P

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Genotipado masivo en busca de marcadores para el
diagnóstico certero de enfermedades Ana M.
AransayUnidad Genómica FuncionalCIC
bioGUNESan Sebastián, 22.06.06
2
Tipos de alteraciones genéticas

• Alteraciones a nivel cromosómico
• - Translocaciones
• - Amplificación génica o duplicación
• - Inversiones
• Poliploidía
• Pérdidas de Heterocigosidad
• Alteraciones a nivel génico
• - Mutaciones puntuales (SNPs)
• - Delecciones/Inserciones
• - Hipermetilación
• Inestabilidad de secuencias
• - Microsatélites

3
SNPs

• Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Mutación
  causada por el cambio de un único nucleótido
• Los SNPs son muy frecuentes en el genoma humano
  hasta ahora se ha descrito una media de 1 SNP
  cada 1,250 pares de bases (suponen el 90 de las
  diferencias entre dos genomas)
• La mayoría de los SNPs no tienen efecto
  fenotípico, pero algunos pueden estar asociados
  con la susceptibilidad a ciertas enfermedades o
  con una respuesta discordante a ciertos
  tratamientos farmacológicos. Grupos de SNPs en
  desequilibrio de ligamiento pueden ser marcadores
  ideales para diagnóstico.

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Para qué podemos utilizar el genotipado masivo
de SNPs?

• Mapeo genómico
• Genética de poblaciones
• Estudios de asociación de enfermedades

5
Cómo organizar un estudio de asociación?
6
Cómo organizar un Estudio de Asociación?

• !! Antes de elegir la estrategia idónea de
  genotipado hay que tener muy claro
• El objetivo detallado del estudio
• Qué tecnologías de genotipado tenemos a nuestro
  alcance (tecnológica y económicamente)
• Cuántas muestras (casos/controles) podemos
  conseguir

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Metodologías de genotipado de SNPs
Cómo organizar un Estudio de Asociación?
a) análisis de SNPs uno a uno b) análisis de
SNPs de Alta densidad, para caracterizar de forma
detallada ciertos genes candidatos c) análisis
de SNPs de Baja densidad o rastreo de genoma
completo, cuando no se tiene a penas información
de los genes implicados.
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Up to 29-plex level
TaqMan single SNP analysis SNPlex 48 SNPs
multiplex
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Standard and Customized SNP sets
Pools of 384 - 1,536 SNPs
10
Cómo organizar un Estudio de Asociación?
Búsqueda de SNPs diana
11
Cómo organizar un Estudio de Asociación?
Indagar a cerca de ...

• La Genética de la enfermedad que queremos
  estudiar conocimiento de los genes implicados o
  potencialmente implicados
• Investigaciones previas en el mismo campo

12
(No Transcript)
13
Cómo organizar un Estudio de Asociación?

• La Genética de la enfermedad que queremos
  estudiar conocimiento de los genes implicados o
  potencialmente implicados
• Investigaciones previas en el mismo campo
• Rutas implicadas, interacción de genes, etc.

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Estudio detallado de Rutas Metabólicas de interés
15
Cómo organizar un Estudio de Asociación?

• La Genética de la enfermedad que queremos
  estudiar conocimiento de los genes implicados o
  potencialmente implicados
• Investigaciones previas en el mismo campo
• Bibliografía (rutas implicadas, interacción de
  genes, etc.)
• Arrays de expresión diferencial
• Etc.

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(No Transcript)
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WEBs de Interés - HapMap http//www.hapmap.org/in
dex.html.en - dbSNP http//www.ncbi.nlm.nih.gov/e
ntrez/query.fcgi? CMDDisplayFilteredDBsnp
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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LD (linkage disequilibrium) fenómeno por el cual
aquellos alelos que están suficientemente cerca
en el genoma tienden a ser heredados juntos
(haplotipo) tag-SNP set reducido de SNPs los
cuales representan la mayor parte de la variación
genética de una región (cada uno de los tag-SNPs
representa un haplotipo) MAF Minor Allele
Frequency
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Si no hay ninguna pista??? Arrays para
rastreo de Genoma Completo Secuenciación de
alto rendimiento otras ideas???
23
Investigación Básica
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Análisis estadísticos - Elección de algoritmos
puede variar según la estrategia de muestreo y de
genotipado - Consideración de los distintos
parámetros médicos asociados a las variaciones
significativas
25
Validación de los polimorfismos asociados -
Estudio del/de los polimorfismo(s) asociado(s) en
un número mayor de muestras - Estudio de la
funcionalidad de esas variaciones en un modelo
animal como puede ser Drosophila melanogaster o
una cepa adecuada de ratón
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Plataforma de Genotipado
ETORTEK, Programas de investigación estratégica
7 Centros y Empresas 26 colaboradores
Julio Font Begoña Martínez Iker Ezkerra
Carmen Garaizar Roberto Bilbao María
Azkarate Clara Rodriguez Ciriaco Aguirre Miguel
Angel Vesga
Andone Estonba Mikel Iriondo Ana Gil Olatz
Oyanguren
Jose María Mato Ana M Aransay Jon Alvarez
Antonio Martínez Corina Junquera Edurne Entrena
Antonio Barbadilla Isabel Durán Jordi
Puiggene Bruno Aranda
Ana Belén de la Hoz Naiara Tellería Amaia Del
Villar
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Producto de la plataforma
Un Banco de DNA con una colección de muestras
caso (con sus correspondientes historiales
médicos) y control indispensables para estudios
de asociación con enfermedades. Una plataforma
de genotipado que ofrece tecnologías de
genotipado de alta y baja densidad a todos los
grupos de investigación interesados. Una
plataforma bioinformática para la gestión y
trazabilidad de datos (data bases), así como para
el análisis estadístico (software) de estudios
tanto de genética de poblaciones como de
asociación.
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Agradecimientos a todo el personal del Y a
29
Gracias por vuestra atención
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(No Transcript)