della riproduzione
TOXLINE NLM di 3 milioni di citazioni bibliografiche a carattere tossicologico
GENE-TOX EPA Environm Protection Ag Dati di mutagenesi su oltre 3000 sostanze
IRIS EPA Dati relativi al rischio umano da esposizione a oltre 500 sostanze chimiche
TRI EPA Stime annue dei rilasci di sostanze chimiche nellambiente
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HSDB (Hazardous Substances Data Bank)

• Base dati fattuale prodotta dalla NLM
• Contiene informazioni sulla tossicità di oltre
  4500 sostanze chimiche potenzialmente pericolose
• Dati peer-reviewed revisionati da una
  commisione di esperti (fra pari) nominati dalla
  NLM

Lactmed (Drugs and Lactation Database) Base dati
con informazioni riguardanti lallattamento al
seno e la tossicità dei farmaci ai quali sono
esposte madri e neonati
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Basi dati bibliografiche
Dizionario chimico
Basi dati fattuali
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ChemIDPlus linformazione chimica
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(No Transcript)
78
LINK UTILI

• NLM Gateway interfaccia unica per la ricerca
  contemporanea in tutte le risorse della NLM
• http//gateway.nlm.nih.gov
• Dizionario dei termini medici in internet
• (italiano/inglese)
• http//scientifico.pneumonet.it/tradform.asp
• Mesh / traduzione italiana
• a cura dellIstituto superiore di Sanità
  accesso gratuito previa registrazione
• http//www.iss.it/site/Mesh

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LINK utili

• SCIRUS (http//www.scirus.com)
• motore di ricerca specializzato per informazione
  scientifica (selezione di oltre 300 milioni di
  pag web)
• integra ricerca su web con ricerca su basi dati
  disponibili online (citazioni Medline, articoli
  di archivi come Biomed central,e-prints
  depositati in ArXiv e CogPrints)
• DOAJ (directory of open access journal)
• archivio di oltre 2500 periodici scientifici
  disponibili gratuitamente online
• http//www.doaj.org/

80
NLM Gateway
81
(No Transcript)
82
Ricerca nel gateway con linguaggio indicizzato
83
Esempi
84
Esempi di ricerca allinizio libera
85
Poi con due termini per specificare laspetto che
interessa
86
Poi con frase esatta
87
Associando più termini con operatori
88
Infine qualificando il termine come soggetto
89
E associando il soggetto con un altro termine
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Riassumendo
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Corea di Huntington localizzazione sul
cromosomaricerca in archivi GENE e OMIM
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(No Transcript)
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Struttura dellemoglobina
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Esercitazioni 1

• Ricercare articoli di Johnson J sulla rivista
  science pubblicati negli ultimi 5 anni
• Usando i mesh
• Ricercare articoli di Grossbard ML sul tumore al
  seno, e precisamente sulla diagnosi e terapia con
  tamoxifen. Articoli dal 1990 al 2006
• Cercare articoli sullischemia cerebrale
  (cerebral ischemia) come argomento principale
  nella fascia di età fra i 45 e 60 anni. Articoli
  in italiano con carattere di rassegna (review )
• Ricercare articoli sulla osteoporosi
  (osteoporosis) che insorge dopo la menopausa e la
  terapia alimentare

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Esercitazioni 2

• Incidenza dellipertensione nella malattie
  cardiache sopra i 50 anni
• Obesità, come argomento principale, nei bambini e
  malattie correlate. Articoli in italiano
• Mammografia può causare tumori al seno?
• cancro al cervello prognosi e terapia
• Ruolo dellubiquitina nellapoptosi cellulare e
  nell insorgenza delle neoplasie
• Comparsa della TBC farmaco resistente in Italia
  negli ultimi 10 anni
• Distrofia muscolare e Corea di Huntigton
  localizzazione cromosomica e bibliografia
  correlata
• Studio di una proteina a piacere con Structure

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Come impostare una strategia di ricerca
consigliato luso del mesh database

• Scrivi la frase che esprime la tua ricerca
• Es cerco articoli che parlino del sangue dal naso
  in rapporto allipertensione)
• Dividi il soggetto in concetti essenziali
• es. sangue dal naso e ipertensione
• Traduci in inglese (nosebleed, hypertension)
• Cerca i termini nel Mesh database
• (epistaxis, hypertension)
• Combina i concetti con AND, OR, NOT