Modulo di Microbiologia Clinica

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Modulo di Microbiologia Clinica
Anno accademico 2008-2009 Per il Corso Integrato
METLAMEC sono previste 3 ore di lezione,
nell'Aula grande del complesso chirurgico
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• A seguito della modifica al piano di studi
  ufficiale, a partire dalla sessione di Febbraio
  2009 l'esame di Microbiologia C.I. verterà anche
  sugli argomenti presentati alle lezioni di
  Microbiologia Clinica che prima rientravano nel
  C.I. MetLaMec.
• Le lezioni sono state fissate come segue
• Mercoledì 15 Ottobre, ore 930,
• Mercoledì 22 Ottobre, ore 930,
• Mercoledì 29 Ottobre, ore 930,
• Tutte nellaula delle cliniche chirurgiche

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15 ottobre 2008, ore 930
Scaletta
Linee generali di diagnostica microbiologica. Vedi la presentazione che segue. Visita il  sito del Laboratorio di Microbiologia di Careggi.  
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Linee generali di diagnostica microbiologica
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Clinical Microbiology in the 21st Century

• Clinical microbiology laboratories provide
  services that are critical to the well-being of
  our populationanalyzing specimens collected from
  sick patients and gathering data that enable the
  correct diagnosis to be made for victims of
  infectious diseases. They are the sentinels for
  bioterrorism events and natural outbreaks of
  infection which threaten the public health of the
  communities they serve.
• These laboratories provide crucial information
  that guides the selection of the right
  antimicrobial therapy for patients with treatable
  infections.
• They are the first to recognize the emergence of
  resistance to frequently used antimicrobial
  agents.
• Individuals who work in clinical microbiology
  laboratories are highly trained professionals who
  make countless decisions each day that save lives
  and benefit the sick and at-risk members of our
  society.

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Premessa

• La diagnostica microbiologica è un esempio tipico
  di diagnostica etiologica
• Consiste nellidentificare la causa microbica di
  una malattia o di uninfezione
• Il più delle volte consiste nellidentificazione
  dellagente di uninfezione alla base di una
  malattia infettiva

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Casi particolari

• Diagnosi di malattia non infettiva, ad etiologia
  microbica
• Botulismo alimentare intossicazione alimentare
  stafilococcica TSS, ..
• Diagnosi di immunità specifica a una data
  malattia o infezione

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Partizione principale

• Diagnostica diretta
• Trova e identifica lagente
• Isolandolo e identificandolo ?
• Dimostrando la presenza di suoi prodotti
  specifici
• Tossine
• Antigeni
• Acidi nucleici
• Diagnostica indiretta
• Cerca le prove di una risposta immunitaria
  specifica in atto
• Aumento del titolo anticorpale verso antigeni
  specifici dellagente causale movimento
  anticorpale
• Reperto di anticorpi ad alto titolo
• Reperto di anticorpi della classe IgM, o di
  anticorpi sIgA

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(No Transcript)
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? Isolamento

• Lisolamento dellagente ha un valore che va
  oltre la diagnosi etiologica
• Ne permette uno studio approfondito, per
  valutare
• Caratteristiche infraspecifiche ?interesse
  epidemiologico e preventivo
• Fattori di virulenza e di patogenicità
• Suscettibilità agli antibiotici
• Antibiogramma premessa a una terapia razionale

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Per lisolamento

• È necessario ipotizzare su base clinica una gamma
  di ipotesi etiologiche
• Per ogni ipotesi, richiamare lo schema
  patogenetico corrispondente, per decidere quale
  materiale prelevare, in quale momento, e in quali
  condizioni
• Inviare il materiale al laboratorio, informandolo
  delle ipotesi da perseguire

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Semine isolanti
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Isolamento in piastra
È preliminare a ogni studio fenotipico
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I caratteri macroscopici variano a seconda del
terreno B. anthracis
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Per lisolamento, il laboratorio

• Potrà partire da un materiale normalmente
  sterile
• Sangue, liquor, tessuti interni, versamenti
  articolari,
• ? Terreni non selettivi
• o da materiale normalmente microbico
• Essudati su mucose, tamponi nasali, cutanei,
  faringei, feci
• ? Terreni selettivi

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Esempio di chiave diagnostica - coprocolture
http//www.swbic.org/outbreak/procedures/flow_ch.h
tml
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Tendenza

• Sempre di più si ricorre a metodi miniaturizzati
  ed automatizzati, sia per lidentificazione che
  per gli antibiogrammi
• Ci si basa su un gran numero di caratteri
  fenotipici e molecolari, elaborati poi in modo
  algoritmico

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Per lEBM

• Già nel Corso di Laurea si devono presentare gli
  strumenti metodologici per valutare le
  caratteristiche operative delle singole
  prestazioni del laboratorio di Microbiologia
• Specificità, sensibilità, valori predittivi,
  rapporti di verosimiglianza

I concetti necessari a capire la problematica si
acquisiscono nel corso di statistica medica e
biometria
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Counterintuitive is bad news Bandolier,
Evidence-based health care, 1999 6, 1
The moral is that methods of working which are
muddling should be superseded by methods which
are comprehensible. Down with sensitivity and
specificity, and up with likelihood ratios and
common sense.
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Specificità e valori predittivi
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Il rapporto di verosimiglianza (RV)

• Il nomogramma permette di risalire dalle
  probabilità pre-test della malattia (cioè dalla
  prevalenza) alle probabilità post-test (valore
  predittivo del risultato)

• RV fa da puntatore della linea che dalle
  probabilità pre-test porta a quelle post-test

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Absence of evidence is not evidence of absence