Datamodellering en

1
Datamodellering en verwerking8C020 college 9
2
Terugblik college week 8

• Toepassingen van Petri-netten in bioinformatica
• Biologische schakelaars en oscillatoren
• Repressilator

3
Onderwerpen college week 9

• SQL Join
• Booleanse netwerken
• Motieven in biologische netwerken
• Oefeningen

4
INNER JOIN

• Keyword(keyword_id,word,)
• KeywordGene(keyword_id,gene_id)
• Gene(gene_id, sequence,)
• SELECT word
• FROM keyword
• WHERE keyword_id IN
• SELECT keyword_id
• FROM keywordGene
• WHERE gen_id IN
• SELECT gen_id
• FROM gene
• WHERE sequence LIKE ATTAGT

5
INNER JOIN
Zonder Joins SELECT Keyword.word,
Gene.sequence FROM Keyword, KeywordGene,
Gene WHERE Gene.sequence LIKE AAATTT AND
(Keyword.keyword_idKeywordGene.keyword_id) AND
(KeywordGene.gene_idGene.gene_id))
Met Joins SELECT Keyword.word,
Gene.sequence FROM Gene INNER JOIN (Keyword INNER
JOIN KeywordGene ON Keyword.id
KeywordGene.keyword_id) ON Gene.id
KeywordGene.gene_id WHERE (((Gene.sequence) LIKE
"AAATTT"))
6
Petri-netten als Genetische (Regulatie) Netwerken
g1
g2
g1
g2
t2,1
t2,1
g1
g2
t1
t1
g1
g2
Inhibitie (Remmen)
7
Petri-netten als Genetische Regulatie Netwerken
t2,3
t1,2
t3,1
t3,1
g2
g1
g3
t1
t2
t3
t1
g2
g1
g3
Positieve terugkoppeling (Eind toestanden)
8
Petri-netten als Genetische Regulatie Netwerken
g1
g2
g3
t2,3
t1,2
t3,1
t3,1
g2
g1
g3
t1
t2
t3
t1
g2
g1
g3
Negatieve koppeling (oscillaties)
9
Motieven (patronen) in netwerken met drie
genen(Alon et al.)
Bron publicaties van Uri Alon
10
Motieven in echte biologische en random netwerken
Bron publicaties van Uri Alon
11
Types van Feed Forward Loop Netwerken
Bron publicaties van Uri Alon