Medic

1
Medicínské klasifikacní systémya nomenklatury

• Jana Zvárová Petra Precková

2
Klasifikace

• Vymezení, pojmenování a trídení lékarských pojmu
  není optimální.
• Pro jeden pojem existuje casto více než deset
  synonym.
• Se zavádením výpocetní techniky v lékarství se
  tento problém prohloubil potreba jednoznacnosti
  zadání dat, vymezení pojmu, jejich presné
  pojmenování atd.

3
Kódovací systémy

• Kódovací systémy omezují variabilitu vyjadrování.
• Lze používat pouze schválené termíny a jejich
  spojení podle presne stanovených pravidel.
• Obvykle jsou namísto schválených termínu
  používány formální kódy.
• Schválené termíny nejsou razeny, ale serazeny
  jsou pojmy, které reprezentují.
• Napríklad chirurgické zákroky jsou rozdeleny na
  zákroky na nervovém systému, na streve, na hrudi
  a dále podrobneji specifikovány pro operace
  srdce, plic apod.

4
Kódovací systémy (2)

• Vhodný kódovací systém rychle poskytne kód pro
  libovolný medicínský poznatek v prípade, že je u
  daného pacienta známý.

5
Tesaurus

• V mnoha prípadech je užitecné,když kódovací
  systém rovnež ukazuje neschválené termíny, které
  jsou užívány jako synonyma pro schválené termíny.
  
• Napríklad neschválený termín Connuv syndrom muže
  odkázat na schválený termín primární
  hyperaldesteronismus a jeho kód 255.1
• Kódovací systém, který je vybaven ješte takovou
  terminologickou informací se nazývá thesaurus.

6
Klasifikacní systémy

• Klasifikacní systémy jsou takové kódovací
  systémy, které jsou založeny na principu
  vytvárení tríd trídy tvorí agregované pojmy,
  které se shodují v alespon jednom klasifikacním
  atributu.
• Trídy klasifikace musí pokrývat úplne vymezenou
  oblast a nesmí se prekrývat.
• Tvorba klasifikacních systému a nomenklatur byla
  motivována predevším jejich praktickým využitím v
  evidenci, trídení a statistickém zpracování
  lékarské informace.
• Prvotním zájmem bylo evidovat výskyt nemocí a
  príciny smrti.

7
Klasifikacní systémy (2)

• Každý objekt musí být razen do práve jedné trídy.
  Každé tríde je prirazen kód (nezávisle na
  použitém jazyku).
• Klasifikace jsou užitecné pro
• analýzu skupin pacientu,
• pro vyhledání všech pacientu, kterí jsou jsi v
  jistém ohledu podobní.
• Klasifikace predpokládají hodnoty atributu merené
  na nominální stupnici.

8
Klasifikacní systémy (3)

• Struktura klasifikacního systému muže být
  rozdílná. Hierarchická klasifikace vyjadruje, že
  podrízený pojem nebo trída je bud specifikací
  nebo soucástí nadrízeného pojmu.
• Monohiearchická klasifikace má práve jednu
  nadrízenou trídu pro každou trídu (krome korene
  hierarchie). Polyhierarchická klasifikace
  umožnuje, že daná trída muže být podrízená více
  než jedné tríde.
• Multidimensionální klasifikace sestávají ze dvou
  ci více dílcích klasifikací. Zde je zapotrebí
  klasifikacní atribut pro každou dílcí
  klasifikaci, která popisují objekt v ruzných
  sémantických dimenzích. Objekt je potom
  klasifikován v každé dílcí klasifikaci oddelene.
  
• Typické dimenze v multidimenzionální klasifikaci
  jsou etiologie, topografie a patologie.

9
Klasifikacní systémy (4)

• Príklad
• Monohierarchická a jednodimenzionální klasifikace
  je napríklad
• D1 Disorders of fat metabolism
• D11 Hyperlipidemia
• D12 Lipoproteinemia
• D121 Tanier Disease
• D122 A-Beta-lipoptoteinemia
• D123 Other lipoproteinemi
• D13 Other disorders of fat metabolism
• D2 Disorders of carbohydrate metabolism
• Další dimenze pro etiologii muže obsahovat trídy
• A1 nutritional
• A2 congenital
• A3 mixed or other etiology
• Spolecne s první dimenzí vytvárí
  dvoudimenzionální klasifikaci. Tedy
  Hyperlipidemie zpusobená stravovacími návyky je
  kódována jako A1-D11.

10
Nomenklatura

• Nomenklatura je systematicky vytvárená množina
  autorizovaných termínu (deskriptoru) pro danou
  oblast.
• Na rozdíl od klasifikace, cílem nomenklatury není
  zaradit objekt do kategorie, ale popsat jej
  jednoznacne a presne, aby se dal dále zpracovávat
  (napríklad vybrat pacienty s danou kombinací
  atributu, zpracovat informaci o pacientovi s
  upozornením na kontraindikace).

11
Indikátory kvality vyhledávání

• Merení kvality vyhledávacího procesu znamená
• zjistit, zda všechny relevantní prípady
  (pacienti) byly vyhledány,
• zda vyhledané prípady (pacienti) jsou relevantní.
• Indikátory kvality jsou potom
• Míra presnosti (Precision) Udává podíl vybraných
  prípadu, které jsou relevantní položenému dotazu.
• Míra úplnosti (Recall) Udává podíl vyhledaných
  relevantních prípadu ze všech relevantních
  prípadu.

12
Indikátory kvality vyhledávání
Stav Vyhledané S Nevyhledané non S CELKEM
Relevantní R R, S R, non S ztráta R
Nerelevantní non R non R, S šum non R, non S (D-R)
Celkem S (D-S) D
Míra presnosti(R,S)/S
Míra úplnosti (R,S)/R
13
(http//www.who.int/classifications/icd/en/)
ICD International Classification of Diseases

• Základy položil v roce 1855 William Farr.
• V roce 1948 prejata Svetovou zdravotnickou
  organizací WHO (v této dobe již šlo o 6.
  revizi).
• Vyhovuje pro úcely statistiky diagnóz, vyplácení
  výloh, nikoli však pro další kódování komplexní
  lékarské informace chybí zde napr. pojmy pro
  príznaky a terapii.
• Snaha posledních revizí co nejpodrobnejší
  klasifikace (místo první císlice je písmeno
  latinské abecedy, další místa jsou císlice).
• V soucasné dobe ICD-10
• Ceská verze - MKN Mezinárodní klasifikace nemocí

14
(No Transcript)
15
http//www.snomed.org/
SNOMED

• Systematized Nomenclature of Medicine
• Prvne publikován v roce 1965.
• Detailní klinická referencní terminologie.
• Založená na kódování.
• Obsahuje více než 300 000 pojmu vztahujících se
  ke zdravotnictví
• Umožnuje využívat zdravotnické informace kdykoli
  a kdekoli je to potreba.

16
SNOMED (2)

• Poskytuje spolecný jazyk, který umožnuje
  konzistentní zpusob získávání, sdílení a
  shromaždování zdravotnických dat od ruzných
  klinických skupin, mezi které patrí
  ošetrovatelství, medicína, laboratore, lékárny i
  veterinární medicína
• Používán ve více než 40 státech.

17
SNOMED (3)

• Umožnuje popis jakékoli situace v medicíne pomocí
  11 úrovní dimenzí topografie (T) morfologie
  (M) funkce (F) živé organismy (L) fyzictí
  cinitelé, aktivity a síly (A) chemikálie, léky a
  biologické produkty (C) procedury (P)
  zamestnání (J) sociální kontext (S)
  nemoci/diagnózy (D) obecné (G).
• Jednotlivé pojmy jsou oznacovány zkratkou dimenze
  a 5-místným zvláštním kódem, kde je využíváno
  císel 0-9.
• Jednotlivá místa kódu smerem doprava stále
  zpresnují obsah popisovaného pojmu.

18
SNOMED (4)
19
SNOMED (5)
20
SNOMED (6)
21
SNOMED (7)
22
Srovnání SNOMED a ICD

• ICD systém kódu pouze pro diagnózy, nikoli však
  pro príznaky, lécebné a diagnostické zákroky
  apod.
• SNOMED znacne rozpracovaná hierarchie
  zjednodušuje práci pocítace s lékarskými pojmy.
• Obsahuje úplný seznam synonym, který umožnuje
  zakódování slova i v prípade volného vyjádrení v
  lékarském jazyce.

23
MeSH
http//www.nlm.nih.gov/mesh/

• Medical Subject Headings
• Slovník kontrolovaný NLM v USA.
• Tvorí ho skupina pojmu, které hierarchicky
  pojmenovávají klícová slova a tato hierarchie
  napomáhá pri vyhledávání na ruzných úrovních
  specificnosti
• Klícová slova jsou usporádána jak abecedne tak i
  hierarchicky.
• Na nejobecnejší úrovni hierarchické struktury
  jsou široké pojmy jako napr. anatomie nebo
  mentální onemocnení
• Hierarchie je jedenáctistupnová.

24
MeSH (2)

• NLM využívá MeSH k indexování clánku ze 4600
  svetových predních biomedicínských casopisu pro
  databázi MEDLINE/PubMED.
• Využívá se také pro databázi katalogizující
  knihy, dokumenty a audiovizuální materiály.
• Každý bibliografický odkaz je spojován se
  skupinou termínu v MeSH.
• Vyhledávací dotazy používají také slovní zásobu
  z MeSH, aby našly clánky na požadované téma.

25
MeSH (3)

• Specialisté vytvárející MeSH slovník prubežne
  aktualizují a kontrolují sbírají nové pojmy,
  které se zacínají objevovat ve vedecké literature
  nebo ve vznikajících oblastech výzkumu, definují
  tyto pojmy v rámci obsahu existujícího slovníku a
  doporucují jejich pridání do slovníku MeSH.
• Existuje ceský preklad MeSH.

26
(No Transcript)
27
LOINC
http//www.regenstrief.org/medinformatics/loinc/

• Logical Observations Identifiers, Names, Codes
• Klinická terminologie duležitá pro laboratorní
  testy a laboratorní výsledky.
• V roce 1999 prijato organizací HL7 jako
  preferované kódování pro názvy laboratorních
  testu a klinických pozorování.
• Více než 30 000 ruzných termínu.
• Mapovací program Regenstrief LOINC Mapping
  Assistant (RELMATM) pomáhá pri mapování
  lokálních kódu ruzných testu na kódy LOINC.

28
SNOMED Clinical Terms
http//www.snomed.org/snomedct/index.html

• SNOMED RT Clinical Terms Version 3 (Read Codes
  CTV3)
• SNOMED RT Systematized Nomenclature of Medicine
  Reference Terminology College of American
  Pathologists
• slouží jako spolecná referencní terminologie pro
  shromaždování a získávání zdravotnických dat
  zaznamenaných organizacemi nebo jednotlivci.

• Clinical Terms Version 3 (Read Codes CTV3)
  United Kingdoms National Health Service
• 1980 mechanismus pro ukládání strukturovaných
  informací o primární péci ve Velké Británii.

29
SNOMED Clinical Terms (2)

• 1999 CAP a NHS spojily dve terminologie.
• SNOMED CT vysoce komplexní terminologie.
• Na vytvárení se podílí kolem 50 lékaru, sester,
  asistentu, lékárníku, informatiku a dalších
  zdravotnických odborníku z USA a Velké Británie.
• Speciální terminologické skupiny pro specifické
  terminologické oblasti ošetrovatelství,
  farmacie,
• Více než 770 000 klinických konceptu.
• Více než 900 000 sémantických vztahu.

30
http//www.who.int/classifications/icd/adaptations
/oncology/en/
ICD-O

• Rozšírení ICD pro kódování onkologie.
• Poprvé publikována WHO v roce 1976.
• 4-dimenzionální topografie, morfologie, prubeh,
  diferenciace.
• Dimenze jsou urceny pro trídení morfologických
  typu nádoru.
• V soucasné dobe se používá její tretí verze
  (ICD-O-3)

31
TNM Classification of Malignant Tumours
http//www.uicc.org

• Klinická klasifikace maligních nádoru.
• Primary tumour (T)
• Regional lymph nodes (N)
• Distant metastasis (M)
• Pro úcely srovnávání terapeutických studií.
• Vychází z poznatku, že pro prognózu onemocnení je
  zvlášte duležitá lokalizace a šírení tumoru.
• V soucasné dobe 6. verze.

32
DSM - Diagnostic and Statistical Manual of Mental
Disorders
http//dsmivtr.org/

• Psychiatrická nomenklatura.
• Obsahuje i definice jednotlivých pojmu.
• Velice propracovaná.
• Uzavrený systém bez návaznosti na další obory
  lékarství.
• V soucasné dobe 4. verze DSM-IV
• 317 Mild Mental Retardation (mírná mentální
  retardace)
• 318.0 Moderate Mental Retardation (prumerná
  mentální retardace)
• 318.1 Severe Mental Retardation (vážná mentální
  retardace)
• 318.2 Profound Mental Retardation (hluboká
  mentální retardace)
• 319 Mental Retardation, Severity Unspecified
  (mentální retardace, vážnost nespecifikována)

33
Další

• AI/RHEUM
• Alternative Billing Concepts
• Alcohol and Other Drug Thesaurus
• Beth Israel Vocabulary
• Canonical Clinical Problem Statement System
• Clinical Classifications Software
• Current Dental Terminology 2005 (CDT-5), 5
• COSTAR
• Medical Entities Dictionary
• Physicians' Current Procedural Terminology
• International Classification of Primary Care
• McMaster University Epidemiology Terms

• CRISP Thesaurus
• COSTART
• Diseases Database
• DSM-III-R
• DSM-IV
• DXplain
• Gene Ontology
• HCPCS Version of Current Dental Terminology 2005
  (CDT-5), 5
• Healthcare Common Procedure Coding System
• Home Health Care Classification
• Health Level Seven Vocabulary

• Master Drug Data Base
• Medical Dictionary for Regulatory Activities
  Terminology (MedDRA)
• MEDLINE
• Multum MediSource Lexicon
• NANDA nursing diagnoses definitions
  classification
• NCBI Taxonomy

34
Konverzní nástroje

• Rostoucí pocet klasifikacních systému a
  nomenklatur (gt100) si vyžádal vytvárení ruzných
  konverzních nástroju pro prevod mezi hlavními
  klasifikacními systémy a pro prenos informací
  mezi ruznými datovými bázemi
• Jsou vytváreny tzv. metatezaury zachycujía
  propojují informace z ruzných heterogenních
  zdroju
• Nejrozsáhlejší projekt UMLS.

35
http//www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umls.html
UMLS

• Unified Medical Language System
• Vývoj zacal v roce 1986 v Národní lékarské
  knihovne v USA jako Long-term RD project.
• UMLS znalostní zdroje jsou univerzální nejsou
  optimalizované pro jednotlivé aplikace.
• Obsahuje více než 730 000 biomedicínských termínu
  z více než 50 biomedicínských slovníku.

36
UMLS (2)

• Inteligentní automatizovaný systém, který
  rozumí biomedicínským termínum a jejich vztahum
  a využívá tohoto porozumení ke ctení a
  organizování informací ze strojove
  zpracovatelných zdroju.
• Cíl kompenzace terminologických a kódových
  rozdílu techto nesourodých systému a soucasne i
  jazykových variací uživatelu.
• Vícejazycný slovník císelníku (MeSH, ICD, CPT,
  DSM, SNOMED, ) na velkokapacitním médiu to
  umožnuje prevod kódovaných termínu mezi ruznými
  klasifikacními systémy.

37
Znalostní zdroje UMLS

• Metathesaurus
• Semantic Network obsahuje informaceo
  sémantických druzích a jejich vztazích.
• SPECIALIST lexicon každé slovo nebo termín
  zaznamenává syntaktické, morfologické a
  ortografické informace.

38
http//www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umlsmeta.ht
ml
UMLS Metathesaurus

• Rozsáhlá, víceúcelová a vícejazycná lexikonová
  databáze.
• Zahrnuje informace o biomedicínských,
  zdravotnických a jim príbuzným pojmech.
• Obsahuje jejich ruzné názvy a vztahy mezi nimi.

39
UMLS Metathesaurus (2)

• Vznikl z elektronických verzí mnoha ruzných
  thesauru, klasifikací, souboru kódu
• SNOMED International (Systematized Nomenclature
  of
  Medicine)
• MeSH (Medical Suggested Headings)
• AOD (Alcohol and Other Drugs thesaurus)
• Read Codes
• ICD-10 (International Classification of
  Diseases)

40
UMLS Metathesaurus (3)

• Hlavní cíl spojení alternativních názvu stejných
  pojmu a identifikování užitecných vztahu mezi
  ruznými pojmy.
• Pokud ruzné slovníky používají stejný název pro
  ruzné termíny,v Metatezauru se objeví oba
  významy a ukáže se v nem, který význam je použit
  v kterém slovníku.
• Pokud se stejný termín objevuje v ruzných
  slovnících v ruzných hierarchických kontextech,
  v Metatezauru jsou zachyceny všechny tyto
  hierarchie.
• Metatezaurus nepodává jeden konzistentní pohled,
  ale zachovává mnoho pohledu, které jsou obsaženy
  ve zdrojových slovnících.

41
UMLS Knowledge Source Server
http//umlsks.nlm.nih.gov/

• Pocítacová aplikace, která poskytuje internetový
  prístup ke znalostním a príbuzným zdrojum.
• Cíl zprístupnení UMLS dat uživatelum.
• Systémová architektura umožnuje vzdáleným
  uživatelum poslat dotaz do NLM.

42
UMLS Knowledge Source Server (UMLSKS)
43
verze
vložit termín
44
zadaný termín
Concept Unique Identifier
sémantický druh
definice
synonyma
45
(No Transcript)