Paradigmes de modlisation : de la population l'individu

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Paradigmes de modélisation de la population à
l'individu
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Approches mathématiques

• EDO
• Modes élémentaires

3
Les données - SBW

• Systems Biology Workbench est léquivalent dun
  paquetage logiciel contenant un ensemble doutils
  inter-connectés visant à simplifier les
  communication entre différentes applications
  utiles en modélisation.

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Les données - SBML

• Systems Biology Markup Language est un format de
  données directement lisible par un ordinateur. Il
  est capable de représenter des modèles de
  réactions biochimiques.
• Réseaux métaboliques,
• Voie de signalisation cellulaire,
• Voie de régulations,

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Approches informatiques

• Modes élémentaires
• Théorie des graphes
• EDO
• Réseau de pétri
• Systèmes Multi-Agents

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Réseau de Pétri

• places p1,p2,p3 (gènes, protéines, métabolites)
• transitions a,b,c,d (réactions)

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Système Multi-Agents

• C'est un ensemble d'agents qui agissent (et
  interagissent) dans un environnement commun.
• Agents
• Cognitifs (règles dinférence représentation de
  connaissances)
• Réactifs (stimulus-action)

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Les différents modèles
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NetLogo

• NetLogo is a cross-platform multi-agent
  programmable modeling environment.
• Fourmis
• Rayures dun zèbre
• Proie Préd
• La phalène du bouleau
• Dérive génétique
• lac_operon
• Unknown Gene Expression
• Réponse immunitaire