1
Évolution des répertoires géniques

• Équipe Bioinformatique et Génomique Évolutive

BGE
2
Les génomes comme révélateurs de la diversité du
vivant
Eucaryotes
2000 - 40000 gènes
Bactéries
Archées
400 - 10000 gènes
400 - 5000 gènes
60 gènes en commun
BGE
3
Diversité des répertoires géniques au sein des
Gamma-Protéobactéries
4183
4203
E. coli
S. typhimurium
3599
564
653
3879
Y. pestis CO92
B. aphidicola
W. brevipalpis
Y. pestis KIM
1709
H. infuenzae
2015
P. multocida
27241081
V. cholerae
5540
2680
P. aeruginosa
X. fastidiosa
4192
X. axonopodis
4029
275 gènes
X. campestris
BGE
4
Diversité des répertoires géniques au sein de
lespèce Escherichia coli
5016
4288
5060
Welch et al., 2002
BGE
5
Le renouvellement des répertoires géniques
Eucaryotes
Bactéries
Archées
BGE
6
Le renouvellement des répertoires géniques
Eucaryotes
Bactéries
Archées
Endosymbioses (transferts de génomes)
BGE
7
Le renouvellement des répertoires géniques
Eucaryotes
Bactéries
Archées
Endosymbioses (transferts de génomes)
Duplications complètes de génome
BGE
8
Le renouvellement des répertoires géniques
Eucaryotes
Bactéries
Archées
Transferts de gènes entre espèces
Acquisitions de gènes (mais doù?)
BGE
9
La mise en évidence des transferts horizontaux
A) Conflit phylogénétique
A
C
A
C
B
D
B
D
B) Différences de contenus en gènes
D
A
B
C
gains
Une fraction importante de ces gènes na pas
dhomologues dans dautres espèces ? GENES
ORPHELINS
BGE
10
Les gènes orphelins dE. coli selon leur date
dacquisition
BGE
11
Les gènes orphelins présentent des
caractéristiques de gènes de bactériophages ou de
plasmides
Rocha et Danchin, 2002
BGE
12
Les gènes orphelins sont associés en clusters
et souvent proches déléments mobiles
50.79
BGE
13
Les mécanismes de linnovation génique
BGE