?????? ??????? SNP

1
??????????? ?????????? ??????? ?????????
????????????? ????????????.

• ??????????????? ????????.

2
?????? ??????? SNP

• ?? ??????????????????? ??????????? ???????????
  ??????????
• SSCP
• ???????????????? ??????
• ???????? ?? ??????? ????
• ???????????? ?? ????????????????? ????????
• ???????????????? ??? ???????????????? ??????
• ????????? ???????????????? ?????????
  (???????????)
• ???????????
• ?????????????????? ??????
• CDGE, TGGE, DGGE, DHLPC
• ?????????? ??????
• MALDI-TOF,
• TAQ-MAN

• ?????????????? ???????
• RFLP
• AFLP
• CFLP
• EMD
• LDR, LCR, Padlock
• Invader
• RAPD, AP-PCR
• DT-PCR
• AS-PCR
• ?????????? ??????
• ?????????? ??????????? ???????????????
• ?????????? ???????????

3

• ???-???? (PCR-RFLP) ??????????? ????
  ?????????????? ??????????

• ???-???????????
• ??????????
• ????????????

4
????????? TaqMan MGB ?????
NFQ
MGB
R
MGB ??????????? ??????????? ????????? (Tm) ?????.
???????? ?????????? ????? ???????? ??????. ?????
????????????? ???????? ?????
R
????????
NFQ
???????????????? ????????
MGB
Minor Groove Binder (Tm Enhancer)
5
SNP ??????
???????????? ?????????????????? ?????
?????? 1 ???????????? ?????? ?? ????? ?
?????????? VIC
VIC
FAM
G C
?????? 2 ???????????? ?????? ?? ????? ?
?????????? FAM
FAM
VIC
G T
A T
6
?????????????????? ????????????? ???????? ???????

• DHPLC - (denaturating high-performance liquid
  chromatography)

7
?????????????????? ????????????? ???????? ???????

• DHPLC - (denaturating high-performance liquid
  chromatography)

8
????????? ????- Third Wave Tech. - Invader assay
25-35 bases
Invader Oligo - Mut Probe Tm span 2-3 C
9
Pyrosequencing
10
Affymetrix Inc.
11
???????????? ???? ????????????? ??????

• ????? ???????
• ??????? ?????????????????? ?? ???????
  ???-????????????????? ???
• ????? ?????????????????, ?? ???????? ?
  ????????????? ??????? ????????????
• ????????????? ?????
• ????-?????????????????? ?????? ????????? ???????
• ?? ????????? ????????????? ????????? ???
  ?????????????? ?????, ??????? ???????? ? ????????
  ???????

12
??????? ??????????????????
ddT, ddC, ??? ??????????
????????
???
?
13
????-?????????????????? ????
??????? ????????? ????????? ????? ??????????
?????? ? ?? ??????
?????????? ?????????? ???????????
????????????????? ??????, ???????????? ??
3-?????????.
????????????? ???????? 4000 8000 Da.
??????????? ???????? /- 9 Da (??????? ????? ddT
? ddC)
14
MALDI-TOF

• ????????? -MALDI (Matrix Assisted Laser
  Desorption\Ionization)
• ???????? ????????? ? ????????? ? ???????????
  ???????????????? ???????? ???????

??????? ?????????
??????? ????????? ?????????, ??????? ????????
? ??????? ???? ???????? ??????????????
???????? ???????????? ?????????

• ??????????? -TOF (Time of Flight)
• ????????? ??????? (time of flight) ????????????
  ????? ??? ?????????? ????????? (???????????????
  ??????????? ????? ??????????? ?????/?????)

15
????-?????????????????? ????

• ????????
• ?????????? ??????????? ?????? ????? ?????????
• ???????????????
• ??????????? ?????????? ? ??????? ???????????
  ??????????

• ???????
• ?????????? MALDI-TOF ????? ????-?????????????
• ?????????????????? ??????? ??????? ??
  ????????????? ?????

16
?????????? ? ???????? MALDI-TOF-MS
17
Reflex IV (Bruker Daltonics)
????-?????????????????? ????
18
????-?????????????????? ????

• ????????????? ??????
• AnchorChip 400TF-384 (Bruker Daltonics) ????????
  ???????????-?????? ??????? ?? 384 ???????
• ???????
• 3-??????????????????? ???????

19
????-?????????????????? ????
?????? ??????? ? ?????????????? ??????
30 ????????? / 10 ?????? / 1 ???????
20
dG
ddA
???.
????????????? 7023-6693 330 Da (dG)
7321-7023 298 Da (ddA)
21
?????????????? ????????????? ?????
22
?????????? ?????????????????????? ?????????????
?????
23
?????????? ?????????????????????? ?????????????
?????
????????????, ??????????????????,????????????????
?? ? ?????????????????????? (96 ??? 384 ????????)
24
?????????? ?????????????????????? ?????????????
?????
?????????????????? ????????? ????????? ??????
??? ?????? Biomek 2000 Wor-kstation (Beckman
Coulter)????? ??????? 200 nl.
25
?????????? ?????????????????????????????
(Ross et al. Nature Biotechnology 1998)
26
??????????????????
(Ross et al. Nature Biotechnology 1998)
27
?????????? ??????? ? ?????? ??????????????????????
??????? ???????????????
28
?????????? ??????? SNP.????????????????? ??????

• ????????? ??????? ??? ????????? ?????????
• ??????? ????????? ????? ????????? 1000??-5000??
• ????? ??????????? ????? ???????????????????
  ???????????
• ??????? ??????? ???????????? ????????

29
?????????? ??????? SNP.?????????? ????????

• ???????????? ????????????? ????????.
• ????????????????????? ??????????? ??? ?????????
  SNP-????????, ??????????????? ?
• ???????????????????? ? ????????
  ??????????????????? ???????????
• ????????????????? ?????????
• ??????????????????? ???????????
• ??????????????? ???????????????
• ?????????????? ????????????????? ? ?????????????
  ???????

30
???????????????

• ????? ???????????? ????? ?????????????
  ????????? ?????????
• ??????? ???????????? ?????? ? ???? ???
  ????????? ????????? ????????????? ?????????.
• ???????? ???????????? ???????????
• ???????, ????????
• ??????????? ?????????
• ??????????????? ???????? ???????????? ????????,
  ???????????? ?? ????????? ?????????? ?
  ???????????? ??????? ???????????.

31
?????????????????????? ? ??????

• ?????? ? ?????????? ??????????????? ?????????
• ?????? ?????????????
• ?????????
• ????????????? ???????????

32
??????????????? ? ??????????????????????
??????????

• ?????? ?????????????? ?????? ????????
  ??????????????? ???????????
• ?????? ?????????????? ???????????????????/????????
  ?????? ? ???????????? ????????????
• ??????????? ?????????????? ???????????????? ?
  ????????????? ??????????
• ??????????, ?????????? ??? ???????????? ?????
• ?????? ?????????????? ????????
• ??????????? ???????????? ???????

33
?????? ?????????

• ??????????????? ??? ???????????? ?????????,
  ???????????? ?? ?????? ??????????? ?????????.
• ????????? ??????????????? ?????????? ?????????
  ???????????? ???, ??? ??? ? ???? ????????????
  ???????????? ???????????? ?????????? ????????
  ?????????????? ?? ???????????? ?????????.

34
?????? ?????????????
SNP
single nucleotide polymorphism
???????? ???????????? ???????????
? ??? ?? ????????????? ???????? ? ??????? ?
???????????? ??????????????????
35
???????? ???????????? ???????????
????????????????????????? ??????? ?????????????
????????????

• SNPs (single nucleotide polymorphisms) -
  ???????????????? ??????? ? ???????? ???, ???
  ??????? ? ????????? ????????? ??????? ?????????
  ???????? ??????????????????? (??????), ??????
  ?????? ?????? ??????????? ? ???????? ?? ????? 1
  (Brookes, A.J. 1999. The essence of SNP. Gene
  234177-186)
• ?????? ?????? G ?? A ? ??????? 1691 ???? V
  ??????? ??????????? ????? (???????????? ???????)
• ????? ???????? ???????????????? ?? 10 ??? SNP.
• ???????? ???????????? ???????????, ? ??? ??
  ????? ??????? ???????????? ??????????? (???????,
  ??????????? ?????????) ???????? ??????????
  ???????? ???????? ??? ??????????, ??? ?
  ??????????????? ???????????

36
?????????? ? ?????????? ???????? ?????????????
????????? ??????-????????????????? ?????

• ??????????????? ? ????????????????? ???????????
  ??????????? ??????????? ??????????? ?????????
  ???????????? ??? ?????? ? ??????????????? ?????

37
?????????? ? ??? ?? ??????????? ???????-???????
38
?????????? ??????????? ????????????
????????????????????????/????????????

• ????????-?????????? ??????????? - 1700
• ?????????????? ??????????? - 5700
• ?????-?????????????? ??????????? - 1800
• ??????????? ?????? ??????? - 1400
• ??????????????? ?????? 900
• ???????

39
?????????????? ??????
40
???????????????? ??????? ? ?? ??????? ? ?????????
?????? ??????????? ? ?????? ??????
41
(No Transcript)
42
(No Transcript)
43
(No Transcript)
44
(No Transcript)
45
(No Transcript)
46
???????????? ????? ??????? ??????????? ?????
47
???????????? ????? ??????? ??????????? ?????
48
????????? ????????????? ????????????
???????????? ???????? ?????? ?????????.?????????
??????? ???????? ??????? ??????????? ????????
?????????? ??????? ??????????? ?????????? ???????
C 1565-T (L33P) ? ???? ??????? ?????????
??????????? GPIIIA

• Lancet. 1996 Jun 29347(9018)1833. Clues to
  the death of an Olympic champion.Goldschmidt-Cl
  ermont PJ, Shear WS, Schwartzberg J, Varga CF,
  Bray PF.

49
???????????? ????? ????????? ??????
???????????? ??????????????????? ? ????????
?????????????? ?????????
50
???????????? ??????? ??????????????????? ?
?????????????? ????????????

• ??? ???????? ?????? ? ????????
• ??????????? ??????? ? ????? BRCA1 ? BRCA2.
• ???????????????? ????? 15000 ???????.
• ???????? ????? ??????? ????? ?? 80 ???????????
  ???? ???????? ???? ???????? ?????? ?/??? ???????
  ? ???????? ?? 60 ???
• ???????? ????????????? ??????????? ??????
  ???????????? ?????????????????? ????? ???
  ???????? ???????????????? ???????

51
??????????????????? ? ???????? ???????????????
????
Sporadic (6585)
Familial (1030)
Rare CRC syndromes (lt0.1)
Hereditary nonpolyposis colorectal cancer (HNPCC)
(5)
Familial adenomatous polyposis (FAP) (1)
Adapted from Burt RW et al. Prevention and Early
Detection of CRC, 1996
52
???????????? ??????? ???????? ???? ????????
?????? ? ????????
???????????? ????? ??????? ???????????? ?????????
53
?????????? ??????????????? ? ?????? ?????????????
?????????? ???????.

• ??????????????? ????????????? ???????
• (Adverse Drug Reactions ADR)
• Lazarou et all. 1998. JAMA (Journal of the
  American Medical Association)
• ? 1994 ???? ? ??? ????????????????
• 2,2 ???. ??????? ??????? ??????????,
  ????????????? ???????????????? ??????????????
  ????????? ?? ????????? ??????????? ??????????
• ????? 100 000 ??????? ?? ??????????? ???????
• 4-6 ????? ????? ?????? ??????

54
?????????? ??????????????? ? ?????? ?????????????
?????????? ???????.

• ??????????????? ?????, ????????? ???????
  ???????????? ???????? ?? ??????????? ???????
  ????????? ? ????? ?? ??????????????? ???????????

55
?????? ???????????????

• ?????????? ??????????? ??????? ???
  ?????????????????? ???????????
• 90 ????????????? ????????????? ??????????
  ??????????? ?????? ?? ?????? ???????????
  ?????????
• ?????????? ??????????? ??????????????? ??????

56
??????????????? ????????????? ???????(Adverse
Drug Reactions ADR)

• Lazarou et all. 1998. JAMA (Journal of the
  American Medical Association)
• ? 1994 ???? ? ??? ????????????????
• 2,2 ???. ??????? ??????? ??????????,
  ????????????? ???????????????? ??????????????
  ?????????
• ????? 100 000 ??????? ?? ??????????? ???????
• 4-6 ????? ????? ?????? ??????

57
????????? ? ???? ?????????? ?????????????????????
??????? (?? A.Philips, JAMA 14,2001)
58
???????? ??????? ??????????????? ?????????????
???????

• ????????? ?????????? ?????????
• ???????? ?????????????? ?????????
• ?????????????? ????????????????
• ??????????? ????????????????? ??????????????? ???
  ???????????? ?????????, ????????????????
  ????????????? ????????
• ????????? ? ?????????? ????????????? ?????????? ?
  ??. ???????, ?? ????????? ? ????????????

59
????? ??????????? ????????????? ??????????
???? I ???? II
???? III
?????????-??????????? N-??????
???????????
????????? P450 ???????-?????????
60
???????????? ??????????? ????????? ????????????
???? I ???? II
?????????? ????????? ????????????
?????? ??????? ?????? ??????? ?????? ???????
?????? ???????
???????
???????
??????
???????
??????
??????
???? ???????? ?????????
61
????????? ????????

• 15 ?????
•  001 002 003 004 005 007 008 011 017 019 021 024 0
  26 027 051
• 31????????? 001A 001B 002A 002B 002C 002D 002E 0
  02F 002G 002J 003A 004A 004B 004F 005A 007A 007B 
  008A 008B 011A 011B 017A 019A 021A 021B 024A 026B
   027A 027B 051A 051P
• 59 ?????
• 001A01 001B01 002A06 002A06V2 002A07 002A07P 002A1
  3 002B06
• 002B07P 002C00 002C08 002C09 002C10 002C17 002C18 
  002C19
• 002D06 002D07P 002D08P 002E01 002F01 002G01 002J02
   003A03
• 003A04 003A05 003A05P 003A07 003A43 004A11 004B01 
  004F02
• 004F03 004F03v1 004F08 004F09P 004F10P 004F11 004F
  12 005A01
• 007A01 007B01 008A00 008B01 011A01 011B01 011B02 0
  17A01
• 019A00 021A01 021A02P 021B00 024A00 026B01 027A00 
  027B01
• 051A00 051P01 051P02

62
?????????????? ??????????

• ?????????? ???????? ??????? ??????????
  (??????????, ?????????? ???????, ??????????????)
  ? ?????????? (????????????? ?????????,
  ???????????, ????????, ?????????, ?????????)
  ??????????.
• ???????? ??????????????????? ??????????? ?
  ????????? ????????? ?????????? ? ????????? ?????
  ?????????????? ??????????

63
??????????? ????? ??????????, ??????????????? ?
?????????? ???????????? ???? ???????? (??
A.Philips, JAMA 14,2001)
64
?????????? ????????????? ??????????, ?????
?????????? ???????? ??????? ? ???????????? ?????
???????????? (?? A.Philips, JAMA 14,2001)
65
CYP2C9. ????????????? ??????????

• ????????? CYP2C
• 18 ?? ???? ??????????? ??????? ??????
• ???????????? 20 CYP-????????? ?????????????
  ??????????
• ?YP2C9 ????????, ????????, ????????,
  ??????????, ??????????, ????????, ????????,
  ?????????, ??????????, ?????????.

66
????????

• ????????????? ????????? ????????
• ??????????? 4-????????????????
• ?????????? ?????? ???????-? ????????? ????????
  ??????????? ????? (??????? VII, IX, X, II)

67
???????? ?????????

• ???????????? ?/??? ???????
• ???????? ????????
• ???????? ???????
• ?????????????????? ??????????, ????????? ?
  ???????????? ???????? ? ??????????????? ?????????
  ????????
• ??????? ???????? ???????? ????? ??????,
  ?????????? ???????? ???????? ? ???????
  ?????????????????? ?????????? (???????, ?????????
  ???????)
• ???????????? ? ??????? ???????????? ???????

68
???????? ?????? - ????????????

• ??????? ?????
• ????????????? ???????????
• ?????????? ?????? ??????????
• ????????? ?????????
• ??????????? ??????????? ??????????????
• ?????????????? ????????????????
• (??????????? ???????????? ????????????? ?
  ???????? ???????????????? ???????? CYP2C9)

69
??????????? ???? CYP2C9

• ????????? ???????? ????
• CYP2C91 ?????????? ?????????????? ??????????
• CYP2C92 (Arg144Cys) - ????????????????????????
  ??????????
• CYP2C93 (Ile359Leu) ?????????? ??????????
  ?????????????? ??????????

70
??????????? ???????????? ????????????? ?????????
??????? CYP2C9
1
AvaII

• Ggagcattgaggaccgtgttcaagaggaagcccgc
• ggagcattgaggatcgtgttcaagaggaagcccgc
• Aggtccagagatgcattgaccttctccccaccagcc
• aggtccagaggtaccttgaccttctccccaccagcc

2
1
NsiI
3
KpnI
71
??????????? ???? CYP2C9 ? ?????????? ??????????

• ??????????? ?????? ??????? ?????? 35 ??? (n186)
• CYP2C9 1/1 126 (67,7)
• CYP2C9 2/1 30 (16,1)
• CYP2C9 2/2 4 (2,1)
• CYP2C9 3/1 24 (12,9)
• CYP2C9 3/3 0 (0)
• CYP2C9 2/3 2 (1,1 )
• ??????? ????????????? ???????
• CYP2C91 0,82
• CYP2C92 0,11
• CYP2C93 0,07

72
??????????? ???? CYP2C9 ? ??????????????? ????
(??/?????). C.R.Lee et all. 2002.
Pharmacogenetics.
73
??????????? ???? CYP2C9 ? ?????????? ??????
CYP-????????? ????????????? ??????????.

• ????????.
• ?????????, ????????????????? ?????????, ?????????
  ????????, ??????? ????????
• ??????? ?????????? ?????????? ????????? ?
  ????????? CYP2C92 ? CYP2C93 ???????.
• ???????? ????????????? ???????, ??????????,
  ??????? ???????? D ? ???????? ???????

74
??????????? ???? CYP2C9 ? ?????????? ??????
CYP-????????? ????????????? ??????????.

• ??????????
• ??????????????????? ???????? ?????? ??????? ?
  ?????????????? ???????
• ??????? ?????????? ?????????? ????????? ?
  ????????? CYP2C93 ???????.

75
??????????? ???? CYP2C9 ? ?????????? ??????
CYP-????????? ????????????? ??????????.

• ???????? (??????? ??????????????? ??????????)
• ???????????? ???????????
• ???????????????? ? ???????????????? ????????
  ????? ????????? CYP2C9 ? ???????? CYP3A4
• ??????? ?????????? ?????????? ????????? ?
  ????????? CYP2C93 ???????.

76
??????????? ???? CYP2C9 ? ?????????? ??????
CYP-????????? ????????????? ??????????.

• ??????????, ????????????, ????????, ????????????,
  ????????, ??????????, ?????????
• ???????? CYP2C9-??????????????? ??????? in vitro.
• ???? ?????????? ???????????? in vivo

77
????????????? ??????????? ???????????????

• ?????????????? ??????? ???????????? ?????????????
• ?????? ???????? ???????? ??????? ?????
• ????? ?????????????? ???????? (???????, ????????,
  ?????)
• ?????????????? ?????????? ????????????????? ????
  ?????? ?? ?????????? ???????? ????????????
  ?????????????
• ?????????????
• ??????? ?????
• ?????????? ????????

78
????????????? ?????? ???????????? ? ????????
????????, ???????????? ???? ???????? ????????
???????? ? ?????? ? ???????? ?? 45 ???
79
????????? ????????????? ???????. ??????? V26.
80
????????? ????????????? ???????. ??????? V26
(???????????).
81
??????????? ??????????????? ????????. ??????????

• ??????????????,
• ????????????????,
• ???????????????.
• ?????? ???????? ????????
• ?????? ???????? ????? ??? ???????????? ?????
• ???? ?????????????? ???????????? ?????????????
  ???????
• ??????????? ?????????? ????????????? ?????
  ??????????????? ??????????

82
???????????