http://mikrobiolunsoed.wordpress.com/

1
http//mikrobiolunsoed.wordpress.com/
2
POKOK BAHASAN

1. PENDAHULUAN
2. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
3. STRUKTUR DAN FUNGSI SEL MIKROORGANISME
4. PERTUMBUHAN MIKROORGANISME
5. GENETIKA MIKROORGANISME
6. BIOENERGETIKA MIKROORGANISME
7. PENGENDALIAN PERTUMBUHAN MIKROORGANISME
8. INTERAKSI DAN PENYEBARAN MIKROORGANISME
9. PERANAN MIKROORGANISME

3
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
POKOK BAHASAN

1. PENDAHULUAN
2. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
3. TINGKATAN TAKSONOMI
4. SISTEM KLASIFIKASI
5. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
   TAKSONOMI
6. FILOGENI MIKROBA
7. DIVISI UTAMA ORGANISME
8. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY
9. GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT

4
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

1. PENDAHULUAN

• Taksonomi adalah ilmu klasifikasi biologis
• Klasifikasi adalah penataan organisme ke dalam
  kelompok-kelompok (taksa)
• Nomenklatur adalah pemberian nama untuk
  kelompok-kelompok taksonomi
• Identifikasi adalah penentuan isolat tertentu
  pada takson tertentu
• Peranan taksonomi mikroba
• Memungkinkan ilmuwan mengorganisasikan sejumlah
  besar pengetahuaannya
• Memungkinkan ilmuwan membuat prediksi dan
  kerangka hipotesis tentang organisme
• Menempatkan organisme dalam kelompok-kelompok
  bermakna dengan memberi nama secara tepat, jadi
  akan mempermudah komunikasi ilmiah.
• Penting untuk identifikasi mikroorganisme secara
  tepat.

5

• Sistematik adalah kajian ilmiah organisme dengan
  tujuan akhir untuk mengkarakterisasi dan
  menempatkan organisme dengan cara yang teratur
• Taksonomi mikroba saat ini sedang memasuki perode
  perubahan besar yang disebabkan oleh penggunaan
  teknik molekuler

6
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
POKOK BAHASAN

1. PENDAHULUAN
2. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
3. TINGKATAN TAKSONOMI
4. SISTEM KLASIFIKASI
5. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
   TAKSONOMI
6. FILOGENI MIKROBA
7. DIVISI UTAMA ORGANISME
8. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY
9. GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT

7
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

1. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA

• Bumi berumur kira-kira 4,6 milyar tahun dan
  sisa-sisa fosil sel prokariotik berumur 3,5-3,8
  milyar tahun terdapat dalam stromatolit dan
  batuan sedimen
• Stromatolit adalah batuan berlapis yang dibentuk
  dari penggabungan sedimen mineral menjadi
  hamparan mikroba (microbial mats)
• Prokariot pertama mungkin bersifat anaerob.
• Sianobakteri aerobik mungkin muncul 2,5-3,0
  milyar tahun yang lalu.

8

• Hasil penelitan Carl Woese dan kawan-kawan
  menyarankan bahwa organisme dibagi dalam tiga
  domain
• Eukaria-meliputi seluruh organisme eukariotik
• Bakteria-terdiri dari organisme prokariotik yang
  mempunyai rRNA bakterial and lipid membran
  terutama berupa diasil gliserol eter
• Archaea-terdiri dari organisme prokariotik yang
  mempunyai rRNA archaeal dan lipid membran
  terutama berupada isoprenoid gliseral dieter atau
  turunan diglesrol tetraeter.

9
The Three-Domain System
10

• Sel eukariotik modern yang muncul kurang lebih
  1,4 milyar tahun yang lalu berasal dari prokariot
• Hipotesis I perkembangan kloroplast dan
  mitokondria merupakan pelipatan (invaginasi)
  membran plasma dan kemudian membentuk ruang-
  ruang (compartmentalization) dengan fungsi
  tertentu

11

• Hipotesis II (hipotesis endosimbiotik)
  menyarankan sebagai berikut
• Proses pertama pembentukan sel eukariot adalah
  pembentuk nukleus (mungkin fusi bakteri dan
  archaea purba)
• Kloroplast dibentuk ketika bakteri fotosintetik
  yang hidup bebas bersimbiosis dengan sel
  eukariotik primitif (sianobakteria dan proklron
  disarankan sebagai kandidat yang paling kuat)
• Mitokondria mungkin terbentuk melalui proses yang
  sama (tetua Agrobacterium, Rhizobium, dan
  riketsia menjadi kandidatnya)
• Hopotesis endosimbiotik mendapat dukungan kuat
  dari penemuan sianobakterium yang
  berendosimbiotik dengan protista biflagelata
  (Cyanophora paradoxa) sianobakterium berfungsi
  sebagai chloroplast Cyanophora paradoxa
  endosimbiotik ini dikenal sebagai sianel
  (cyanelle)

12
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
POKOK BAHASAN

1. PENDAHULUAN
2. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
3. TINGKATAN TAKSONOMI
4. SISTEM KLASIFIKASI
5. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
   TAKSONOMI
6. FILOGENI MIKROBA
7. DIVISI UTAMA ORGANISME
8. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY
9. GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT

13
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

1. TINGKATAN TAKSONOMI

• Tingkatan taksonomi (dari bawah ke atas) adalah
• spesies,
• genus,
• famili,
• ordo,
• klas,
• kerajaan (kingdom)
• Namun, ahli mikrobiologi seringkali menggunakan
  nama seksi (suatu pengelompokan yang kurang
  formal) yang bersifat deskriptif untuk
  kelompok-kelompok organisme tertentu, seperti
  metanogen, purple bacteria, bakteri asam laktat,
  dan lain-lain.

14

• Galur adalah populasi organisme yang dapat
  dibedakan dari sekurang-kurang beberapa pupulasi
  lain dalam suatu kategori taksonomik, galur
  dianggap berasal dari organisme tunggal atau
  isolat kultur tunggal.
• Biovar berbeda secara biokimiawi atau
  fisiologis
• Morfovar berbeda secara morfologi
• Serovar berbeda sifat antigenik
• Galur tipe (Type strain) adalah galur suatu
  spesies yang dikaji pertama kali (yang paling
  rinci dikarakterisasi), galur ini tidak harus
  anggota yang paling mewakili.
• Genus adalah kelompok spesies (satu atau lebih)
  yang telah ditentukan dengan sangat baik yang
  secara jelas terpisah (berbeda) dari genera lain

15

• Dalam sistem nomenklatur binomial yang diajukan
  oleh Carl von Linne (Carolus Linnaeus), huruf
  pertama nama genus ditulis dengan huruf besar dan
  epitet spesifik ditulis dengan huruf kecil pada
  huruf pertamanya (e.g., Escherichia coli) dalam
  artikel ilmiah, huruf pertama genus dapat
  disingkat setelah ditulis lengkap pada penulisan
  sebelumnya, contoh, E. coli

16
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
POKOK BAHASAN

1. PENDAHULUAN
2. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
3. TINGKATAN TAKSONOMI
4. SISTEM KLASIFIKASI
5. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
   TAKSONOMI
6. FILOGENI MIKROBA
7. DIVISI UTAMA ORGANISME
8. BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY
9. GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT

17
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

1. SISTEM KLASIFIKASI

• Klasifikasi Alami (Natural classification)
• penataan organisme ke dalam kelompok-kelompok
  yang anggota-anggotanya mempnyai banyak kesamaan
  sifat dan mencerminkan sebanyak mungkin sifat
  biologis organisme.

18

• Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan
  organisme didasarkan atas kesamaan secara
  keseluruhan
• Seringkali berupa suatu sistem alami yang
  didasarkan atas kesamaan karakter
• Tidak tergantung pada analisis filogenetik
• Menggunakan unweighted traits
• Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak
  mungkin sifat (attributes)

19

• Taksomi Numerik (Numerical taxonomy)
• Informasi sifat suatu organisme dikonversikan ke
  bentuk yang sesuai untuk analisis numerk dan
  dibandingkan menggunakan komputer.
• Ada atau tidaknya sekuran-kurangnya 50 (sebaiknya
  beberapa ratus) karakater dibandingkan karakter
  tersebut di antaranya karakter morfologi,
  biokimiawi, dan fisiologi)
• Koefisien asosiasi ditentukan di antara
  karakter-karakter yang dimiliki oleh dua
  organisme

20

• Koefisien kesesuaian sederhana (Simple matching
  coefficient) proporsi yang sesuai (match) baik
  untuk karakter yang ada maupun tidak ada
• Koefisien Jaccard (Jaccard coefficient)
  mengabaikan karakter-karakter yang tidak ada pada
  kedua organisme
• Nilai-nilai tersebut diatur untuk membentuk
  matriks kesamaan (similarity matrix) organisme
  dengan kesamaan tinggi dikelompokkan bersama
  dalam fenon (phenons)
• Perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas
  terlihat tetapi fenon dengan kesamaan 80
  seringkali dianggap satu spesies (bakteri)

21

• Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan
  organisme didasarkan atas kesamaan secara
  keseluruhan
• Seringkali berupa suatu sistem alami yang
  didasarkan atas kesamaan karakter
• Tidak tergantung pada analisis filogenetik
• Menggunakan unweighted traits
• Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak
  mungkin sifat (attributes)

22

• Sistem filogenetik (filetik) Phylogenetic
  (phyletic) -pengelompokan organisme didasarkan
  pada hubungan evolusioner
• Untuk prokariot adalah sulit untuk mengetahui
  hubungan evolusi karena kekurangan catatan fosil
  yang baik
• Pembandingan langsung materi genetik dan produk
  gen seperti rRNA dan protein dapat digunakan
  untuk mengatasi kesulitan tersebut di atas

23
sekian ......