Presentazione di PowerPoint

1
DATABASE DI GENETICA E BIOLOGIA
MOLECOLARE OMIM Online Mendelian Inheritance in
Man LOCUSLINK curated sequence and descriptive
information about genetic loci
UniGene experimental system for automatically
partitioning GenBank sequences into a
non- redundant set of gene-oriented
clusters GenCards database of human genes, their
products and their involvement in
diseases GDB Genome Database stores information
about genes and other genomic
features HGMD Human Gene Mutation Database
information about disease-causing mutations in
genes
2
DATABASE DI GENETICA E BIOLOGIA
MOLECOLARE OMIM http//www3.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/
LOCUSLINK http//www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/
UniGene http//www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f
cgi?dbunigene GenCards http//bioinfo.weizmann.ac
.il/cards/ GDB http//gdbwww.gdb.org/ HGMD http//
archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html
3
OMIM
Online Mendelian Inheritance in Man Catalogo di
geni umani e malattie genetiche (Dr. Victor A.
McKusick, Johns Hopkins NCBI) Contiene
informazione testuale, riferimenti bibliografici
e links a MEDLINE, sequenze e ad altre
risorse OMIM gene map Posizioni di mappa
citogenetica di geni-malattia e altri geni
descritti in OMIM   OMIM morbid map Posizioni
di mappa citogenetica di geni-malattia
indicizzati in OMIM  
4
OMIM
OMIM Numbering and Symbols ID e un numero di 6
cifre. 1----- (100000- ) Autosomal dominant
(entries created before May 15, 1994)
2----- (200000- ) Autosomal recessive (entries
created before May 15, 1994) 3-----
(300000- ) X-linked loci or phenotypes
4----- (400000- ) Y-linked loci or phenotypes
5----- (500000- ) Mitochondrial loci or
phenotypes 6----- (600000- ) Autosomal loci
or phenotypes (entries created after May 15,
1994)  
5
OMIM
  Varianti alleliche stesso ID piu un altro
numero di 4 cifre. For example, allelic variants
(mutations) at the factor IX (hemophilia B)
locus are numbered 306900.0001 to 306900.0101.
The beta-globin locus (HBB) is numbered 141900
sickle hemoglobin is numbered 141900.0243.   Aster
isco () significa che il fenotipo legato al gene
e diverso da quelli rappresentati da altre
entries con lasterisco e che si conosce il tipo
di ereditabilita. Se manca lasterisco non sono
chiari la separazione da altri loci o il modo in
cui si eredita il fenotipo.   () il fenotipo
puo essere causato da 2 o piu geni
(eterogeneita genetica).
6
OMIM
OMIM Statistics  All Entries 14315 Established
Gene Locus () 10628 Phenotype Descriptions
() 1269 Other Entries ( ) 2418  Autosomal
Entries 13417 X-Linked Entries 795 Y-Linked
Entries 43 Mitochondrial Entries 60

• Esempio di ricerca
• search for ...
• DYSTROPHY
• CORNEAL DYSTROPHY

7
LOCUSLINK
Interfaccia unificata per cercare informazioni su
sequenze e loci genetici. Presenta informazioni
sulla nomenclatura ufficiale, accession numbers,
fenotipi, MIM numbers, UniGene clusters,
omologia, posizioni di mappa e link a numerosi
altri siti web. Sequence accessions include a
subset of GenBank accessions for a locus, as well
as a new type, the NCBI Reference Sequence
(RefSeq). Refseq
8
LOCUSLINK
Records for Homo sapiens
Review status Number of reference sequences Number of loci
Validated 17 17
Inferred 3 3
Provisional 7890 7749
Predicted 3991 3963
Reviewed 8171 5470
Genomic 992 992
Total 21064 18194
LocusLink records with sequence data for Homo sapiens 21933
9
LOCUSLINK
LocusLink RefSeq Development
LocusLink and the curated RefSeq records are
created via a process that includes automated
computational methods,collaboration, and manual
data curation by NCBI Staff.
10
LOCUSLINK
Examples of LocusLink Queries http//www.ncbi.nl
m.nih.gov/LocusLink/help.html
Search for... Nebulin Rhodopsin
11
UniGene

• UniGene è il principale "gene indexing" database,
  mantenuto all'NCBI
• UniGene si propone di rappresentare l'insieme dei
  geni umani espressi attraverso il raggruppamento
  in un unico "cluster" di tutte le EST e le
  sequenze annotate di DNA genomico, mRNA,
  derivanti dai database GenBank e dbEST, simili
  tra loro e ipoteticamente afferenti alla medesima
  unità trascrizionale.
• Il sistema di "clusterizzazione" si basa sulla
  similarità di sequenza e non sull'allineamento e
  le sequenze di scarsa qualità non vengono prese
  in considerazione.
• Le sequenze vengono comparate ognuna con tutte le
  altre in occasione di ciascuna delle frequenti
  versioni di UniGene e quelle che mostrano una
  similarità statisticamente significativa vengono
  inserite in un unico gruppo.

12
UniGene

• Non viene costruita alcuna sequenza di consenso
  tra quelle di un "cluster", poiché a una singola
  unità trascrizionale possono corrispondere
  diversi contigui di sequenze espresse, a causa di
  fenomeni molto comuni quali o lo splicing
  alternativo o l'uso di diversi promotori per
  diverse isoforme.
• Il processo di "clusterizzazione" si svolge in
  diversi passaggi, con stringenza decrescente.
• Prima vengono filtrate le sequenze contaminanti,
  ripetute o a bassa complessità e quelle
  ribosomiali e mitocondriali, in modo che ogni
  restante sequenza, di lunghezza superiore a 100
  bp sia candidata per far parte di un "UniGene
  cluster".
• Poi vengono comparate tra loro e raggruppate le
  sequenze di geni e messaggeri a questi "cluster"
  vengono aggiunte le EST correlate per similarità
  di sequenza o per informazioni sul clone di
  derivazione.

13
UniGene

• I "cluster" che non contengono il segnale di
  poliadenilazione vengono scartati, mantenendo
  solo i "cluster" "ancorati", ovvero quelli per
  cui è nota la sequenza 3', requisito fondamentale
  per l'identificazione di un gene.
• Gli ultimi stadi del processo provvedono
  all'assegnazione delle EST "orfane" e dei
  "cluster" di dimensione 1 a uno dei "cluster"
  "ancorati", con minore stringenza. Infine a ogni
  "cluster" viene assegnato il numero di
  identificazione, cercando di assicurare la
  massima continuità possibile con le precedenti
  versioni del database.
• I parametri usati da UniGene per il processo di
  raggruppamento delle sequenze in "UniGene entry"
  sono caratterizzati da un grado di stringenza
  piuttosto basso percio ci si aspetta che esista
  in UniGene un singolo gruppo di trascritti a
  rappresentare ogni gene umano, ovvero che, di
  converso, le sequenze di trascritti diversi,
  ottenuti per splicing alternativo da un medesimo
  gene, siano raggruppate insieme in un'unica
  "entry" .

Search for... Nebulin Rhodopsin
Search for... nebulin
14
GDB
http//gdbwww.gdb.org/

• GDB contiene i seguenti tipi di dati
• Regions of the human genome, including genes,
  clones, amplimers (PCR markers), breakpoints,
  cytogenetic markers, fragile sites, ESTs,
  syndromic regions, contigs and repeats.
• Maps of the human genome, including cytogenetic
  maps, linkage maps, radiation hybrid maps,
  content contig maps, and integrated maps. These
  maps can be displayed graphically via the Web.
• Variations within the human genome including
  mutations and polymorphisms, plus allele
  frequency data.

15
GDB
Search and Browsing Options http//gdbwww.gdb.org
/gdb/advancedSearch.html Example
Searches http//gdbwww.gdb.org/gdb/queryfaq.html
Search for... Nebulin Rhodopsin
16
HGMD
http//archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html
Human Gene Mutation Database (HGMD) raccoglie le
mutazioni conosciute (pubblicate) in geni umani,
responsabili di malattie genetiche Creato per
studiare il meccanismo delle mutationi nel genoma
umano, per riconoscere le regioni e i loci
ipermutabili Ora e importante anche come
raccolta di dati. Utile per diagnosi molecolare
di patologie e consulenza genetica. Non include
mutazioni somatiche o mitocondriali, mutazioni
silenti. Dal marzo 1999, HGMD include
disease-associated polymorphisms. Basato
sullanalisi di gt250 riviste scientifiche.
Search for... Nebulin Rhodopsin