OBIGrid

1
OBIGrid ????????????? ??????? ????
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3
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7
Open Bioinformatics Grid(OBIGrid)
http//www.obigrid.org
8
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CRL
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CTC
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NTTData
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BLAST
GSC
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VPN/Globus
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Compaq
NEC
NIS
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HNES
AIST
DDBJ
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HGC
9
OBIGrid ???
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10
OBIGrid ???????????
PC?????
PC?????

• VPNFW?????
• Globus?????
• Over Internet??

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XMLDB
VPN-FW
VPN-FW
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Site-A
Site-C
VPN-FW
Big Machine
VPN-FW
MDM ?????
Genome DB???
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Site-B
Site-D
11
GTK2.0 ????(???????)
9?6?(?)?7?(?) ? ?????????????
(JAIST)???????
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12
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25??? 107??? 188CPU
13
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Solver
Web ????
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Perl API
JAVA API
????
14
????????????(OBIMde)
Protein Explore Chip(200Gflops) Tera Peta flops
in total
MDM Engine 64Gflops/4chips
of residue 189 Molecular wait 21kD
Oncogene Variant Gly12 ?Val 5ns 1000h/64Gflops
Ras p21 G Molecular Dynamics Simulation
15
???????????(OBITco)
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??????????
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gtS53477 PIR2 release 73.00 MAAIRDYKTALDLTKSLPRPDGL
SVQELMDSKIRGGLAYNDFLILPGLVD FASSEVSLQTKLTRNITLNIPL
VSSPMDTVTESEMATFMALLDGIGFIHH NCTPEDQADMVRRVKNYENGF
INNPIVISPTTTVGEAKSMKEKYGFAGFP VTADGKRNAKLVGAITSRDI
QFVEDNSLLVQDVMTKNPVTGAQGITLSEG NEILKKIKKGRLLVVDEKG
NLVSMLSRTDLMKNQKYPLASKSANTKQLLW
GASIGTMDADKERLRLLVKAGLDVVILDSSQGNSIFQLNMIKWIKETFPD
LEIIAGNVVTKEQAANLIAAGADGLRIGMGTGSICITQKVMACGRPQGT
A VYNVCEFANQFGVPCMADGGVQKHWSYYYQSFGSWFFYCYDGWYVGRY
YR ITR
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16
??XML??????????(OBISgd)
??????
XML DB
XML DB
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??? index
??? index
??? index
XML DBs
Web ????
Perl API
JAVA API

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• ????
• ????

17
OBIEnv ???????????????????????
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BLAST??????????? ???????????? ???????????????
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18
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19
Globus Toolkit (GTK) ????
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20
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?????????????????? ???????????????????????? ????
???????????? Unix????????
21
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22
OBIEnv????
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???????
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??? ??
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Globus Tool Kit
Globus Tool Kit ????
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??? ????
?????????
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???? ??
???? ???
DB
SW
HW
???? ???? ??
???????? ???????? (???????? ??)
????????????? ??????????
OBIEnv??? ??????
23
OBIEnv???????
???(??????)
??????????
blast Q1 genbank blast Q2 genbank blast Q10
genbank
GenBank? BLAST?? ???? ?????
Q1,Q2
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Q3,Q4
genbank
Q5,Q6
genbank
Q7,Q8
Q9,Q10
???? ?????
genbank
genbank
genbank
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24
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?????????????? ?)BLAST2.0???????GenBank ?)Linux
2.4.X ??? Perl 5.6.X ?)PentiumIII
800MHz Preference?????????? ?)????????????????
?)????????????????? ?)?????????CPU????????
????????????????????? ????????????
25
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???????????? ??????????CPU??????????
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????????DB?????????????????
???????????? ????????????????
????????? ???????????????????
BLAST?GenBank???????? ??????????
26
OBIEnv????????(?????)
dataless
big machine
UniGene
TrEMBL
InterPro
PDB
PDB
small machine
medium machine
cluster
InterPro
PDB
big machine
27
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ftp??
ftp??
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DB
DB
DB
DB
DB
ftp??
DB
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DB
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DB
DB
DB
DB
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Perl
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GNU
BLAST
...
DB
DB
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28
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??????????????????????????????? GTK?????????????
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29
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???????????????????(?????) ?DBMS??? ????????????
?(1?????KB80MB) WAN??????????????????????????
as is ??????2?????? ????????????(????????)?????
????(?????????1??? daily update ???)
30
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OBIEnv?????? ??(?????DB???) ?(???????????????)
??(????????????????) ???????Xavier(??????) ?????
???????????????????????? ???ß??????ß?????? ???
???????