Propuestas de estandarizaci

1
Propuestas de estandarización de información
biológica en las Américas

• El caso del Sistema de Información sobre
  Biodiversidad de Colombia

Reunión regional conjunta CHM IABIN. Cancún,
12-14 de agosto 2003
2
Instituto
BD Fox pro 10 tablas
Excel 97 5 tablas
CAR
Access XP 15 tablas Interfase VB
ONG
ArcView 2 tablas
Universidad
Oracle 8.0 27 tablas Interfase Delphi
UAESPNN
3
Consulta distribuida
4
Gestión distribuida de los datos y la información
Interoperabilidad potencial de integración
Acuerdos - Definición de reglas claras
Estándares Consistencia de las estructuras de
datos y sus contenidos
5
(No Transcript)
6
Propuestas actuales GBIF

• ABCD Acceso a datos de Colecciones biológicas
  (iniciativa conjunta CODATA TDWG)
• DiGIR Recuperación de información genérica en
  ambientes distribuidos
• Dublin Core Metadatos de recursos de información
  en Internet
• GGF Foro global de computación distribuida
• OASIS e-Business
• TDWG Grupo internacional de trabajo en bases de
  datos taxonómicas
• W3C Consorcio World Wide Web

7
Casos de estandarización a escala nacional /
regional

• NABIN Catálogo de metadatos, basado en el
  estándar de FGDC (solo algunos elementos).
  Información taxonómica de acuerdo a ITIS.
• REMIB Esquema implícito de representación de
  información asociada a ejemplares de colección.
  Compatible con esquemas CODATA-TDWG. Información
  taxonómica compatible con ITIS.
• FGDC Metadatos geoespaciales. Base para la norma
  ISO 19115
• NBII Perfil biológico de metadatos, derivado del
  estándar FGDC
• KNB Metadatos para documentar datos y conjuntos
  de datos ecológicos. Esquema XLM disponible en
  línea.
• NBN y ERIM Perfil de metadatos simplificado,
  basado en la norma ISO 19115

8
Acuerdos generales de estandarización

• Dublin Core Estándar de metadatos para
  documentar recursos de información
• Darwin Core Estándar básico de intercambio de
  información sobre especímenes
• ISO 19115 Estándar de metadatos geoespaciales
• ISO 23950 Estándar para recuperación de
  información (Z39.50)
• ISO 3166 Códigos de países / ISO 635 Códigos de
  idiomas
• OGC Diversos esquemas y modelos de
  interoperabilidad para información geoespacial
• XML Lenguaje de codificación e intercambio de
  datos
• HTML Lenguaje de presentación de información
• HTTP, Z39.50, FTP, TCP/IP Protocolos de
  intercambio de datos

9
Necesidades de estandarización de información
biológica

• Identificación y documentación de recursos de
  información sobre biodiversidad Metadatos
  (perfil biológico FGDC-NBII)
• Documentación, representación y organización de
  registros biológicos (datos primarios
  observaciones, colectas, etc.)
• Vocabularios controlados especializados en el
  área biológica (información taxonómica,
  ecológica, biogeográfica, etc.)

10
Propuesta de estandarización SIB - Colombia
11
Estándar de metadatos para conjuntos de datos
biológicos

• Basado en el perfil biológico del FGDC-NBII, con
  modificaciones puntuales
• Permite documentar apropiadamente conjuntos con
  información taxonómica
• Conformado por siete (7) secciones básicas y dos
  (2) secciones recurrentes (citación y contacto)
• 215 elementos (simples y compuestos) en la forma
  extensiva de las secciones básicas
• 50 elementos simples de carácter obligatorio en
  las secciones básicas

12

• Información de identificación
• Calidad de los datos
• Organización de los datos espaciales
• Información de referencia espacial
• Entidades y atributos
• Información de distribución
• Referencia de metadatos
• Información de citación
• Información de contacto
• Anexo formas de representación

Estándar de metadatos para conjuntos de datos
biológicos
13

• Menor énfasis en los elementos geoespaciales
• Cambios en los valores utilizados en ciertos
  dominios, para incluir descripciones ajustadas al
  ámbito neotropical.
• En el componente taxonómico, inclusión de las
  categorías taxonómicas cubiertas por el conjunto
  de datos.
• Eliminación de la descripción temporal como una
  sección recurrente
• Ajuste de la sección de citación a los elementos
  del Dublin Core

Estándar de metadatos para conjuntos de datos
biológicos
14

• Versión digital del estándar disponible en línea
  http//www.humboldt.org.co/sib
• Puede ser documentado mediante aplicaciones de
  distribución libre como M3CAT (http//www.intelec.
  ca)
• Proceso de revisión y verificación de contenidos
  con miras a proponer un estándar más liviano
  (reducción, redefinición y reorganización tanto
  de secciones como de elementos)

Estándar de metadatos para conjuntos de datos
biológicos
15

• Registro biológico Observación y captura de
  información sobre una unidad biológica, con un
  referente espacial, temporal y metodológico
  definidos
• Unidad biológica Cualquier componente de la
  biodiversidad en los distintos niveles de
  organización biológica (genes, organismos,
  ecosistemas)

Estándar para documentar registros biológicos
16
Entidad ecosistema Evidencia física imagen
ICONS Atributos tipo de coberturas,
fragmentación, conectividad
Entidad espécimen (organismo) Evidencia física
ejemplar de colección bioacústica Atributos
color del iris, largo y ancho del pico, actividad
en el momento de la captura
Estándar para documentar registros biológicos
17

• Basado y modificado del perfil biológico del
  Estándar FGDC/NBII
• Se presenta como un estándar independiente, para
  documentar registros biológicos individuales
• Seis (6) secciones básicas y dos (2) secciones
  recurrentes (citación y contacto)
• 88 elementos (simples y compuestos) en las
  secciones básicas
• 33 elementos simples obligatorios en las
  secciones básicas

Estándar para documentar registros biológicos
18

• Evidencia física
• Referente de clasificación
• Extensión temporal
• Referente geográfico
• Atributos registrados
• Contacto del registro
• Información de citación
• Información de contacto
• Anexo formas de representación

Estándar para documentar registros biológicos
19

• Versión electrónica del estándar disponible en
  línea http//www.humboldt.org.co/sib
• Modelo lógico de datos propuesto para estructurar
  bases de datos biológicas
• Proceso de desarrollo de DTD para presentación
  del estándar en XML
• Implementación en Colombia por múltiples
  entidades e iniciativas

Estándar para documentar registros biológicos
20
Importancia de los AAT

• Promueven la integridad y consistencia de los
  datos taxonómicos ingresados en bases de datos
  (Blum 1998 Escalante et al. 2000)
• Facilitan la interoperabilidad entre bases de
  datos
• Facilitan la trascripción de datos taxonómicos
  provenientes de registros biológicos y por lo
  tanto aceleran el proceso de sistematización de
  colecciones de historia natural
• Contribuyen a completar y actualizar los
  inventario de biodiversidad

Estándar para la documentación de Archivos de
Autoridad Taxonómica
21

• Nombre científico Atta laevigata
• Autor (Smith, 1858)
• Clasificación Vespoidea Formicidae Myrmicinae
  Attini Atta
• Estado taxonómico Valido, nueva combinación
• Referencia descripción original
• Smith, F. 1858. Catalogue of the hymenopterous
  insects in the collection of the British Museum.
  6. Formicidae. London. 216 pp.
• Sinonimias
• Atta (Neoatta) sexdens subsp. bolchevista
  Gonçalves
• Atta (Neoatta) laevigata subsp. venezuelensis
  Gonçalves
• Otras referencias
• Bolton, B. 1995. A new general catalogue of the
  ants of the world. Harvard University Press,
  Cambridge, MA. 504 pp
• Experto Norman F. Johnson (The Ohio State
  University Insect Collection)

Adaptado de Hymenoptera Name Server
Estándar para la documentación de Archivos de
Autoridad Taxonómica
22
Estándar para la documentación de Archivos de
Autoridad Taxonómica
23
Metadatos
Sistema de clasificación
Catálogo taxonómico
Verificación
Nombres relacionados
Recursos de información
Estándar para la documentación de Archivos de
Autoridad Taxonómica
24

• Información general
• Catálogo taxonómico
• Información del nombre taxonómico
• Nombre del taxón
• Autor
• Nivel taxonómico
• Fuente del taxón
• Estado taxonómico
• Tipo de estado
• Fuente del Estado
• Información de contacto
• Anexos

Estándar para la documentación de Archivos de
Autoridad Taxonómica
25

• No existe un estándar que defina explícitamente
  las secciones y elementos que conforman un AAT
• El estándar de AAT desarrollado por el SIB-IAvH
  se basa en las propuestas de Bisby (1994),
  Berendsohn (1997) e ITIS (2001)
• Considera completamente los códigos de
  nomenclatura botánico (Greuter et al. 2000) y
  zoológico (ICZN 2000)
• Permite la documentación de los sistemas de
  clasificación
• Todos los atributos definidos están sustentados
  por referencias bibliográficas

Estándar para la documentación de Archivos de
Autoridad Taxonómica
26

• Versión electrónica del estándar disponible en
  línea http//www.humboldt.org.co/sib
• Aplicación de libre acceso para descargar desde
  el sitio Web del SIB (Windows 98 o superior
  motor Jet)
• Estructura recomendada de datos, guías de
  usuario, enlaces y documentación adicional

Estándar para la documentación de Archivos de
Autoridad Taxonómica
27

• El caso de Colombia demuestra como se pueden
  desarrollar, adaptar y adoptar estándares que
  satisfagan las necesidades de gestión de
  información al nivel nacional, al tiempo que
  aseguran la interoperabilidad con iniciativas
  similares a escala regional y global
• Si bien los estándares son necesarios, lo
  importante es crear capacidad para que puedan ser
  implementados y aprovechados en la gestión de
  información sobre biodiversidad

Conclusiones y recomendaciones
28
Juan Carlos Bello S. Instituto Humboldt.
jcbello_at_humboldt.org.co http//www.humboldt.org.co
/sib