Ordre du jour

1
Ordre du jour

• 10h45 Tour de table
• 11h00 Actions transversales de CIMENT
• 11h30 Nomination de nouveaux experts
• 11h45-13h30 repas au Magellan
• 13h30 Présentations scientifiques des 6 projets
• 16h00 Questions au conseil scientifique
• 16h30 Délibération du Conseil

2
Ordre du jour

• 10h45 Tour de table
• 11h00 Actions transversales de CIMENT
• 11h30 Nomination de nouveaux experts
• 11h45-13h30 repas au Magellan
• 13h30 Présentations scientifiques des 6 projets
• 16h00 Questions au conseil scientifique
• 16h30 Délibération du Conseil

3
Contexte général calcul

• Partenariat avec le CEA
• financement 2000-2006 (Région - CEA) 7MF
• redéfinition et renforcement du partenariat dans
  le contexte du déménagement vers Paris du centre
  de calcul du CEA
• Utilisation des centres de calculs nationaux
• IDRIS, CINES
• Développement de projets  calcul  mésoscopiques
  au sein des universités de Grenoble

4
Équipement pour le calcul

• Financement
• Appel à projet national de Guy René Perrin, Nov
  98 2MF
• CPER 2000/2006 15MF
• Compléments CNRS, IMAG, INPG, INRIA, etc.
• Projets
• Observatoire, MIRAGE, Grappe de PC, Chimie
  calculatoire (CECIC), BioIMAGe, PhyNum
• Formation transversale au niveau des écoles
  doctorales

5
Coordination du projet

• Comité de pilotage du projet définit les
  grandes orientations
• Participation à la journée CINES-IDRIS de
  lautomne 1999 et de lautomne 2000 (26 octobre),
  CEA (Visualisation, hier)
• Mise en place dun séminaire trimestriel (2000)
  http//ujf-grenoble.fr/CIMENT
• Structuration des projets de calcul au niveau des
  universités Grenobloises par des regroupements de
  projets
•  Couplage modélisation hydrologique et
  météorologique  inclus dans MIRAGE.
• Génétique, bio-informatique et imagerie médicale
  (BIoIMAGe).
• Création du CECIC Centre d Expérimentation du
  Calcul Intensif en Chimie.
• Le projet PhyNum pourrait sassocier au SCCIOG.
• Recrutement dun Ingénieur de Recherche UJF pour
  le projet MIRAGE Laurence Viry (mais manque
  encore dingénieurs sur nos projets)
• Accès prioritaire aux réseaux rapides au niveau
  du campus

6
Evolution réseau

• Le cas du Campus
• Etat actuel
• Etat en Q1-2002

• Le Man Grenoblois
• Etat actuel
• Etat en Q4-2002

Jacques.Eudes_at_ujf-grenoble.fr Centre de
Ressources Informatiques de Proximité - UJF
7
CIMENT Campus Cœur Giga/Eth100 (en production)
Bâtiment OBS
Ethernet 100 Ethernet 1000 Memory
Channel Ethernet 100 (projet)
Bâtiment IRIGM
LPG
Pôle Santé
Ferme Osug
Mirage Biologie
Mirage Glaciologie
Mirage LMC
Secu-UJF
Mirage Mécanique
Imag
Sortie Campus
8
CIMENT Campus Cœur Giga/Eth100 (Evolution
Q1-2002)
Bâtiment OBS
Bâtiment IRIGM
Ethernet 100 Ethernet 1000 Memory
Channel Ethernet 1000 (projet)
LPG
Pôle Santé
Ferme Osug
Mirage Biologie
Mirage Glaciologie
Mirage Mécanique
Secu-UJF
Mirage LMC
Imag
Sortie Campus
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Le réseau métropolitain GrenobloisMetroNet phase
1 -gt Q4-2000/Q3-2002
Technologie IP / Ethernet 100 commuté
622 Mb vers Lyon, Puis 2,5Gb vers Paris
100 Mb
NRD
Vers Paris (NIO2 RENATER)
Technologie IP / ATM
CEA
10
Le réseau métropolitain GrenobloisMetroNet phase
2 à compter de Q4-2002
Technologie IP / Ethernet 1000 commuté
622 Mb
NRD
Vers Paris
11
Collaborations autour du projet

• Scientifique
• Thèses entre Observatoire et TIMC, ID et LMC, ID
  et Observatoire, Obs et PhyNum,
• Algorithmes d'ordonnancements optimaux en temps
  et en memoire Etude de cas sur des problemes en
  mecanique quantique. These de N. Maillard,
  co-encadree par P. Valiron (LAOG) et J-L. Roch
  (ID).
• une these coencadrées depuis 2 ans par le LGIT et
  le LPM2C Renaud Hennino il fera la partie
  presentation scientifique. (phynum - obs)
• Collaborations inter-projets
• Simulations de la propagationdes ondes sismiques
  dans la croÛte terrestre (B. Van Tiggelen
  (LPMMC), M. Campillo (LGIT))
• Analyse génétique et localisation spatiale
  Stéphanie Manel et Françoise Berthoud (BioIMAGe
  et PhyNum)

12
Collaborations autour du projet

• Technique
• Partage des expertises
• Séminaires, liste de diffusion, ingénieurs
  (bureau partagé au LMC), rapprochement du projet
  PhyNum de celui de lObservatoire. Ex
• Portage de l'interface de programmation
  parallele Athapascan, developpee au laboratoire
  ID, sur les machines SMP de l'Observatoire.
• Participation croisée à des commissions
  techniques dappel doffre pour gappes
  (ID-BioIMAGe)
• collaboration technique entre Françoise Bertout
  (phynum) et Francoise Roch (obs) une journée
  par semaine depuis 1 an.
• Expérimentation du calcul hétérogène
• projet Data Grid (participation de ID,
  expérimentation de globus)
• Chimie quantique sur un serveur et une grappe de
  PC (Obs.)
• Expérimentation de ladministration et du calcul
  sur grappes distribuées
• Projet MRCT CNRS de Philippe Augerat (ID)
   administration grappe de PC distribuée .
  Partenariat (ID, LPMMC, LEGI-CORIOLIS,
  Observatoire de Grenoble, PRISM, TIMC)

13
Formation doctorale

• Un projet de formation au Calcul Haute
  Performance transversale aux écoles doctorales gt
  Formation accompagnée de TP (janvier 2002)
• Toutes les écoles doctorales relatives à CIMENT
  (Math applis et Info, Chimie, Physique, EDIV,)
  participent.
• Accueil des cours et des TP au sein de l UFR IMA
  (mise en place des TP possible sur les pôles si
  cest plus simple).

14
Formation doctorale

• sous la forme de deux modules
• Introduction au calcul réparti
• Introduction au parallélisme et au calcul
  intensif
• Formation à loptimisation de code, à MPI et à
  OPEN MP
• Utilisation de bibliothèques de calcul
  scientifique (ScaLaPack, )
• Modélisation numérique et calcul intensif
• Différents problèmes apportés par les communautés
  utilisatrices, leur modélisation et leur
  résolution sur une grappe de PC, formeront les TP
  (MIRAGE, BioIMAGe, PhyNum,)
• Devra évoluer en cohérence avec le projets de
  formation doctorale de PhyNum prévu pour
  2002-2003

15
Observatoire de Grenoble P.Valiron et F. Roch
LAOG, LGIT, SGEP du LIS

• Projet calcul intensif en astrophysique et
  géophysique.
• Solution retenue IBM (SMP 16 procs 375MHz,
  16Go, 24Gflops crête et 2 Quadri-Pro, SMP, 4 Go).
  Solution centralisée.
• Financement 500kF COMI CNRS 165kF quadriennal
  UJF 600kF Ministère (CIMENT) 495 KF
  quadriennal UJF (soutien du ministère quadriennal
  400kF/an)
• État davancement fin de mise en place juillet
  2000 (coût 1,76MF)
• Projets scientifiques (une vingtaine de thésards)
  évolution stellaire, disque proto-planétaire,
  astrochimie quantique dynamiques microphysique,
  simulation numérique MHD et hautes énergies,
  propagation des ondes sismiques, reconstruction
  en sismologie, champs magnétique terrestre,
  modélisation de l ionosphère dans les zones
  polaires, Interactions cinétiques soleil/terre,
  ...

16
Plate forme Mirage E. Blayo, L.ViryLMC, LEGI,
LTHE, LGGE, LEA

• Projet modélisation, calcul, visualisation dans
  les problèmes denvironnement et climat.
• Solution retenue 7 DS20 (bi-pro alpha EV67,
  7x2,5Go, Memory Channel) et 3x100Go DD LSF et
  TotalView. Solution répartie sur 3 sites.
• État davancement En exploitation depuis
  janvier 2000 (1,5MF)
• Financement 1,75MF 600kF MENRT, 650kF COMI
  CNRS, 100kF BQR INPG, 60kF CNES, 200kF des
  laboratoires 200kF INRIA, soutien du
  ministère (quadriennal 60kF/an)
• Projets scientifiques (une quinzaine de thésard)
  modélisation des calottes polaires, couplage
  glace-atmosphère, Modélisation océanique,
  assimilation de données océaniques, modélisation
  interface sol-végétation atmosphère, hidrologie
  en zone montagneuse, assimilation de données avec
  Méso-NH.

17
Pôle de chimie calculatoireS.Perez et P.Vatton
LEDSS, CERMAV, Cristallographie, LEOPR, DPM

• Projet création du CECIC Centre
  d Expérimentation du Calcul Intensif en Chimie
• Solution Une machine IBM SP (3 quadri Pro Power
  III 3x8Go) une machine SGI 0200 quadri pro,4Go
  (logiciels de modélisation moléculaire)
• Avancement En cours de démarrage.
• Financement 1.5MF dans le cadre du CPER 0,5MF
  CNRS 462kF sur fonds propres labo
• Projets scientifiques (une dizaine de thésards)
  Chimie quantique, Mécanique/Dynamique
  Moléculaires, Etat condensé, Recherches des
  Conformations Bio-Actives, Bases de données

18
Grappe de PCB.Plateau, P. Augerat ID, SIRAC et
ReMaP (ENS L)

• Projet expérimentation des systèmes et du
  calcul distribué sur une grappe de PC.
• Solution envisagée 100 PC (bi-pro, 1Go)
  disposant dun réseau rapide de technologie
  myrinet. Solution massivement distribuée.
• État davancement expérimentation locale le
  i-cluster (225 PIII en réseau ethernet no385
  du TOP 500/81,6Gflops). Un appel doffre
  infructueux en cours de réactualisation.
  Simplification vers une solution grappe très
  intégrée
• Financement 5MF (0,8MF MENRT, 0,3MF ENSL CPER
  2,5MF INRIA et 1,2MF Région)
• Projets scientifiques (une dizaine de thésards)
  outils dexploitation et méthodes de
  programmation (projet RNTL CLIC Bull,
  Mandrake,UJF distribution linux pour cluster
  incluant MPI/OPEN MP,, athapascan).

19
Projet BIOIMAGE L. Desbat G. Bourrel TIMC-IMAG,
Unité INSERM 438, RMN Bioclinique, Laboratoire
de Biologie des Populations d'Altitude

• Projet Imagerie et modélisation biomécanique
  médicales Biologie informatique et analyse
  génétique spatialisée.
• Solution modifiée au printemps 2001 pour
  migrer d une solution à base d alpha vers une
  grappe de PC bi-pro, 2Go, en réseau ethernet.
• Avancement lié à grappe de PC.
• Financement deux tranches CPER 800kF 2001, 1MF
  2002(?)
• Projets scientifiques (une quinzaine de thésards)
  reconstruction rapide en imagerie 3D,
  atténuation et diffusion en imagerie nucléaire
  (quantification),IRMfonctionnelle 3D,
  modélisation biomécanique d organes, Equations
  de Maxwell pour la modélisation de neurones, pôle
  bio-informatique (étude des structures génétiques
  spatiales, identification de matrices
  d interaction génique, modélisation du
  génome,)

20
Projet PHYNUMA. Pasturel et F. Berthoud IPMC
(Louis Néel, Basses Températures et Physique
Numérique)

• Solution envisagée centralisée, 16 à 32 proc,
  16 à 32 Go mais évolution possible vers une
  grappe de PC
• Avancement 2002, couplage envisagé avec
  lObservatoire.
• Financement Dans le cadre du CPER (1,5MF 2002)
• Projet scientifiques (une quinzaine de thésards)
• Simulations de la propagation des ondes sismiques
  dans la croûte terrestre
• Etude de la diffusion multiple de la lumière en
  milieu complexe
• Supraconductivité dans des systèmes de dimension
  réduite
• Transport thermique dans un conducteur
  mésoscopique
• Manipulation des états quantiques dans des
  nanocircuits supraconducteurs
• Elasticité de la croissance cristalline et
  auto-organisation de nanostructures
• Structures d'équilibre et dynamique réactionnelle
  de surfaces
• Thermodynamique et Transition de Phases.
• ...

21
Perspectives

• Maturation des grappes de PC (matériel et
  logiciel) gt solutions économiques du calcul
  intensif gt Plus grande diffusion
• Nécessité de former les étudiants aux techniques
  de calcul intensif
• Renforcement des actions transversales
• Projet dadministration centralisée de grappes de
  PC distribuées (Philippe Augerat)
• Formation transversale au niveau des écoles
  doctorales

22
Perspectives

• Projet ACI Grilles
• Proposition CIMENT en avril 2001
• 2 postes de CDD
• 50kF de fonctionnement sur 2 ans
• Octobre 2001 (?)
• Dans le cadre de CIMENT, pas de demande de crédit
  déquipement, mais CDD (éventuellement
  fonctionnement).
• Coordonnés par  grappe de PC 
• Accompagnement/prolongement du projet MRCT CNRS
  de Philippe Augerat dadministration à distance
  de grappe par un soutien aux utilisateurs aux
  techniques de calcul réparti

23
Financement dans le cadre du CPER
gt Financement 2002 Agglo et Ville de Grenoble

• gt Besoin de postes dingénieurs pour soutenir
  les projets
• BioIMAGe AFIP CNRS pour un AI (TIMC)
• Grappe de PC /- départ à mi-temps de P.Augerat

24
Ordre du jour

• 10h45 Tour de table
• 11h00 Actions transversales de CIMENT
• 11h30 Nomination de nouveaux experts
• 11h45-13h30 repas au Magellan
• 13h30 Présentations scientifiques des 6 projets
• 16h00 Questions au conseil scientifique
• 16h30 Délibération du Conseil

25
Pilotage et évaluation du Projet

• Comité de pilotage du projet
• Les responsables des projets (réunion en gros
  trimestrielle)
• Conseil scientifique
• Un expert extérieur par projet
• Un expert du parallélisme (président dORAP)
• Les représentants des institutions et des
  établissements (CNRS, MENRT, IMAG, INPG, INRIA,
  UJF)
• Les responsables des projets
• Une réunion annuelle (28/09/2000, 27/09/2001)

26
Pilotage et évaluation du Projet

• Conseil scientifique
• Un expert extérieur par projet gt Trois nouveaux
  experts
• CECIC
• BioIMAGe
• PhyNum

27
Ordre du jour

• 10h45 Tour de table
• 11h00 Actions transversales de CIMENT
• 11h30 Nomination de nouveaux experts
• 11h45-13h30 repas au Magellan
• 13h30 Présentations scientifiques des 6 projets
• 16h00 Questions au conseil scientifique
• 16h30 Délibération du Conseil

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Ordre du jour

• 10h45 Tour de table
• 11h00 Actions transversales de CIMENT
• 11h30 Nomination de nouveaux experts
• 11h45-13h30 repas au Magellan
• 13h30 Présentations scientifiques des 6 projets
• 16h00 Questions au conseil scientifique
• 16h30 Délibération du Conseil

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Grappe de PC

• Denis Trystram et Philippe Augerat
• 13h30 - 14h00

30
MIRAGE

• Eric Blayo et Laurence Viry
• 14h00 - 14h30

31
SCSI

• Pierre Valiron et Françoise Roch
• 14h30 - 15h00

32
CECIC

• Serge Perez et Pierre Vatton
• 15h00 - 15h20

33
BioIMAGe

• Laurent Desbat et Guy Bourrel
• 15h20 - 15h40

34
PhyNum

• Alain Pasturel et Françoise Berthoud
• 15h40 - 16h00

35
Ordre du jour

• 10h45 Tour de table
• 11h00 Actions transversales de CIMENT
• 11h30 Nomination de nouveaux experts
• 11h45-13h30 repas au Magellan
• 13h30 Présentations scientifiques des 6 projets
• 16h00 Questions au conseil scientifique
• 16h30 Délibération du Conseil

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Question 1

• Formation
• Intérêts des universités ?
• Soutiens ?
• Ouverture, partenariat ?

37
Question 2

• Projet scientifique
• Point sur visualisation
• du partage dexpertise technologique vers les
  collaborations scientifiques

38
Question 3

• Grappe de PC ou SMP IBM ???

39
Ordre du jour

• 10h45 Tour de table
• 11h00 Actions transversales de CIMENT
• 11h30 Nomination de nouveaux experts
• 11h45-13h30 repas au Magellan
• 13h30 Présentations scientifiques des 6 projets
• 16h00 Questions au conseil scientifique
• 16h30 Délibération du Conseil

40
FIN

• Merci
• et
• Bon retour

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Plate forme Mirage E. Blayo, L.ViryLMC, LEGI,
LTHE, LGGE, LEA

• Les financements Mirage 2001 50 KF
  d'autofinancement sur des contrats, 200 KF de la
  part de l'Inria (qui ont permis le debut de
  l'upgrade passage en OS 5.1 qq achats de
  disque et matos reseau pour un meilleur aspect
  "true cluster")
• Prevu en 2002 500 KF Inria pour fin de
  l'upgrade (essentiellement upgrade des procs)

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Pôle de chimie calculatoireS.Perez et P.Vatton
LEDSS, CERMAV, Cristallographie, LEOPR, DPM

• Financement CIMENT 1500 kf ( 1250 250) , Labos
  462 kf , CNRS 250 kf (500 kf sur 2 ans) dont
  provisions pour logiciels 250 kf
• Travaux et équipement salle machine 100
  kfEquipement réseaux 60 kfMatériel SGI et IBM
  1745 kf Logiciels et Exploitation 57
  kfSeptembre réunion inaugurale du conseil de
  Gestion du CECIC