Membranproteiner

1
Membranproteiner

• Kapitel 12

2
Membranproteiner
Perifera membranproteiner
Integrala membranproteiner
3
(No Transcript)
4
(No Transcript)
5
Colicin A
Paradox Membranprotein Som är lösligt både i
vatten och instopppat i membran Alternativ
Konformation i lösning jämfört med i membran
6
Bakterierhodopsin
7
Bakterierhodopsin
8
Retinal, ljusabsorberande pigment
9
Rhodopsin
Retinal Blå grundtillstånd Rödexciterat
tillstånd
10
Proton förflyttning hos rhodopsin
11
Proton förflyttning hos rhodopsin
12
Proton förflyttning hos rhodopsin
13
Porin
14
Trimer av porin
15
K-kanalen
16
K-kanalen
17
K-kanalen
18
K-kanalen
19
K-kanalen
från sidan
uppifrån
20
Fotosyntetiska pigment
Ubikinon
Klorofyll
21
Diffraktionsfoto på fotosyntetiska
reaktionscentrat
22
Fotosyntetiska reaktionscentrat
23
Fotosyntetiska pigment
24
Schematisk bild över reaktionscentrat
25
Light harvesting complex, LH2
26
Light harvesting complex, LH2
27
Light harvesting complex, LH2
28
Light harvesting complex, LH1
29
LH1, LH2 och reaktionscentrat
30
Energiflöde via LH2 och LH1 till reaktionscentrat
31
Hydropathy plot

• Beräkna utgående från ett fönster (19 aa)
  hydrofobiciteten och plottar mot sekvensen
• Kan förutsäga vilka delar av en transmembranhelix
  som är inbäddad i membranet
• Kan även användas för cytosoliska proteiner,
  vilken information får man då?

32
Hydropathy plot
33
Hur beräknas dessa skalor?
34
(No Transcript)
35
Några exempel från PDB

• K-kanalen
• Rhodopsin
• Colicin A

36
Signaltransduktion kap 13
37
(No Transcript)
38
(No Transcript)
39
(No Transcript)
40
Topologi cH-rasp21
Topologisk brytpunkt
41
Bindning av GTP till aktiva ytan
42
Inbindning av GTP till transducin
43
Komformationsändringar hos transducin
44
Transducin
45
Komformationsändringar hos transducin
46
(No Transcript)
47
(No Transcript)
48
(No Transcript)
49
(No Transcript)
50
(No Transcript)
51
G protein, Transducin, heterotrimer
52
G protein, Transducin, heterotrimer
53
G protein, Transducin, b-subenheten
54
(No Transcript)
55
(No Transcript)
56
(No Transcript)
57
Phosducin, regulator av GTPase aktivitet
58
Phosducin bindning till transducin dimer
Phosducin, blockerar bindning Till a-subenheten
59
Human growth hormone
Four-helix bundle
60
Human growth hormone receptor
Bindningsyta för HGH
Immunoglobulinfold
61
Bindning av HGH till HGH receptor 12 komplex
Osymmetrisk bindning av HGH
62
Bindning av Prolactin receptor till HGH 11
komplex
63
Hormon receptor interaktion
64
Hormon receptor interaktion
65
Tyrosinkinas familjen
66
Src Tyrosinkinas

• Signalprotein som kontrollerar celltillväxt
• Signalering sker med hjälp av fosforylering av
  tyrosiner
• Hundratals olika Tyrosinkinaser som är
  närbesläktade, Knock-out ofta ingen effekt
• Onkogen, genen alltid aktiv ger ohämmad
  celltillväxt, utveckling av cancer

67
(No Transcript)
68
Src Tyrosinkinas, SH2 domänen
69
Src Tyrosinkinas, aktiv och inaktiv form
Från PDB, molecule of the month
70
From Time Magazine 28 May 2001
71
Tyrosinkinas med inbunden Gleevec (Cancermedicin)
72
Några exempel från PDB

• Transducin
• G protein trimer
• Inbinding av GTP/GDP kolla konformationsändring

73
(No Transcript)
74
(No Transcript)
75
(No Transcript)
76
(No Transcript)
77
(No Transcript)
78
(No Transcript)