Matrices

1
Matrices
2

• Étude de la diversité génétique intraspecifique
• Typer 25-30 individus non apparentés
• Marqueurs moléculaires

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• Représentation des génotypes dans un tableau
  (Exel)

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• Équilibre de Hardy-Weinberg

5

• Mis en évidence en 1908 par G.h. Hardy et W.
  Weinberg
• Les fréquences alléliques et genotypiques restent
  stable de génération en génération dans une
  population diploïde idéale

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• Condition de léquilibre de Hardy-Weinberg

• La population est panmictique le choix du
  conjoint se fait de manière aléatoire
• Tous les individus participant au processus de
  reproduction appartiennent à la même génération
• La population est isolée aucun gène n'est
  introduit par des migrants extérieurs
• La taille de la population est infinie
• Il n'y a pas de mutation au locus considéré
• 6 Il n'y a pas de sélection agissant sur le locus
  considéré

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Loi de Hardy-Weinberg Equilibre de la fréquence
des allèles et des génotypes au cours des
générations.
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Prédiction des fréquences génotypiques de la
génération t1 à partir des fréquences alléliques
de la génération t
l'axe horizontal indique les deux fréquences
d'allèle p et q, l'axe vertical indique la
fréquence des génotypes les trois génotypes
possibles sont représentés par des courbes
différents
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• Pour un système multiallèlique à n allèles la
  formule devient (p1 p2 pn )2 1.
• fAiAi Pi2
  fAiAj PiPj
•  

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• GENPOP (version 1.2) ( Raymond et Rousset
  1995)
• deux estimation de Fis(mesure lécart à la
  panmixie à lintérieur des populations)une
  basée sur le modèle de Weir et Cockerhams (1984)
  et la deuxième sur le modèle de Robertson et Hill
  (1984)

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Ho hétérozygotie moyenne observée Hs
hétérozygotie intra-population sous lhypothèse
de Hardy-Weinberg
Fis1-Ho/Hs
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• Test dexcès dhétérozygotes
• Ho absence dexcès en hétérozygotes
• H1 présence dexcès en hétérozygotes
• Test de déficit en hétérozygotes
• Ho absence de déficit en hétérozygotes
• H1 présence de déficit en hétérozygotes

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• 
  Ho rejetée
• Valeur de Fis gt P calculée
• 
  H1 acceptée
• Valeur de Fis lt P calculée Ho
  acceptée

P est estimée utilisant la méthode des chaines
de Markov (Guo et Thompson)
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facteurs affectant léquilibre

• Dérive génétique
• Pression sélective
• Migration
• Mutation

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Dérive génétique

• Fluctuation des fréquences géniques dune
  génération à lautre à lintérieur dune
  population fermée (à faible effectif)
• diminution du taux dhétérozygotes

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pression sélective

• Les individus nont pas la même probabilité
  de devenir reproducteurs et/ou nont pas, une
  fois reproducteur la même espérance de taille de
  descendance.
• Evolution orientée des fréquences géniques

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Migration

• évolution rapide des fréquences géniques
• Homogénéisation génétique

• À sens unique
• Echange entre deux populations

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Mutation

• Le rythme dévolution des fréquences est très
  lent
• Sélection et la dérive génétique

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facteurs affectant léquilibre

• Croisement consanguin
• Homogamie
• Biais déchantillonnage,
• Biais denregistrement des généalogies
• Insémination artificiel
• Allèle nul
• Effet père