Prsentation PowerPoint

1
Novembre 2008 ESCI
2
Le modèle couplé de lIPSL

• Contexte Présentation
• IPSL Pôle de modélisation du climat
• Historique du modèle système Terre IPSL
• Le modèle actuel IPSLCM4_v2
• Parallélisme
• Nouveaux scripts libIGCM
• Les autres configurations
• A venir
• Utilisation du modèle
• Les outils de lIPSL modipsl, libIGCM,
• Les différentes étapes
• Les simulations réalisées
• Les outils utiles nco, cdo,

3
Les laboratoires et les tutelles
4
IPSL Institut PS Laplace

• Fédération de 5 laboratoires - Observatoire des
  Sciences de lUnivers
• le Centre détude des Environnements Terrestre et
  Planétaires (CETP),
• le Laboratoire de Météorologie Dynamique (LMD)
• le Laboratoire dOcéanographie et du Climat
  Expérimentation et Approches Numériques (LOCEAN)
• le Laboratoire des Sciences du Climat et de
  lEnvironnement (LSCE)
• le Service dAéronomie (SA)
• Au 1/1/2009 CETPSA LATMOS LISA LPMAA , 1
  FR 3 OSUS
• Directeur Jean Jouzel et à partir du 1/1/2009
  Hervé Le Treut
• 8 tutelles
• Centre National de la Recherche Scientifique
  (CNRS),
• Université Pierre et Marie Curie - Paris 6
• Université Versailles Saint-Quentin en Yvelines
• Commissariat à lEnergie Atomique (CEA)
• lInstitut de Recherche et Développement (IRD)
• Ecole Normale Supérieure
• Ecole Polytechnique
• Centre National dEtudes Spatiales (CNES).
• 800 personnes - 1000 personnes
• Projets fédératifs

5
Le pôle de modélisation

• Missions
• Fédérer les études multidisciplinaires
  (scientifiques ou techniques) faisant intervenir
  les composantes du modèle de l'IPSL
• Identifier et coordonner les simulations de
  référence
• Fédérer et rationaliser les moyens, les
  développements techniques
• Animation scientifique
• Modèle climat
• Atmosphère
• Océan et glace de mer
• Surfaces continentales
• Cycle du carbone
• Chimie
• IPSLCM4_v2
• Earth System Model

6
Conseil scientifique du pôle de modélisation
7
ESCI

• Equipe Système Climat IPSL 20 personnes
• Mission
• Organiser les développements techniques en accord
  avec les activités scientifiques du pôle
• Assurer le lien et la cohérence des
  développements entre les différentes composantes
  et le modèle couplé
• Support aux utilisateurs des modèles
• Documentation
• Animation technique, formation
• Veille technique

8
Le modèle couplé IPSL

• Définition infrastructure qui permet de
  récupérer des versions de références des modèles,
  de les compiler, de les coupler ensemble, de
  réaliser une expérience type fournie (y compris
  fichiers entrée), de suivre sa réalisation, de
  produire des résultats bruts, de produire,
  stocker et rendre accessible des ATLAS et
  analyses systématiques.

9
Le modèle climat de lIPSL
Oasis
10
Contraintes liées aux différentes activités
scientifiques

• Tests sensibilité
• KE/Ti
• Flux eau
• Paleo
• ???

IPSL_CM4(IPCC)
IPSLCM4_v1
IPSL_CM4(IPCC)
Utilisation des sols Paléo végétation
Cycle du carbone (Pisces, flux de carbone,
transport carbone)
IPSL_CM4(loop)
Passage LMDZ4
Passage Versions // des modèles
IPSL_CM4(//)
Haute résolution
IPSLCM4_v2
IPSL_CM4(chimie-aérosols)
IPSL_ESM_V1
INCA
Nouvel exercice GIEC 2009
Evolution des composantes
IPSLCM5
Nouveau modèle
11
Historique et court terme
IPSLCM4_v1
Juillet 2004 IPCC/AR4
Jusquà juillet 2007 - LMDZ4 tag IPCC Résolutions
ajoutées - OASIS3
IPSLCM4_v1_OASIS3
Cycle du carbone Stomate (ORCHIDEE) - PISCES (OPA)
IPSLCM4_LOOP
Juillet 2007 Parallélisme MPI LMDZ-ORCHIDEE Scrip
ts libIGCM
IPSLCM4_v2
IPSL_ESM_V1
Chimie - Aérosols
NEMO Parallélisme OpenMP LMDZ-ORCHIDEE LMDZ
nouvelle physique IPSLCM6
IPSLCM5
Nouvel exercice GIEC 2009
12
Composantes du modèle couplé IPSLCM4_v2
Responsables ESCI
Information
Tag
Composante
44x43x19,72x45x19, 96x71x19, 96x95x19, 144x143x19
L. Fairhead et BOL
LMDZ4_V3_4
LMDZ4
M. Mancip
orchidee_1_9_2
ORCHIDEE
ipsl_cm4_v2
orca2
Équipe système NEMO
ORCA_LIM
SVN
J. Bellier
v2_1_2
IOIPSL
A. Caubel et CERFACS
CPL
OASIS 3
Head
Compilation et fichiers dentrée
A. Caubel, MA Foujols et groupe CPLIPSL
IPSLCM4_v2
IPSLCM4_v2_3
Scriptsexécution et post- traitements
S Denvil, P Brockmann, M Mancip
libIGCM
libIGCM_v1_1
13
Version de référence du modèle

• Chaque composante est validée en mode forcé par
  les personnes ad hoc
• tag fixé
• atlas sur les serveurs dods IDRIS et/ou CCRT
• Une expérience couplée type est disponible
• IPSLCM4_v2 CDT5v2CT (144x142)
• (site http//mc2.ipsl.jussieu.fr/ensembles.html)
• Démarche itérative
• Nouvelles études multiples (paleo, land use, )
• Évolutions à intégrer dans la version suivante
  liste, qualité
• Groupe Cplipsl garant de la qualité

14
Parallélisme LMDZ-ORCHIDEE

• Parallélisation MPI
• Machines cibles
• Vectoriel et parallélisme modéré o(10) Mercure
  (NEC SX8R), Brodie (NEC SX8)
• Scalaire SMP parallélisme massif o(100) Platine
  (BULL Itanium)
• Performances 1 an couplé en Orca2xLMD144x142
• 8 procs mercure/brodie et 40 procs platine
• 3h sur mercure/brodie et 5h sur platine en temps
  réel
• 24h calcul sur mercure/brodie et 200 h calcul sur
  platine
• Présentation Y.Meurdesoif - décembre 2008

15
Deux centres de calcul privilégiés IDRIS/CNRS et
CCRT/CEA
16
Les nouveaux scripts

• libIGCM ensemble de scripts de lancement de
  simulation et de post-traitement modulaires et
  portables
• Documentation http//forge.ipsl.jussieu.fr/libig
  cm
• Configurations cohérentes en plus grand nombre
• LMDZINCA, ORCA2LIM_v2, LMDZ4OR_v2
• IPSLCM4_v2, IPSL_ESM, IPSLCM5

17
Les configurations utilisant les nouveaux scripts

• IPSLCM4_v2 A Caubel, M-A Foujols
• LMDZ4OR_v2 J Ghattas
• ORCHIDEE_OL M Mancip
• LMDZINCA A Cozic
• IPSL_ESM A Cozic
• Recommandation prévenir lors de nouvelles
  études basées sur une de ces configurations
• En cours
• ORCA2_LIM, GYRE_LOBSTER Equipe Système NEMO

18
Documentation

• Wiki Pôle http//forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg
• Introduction générale IGCMG, accessible à tous
• Accès outils multiples
• Accès sources SVN
• Accès aux tickets dincident
• Accès aux pages wiki
• Contrainte être inscrit dans le projet (demande
  aux administrateurs) pour pouvoir modifier wiki,
  tickets et sources.
• Machine commune de gestion des projets - Olivier
  Thauvin (SA)

19
Documentation forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg
Sources SVN
WIKI
Tickets
20
A venir

• Futur proche
• NEMO // IPSLCM5 (Exercice IPCC AR5)
• // mixte MPI OpenMP LMDZ-ORCHIDEE gt machines
  cibles scalaires SMP type platine ou vargas avec
  plus defficacité
• Nouvelle physique LMDZ IPSLCM6
• Futur moins proche
• Serveur IO dans les modèles IPSL
• Coupleur OASIS4 plus de parallélisme
• Utilisation machines scalaires MPP 1000 procs

21
2ème partie

• Utilisation et démonstration

22
Principes (1/7)
ATMOSPHERE
23
Principes (2/7)
PROCESSUS de SURFACE
 DRIVER OFFLINE 
ORCHIDEE_OL
ORCHIDEE
LMDZ
24
Principes (3/7)
ORCHIDEE_OL
ORCHIDEE
LMDZ
25
Principes (4/7)
OCEAN
GLACE
TRACEUR
ORCHIDEE
26
Principes (5/7)
ORCHIDEE
LMDZ
OPA
LIM
TRC
27
Principes (6/7)
COUPLEUR CERFACS
ORCHIDEE
LMDZ
OPA
LIM
OASIS
28
Principes (7/7)
ORCHIDEE_OL
ORCHIDEE
LMDZ
OPA
LIM
TRC
OASIS
Scripts libIGCM
29
MODIPSL, IOIPSL, Rebuild

• Modipsl outil dextraction, de préparation en
  fonction de la machine, de compilation des
  modèles pour créer les exécutables.
• Introduction FAQ http//forge.ipsl.jussieu.fr
  /igcmg/wiki/ModipslBeginner
• IOIPSL librairie commune qui gère les
  Entrées-Sorties (fichiers de sorties, restarts)
  au format NetCDF dans les modèles de lIPSL.
• Rebuild outil pour recombiner les fichiers

30
PATH/TXlocal/pub/svn/svn-1.3.1/bin/home/rech/ps
l/rpsl035/fcm/binPATHpour accéder à svn et
fcm. Vérifier par which svn et which
fcm. HOME_BIS sur rhodes est très vaste mais non
sauvegardé. Faire les post-traitements là après
avoir vérifié que ce répertoire existe ou
demander sa création à l'assistance IDRIS. Pour
cela créer un répertoire sur HOME_BIS et son
homonyme sur le HOME en lien. Ce répertoire doit
avoir le même nom que sur brodie. cd mkdir
HOME_BIS/MONEXPAMOI ln -s HOME_BIS/MONEXPAMOI
MONEXPAMOI si l'expérience a été préparée sur
brodie ainsi cd WORKDIR mkdir MONEXPAMOI
cd MONEXPAMOI svn_ano ... WORKDIR sur
brodie peut être étendu largement (50 Go pour le
groupe par exemple). Le demander à l'assistance.
Pour vérifier l'occupation et la taille
quota_u -w sur brodie, remplir le fichier
.rhosts avec rhodes Faire marcher les transferts
brodie --gt gaya par mfget/mfput. Ftuas sur rhodes
pour faire connaître le mot de passe gaya à
brodie et à toutes les machines. Pour les accès
dods, il faut lancer une commande mfdods sur
gaya. Cela crée le répertoire. Si l'accès par le
web ne passe pas http//dods.idris.fr/login ,
demander à l'assistance IDRIS. Pour donner les
accès à tous (755 ou drwxr-xr-x) au WORKDIR de
brodie, il faut demander à l'assistance IDRIS
pour le niveau /u/rech/grp. Idem pour
/home_b/rech/grp sur rhodes.
31
PATHPATH/home/cont003/p86ipsl/fcm/bin pour
accéder fcm. Vérifier par which fcm.
32

• Accès à modipsl (SVN) brodie ou mercure mkdir
  MY_EXPERIENCE
• brodie ou mercure cd MY_EXPERIENCE
• brodie ou mercure
• svn co http//forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modi
  psl/trunk modipsl
• alias (svn_ano)

MY_EXPERIENCE
modipsl
.svn
bin
util
modeles
lib
doc
tmp
config
33
MY_EXPERIENCE

• Accès à modipsl brodie ou mercure cd
  modipsl/util

modipsl
bin
modeles
config
doc
.svn
tmp
util
lib

• model
• ins_make
• ins_job

34
1 - Id 2 -----------------------------------
---------------------------------- 3 -This file
is the definition file of the script "model". 4
------------------------------------------------
--------------------- 5 - Each model is defined
by 6 - (prefix -H-) model informations, 7 -
(prefix -M-) the email address of the model
manager, 8 - (prefix -C-) elements to extract
for the model, in the order 9 - name of the
component in the repository 10 - tag/revision
of the component 11 - index of the repository
in the server table 12 - installation path in
the local working directory 13 - local
working directory in modipsl 14 - (prefix -S-)
containing the control system and server
address. 15 - 16 - The tag "?" correspond to
the default model version. 17 - Invoking
"model" with -H overrides any tag with "?". 18
------------------------------------------------
--------------------- 19 - Repository
informations 20 - 21 -S- 1 cvs
anonymous_at_cvs.ipsl.jussieu.fr/home/ioipsl/CVSROOT
22 -S- 2 cvs sechiba_at_cvs.ipsl.jussieu.fr/home/
ssipsl/CVSREP 23 -S- 3 cvs lmdzbrowse_at_cvs.lmd.ju
ssieu.fr/home/cvsroot 24 -S- 4 cvs
opa_at_cvs.ipsl.jussieu.fr/home/opalod/CVSROOT 25
-S- 5 cvs nemo_at_cvs.ipsl.jussieu.fr/home/opalod/
NEMOCVSROOT 26 -S- 6 cvs inca_at_cvs.ipsl.jussieu.f
r/home/incaipsl/CVSROOT 27 -S- 7 svn
--username nemo_user http//forge.ipsl.jussieu.fr/
nemo/svn 28 -S- 8 svn http//forge.ipsl.jussieu.
fr/igcmg/svn 29 --------------------------------
----------------------------------
35

• -
• 87 -H- IPSLCM4_v2 IPSLCM4_v2 configuration
  with parallel LMDZ4 and ORCHIDEE
• 88 -H- IPSLCM4_v2 official release october
  2007
• 89 -H- IPSLCM4_v2 ORCA tag ipsl_cm4_v2
• 90 -H- IPSLCM4_v2 IOIPSL/src svn tags/v2_1_3
• 91 -H- IPSLCM4_v2 LMDZ4 tag LMDZ4_V3_4
• 92 -H- IPSLCM4_v2 ORCHIDEE tag orchidee_1_9_2
• 93 -H- IPSLCM4_v2 OASIS3 tag HEAD
• 94 -H- IPSLCM4_v2 IPSLCM4_v2 svn new scripts
  
• 95 -M- IPSLCM4_v2 arnaud.caubel_at_lsce.ipsl.fr
• 96 -C- IPSLCM4_v2 IOIPSL/tags/v2_1_3/src HEAD
  8 IOIPSL/src modeles
• 97 -C- IPSLCM4_v2 ORCHIDEE
  orchidee_1_9_2 2 . modeles
• 98 -C- IPSLCM4_v2 OASIS3 ?
  1 prism .
• 99 -C- IPSLCM4_v2 LMDZ4
  LMDZ4_V3_4 3 . modeles
• 100 -C- IPSLCM4_v2 CONFIG/tags/IPSLCM4_v2/IPSLC
  M4_v2_2 HEAD 8 IPSLCM4_v2 config
• 101 -C- IPSLCM4_v2 tags/libIGCM_v1
  ? 1 . .
• 102 -C- IPSLCM4_v2 OPA/SRC_ORCA
  ipsl_cm4_v2 4 . modeles
• 103 -C- IPSLCM4_v2 OPA/SRC_UCL
  ipsl_cm4_v2 4 . modeles

36

• Accès à MODIPSL
• svn_ano cd modipsl/util
• Accès à IPSLCM4_v2
• brodie ou mercure ./model IPSLCM4_v2
• (4 mots de passe à demander autour de vous)
• Annexe 1 logins et serveurs SVN/CVS

MY_EXPERIENCE
modipsl
bin
.svn
util
modeles
libIGCM
doc
tmp
config
prism
lib
IPSLCM4_v2
LMDZ4
UTIL
OPA
ORCHIDEE
IOIPSL
37

• Accès à MODIPSL
• svn_ano cd modipsl/util
• Accès à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles
• brodie ou mercure ./ins_make

MY_EXPERIENCE
modipsl
util
prism
modeles
lib
doc
bin
tmp
.svn
config
libIGCM

• AA_make.gdef

IPSLCM4_v2

• AA_make.ldef
• AA_make

Makefile
38

• Accès à MODIPSL (SVN)
• svn_ano cd modipsl/util
• Accès à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles ./ins_make
• Installation de lexpérience type
• brodie ou mercure Editer ../config/IPSLCM4_v
  2/EXP00/config.card
• Modifier JobName(LO1), JobNumProcTot(4)
• ./ins_job

MY_EXPERIENCE
modipsl
libIGCM
lib
config
util
modeles
doc
bin
tmp
.svn
IPSLCM4_v2
AA_job
EXP00
Job_JobName
config.card
39

• Accès à MODIPSL
• svn_ano cd modipsl/util
• Accès à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles ./ins_make vi
  ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card
• Installation de lexpérience type (partie
  post-traitement) brodie ou mercure ./ins_job

MY_EXPERIENCE
modipsl
libIGCM
config
modeles
AA_atlas_LMDZ AA_atlas_ORCHIDEE AA_atlas_ORCA_LIM
AA_create_ts AA_create_se AA_monitoring
atlas_LMDZ.job atlas_ORCHIDEE.job atlas_ORCA_LIM.j
ob create_ts.job create_se.job monitoring.job
40

• Accès à MODIPSL svn_ano cd modipsl/util
• Acces à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles ./ins_make
• Installation de lexpérience type
• vi ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card
• ./ins_job
• Compilation brodie ou mercure cd
  ../config/IPSLCM4_v2
• brodie ou mercure gmake (défaut
  ORCA2xLMDZ9671)

MY_EXPERIENCE
modipsl
util
config
lib
doc
bin
tmp
.svn
IPSLCM4_v2
Makefile
41
Accès au modèle IPSLCM4_v2 (9/9)
MY_EXPERIENCE

• Accès à MODIPSL svn_ano cd modipsl/util
• Acces à IPSLCM4_v2 ./model IPSLCM4_v2
• Installation des Makefiles ./ins_make
• Installation de lexpérience type
• vi ../config/IPSLCM4_v2/EXP00/config.card ./in
  s_job
• Compilation cd ../config/IPSLCM4_v2 gmake
• Soumission du Job de lancement
• brodie ou mercure cd EXP00
• brodie ou mercure qsub Job_LO1

modipsl
config
IPSLCM4_v2
EXP00
PARAM

• dynami.param
• gcm.def
• geogram.param
• inice.param
• namcouple
• namelist
• offline.def
• orchidee.def
• output.param
• physiq.def
• run.def
• run.param.li
• thermo.param

• lim.card
• lim.driver
• lmdz.card
• lmdz.driver
• oasis.card
• oasis.driver
• opa.card
• opa.driver
• orchidee.card
• orchidee.driver

42
Récupérer, compiler et lancer le modèle couplé
IPSLCM4_v2

• Accès à MODIPSL svn co http//forge.ipsl.jussieu
  .fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
• Accès à IPSLCM4_v2 cd modipsl/util ./model
  IPSLCM4_v2
• model -h pour voir les autres configurations
  disponibles
• Installation des Makefiles ./ins_make
• Installation de lexpérience type (et
  post-traitements)
• Modifier JobName dans ../config/IPSLCM4_v2/EXP
  00/config.card
• ./ins_job
• Compilation cd ../config/IPSLCM4_v2 gmake
• Soumission du Job de lancement cd EXP00 qsub
  Job_JobName

43
Un peu plus en détail
MY_EXPERIENCE

• Répertoire EXP00 prêt
• COMP/ information sur les composantes
• config.card fichier de configuration de la
  simulation
• Job_LO1 Job à soumettre
• PARAM/ fichiers de configuration des modèles
• run.card.init fichier de suivi original

modipsl
config
IPSLCM4_v2
EXP00
Job_LO1
COMP
PARAM
config.card
run.card.init

• lim.card
• lim.driver
• lmdz.card
• lmdz.driver
• oasis.card
• oasis.driver
• opa.card
• opa.driver
• orchidee.card
• orchidee.driver

• dynami.param
• gcm.def
• geogram.param
• inice.param
• namcouple
• namelist
• offline.def
• orchidee.def
• output.param
• physiq.def
• run.def
• run.param.li
• thermo.param

44
Schéma de la librairie de scripts libIGCM
EXP00
EXP00/COMP
45
Script de référence Job_LO1
PeriodLength
46
Nouveaux scripts libIGCM

• Infrastructure commune cohérente de script
• Job_Jobname
• Un job de soumission de la simulation
• config.card
• une fiche descriptive dune configuration pour
  une simulation donnée
• CARD
• Des couples de fichiers card et driver décrivent
  les fichiers et programment le fonctionnement de
  chaque composante dune configuration
• PARAM
• Des fichiers de paramètres des différentes
  composantes
• run.card (run.card.init)
• Une fiche dinformation sur la simulation en
  cours dexécution
• libIGCM
• libIGCM/libIGCM_card, liBIGCM_comp,
  libIGCM_config, libIGCM_date, libIGCM_debug,
  libIGCM_post, libIGCM_sys.ksh des bibliothèques
  de fonctions en ksh utilisées par les jobs
• libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_brodie.ksh,
  libIGCM_sys_mercure.ksh, des fonctions
  système spécifique à chaque machine

47
Un peu plus en détail
MY_EXPERIENCE

• Répertoire EXP00 prêt
• COMP/ information sur les composantes
• config.card fichier de configuration de la
  simulation
• Job_LO1 Job à soumettre
• PARAM/ fichiers de configuration des modèles
• run.card.init fichier de suivi original

modipsl
config
IPSLCM4_v2
EXP00
Job_LO1
COMP
PARAM
config.card
run.card.init

• lim.card
• lim.driver
• lmdz.card
• lmdz.driver
• oasis.card
• oasis.driver
• opa.card
• opa.driver
• orchidee.card
• orchidee.driver

• dynami.param
• gcm.def
• geogram.param
• inice.param
• namcouple
• namelist
• offline.def
• orchidee.def
• output.param
• physiq.def
• run.def
• run.param.li
• thermo.param

48
config.card UserChoices
1 2 This is config.card file for restart
with an NEW libIGCM simulation tree. 3 4

5 D-- Compatibility
- 6 Compatibility 7 libIGCM1.0 8 D--
UserChoices - 9 UserChoices 10
11 -- (lt8 chars
MAX for JobName) 12 JobNameLO1 13
LongName"SCRIPT_V1" 14 TagNameIPSLCM4_v2 15
16 -- leap,
noleap, 360d 17 CalendarType360d 18 -- Début
et fin de Job 19 -- "YYYY-MM-DD" 20
DateBegin1860-01-01 21 DateEnd1869-12-30 22
23 -- 1Y, 1M,
5D, 1D 24 PeriodLength1M 25

Information sur la simulation
49
config.card Composantes
33
34 D--
ListOfComponents - 35 ListOfComponents 36
D- For each component, Name of
component, Tag of component 37 ATM (lmdz,
LMDZ.4) 38 SRF (orchidee,
ORCHIDEE.1.9) 39 OCE (opa, OPA8.2) 40
ICE (lim, LIM.1) 41 CPL (oasis,
OASIS3) 42
43
D-- Executable - 44 Executable 45
Namerun_file 46 D- For each
component, Real name of executable, Name of
executable for oasis 47 ATM (gcm.e,
lmdz.x) 48 SRF ("", "") 49 OCE
(opa, opa.xx) 50 ICE ("", "") 51
CPL (oasis, oasis)
50
config.card Restarts
53
54 D-- Restarts
- 55 Restarts 56 D- If you want a GENERAL
RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y' 57
OverRulen 58 D- Last day of the experience
used as restart 59 RestartDate1869-12-30 60
D- Define restart simulation name (gt
JOB_OS) 61 RestartJobNameCD1 62 D- Path
Server Group Login (gt PSGL) 63
RestartPathARCHIVE/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2 64
Attention login depend de la machine 66

67 D-- Post - 68
Post 69 D- Do we rebuild parallel output,
this flag determines 70 D- frequency of rebuild
submission 71 RebuildFrequencyNONE 72 D- If
you want to monitor variables, this flag
determines 73 D- frequency of post-processing
submission 74 MonitoringFrequencyNONE 75 D-
If you want to produce time series, this flag
determines 76 D- frequency of post-processing
submission 77 TimeSeriesFrequency10Y 78 D- If
you want to produce seasonal average, this flag
determines 79 D- the period of this average 80
SeasonalFrequency10Y
y pour un redémarrage depuis une autre simulation
Donner la date, le nom de la simulation et le
chemin daccès aux fichiers
51
config.card Post
53
54 D-- Restarts
- 55 Restarts 56 D- If you want a GENERAL
RULE FOR RESTARTS, put this flag to 'y' 57
OverRulen 58 D- Last day of the experience
used as restart 59 RestartDate1869-12-30 60
D- Define restart simulation name (gt
JOB_OS) 61 RestartJobNameCD1 62 D- Path
Server Group Login (gt PSGL) 63
RestartPathARCHIVE/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2 64
Attention login depend de la machine 66

67 D-- Post - 68
Post 69 D- Do we rebuild parallel output,
this flag determines 70 D- frequency of rebuild
submission 71 RebuildFrequencyNONE 72 D- If
you want to monitor variables, this flag
determines 73 D- frequency of post-processing
submission 74 MonitoringFrequencyNONE 75 D-
If you want to produce time series, this flag
determines 76 D- frequency of post-processing
submission 77 TimeSeriesFrequency10Y 78 D- If
you want to produce seasonal average, this flag
determines 79 D- the period of this average 80
SeasonalFrequency10Y
52
config.card une composante type ATM
82
83 D-- ATM - 84
ATM 85 86 WriteFrequency"1M 1D HF" 87
If config_Restarts_OverRule 'n' all params are
read 88 Restart n 89 Last day of the
experience used as restart 90 RestartDate1999-12
-30 91 Define restart simulation name 92
RestartJobNameLO1 93 RestartPathARCHIVE/IGC
M_OUT/IPSLCM4_v2 94 Old component name for
restart (if empty, use new name) 95 OldName 96
97
98 D-- OCE - 99
OCE 100 WriteFrequency"1M 1D" 101 Restart
n 102 -- Last day of the experience used as
restart 103 RestartDate1999-12-30 104 Define
restart simulation name 105 RestartJobNameLO1 10
6 RestartPathARCHIVE/ IGCM_OUT/IPSLCM4_v2 107
Old component name for restart (if empty, use
new name) 108 OldName
y pour un redémarrage ATMdepuis une autre
simulation
Donner la date, le nom de la simulation et le
chemin daccès aux fichiers
53
Un peu plus en détail
MY_EXPERIENCE

• Répertoire EXP00 prêt
• COMP/ information sur les composantes
• config.card fichier de configuration de la
  simulation
• Job_LO1 Job à soumettre
• PARAM/ fichiers de configuration des modèles
• run.card.init fichier de suivi original

modipsl
config
IPSLCM4_v2
EXP00
Job_LO1
COMP
PARAM
config.card
run.card.init

• lim.card
• lim.driver
• lmdz.card
• lmdz.driver
• oasis.card
• oasis.driver
• opa.card
• opa.driver
• orchidee.card
• orchidee.driver

• dynami.param
• gcm.def
• geogram.param
• inice.param
• namcouple
• namelist
• offline.def
• orchidee.def
• output.param
• physiq.def
• run.def
• run.param.li
• thermo.param

54
Job_JobName
Initialisation des paramètres de batch (exemple
PBS)

• Définition de la mémoire limitePBS -l
  memsz_job4.0gb limite mémoire
• Définition du nombre de processeurs PBS -v
  PBS_NUM_PROC_TOTJobNumProcTot provient
  de config.card via ./ins_job
• Définition des limites temps CPU
• Sur Brodie
• PBS -l cputim_job10000 limite en temps CPU
  pour lensemble du job
• Sur Mercure
• PBS -l elapstim_req10000 limite en temps
  réel elapsed pour lensemble du job

55
Job_JobName PBS tableau des classes IDRIS
brodie news class
Cl
asses multiprocesseurs (lt8) au sein d'un noeud
(MPI ou OpenMP)

Parametres NQSII a specifier PBS -q multi
PBS -l cpunum_jobltNprocgt Nombre de
processeurs (1 lt Nproc lt 8) -l
cputim_job (limite en temps CPU par job)
120000 --------------------------
(12H)
p2t2
1 lt Nproc lt 2
TMPDIR lt 45Gb
10000 ---------------------------
(1H)
p2t1
1 lt Nproc lt
2 TMPDIR lt 45Gb
------------------------------
gt -l memsz_job (limite memoire par job)
15Gb
Susceptible de changement permanent
56
Job_JobName PBS tableau des classes IDRIS
brodie news class (suite)    
  -l cputim_job
480000 -----------------------------
(48H)
p8t2

7 lt Nproc lt 8
TMPDIR lt 300Gb 20000
----------------------------- (2H)

p8t1
7 lt
Nproc lt 8 TMPDIR
lt 100Gb -------------------
---------gt -l memsz_job
60Gb
Susceptible de changement permanent
57
Job_JobName PBS tableau des classes CCRT
mercure class QUEUE ACT TYPE NODE TIME
MEM LIM/USER HOSTS test Oui Urgent
1 1h00 32G mercure17 prod
Oui Normal 1 24h00 20G
mercure10,mercure11,mercure12,mercure13,mercure15,
mercure16,mercure17 bigmem Oui Normal
1 24h00 64G mercure10,mercure11 bigtime
Oui Normal 1 100h00 32G
mercure12,mercure13,mercure16 testpara Oui
Urgent 4 30m00 52G mercure10,mercure11,m
ercure12,mercure13 parallel Oui Normal
4 24h00 40G mercure10,mercure11,mercure12,me
rcure13,mercure16 para8 Oui Normal
1 24h00 32G mercure14 ipcc Oui
Special 1 24h00 32G
mercure15,mercure17 scalaire Oui -
1 24h00 8G mercure
Susceptible de changement permanent
58
Job_JobName PBS Caractéristiques pour une
expérience de 1 mois ORCA2xLMD9671
59
Job_JobName PBS Caractéristiques pour une
expérience de 1 mois ORCA2xLMD144142
60
Job_JobName PeriodNb
Lancement de plusieurs périodes par job

• Pour éviter de lancer une foule de petits jobs
  qui reprennent la file dattente à
• chaque fois, il est possible de lancer en boucle
  n périodes par job.
• Le paramètre à modifier est dans Job_JobName (1
  par défaut)
• PeriodNb1
• Attention! Modifier le paramètre PBS du temps en
  conséquence.
• Définition des limites temps CPU
• Sur Brodie
• PBS -l cputim_job100000 limite en temps CPU
  pour lensemble du job
• Sur Mercure
• PBS -l elapstim_req100000 limite en temps
  réel elapsed pour lensemble du job

61
Soumission - Contrôle
MY_EXPERIENCE

• qsub Job_LO1
• Contrôle
• Mercure qstat, mpp
• Brodie qstat
• Répertoire EXP00 en cours de simulation
• COMP/
• PARAM/
• run.card.init
• run.card
• config.card
• Job_LO1
• Script_Output

modipsl
config
IPSLCM4_v2
EXP00
COMP
PARAM
Job_LO1
config.card
run.card.init
run.card
Script_Output
62
run.card le fichier de suivi
contient la date du run en cours ou du run en
attente last date of loop
.suivi Configuration last PREFIX OldPrefix
HVMPSTOI_00071231 Compute date of loop
.suivi PeriodDateBegin 0008-01-01 PeriodDateEnd
0015-12-31 CumulPeriod 2 State of Job "Start",
"Running", "OnQueue", "Completed" PeriodState
Running contient la trace des
executions PostProcessing postraitements
state .date PostState Start MonitoringRunnin
gn MonitoringCompleted TimeSeriesRunningn Time
SeriesCompleted SeasonalRunningn SeasonalComple
ted
63
run.card le fichier de suivi

• Log
• Executable Size
• LastExeSize ( 26540674, 0, 16412248, 0, 9897631
  )
• CumulPeriod PeriodDateBegin PeriodDateEnd
  RunDateBegin RunDateEnd
  RealCpuTime UserCpuTime SysCpuTime ExeDate
• 1 , 18600101 , 18600130 , 2008/07/25
  091254 , 2008/07/25 092850 , 956.39111 ,
  2287.43321 , 4.49284 , ATM_Jul_2_1719-OCE_Jul_2
  _1656-CPL_Jul_2_1650) \
• (2 , 18600201 , 18600230 , 2008/07/25
  092947 , 2008/07/25 094000 , 613.02877 ,
  1347.03011 , 4.11219 , ATM_Jul_2_1719-OCE_Jul_2
  _1656-CPL_Jul_2_1650) \

64
Un peu plus en détail
MY_EXPERIENCE

• Répertoire EXP00 prêt
• COMP/ information sur les composantes
• config.card fichier de configuration de la
  simulation
• Job_LO1 Job à soumettre
• PARAM/ fichiers de configuration des modèles
• run.card.init fichier de suivi original

modipsl
config
IPSLCM4_v2
EXP00
Job_LO1
COMP
PARAM
config.card
run.card.init

• dynami.param
• gcm.def
• geogram.param
• inice.param
• namcouple
• namelist
• offline.def
• orchidee.def
• output.param
• physiq.def
• run.def
• run.param.li
• thermo.param

• lim.card
• lim.driver
• lmdz.card
• lmdz.driver
• oasis.card
• oasis.driver
• opa.card
• opa.driver
• orchidee.card
• orchidee.driver

65
Flux des données (1/6)

• Un fichier descriptif par composante (par ex
  opa.card)
• Fichiers dentrée texte (namelist)
• Fichiers dentrée binaires
• conditions initiales
• conditions limites (bathymetry)
• Exécutable (opa.xx)
• Fichiers de sorties binaires (netCDF)
• Fichiers de sorties texte (ocean.output)
• Fichiers de redémarrage (restart.nc)

66
Flux des données (2/6) opa.card
UserChoices OPA_NPDT_JOURS15 InitialStateFile
s List ()? BoundaryFiles List ()? ListNonDel
(R_BC/OCE/config_UserChoices_TagName/RESO
L_OCE/LEVITUS_1m_Temperature_Pot_Ice_nomask.nc,
.), \ (R_BC/OCE/config_UserChoices_TagNa
me/RESOL_OCE/runoff_1m_nomask.nc,
.)? ParametersFiles List (SUBMIT_DIR/PARAM/
namelist_RESOL_OCE, namelist)? RestartFiles
List (config_UserChoices_JobName_PeriodDateE
nd_restart.nc, restart.nc, orcaini.nc)? Output
Text List (ocean.output, opa.xx.prt,
solver.stat, ftrace.out.2.0)?
67
Flux des données (3/6)
OutputFiles List (PREFIX_NWRITE_DATE_OPA_
grid_T.nc, R_OUT_OCE_NWRITE/PREFIX_WF1_gr
id_T.nc, Post_1M_grid_T),\ (PREFIX_NWRITE_DA
TE_OPA_diaznl.nc, R_OUT_OCE_NWRITE/PREFIX_
WF1_diaznl.nc, Post_1M_diaznl),\ (PREFIX_NWRI
HF_DATE_OPA_grid_V.nc, R_OUT_OCE_NWRIHF/P
REFIX_WF2_grid_V.nc, NONE)?
68
Flux des données (4/6) OPA LIM
OPA LIM
69
Flux des données (5/6) OASIS
grids.nc masks.nc areas.nc wa2o.flx wa2o.run wa2o.
cal wo2a.tsg

cf_name_table.txt namcouple _ORCA2xLMD9671_ORCA2x
LMD7245
OASIS3
70
Flux des données (6/6) LMDZ ORCHIDEE

LMDZ ORCHIDEE
71
Post-traitement

• OutputFiles
• List (PREFIX_NWRITE_DATE_OPA_grid_T.nc,
  R_OUT_OCE_NWRITE/PREFIX_WF1_grid_T.nc,
  Post_1M_grid_T),\
• (PREFIX_NWRITE_DATE_OPA_diaznl.nc,
  R_OUT_OCE_NWRITE/PREFIX_WF1_diaznl.nc,
  Post_1M_diaznl),\
• (PREFIX_NWRIHF_DATE_OPA_grid_V.nc,
  R_OUT_OCE_NWRIHF/PREFIX_WF2_grid_V.nc,
  NONE)?
• Post_1M_grid_T
• Patches ()
• GatherWithInternal (nav_lon, nav_lat, deptht,
  time_counter)
• TimeSeriesVars (iowaflup, sohtc300, sohefldo,
  soicecov, somxl010, sorunoff, sosaline, sossheig,
  sosstsst, sowaflep, sowaflcd, sowaflup)
• Post_1M_diaznl
• Patches ()
• GatherWithInternal (lon, lat, deptht,
  time_counter)
• TimeSeriesVars (zotempeg, zotempea, zosaling,
  zosalina, sozonfha, sozanfha, sozonfhd, sozanfhd,
  sozonfhe, sozanfhe, sozonfhg, sozanfhg, sozonfho,
  sozanfho, sozonfsd, sozanfsd, sozonfsg, sozanfsg,
  sozonfso, sozanfso)

72
Les utilitaires de post-traitement CCRT, IDRIS
MY_EXPERIENCE

create_ts.job séries temporelles tous les 10
ans create_se.job moyennes saisonnières tous
les 10 ans Retour des jobs de post-traitement là
rhodes WORKDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/JobName me
rcure SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/JobName a
tlas_ORCA_LIM pour océan et glace de
mer atlas_LMDZ pour atmosphère atlas_ORCHIDEE
pour surfaces continentales Les atlas sont
basés sur ferret et sur fast http//dods.ipsl.ju
ssieu.fr/fast/
modipsl
libIGCM

• create_ts
• create_se
• atlas_...
• monitoring

73
Accès aux résultats de simulations

• Mise en ligne du monitoring et des atlas sur les
  serveurs dods
• Dods IDRIS http//dods.extra.cea.fr
• Dods CCRT http//dods.idris.fr/
• Accès aux simulations de référence
• http//mc2.ipsl.jussieu.fr/ensembles.html

74
(No Transcript)
75
Monitoring
76
(No Transcript)
77
Arborescence sur serveur fichiers
IPSLCM4_v2
rhodes cd HOMEGAYA/IGCM_OUT mercure cd
DMFDIR/IGCM_OUT
JobName
SRF
OCE
CPL
MONITORING
ATM
ATLAS
ICE
Restart
Analyse
Output
Debug
SE_1860_1969
TS_DA
SE
TS_MO
OCE_TUVW
SRF
ATM
ICE
INS
DA
HF
MO
78
Arborescence sur serveur fichiers
-- ICE -- Analyse
-- SE -- TS_MO
-- Debug -- Output
-- MO -- Restart --
MONITORING -- OCE --
Analyse -- SE
-- TS_MO -- Debug --
Output -- DA --
MO -- Restart -- Out
-- SRF -- Analyse
-- SE -- TS_MO --
Debug -- Output --
MO -- Restart
rhodes cd HOMEGAYA mercure cd
DMFDIR IGCM_OUT/ -- IPSLCM4_v2 -- JobName
-- ATLAS -- ATM --
Analyse -- SE
-- TS_DA -- TS_HF
-- TS_MO -- Debug --
Output -- DA --
HF -- MO --
Restart -- CPL -- Analyse
-- SE -- Debug
-- Output -- MO
-- Restart -- Exe
79
Nomenclature des noms des fichiers de sortie
Output, Analyse, Debug, JobName_PeriodDateB
egin_PeriodDateEnd_XX_NomFichier Output/DA et
Analyse/TS_DA XX 1D Output/MO et
Analyse/TS_MO XX 1M Analyse/SE
JobName_SE_PeriodDateBegin_PeriodDateEnd
_NomFichier Restart JobName_PeriodDateEnd
_NomFichier
80
Job_JobName DRYRUN
Tests de lexpérience

• Pour tester une nouvelle expérience et ne lancer
  que certaines étapes de la
• simulation, il est possible par la variable
  DRYRUN de diminuer les actions
• lancées.
• Elle est positionnée à 0 par défaut. DRYRUN3 est
  très pratique pour relancer les post-traitements

81
Accès direct aux fichiers sur les serveurs SVN et
CVS
MODIPSL
brodie ou mercure svn co http//forge.ipsl.juss
ieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
IOIPSL
brodie ou mercure svn co http//forge.ipsl.juss
ieu.fr/igcmg/svn/IOIPSL/trunk/src src
Création du répertoire ./.svn
CPL
brodie ou mercure cvs dpserveranonymous_at_cvs.i
psl.jussieu.fr/home/ioipsl/CVSROOT login
                                                  
                                                  
            (passwdxxxxxxxxx)
OPA
brodie ou mercure cvs d pserveropa_at_cvs.ipsl.j
ussieu.fr/home/opalod/CVSROOT login

(passwdxxxxxxx)
brodie ou mercure cvs d pserverlmdzbrowse_at_pia
f.lmd.jussieu.fr/users/lmdz/cvsroot login
(passwdxxxxxxxxx)
LMDZ
brodie ou mercure cvs d pserversechiba_at_cvs.ip
sl.jussieu.fr/home/ssipsl/CVSREP login
(passwdxxxxxxxx)
ORCHIDEE
Création du fichier HOME/.cvspass
82
Annexe 2 Caractéristiques dun fichier NetCDF
Auto descriptif Portable à Accès direct
Modifiable Partageable
Le fichier contient linformation sur les
variables contenues
Fichiers accessibles par des machines ayant des
modes différents de stockage des entiers, des
caractères et des nombres à virgules flottantes
Possibilité daccéder à une donnée sans avoir à
parcourir lensemble des données qui la précède
Possibilité dajouter des données dans un fichier
Possibilité davoir simultanément un accès en
écriture et plusieurs accès en lecture
83
NetCDF, nco, cdoConvention CF
Netcdf http//www.unidata.ucar.edu/packages/netc
df/ nco http//nco.sourceforge.net/ cdo
http//www.mpimet.mpg.de/fileadmin/software/cdo/
Convention CF http//www.cgd.ucar.edu/cms/eaton/
cf-metadata/
84
Structure du fichier NetCDF En-tête

• Informations sur les dimensions
• Informations sur les attributs
• (voir conventions CF)
• Informations sur les attributs des
• variables
• ( sans leurs valeurs)
• (voir conventions CF)

dimensions lon 72 lat 46
presnivs 19 time_counter
UNLIMITED // (1 currently)
// global attributes
Conventions "GDT 1.3"
file_name "histmth.nc"
production "An IPSL model"
TimeStamp "2003-MAR-05 103738 GMT0100"
associate_file "dyn_hist_ave.nc
dynzon.nc histhf.nc histmth.nc sechiba_out.nc
cpl_atm_tauflx.nc cpl_atm_sst.nc"
variables float lon(lon)
lonunits "degrees_east"
lonvalid_min -180.f
lonvalid_max 175.f
lonlong_name "Longitude"
lonnav_model "Default grid" float
lat(lat) latunits
"degrees_north" latvalid_min
-90.f latvalid_max 90.f
latlong_name "Latitude"
latnav_model "Default grid"
float presnivs(presnivs)
presnivsunits "mb"
presnivspositive "unknown"
presnivsvalid_min 388.2433f
presnivsvalid_max 100426.5f
presnivstitle "presnivs"
presnivslong_name "Vertical levels" float
time_counter(time_counter)
time_counterunits "seconds since 1979-01-01
000000" time_countercalendar
"360d" time_countertitle
"Time" time_counterlong_name
"Time axis" time_countertime_or
igin " 1979-JAN-01 000000" float
tsol(time_counter, lat, lon)
tsolunits "K"
tsolmissing_value 1.e20f
tsolvalid_min 1.e20f
tsolvalid_max -1.e20f
tsollong_name "Surface Temperature"
tsolshort_name "tsol"
tsolonline_operation "ave(X)"
tsolaxis "TYX"
tsolinterval_operation 1800.f
tsolinterval_write 2592000.f
tsolassociate "time_counter nav_lat nav_lon"
ncdump -h COURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc
85
Structure du fichier NetCDF - Données

• données de taille fixe
• données de taille variable

data tsol 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 246.818,
246.818, 246.818, 246.818, 246.818, 248.3489,
248.3532, 248.3445, 248.003, 247.5628, 247.1862,
246.7824,
86
Utilitaires nco
ncdump génère sur la sortie standard une
représentation textuelle CDL dun ensemble de
meta-données netCDF avec la possibilité dexclure
tout ou partie de données variables. La sortie de
ncdump doit pouvoir servir dentrée à
ncgen. ncgen génère un fichier netCDF ou un
programme C ou FORTRAN permettant de créer un
fichier netCDF ncdump et ncgen peuvent donc être
utilisées comme fonctions inverses pour passer
dune représentation textuelle à une
représentation binaire et inversement. Exemple
rhodes ou mercure ncdump p15 b
fCOURS_1m_19790101_19790130_histmth.nc
gtCOURS_1m_19790101_19790130.cdl rhodes ou
mercure emacs COURS_1m_19790101_19790130.cdl
rhodes ou mercure ncgen o COURS_1m_19790101_1
9790130.ncCOURS_1m_19790101_19790130.cdl
87
Utilitaires nco

• ncdiff soustrait les variables dun fichier
  file_1 à celles dun fichier file_2
  correspondantes et stocke les résultats dans un
  fichier file_3.
• ncrcat concatène des variables enregistrées parmi
  un nombre arbitraire de fichiers d'entrée. La
  dimension du fichier netCDF de sortie est par
  défaut la somme des dimensions des fichiers
  netCDF dentrée. Les fichiers d'entrée peuvent
  avoir des tailles différentes mais tous doivent
  avoir des dimensions spécifiées. Lenregistrement
  des coordonnées doit avoir la même syntaxe.
• Exemple ncrcat v tsol COURS_1m_197901-901_197
  901- 930_histmth.nc COURS_1m_197910-201_19791
  0-230_histmth.nc COURS_1m_198801-901_198801-9
  30_histmth.nc COURS_1m_198810-201_198810-230_h
  istmth.nc COURS_1m_19790101_19880130_TSOL.nc

88
Utilitaires nco

• ncra calcule la moyenne sur un nombre variable de
  fichiers dentrée. Cest une moyenne temporelle
  sur la grille spatiale. Ce qui donne 1 seule
  valeur dans les fichiers de sorties. ncra ne
  calcule pas de moyenne pondérée.
• ncea calcule la moyenne sur un nombre variable de
  fichiers dentrée. Cest une moyenne spatiale sur
  la grille temporelle. Ce qui donne autant de
  valeurs moyennes que de pas de temps.

ncea fait la moyenne  fichier à fichier  sur
chaque point de laxe des temps
ncra fait la moyenne  fichier à fichier  sur
lensemble des points de laxe des temps
89
Utilitaires nco

• ncks permet dextraire une série de données quil
  écrit sur la sortie standard sous forme ASCII
  (comme ncdump) et quil écrit également sous
  forme dun fichier binaire netCDF
• Exemple
• ncks -v sosstsst COURS_1m_19790101_19790130_grid_T
  .ncCOURS_1m_19790101_19790130_SOSSTSST.nc
• ncks -v sosstsst COURS_1m_19881201_19881230_grid_T
  .ncCOURS_1m_19881201_19881230_SOSSTSST.nc
• ncrcat v sosstsst COURS_1m_197901-901_197901-9
  30_grid_T.nc COURS_1m_197910-201_197910-230_g
  rid_T.nc
• COURS_1m_198801901_198801-930_grid_T.nc
  
• COURS_1m_198810-201_198810230_grid_T.nc
  COURS_1m_19790101_19880130_grid_T.nc

90
Utilitaires cdo (Climate Data Operator)
91
Utilitaires cdo (Climate Data Operator)
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Utilitaires cdo (Climate Data Operator)

• File information (info, sinfo, diff, diffv, ...)
• File operations (copy, cat, merge, split, ...)
• Selection (selcode, selvar, sellevel,
  seltimestep, ...)
• Missing values (setctomiss, setmisstoc,
  setrtomiss)
• Arithmetic (add, sub, mul, div, ...)
• Mathematical functions (sqrt, exp, log, sin,
  cos, ...)
• Comparision (eq, ne, le, lt, ge, gt, ...)
• Conditions (ifthen, ifnotthen, ifthenc,
  ifnotthenc)
• Field statistic (fldsum, fldavg, fldstd, fldmin,
  fldmax, ...)
• Vertical statistic (vertsum, vertavg, vertstd,
  vertmin, ...)
• Time range statistic (timavg, yearavg, monavg,
  dayavg, ...)
• Ensemble statistic (enssum, ensavg, ensstd,
  ensmin, ...)
• Regression (detrend)
• Field interpolation (remapbil, remapcon,
  remapdis, ...)
• Vertical interpolation (ml2pl, ml2hl)
• Time interpolation (inttime, intyear)

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Contributions

• Lensemble du groupe ESCI équipe système climat
  IPSL
• esci_at_ipsl.jussieu.fr