Virus

1
Virus à ARN

• Dr Ségolène BRICHLER
• Laboratoire de Bactériologie Virologie Hygiène
• CHU Avicenne Université Paris 13

2
Classification
Capside Enveloppe Génome ARN
icosaédrique nu simple brin ()
hélicoïdale enveloppé simple brin (-)
hélicoïdale enveloppé simple brin (-)
3
Les Picornaviridae

• Exemple le Poliovirus

4
Carte didentité des Picornaviridae

• 28 à 30 nm
• Virus nus
• Capside icosaédrique (4 protéines VP1 à VP4)
• Génome ARN simple brin, polarité (), 7.5kb

• 4 genres pathogènes pour lhomme
• Rhinovirus
• Hepatovirus virus de lhépatite A
• Enterovirus Enterovirus, Coxsackie, Poliovirus
• Parechovirus

5
Caractéristiques générales

• Virus nu
• Résistance dans le milieu extérieur
• Inactivation formol, rayons UV, eau de Javel
• Rhinovirus détruit à pH acide, pas de passage
  de la barrière stomacale
• VHA résistance chlore (piscines), eau de
  boisson
• Mode de transmission féco-orale (sauf
  Rhinovirus), multiplication dans lintestin
  grêle, élimination dans les selles

6
Polio historique

• Connue depuis gt 3500 ans
• Épidémies de paralysie infantile
• 1909 Landsteiner reproduit la maladie chez le
  singe en lui inoculant un extrait de moelle
  épinière dun enfant décédé
• 1955 vaccin inactivé (Salk)
• 1963 vaccin atténué (Sabin)

7
Poliovirus pouvoir pathogène

• 3 sérotypes (Anticorps neutralisants contre le
  sérotype responsable)
• Réservoir humain (surtout enfants infectés,
  malades ou non)
• Excrétion à haut titre dans les selles, parfois
  prolongée
• Persistance dans lenvironnement
• Transmission féco-orale directe ou indirecte
  alimentation, eau contaminée, coquillages

8
Polio cycle viral
Phase digestive
Phase lymphatique
Phase sanguine
Phase neurologique
oropharynx
amygdales
Corne antérieure de la moelle épinière
virémie
plaques de Peyer
intestin
Selles Milieu extérieur Environnement Excrétion
prolongée
9
Polio tableau clinique

• Poliomyélite antérieure aiguë
• Incubation 15 jours
• Fièvre, infection rhinopharyngée, douleurs
  musculaires intenses
• Paralysies flasques (tout territoire)
• 10 datteintes des muscles respiratoires ou de
  centres bulbaires (syndrome de Landry) mettant en
  jeu le pronostic vital
• Formes frustres paralysie isolée dun membre ou
  dun nerf crânien
• Récupération partielle Séquelles
  amyotrophie dun membre, boiterie
• Syndrome post-poliomyélitique gt 10 ans plus
  tard
• (persistance virale? Dysfonctionnement
  immunitaire?)
• Aggravation des lésions neurologiques initiales

10
Polio diagnostic in vitro

• Examens directs
• Pvts selles, LCR
• Culture séroneutralisation pour typage
• RT-PCR
• Examens indirects
• Sérologie
• évaluation de limmunité post-vaccinale
• ou devant une paralysie aiguë (x2)

11
Polio devant un cas suspect

• Devant toute paralysie flasque aiguë
• Non traumatique
• Motrice pure (sans trouble sensitif objectif)
• Non évocatrice
• dun syndrome typique de Guillain Barré
• Dune compression médullaire aiguë
• Dune myélite transverse aiguë
• Quel que soit lâge du patient

• Interrogatoire
• Statut vaccinal
• Voyage récent

• Prescrire
• Une recherche dEnterovirus
• Dans les selles (2 pvts successifs à 24-48h
  dintervalle)
• Dans le LCR
• Une sérologie polio (2 pvts à 1-2 semaines
  dintervalle)

12
Prévention

• Respect des règles dhygiène universelle
• Vaccination

13
Les vaccins Polio
Avantages Inconvénients
Vaccin inactivé injectable VPI (Salk) Innocuité Pas de contrindication Association possible D-T-Coq-H.influenzae b-hépatite B Pas dimmunité locale intestinale Rappels réguliers Maintien dune couverture vaccinale élevée dans la population
Vaccin atténué buvable VPO (Sabin) Efficacité Immunité générale et intestinale Facilité dadministration (campagnes de masse) Contrindications femme enceinte, immunodéprimé (et entourage) Conservation Contagieux, circulation de la souche vaccinale Réversion vers le caractère sauvage poliomyélite post-vaccinale Interférence avec des Enterovirus
14
Polio en France

• Disparition en 1990
• Dernier cas importé en 1995 homme de 27ans,
  Côte dIvoire, vaccination incomplète,
  réanimation pour tétraplégie et détresse
  respiratoire

15
Polio Déclaration Obligatoire

• Centre National de Référence
• Commission nationale de certification de
  léradication de la polio en France
• - Notification des cas de paralysie flasque
  aiguë
• - Analyse des eaux usées détection de
  Poliovirus dans la population et lenvironnement
• - Enquête dans lentourage de tout cas suspect

• Antécédents vaccinaux
• Notion de contage
• Voyage en zone dendémie
• Contact avec un sujet ayant reçu le vaccin oral

16
Polio dans le Monde

• Europe dernier cas en 1998
• Continent américain dernier cas en 1991
• Régions endémiques Afrique, Irak, sous
  continent indien

17
Éradication mondiale de la polio ?

• Réservoir humain
• Vaccin trivalent efficace

18
Les Paramyxoviridae

• Exemples le VRS, le virus de la rougeole et le
  virus des oreillons

19
Carte didentité des Paramyxoviridae

• Sphérique, 150-400 nm
• Enveloppe avec des spicules de glycoprotéines
• Nucléocapside tubulaire à symétrie hélicoïdale
• Génome à ARN simple brin, de polarité (-), 15-16kb

• 2 sous-familles
• Paramyxovirinae
• Paramyxovirus (para-influenza 1 et 3)
• Rubulavirus (para-influenza 2 et 4, oreillons)
• Morbillivirus (rougeole)
• Pneumovirinae
• Pneumovirus (VRS A et B)
• Metapneumovirus

20
Pouvoir pathogène des Paramyxoviridae

• Infections épidémiques
• Début par atteinte des voies aériennes
  supérieures
• Excrétion virale intense les premiers jours par
  voie rhino-pharyngée
• Diffusion
• Aux voies aériennes inférieures par contiguïté
  (VRS, PIV) maladie purement respiratoire
• Par voie sanguine (oreillons, rougeole) maladie
  systémique

21
Le Virus Respiratoire Syncytial (VRS)
22
VRS généralités

• VRS A et B
• Épidémie annuelle (hiver) en zone tempérée
• régions tropicales saison des pluies
• En France 460 000 cas par an

• Causes - Pas de variabilité du virus !
• - Nouveaux nourrissons réceptifs
• - Fort titre infectieux dans les sécrétions
• - Diffusion entre enfants
• - Mauvaise qualité de limmunisation naturelle
  20 de ré-infection (asymptomatique ou
  bénigne)

23
VRS cycle viral
Sécrétions nasales Mains, vêtements
Sinus Oreille moyenne
Nasopharynx
Trachée Bronches Bronchioles
Destruction des cellules cylindriques
ciliées Réaction inflammatoire (obstruction
bronchiolaire)
24
VRS Maladie

• Bronchiolite
• Incubation 2 à 4 jours
• Phase détat toux, dyspnée obstructive,
  polypnée, surdistension thoracique, râles
  crépitants expiratoires
• Évolution favorable en 10 jours
• Dans 2/3 des cas récidives
• 0.5 à 2 urgence médicale (désobstruction des
  voies aériennes)
• Autres pathologies
• Enfant 5 à 40 des pneumonies, 10 à 30 des
  bronchites risque dinfection grave chez
  limmunodéprimé
• Adulte pneumonie rare et bénigne (personne âgée
  ou immunodéprimée bronchospasme et insuffisance
  respiratoire)

25
VRS Diagnostic

• Indications patients hospitalisés pour
  broncho-pneumopathie obstructive, en période
  épidémique (surtout nourrissons, personne
  âgée, immunodéprimé)
• Prélèvements écouvillon ou aspiration nasale ou
  trachéobronchique
• Techniques directes
• Recherche des antigènes viraux par IF ou EIA
• Culture sur cellules MRC5 difficile, long (5 à
  10j)
• RT-PCR

• Techniques indirectes (sérologie) pas dintérêt
  chez le nourrisson (faible taux danticorps)
  anticorps dorigine maternelle

26
VRS Traitement

• Kinésithérapie respiratoire, désobstruction
  nasale
• O2 , hydratation, alimentation fractionnée,
  couchage, aération
• ATB non systématique, si signes de surinfection
  bactérienne
• Ribavirine
• action in vitro
• En aérosol dans la bronchiolite grave
• diminue la durée de la ventilation assistée et de
  lO2
• pas de diminution de la mortalité ou la durée
  dhospitalisation
• Chez ladulte immunodéprimé, en association avec
  des Ig anti-VRS améliore le pronostic des
  pneumonies
• Tératogène chez lanimal pas chez la femme
  enceinte !

27
VRS Prévention

• Mesures dhygiène
• Immunisation passive anticorps anti-VRS
• disponible en France en ATU nominative
• essais en cours chez le nourrisson à risque
• Vaccination
• Vaccin inactivé essais en 1960s catastrophiques
  (lors des réinfections naturelles, pathologies
  pulmonaires plus graves)
• Vaccin vivant atténué essais en cours, voie
  nasale réponse immunitaire locale et systémique
• Vaccin sous-unitaire, protéines G ou F essais
  en cours

28
Les virus Para-influenza (PIV)

• 4 types
• PIV3 (50 des PIV) rhinite, laryngite,
  bronchiolite, pneumonie
• PIV 1 et 2 laryngo-trachéite aiguë
• Epidémies (automne à printemps)
• 2/3 des enfants ont les anticorps à 2 ans
• Diagnostic direct par IF (mêmes pvts)
• Traitement symptomatique
• Vaccin essais en cours (vaccin atténué)

29
Le Virus des Oreillons (mumps)
30
Oreillons généralités

• Description par Hippocrate (5ème siècle avant JC)
   épidémie de tuméfactions douloureuses
  parotidiennes 
• Épidémies de parotidites et méningites
• Avant la vaccination
• très contagieuse dans lenfance (50 à 5 ans, 90
  à 15 ans)
• prédominance saisonnière (janvier à mai)
• recrudescence épidémique tous les 2-7 ans
• Depuis le ROR
• France 200 cas / 100 000 Taux de vaccination
  insuffisant
• Transmission aérienne, favorisée par la
  collectivité

31
Oreillons cycle viral
Phase respiratoire
Phase lymphatique
Phase sanguine
Phase détat
Nasopharynx
glandes salivaires
méninges
Ganglions lymphatiques
virémie
Tissus glandulaires testicules ovaires
thyroïde pancréas seins
Voies aériennes supérieures
Urine
32
Oreillons Maladie

• 1/3 des cas asymptomatiques
• Parotidite bilatérale dans 70 des cas
• Méningite (15 des cas) 2ème cause de méningite
  virale du sujet jeune, après les Enterovirus
• Méningo-encéphalite ourlienne primitive rare
  (1/2000 à 6000 infections) 4 de surdité
  transitoire, 0.01 de surdité permanente
• Orchite (20 des cas post- puberté) bilatérale
  (¼ des cas)
• Pancréatite (0.04)
• Avortement chez la femme enceinte
• rôle dans le déclenchement ultérieur dun diabète?

33
Oreillons Diagnostic

• Indications
• Manifestations extra-parotidiennes
• Symptômes post-vaccination
• Détermination du statut immunitaire
• ? amylasémie 80-90 des cas
• LCR
• dominance lymphocytaire (au début formule
  panachée voire PNN)
• protéinorachie modérée, glycorachie normale
• Diagnostic direct (salive, urine, LCR)
• culture cellulaire
• IF directe
• RT-PCR surtout pour les méningites ou
  encéphalites
• Diagnostic indirect (2 sérums)

34
Oreillons Traitement et Prévention

• Traitement symptomatique
• Vaccin vivant atténué
• en association R.O.R.
• Calendrier 1 dose à 1 an, 2ème dose entre 3 et
  6 ans (rattrapage entre 11 et 13 ans si non
  vacciné ou 1 seule dose reçue)
• Réactions post-vaccinales parotidite fugace,
  méningite lymphocytaire (1/2 500 000 doses)

35
Le Virus de la Rougeole (measles)
36
Rougeole Généralités

• Pays sans vaccination
• maladie touchant quasiment tous les enfants (6
  mois à 10 ans)
• épidémies hiver-printemps
• Pays avec vaccination
• chute de gt99 des cas dans les années 1970-1980s
• Cas de foyers isolés, chez ladolescent ou
  ladulte
• France 82 de vaccination présence endémique,
  risque dépidémie avec formes graves de ladulte
• insuffisant pour espérer une éradication
• Monde 45 millions de cas annuels, 1.2 millions
  de décès
• Cause majeure de mortalité infantile dans les PVD

37
Rougeole cycle viral
Phase respiratoire
Phase lymphatique
Phase sanguine
Phase détat
Nasopharynx
Épithélium respiratoire, urinaire, intestinal, oc
ulaire
Ganglions lymphatiques
virémie
Cellules endothéliales
Voies aériennes supérieures
SNC
Urine
38
Rougeole Maladie

• Rougeole commune
• Incubation 10 jours
• Catarrhe oculo-naso-bronchique fébrile
• Éruption 3-4 jours plus tard
• énanthème fugace de la face interne des joues
  (signe de Koplick)
• exanthème maculopapuleux, débutant sur la face,
  dévolution descendante généralisée, pendant 1
  semaine
• Régression des symptômes infectieux dès le début
  de léruption

39
Rougeole maladie (suite)

• Encéphalite
• Hyperleucocytose du LCR sans csq
• Encéphalo-myélite aiguë post-infectieuse
• fréquence 0.1, mortalité 10-20, séquelles
  graves dans 20 des cas
• 5-7 jours après léruption, fièvre, convulsions,
  troubles de la conscience, signes neurologiques
  focalisés
• Pan-encéphalite sclérosante subaiguë
• très rare (1/105 à 106) 1 à 15 ans après une
  rougeole toujours mortelle
• encéphalopathie dégénérative, lésions diffuses du
  cortex et de la substance blanche
• infection persistante du cerveau par un virus
  défectif
• Encéphalite aiguë progressive
• personnes immunodéprimées (réplication virale
  cytolytique dans le cerveau)
• Complications respiratoires
• Poumon rougeoleux commun
• Surinfection bactérienne ou virale (otite,
  laryngite, bronchite, pneumonie)
• Pneumonie interstitielle à cellules géantes chez
  les immunodéprimés

40
Rougeole Diagnostic

• Indications
• complications (encéphalite ou méningo-encéphalite)
  
• éruption atypique fébrile
• Diagnostic direct
• Pvts sécrétions nasopharyngées (écouvillon ou
  aspiration), aspiration bronchique, sang, urines,
  LCR
• détection dantigènes par IF
• Culture
• RT-PCR
• Diagnostic indirect (sérologie ELISA)
• apparition des IgM avec les signes cliniques

41
Rougeole Traitement et Prévention

• Ribavirine
• active in vitro
• proposée dans les formes graves, résultats peu
  probants
• Séroprévention (Ig polyvalentes)
• injection dans les 5 jours qui suivent un contage
• sujets non immuns, fragiles, immunodéprimés
• Vaccin vivant atténué (R, RR ou ROR)
• Recommandé entre 12 et 15 mois (9 mois si crèche)
  2ème dose avant 6 ans
• Peut donner un peu de fièvre et un érythème
  discret
• Contrindications femme enceinte,
  immunodépression, allergie vraie à lœuf
• GB polémique sur un risque dautisme
• Pays tropicaux conservation, infection très
  précoce (anticorps maternels)

42
Les Rhabdoviridae

• Exemple Le virus de la rage

43
Carte didentité des Rhabdoviridae

• Forme allongée (obus)
• 1 extrémité plate
• 1 extrémité arrondie
• Enveloppe spicules (trimères de glycoprotéine
  G)
• Anticorps neutralisants
• Capside tubulaire à symétrie hélicoïdale
• ARN monocaténaire non segmenté, polarité (-),
  12kb
• Multiplication cytoplasmique
• Rage Genre Lyssavirus, 7 génotypes

44
Rage Historique

• 1ère description 23 siècles avant JC, Babylone
  lien entre la rage humaine et les morsures de
  chien enragé
• 1885 vaccination post-exposition de Louis
  Pasteur sur Joseph Meister, avec un vaccin
  élaboré sur tissu nerveux de lapin
• Depuis
• amélioration de la tolérance des vaccins
• contrôle de la rage animale
• 10ème rang des maladies infectieuses dans le
  tiers monde

45
Rage Cycle viral
Phase locale
Phase neurologique
Phase de dissémination
Salive
Peau lésée
Peau Muqueuses
Animaux sauvages ou domestiques Salive
Morsures Griffures Greffe de cornée
SNC Hippocampe Lobes temporaux
Neurone périphérique
Cornée Conjonctive
Muscles
Urines
46
Rage Cycle viral (suite)

• Conséquences
• si zone dinoculation proche du SNC
• si zone richement innervée
• pénétration efficace
• incubation courte

47
Rage Maladie animale

• Rage furieuse ou Rage paralytique
• Chiens, chats Forme spastique, aboiement
  bitonal
• Bovins, ovins Forme calme, salivation excessive
• installation des paralysies, décès en 15j
• Animaux sauvages perte de linstinct de
  conservation
• pénétration dans les villes et les habitations,
  morsures
• Chauves souris portage asymptomatique ou
  incubation longue
• troubles du comportement (agressions diurnes,
  morsures, prostrations, cris)

48
Rage Maladie humaine

• Incubation 1-2 mois (1 semaine à plusieurs
  années) Prodromes insomnie, anxiété,
  hyperesthésie généralisée
• Hydrophobie (90) hyperesthésie
  pharyngo-laryngée
• spasme pharyngo-laryngé à la déglutition des
  liquides
• risque détouffement par fausse route
• réflexe pavlovien à la seule vue deau !
• Aérophobie spasme facio-cervical extensif
  déclenché par insufflation dair derrière
  loreille
• Paralysie ascendante
• Mort 100

49
Rage Diagnostic

• Indications
• Diagnostic dune encéphalite rabique
• Diagnostic chez lanimal contact
• Statut immunitaire dun individu
• Pvts (emballage) ? centres de référence (I
  Pasteur, Paris)
• Homme vivant salive, LCR, biopsie cutanée
  (terminaisons nerveuses), empreinte de cornée
• Homme décédé ou animal cortex cérébral,
  hippocampe, bulbe rachidien, cornée
• Diagnostic direct
• IF ou IP directe sur empreintes ELISA sur
  broyats
• RT-PCR typage par séquençage et analyse
  phylogénétique
• Isolement en culture
• inoculation intracérébrale à des souriceaux,
  autopsie du cerveau
• cellules de neuroblastome murin
• Diagnostic indirect détermination du statut
  immunitaire

50
Rage humaine Conduite à tenir

• Sujet mordu, premier geste
• Temps anciens Cautériser la peau au fer rouge
• Maintenant lavage à leau savonneuse, rinçage,
  désinfection, parage sans suture (pour tenter
  déliminer linoculum viral)
• Prophylaxie anti-tétanique et ATB
• Centre de traitement anti-rabique (72 en France)
• Indications de la vaccination et de la
  sérothérapie
• Vaccination protège mal contre les génotypes 2,
  3, 4, 5
• Problème de maîtrise du risque en Afrique
• Justifie le typage moléculaire de toutes les
  souches
• Vaccin inactivé 2 protocoles J0-J3-J7-J14-J28
  J0x2-J7-J21
• Sérothérapie Immunoglobulines dorigine humaine
  ou équine
• Surveiller lanimal mordeur
• Observation vétérinaire des carnivores
  domestiques apparemment sains
• 3 visites légales (J1, J8, J15)
• Si décès ou abattu envoi au Centre de
  Référence, diagnostic direct

51
Rage humaine Conduite à tenir

• Catégorie I
• Contact ou alimentation de lanimal
• Léchage sur peau intacte
• ? Aucun traitement si une anamnèse fiable peut
  être obtenue
• Catégorie II
• Peau découverte mordillée
• Griffures bénignes ou excoriations sans
  saignement
• Léchage sur peau érodée
• ? Administration immédiate du vaccin
• Catégorie III
• Morsure ou griffure ayant traversé la peau
• Contamination des muqueuses par la salive
• ? Administration immédiate des Ig et du vaccin

52
Rage Épidémiologie mondiale

• Asie, Afrique
• principal vecteur chien errant
• 40000 décès / an en Inde
• 500 à 6000 en Afrique ?
• Sous-estimation (diagnostic clinique)
• Amérique Latine
• Vecteurs chiens et chauves souris hématophages
• Programme volontariste de vaccination
• 200 cas / an
• Amérique du Nord
• Réservoir ratons laveurs, mouffettes, renards,
  coyotes
• 3-5 cas / an (rôle des chauves souris)

53
Rage Épidémiologie en Europe

• Rage humaine éradiquée
• Rage canine éradiquée
• vaccination des chiens domestiques, élimination
  des chiens errants
• Rage du renard
• diffusion, à partir de lEurope de lEst, après
  1945
• France atteinte en 1968, front ?de 40kms par an
  jusquen 1989
• Vaccination par largage dappâts vaccinaux par
  hélicoptère 2x par an derniers cas en Moselle
  en 1998
• ? vigilance, concertation européenne

• Rage des chiroptères
• depuis 1998, seuls des chiroptères ont été
  retrouvés enragés
• Génotypes 5 et 6
• 10 cas autochtones en France en 10 ans

54
Rage Attention !

• Rage dimportation
• Personnes mordues dans un pays endémique
• Cas déclarés en France
• Importation danimaux en incubation
• Rage des chiroptères
• Problème vaccin peu efficace
• Professions exposées services vétérinaires,
  fourrières, équarrisseurs, laboratoires,
  taxidermistes, garde chasse, spéléologues,
  agriculteurs
• Voyage en zone dendémie longue durée, loin dun
  centre médical
• ?Vaccin inactivé, J0-J7-J21/28 - rappel à 1 an
  puis tous les 5 ans

55
Rage classification

• Genre Lyssavirus, 7 génotypes
• Espèces sensibles animaux à sang chaud
  (mammifères terrestres ou volants)

Pas de cas humains
Pas de cas chez des chiroptères
56
(No Transcript)
57
(No Transcript)
58
(No Transcript)