Rekonstruktion phylogenetischer B

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• Rekonstruktion phylogenetischer Bäume.

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Dendrogramm
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Baum mit Distanzen (Längen an Ästen)
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• Phylogenie-Methoden
• Distanzmethoden (UPGMA, Neighbour-Joining)
• Parsimony
• Probabilistische Methoden Likelihood,
  Bayes-Methoden

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Distanzmethoden
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Distanzmethoden
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Maximum Parsimony
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Maximum Likelihood
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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• Test auf Zuverlässigkeit phylogenetischer Bäume
• Bootstrap-Verfahren
• Allgemein Wiederhole statistischen Test nach
  Re-Sampling, d.h. durch zufälliges Ziehen neuer
  Proben.
• In Phylogenie
• Wähle zufällig Spalten aus Alignment aus
• Wiederhole Konstruktion des Baums (z.B. 1000 mal)
• Berechne für jede Kante Wie oft kommt sie vor?

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(No Transcript)
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• Kombination heterogener Daten zur Konstruktion
  von phylogenetischen Bäumen
• 1. Supertree Kombiniere mehrere Bäume zu einem
  Superbaum
• 2. Supermatrix Konstruiere Matrix ( Alignment)
  aus heterogenen Datenquellen
• Problem Nicht alle Sequenzen/Spezies kommen in
  allen Bäumen/Datensätzen vor

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(No Transcript)
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• Rekonstruktion phylogenetischer Bäume.
• Beispiel Rekonstruktion der Phylogenie der
  Porifera (Schwämme)
• DFG-Projekt Deep metazoan phylogeny (Gert
  Wörheide, Fabian Schreiber)
• Frage Sind die Porifera eine monophyletische
  Gruppe?

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(No Transcript)
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Phylogenetic Reconstuction An Example
Organims of interest Sponge
Biological Question Are Sponges
mono-/paraphyletic?
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Build Dataset
DNA/Protein Sequence from Sponge Gene
Search for Homologs using e.g BLAST
Query Sequence
Hits from Search putative homologs
Dataset
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Sequence alignment
Hits from Search putative homologs
Use
Dataset
Alignment tools -Clustalw -T-Coffee -Dialign ...m
any more
Sequence Alignment
to bring sequences in relation
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Estimate Phylogeny
Alignment
Phylogeny Methods Distance-based ---Nj ---UPGMA
Parsimony ---Max.Parsimony(Phylip/Paup) Statistic
al ---Max.Likelihood (Phyml) ---Bayesian Inf.
(MrBayes)
Phylogenetic Tree
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Interpretate results
Hypothesis Sponges are monophyletic