Datamodellering en

1
Datamodellering en verwerking8C020 college 8
2
Terugblik college 7

• Klassike Petri-netten
• Gedrag Petri-netten (formele beschrijving)
• Aspecten van modelleren
• Rol van kanaal, processor, token
• Kwaliteit van een model
• Typische netwerkstructuren
• Modelleren van biologische netwerken
• Metabolpathways, Genetsiche netwerken

3
Onderwerpen college 8

• Toepassingen van Petri-netten in biologie
• Voorbeelden

4
Petri-netten als Genetische (Regulatie)
Netwerken(Chaouiya, Remy, Ruet, Thieffry)
g1
g2
g1
g2
t2,1
t2,1
g1
g2
t1
t1
g1
g2
Remmen
5
Circadian Clock Barkai/Leibler (Duchier/Kuttler)
A mRNA
R mRNA
DNA
6
Gedrag Circadian Clock Priami et
al.(Duchier/Kuttler)
7
Circadian

• Wikipedia entry voor de circadiane klok

8
Repressilator (Elowitz, Leibler)

• Syntetische genetica
• Oscillator met behulp van drie genen

Bron Wikipedia
9
Bron Wikipedia
10
Bron Wikipedia
11

• Bron Wikipedia

12
Genetische Schakelaar
B
B
degradation
c
b
C
C
A
degradation
b
13
Petri-netten als Genetische Regulatie Netwerken
t2,3
t1,2
t3,1
t3,1
g2
g1
g3
t1
t2
t3
t1
g2
g1
g3
Positive circuit
14
Petri-netten als Genetische Regulatie Netwerken
g1
g2
g3
t2,3
t1,2
t3,1
t3,1
g2
g1
g3
t1
t2
t3
t1
g2
g1
g3
Negative circuit
15
Voorbeeld Drosophila Melanogaster
Wee1
String
MPF
Fizzy
Opgave Maak een Petri-net model voor het
genetische netwerk en geef (met behulp van een
graaf/tosdandsdiagram) de toestandsruimte van het
netwerk/process.