Pr

1
Déterminisme génétique des caractères
quantitatifs Inférences expérimentales
2
Déterminisme génétique de la date dépiaison chez
le blé
Les caractères quantitatifs sont gouvernés par de
nombreux gènes avec des interactions
3
Nombre de gènes (facteurs génétiques) qui
déterminent la variation dun caractère
quantitatif
4
La détection de QTL et ce quelle nous apprend
sur le déterminisme génétique des caractères
5
Le principe de la détection de QTL
(D. de Vienne  Les marqueurs moléculaires en
génétique , 1995)
M1M1
M1M2
M2M2
Relier le polymorphisme des marqueurs aux
variations dun caractère quantitatif, chez les
descendants de parents de génotype connu (DL)
Comparaison des moyennes des génotypes
Pas de QTL
un QTL
un QTL
Une corrélation entre la dose dallèles M2 et la
valeur du caractère indique lexistence dun QTL
du caractère au voisinage du marqueur
6
Distribution du nombre de QTL détectés dans un
croisement
176 combinaisons expérience/caractère
4 QTL détectés en moyenne dans un croisement pour
un caractère
Kearsey et Farquhar, 1998
7
Le nombre de QTL que lon peut détecter dans une
population est limité par la taille de la
population (puissance) Hyne Kearsey (1995)
8
Nombre de QTL à lintérieur dun segment
chromosomique
Eshed et Zamir, 1995,1996

• 1 QTL de poids du fruit chez la tomate (L. .
  pennelli x L. esculentum) détecté sur un segment
  denviron 30 cM du chromosome 2
• Création de lignées dintrogressions (congenics)
• Cartographie fine des lignées dintrogression et
  réévaluation

3 QTL de poids du fruit 2 QTL de rendement en
ketchup Interactions épistatiques  moins
quadditive  Allèles en répulsion
9
Nombre de QTL dans un segment chromosomique
Monna et al, 2002

• Date de floraison chez le riz
• Croisement Kasalah (japonica) x Nipponbare
  (indica)
• Lignées dintrogression, puis croisements
• Hd3a x Nipb et Hd3b x Nipb
• (KK) (NN) (KK) (NN)

3cM
Conditions naturelles Hd3b est un QTL de la
date de floraison
Jours courts Hd3a et Hd3b sont des QTL de la
date de floraison Les allèles sont associés en
répulsion chez les parents
10
Distribution des effets des QTL
176 combinaisons expérience/caractère
Kearsey et Farquhar, 1998
11
Distribution des effets des QTL
Croisement (C0159 x Tx303) F2
Fréquence ()
Pourcentage de variance phénotypique expliquée
Edwards et al, 1987
12
Distribution leptokurtique des effets des QTL
leffet Beavis
Du fait des variations environnementales et de
léchantillonnage dun nombre fini dindividus
par population,
Les QTL de faible effet ne sont pas détectés Les
effets des QTL détectés sont surestimés
(Beavis, 1994 Bost et al, 2001)
13
Distribution leptokurtique des effets des QTL
Bost, de Vienne, Hospital, Moreau Dillmann,
Genetics, 2001
SIMULATIONS
Effets vrais (r²)
Effets estimés (R²)
Biais dès que

• Taille population finie
• Effets environnementaux
• Déséquilibre de liaison

OU
14
Ce que nous apprennent les expériences de
détection de QTL Conclusion
Elles ne nous apprennent pas grand chose, ni sur
leur nombre, ni sur la distribution de leurs
effets
Limite de résolution un intervalle entre deux
marqueurs. Un intervalle peut contenir plusieurs
QTL associés en coupling ou en répulsion