Visualisation dinformation et applications la biologie

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Visualisation dinformation et applications à la
biologie

• Fabien Jourdan
• fjourdan_at_lirmm.fr

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• Allocataire moniteur en 3eme année
• Equipes VAG et MAB
• La thèse
• Directeurs
• Jacques Marti (équipe transcriptome de lUM2)
• Guy Melançon (équipe VAG)

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(No Transcript)
4
Data Extraction
Visualization
5
Processus de visualisation

• Organiser les données
• Clairement séparer données et représentation
• Organiser les données en fonction de la
  représentation
• Dessin
• Suivre les conventions graphiques du domaine
• Proposer de nouveaux algorithmes de dessin
• Lier données et représentations
• Lutilisater doit pourvoir accéder à la donnée
  via le dessin
• Navigation
• Donner une vue synthétique des données
  (clustering)
• Proposer des méthodes dinteraction pour aider la
  navigation

6
Lexemple des voies métaboliques
KEGG
7
Processus de visualisation

• Organiser les données
• Clairement séparer données et représentation
• Organiser les données en fonction de la
  représentation
• Dessin
• Suivre les conventions graphiques du domaine
• Proposer de nouveaux algorithmes de dessin
• Lier données et représentations
• Lutilisater doit pourvoir accéder à la donnée
  via le dessin
• Navigation
• Donner une vue synthétique des données
  (clustering)
• Proposer des méthodes dinteraction pour aider la
  navigation

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DB2
DB3
DB4
DB1
Query engine
9
Processus de visualisation

• Organiser les données
• Clairement séparer données et représentation
• Organiser les données en fonction de la
  représentation
• Dessin
• Suivre les conventions graphiques du domaine
• Proposer de nouveaux algorithmes de dessin
• Lier données et représentations
• Lutilisater doit pourvoir accéder à la donnée
  via le dessin
• Navigation
• Donner une vue synthétique des données
  (clustering)
• Proposer des méthodes dinteraction pour aider la
  navigation

10
BIOTAG
KEGG
11
Dessin par forces

• ..\iwpc2003-ppt\smr1.avi

12
Processus de visualisation

• Organiser les données
• Clairement séparer données et représentation
• Organiser les données en fonction de la
  représentation
• Dessin
• Suivre les conventions graphiques du domaine
• Proposer de nouveaux algorithmes de dessin
• Lier données et représentations
• Lutilisateur doit pourvoir accéder à la donnée
  via le dessin
• Navigation
• Donner une vue synthétique des données
  (clustering)
• Proposer des méthodes dinteraction pour aider la
  navigation

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Lier données et représentations
DATA
Visualization
BIOTAG
User
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Lier données et représentations
DATA
Visualization
BIOTAG
User
15
Processus de visualisation

• Organiser les données
• Clairement séparer données et représentation
• Organiser les données en fonction de la
  représentation
• Dessin
• Suivre les conventions graphiques du domaine
• Proposer de nouveaux algorithmes de dessin
• Lier données et représentations
• Lutilisater doit pourvoir accéder à la donnée
  via le dessin
• Navigation
• Donner une vue synthétique des données
  (clustering)
• Proposer des méthodes dinteraction pour aider la
  navigation

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Navigation Clustering
A. J. Enright PNAS 2002
17
ResynAssistant (access graph)
18
Navigation Clustering

• Giving a synthetical view of data
• According to their values
• Acdording to their organisation (structure)
• Grouping elements
• Manualy
• Automaticaly

Multiscale Visualization of Small World
Networks InfoVis 03.
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Navigation Clustering

• Giving a synthetical view of data
• According to their values
• Acdording to their organisation (structure)
• Grouping elements
• Manualy
• Automaticaly

Multiscale Visualization of Small World
Networks InfoVis 03.
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Navigation keeping context

• When looking closer at an element, keeping the
  contextual information
• An overview frame
• A Fisheye Semantic Zooming

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Navigation keeping context

• When looking closer at an element, keeping the
  contextual information
• An overview frame
• A Fisheye Semantic Zooming

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Navigation keeping context

• When looking closer at an element, keeping the
  contextual information
• An overview frame
• A Fisheye Semantic Zooming

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(No Transcript)