Biomedicinske baze podataka dostupne u Hrvatskoj

1
Biomedicinske baze podataka dostupne u Hrvatskoj

• Goran Škvarc, M.A., CARNet
• mr.sc. Jadranka Stojanovski, IRB

2

• O Centru za online baze podataka
• Raspoložive baze podataka
• Nacini pristupa
• Pretraživanje
• Posebnosti biomedicinskih informacija

3
Zašto baze podataka?

• vjerodostojnost, ugled proizdaca baze,
  posrednika, informacijskog servisa
• jedinstvenost, ujednacenost
• pokrivenost - koji casopisi su ukljuceni u bazu,
  retrospektivnost, sadržaj baze, koliko i koje
  baze pokriva sam servis
• ažurnost - kako cesto se baza ažurira
• pristup da li se pretraživanje provodi dovoljno
  brzo na poslužiocu proizvodaca/agregatora

4
...znacajke...

• mogucnosti pretraživanja - Booleovi operatori,
  indeksi koje se može pregledavati, pretraživanje
  više baza podataka istovremeno, ogranicavanje
  pretraživanja, složena pretraživanja, pohrana
  rezultata pretraživanja...
• Pretraživanje uz pomoc tezaurusa
• Pretraživanje slobodnog teksta, upiti na
  prirodnom jeziku
• komandna sintaksa

5
...znacajke

• prikaz i izlaz (output) - broj rezultata,
  skraceni prikaz, redanje rezultata, oznacavanje,
  formati za ucitavanje na drugo racunalo
• lakoca korištenja, intuitivnost sucelja
• podrška i izobrazba materijali, upute, context
  sensitive help...
• dokumentacija
• odnos vrijednosti, dodane vrijednosti i cijene

6
http//www.online-baze.hr
7
Centar za online baze podataka

• Centar za online baze podataka je informacijski
  servis i projekt Ministarstva znanosti,
  obrazovanja i športa, CARNeta i Instituta Ruder
  Boškovic
• Osnovna je zadaca Centra omogucavanje što
  jednostavnijeg pristupa komercijalnim i drugim
  bazamapodataka akademskoj i znanstvenoj
  zajednici RH

• Nacionalni konzorcij
• Projekt je pokrenut 1995. godine
• Centar je u pocetku nudio jednu bazu podataka, a
  danas ih nudi šezdesetak, ukljucujuci zbirke
  elektronickih casopisa i arhive u otvorenom
  pristupu

8
Centar za online baze podataka

• osigurava
• Nabavu bibliografskih baza podataka i baza
  podataka s cjelovitim tekstom
• Pristup
• Administraciju
• Financiranje
• Promociju
• Edukaciju.

9
Podrška korisnicima, izobrazba i seminari

• usprkos prijateljskim suceljima i pomoci na svim
  razinama - izobrazba je nezaobilazna
• jednodnevni ili dvodnevni besplatni seminari
• ucenje na daljinu (online tecajevi)
• elektronicki (help_at_baze.szi.hr) i telefonski
  "help desk" (01 4561 043 Jurica Grzunov).
• prirucnik za pretraživanje

10
(No Transcript)
11
ŠTO JE NA RASPOLAGANJU?
12
Podrucje biomedicinskih znanosti
13
32 biomedicinske baze podataka
14
(No Transcript)
15
Neke od baza podataka u Centru

• Current Contents (Institute for Scientific
  Information) 1993 do danas
• MEDLINE (National Library of Medicine) 1966 do
  danas
• Ovid Core Biomedical Collection (Ovid
  Technologies) 1993 do danas - ukljucen u
  Journals_at_Ovid Full Text
• INSPEC (Institute for Electrical Engineers) 1969
  do danas
• EVIDENCE-BASED MEDICINE REVIEW (Ovid
  Technologies) 1991 do danas
• AGRICOLA (National Agricultural Library ) 1979 do
  danas
• ERIC (ERIC Processing and Reference Facility)
  1966 do danas
• PsycInfo (American Psychological Society) 1887 do
  danas
• Web of Science (ISI Thomson) od 1991 do danas
• Journal Citation Reports (ISI Thomson)
• Scopus (Elsevier)
• EI VILLAGE (Engineering Information) 1970 do
  danasCompendex, EngnetBase, US Patent Office,
  CSSInform (standardi)
• INIS (International Nuclear Information System)
  1970 do danas
• HeinOnline od 1885. do danas
• FSTA Food Science and Technology Abstracts
• MathSciNet 1946. do danas

16
WoS 8600
MEDLINE 5000
2800 naslova casopisa je prisutno u obje baze
podataka
17
Usporedba Medline baze podataka

• Ovid
• radovi u procesu indeksiranja mogu se zasebno
  pretraživati (MEDLINE In-Process)
• bolje sucelje za precizno provodenje upita
  temeljeno na Medical Subject Headings (MeSH) i
  raspoloživim ogranicenjima
• više pretraživih polja
• potpuna kontrola nad korištenjem predmetnica
• ogranicavanje na EBMR
• bolja kontrola procesa pretraživanja

• PubMed
• integracija s drugim bazama podataka i
  informacijskim servisima kao što su NCBI,
  ukljucujuci BLAST, Entrez, GenBank, Molecular
  Modeling Database i OMIM.
• poveznice na MEDLINEplus i NLM Gateway za knjige

18
(No Transcript)
19
Elektronicki casopisi

• ScienceDirect (1700)
• SpringerLink (450)Kluwer (760)
• WileyInterscience (180)
• Blackwell Synergy (800)
• Oxford Journals (200)
• Cambridge Journals Online (200)
• LWW (100)
• EBSCO (ASP - 4600 casopisa cjelovitog teksta)
• Nature Publishing Group
• nekoliko tisuca casopisa u otvorenom pristupu!
• više od 11.500 casopisa dostupno hrvatskoj
  akademskoj zajednici!

20
(No Transcript)
21
Elektronicke knjige
22
PRISTUP
23
Bežicni pristup online bazama podataka i
elektronickim kolekcijama stranih znanstvenih
casopisa

• Informacije s bilo kojeg mjesta!

24
Pristup biomedicinskim sadržajima

• Razlicite metode pristupa
• S racunala iz vlastite mreže ustanove (LAN)
• Preko telefonske parice modem, ISDN
• EDGE
• GPRS
• UMTS i
• HSDPA.

25
Bežicni pristup

• Alternativna metoda pristupa
• Sve veca potreba za mobilnošcu
• Mobilan pristup mrežnim resursima cak i na
  mjestima gdje inace ne postoji standardni
  prikljucak na Internet
• Pristup Internetu brzinama do 1,5 Mbit/s
• Pristup sadržajima neogranicen.

26
Autentifikacija

• Izbjegava se potreba za klasicnim logiranjem
• Korisnik ne treba znati svoje korisnicko ime i
  zaporku
• Autologin putem verifikacije IP adrese (koja
  dolazi iz CARNetovog adresnog prostora)
• Preduvjet je postojanje valjane korisnicke oznake
  uid_at_realm.hr i zaporke

27
Pristup biomedicinskim sadržajima

• Centralno pristupno mjesto
• http//www.online-baze.hr
• Sa weba Centra preusmjeravanje na korisnicka
  sucelja razlicitih izdavaca
• Autologin autentifikacija
• Potpuni pristup sadržajima.

28
Ponuda
Mobile Broadband 512 uz Mobile CARNet promociju Mobile Broadband 512 uz Mobile CARNet promociju
Naknada za ukljucenje usluge 1,00
Mjesecna naknada (kn) 95,50
MB ukljuceni u mjesecnu naknadu 512
Cijena dodatno prenesenih podataka (kn/MB) 0,38
Obracunska jedinica 10KB
APN carnet.C.vip.hr
29
Ponuda
Mobile Broadband 128 uz Mobile CARNet promociju Mobile Broadband 128 uz Mobile CARNet promociju
Naknada za ukljucenje usluge 1,00
Mjesecna naknada (kn) 45,50
MB ukljuceni u mjesecnu naknadu 128
Cijena dodatno prenesenih podataka (kn/MB) 0,72
Obracunska jedinica 10KB
APN carnet3g.vip.hr
30
Više o novim uslugama

• http//www.carnet.hr/pristupinternetu
• http//www.carnet.hr/mobile/sustav i
• http//www.online-baze.hr
• Kontakti

CARNet E-mail online_at_carnet.hr Tel [phone] Institut Ruder Boškovic E-mail help_at_baze.szi.hr Tel [phone]
31
PRETRAŽIVANJE BIOMEDICINSKIH INFORMACIJA
32
Što je medicina utemeljena na dokazima (EBM)?

• Evidence based medicine (EBM) je osviješteno,
  ekplicitno i na pravu zasnovano korištenje
  trenutno najboljih praksi pri odlucivanju o njezi
  pacijenata. Praksa medicine zasnovane na dokazima
  znaci objedinjavanje pojedinacnih klinickih
  ekspertiza s najboljim rapoloživim klinickim
  dokazima iz sustavnih istraživanja.
• Sackett DL, Rosenberg WMC, Gray JAM, Haynes RB,
  Richardson WS. Evidence based medicine what it
  is and what it isn't. BMJ. 1996 Jan 13 312
  (7023) 71-2.

33
EBM što je, a što nije

• Nije medicinska kuharica zahtjeva integraciju
  u klinicku ekspertizu i klinicke dokaze
• Identificira i primjenjuje intervencije u svrhu
  najbolje kvalitete i kvantitete života pojedinih
  pacijenata
• Nije ogranicena na randomizirane klinicke pokuse
  (randomized trials) i meta-analize ukljucuje
  prepoznavanje najboljih dokaza koji mogu pomoci
  pri odgovorima na klinicka pitanja

34
EBM zašto je potrebna?

• VRIJEME previše je radova iz casopisa koje je
  potrebno pratiti i sintetizirati (20 radova
  dnevno samo iz opce medicine, a samo sat vremena
  tjedno raspoloživog vremena!)

35
Potraga za dokazima Probijanje kroz velike
kolicine medicinske literature
Grandage, Karen K, et al. , 2002
36
Vrlo važno pri pretraživanju medicinskih
informacija

• pažljivo oblikujte svoje pitanje

37
Kako oblikovati pitanje

• Pretraživanje literature uspješnije je ako ga
  zapocnete dobro oblikovanim pitanjem
• Rastavite pitanje na dijelove da biste olakšali
  pronalaženje najboljih dokaza
• Neophodno je pitanja fokusirati

38
Oblikovanje upita

• 1. Napisati recenicu koja predstavlja naš upit -
  pokušati biti što precizniji (Kakav je utjecaj
  mobilnih telefona na zdravlje mladih?)
• 2. Rasclanite svoje pitanje na odvojene koncepte
  (mobilni telefon, zdravlje, mladi)
• 3. Svaki koncept pokriti što boljom
  terminologijom, sinonimma i gramatickim oblicima
  povezati medusobno operatorom OR
• 4. Koncepte medusobno spojiti korištenjem
  operatora AND
• 5. Pregledati rezultate i korigirati izraze po
  kojima smo pretraživali
• 6. Ograniciti pretraživanje

39

• AUTORSKO PRETRAŽIVANJE
• PREDMETNO PRETRAŽIVANJE
• PRETRAŽIVANJE PO CASOPISU

40
(No Transcript)
41
(No Transcript)
42
PICOT format dijelovi dobrog upita

• standardizirani format za oblikovanje klinickog
  pitanja
• grupacija pacijenata koja nas zanima
• intervencija koja nas zanima
• usporedba koja nas zanima
• završni ishod (outcome) koji nas zanima
• vremenski okvir

43
Grupacija pacijenata

• Dob
• Spol
• Rasa
• Odredeni poremecaj

44
Intervencija

• izloženost bolesti
• rizicno ponašanje
• odredeni prognosticki cimbenik
• najnovija praksa utemeljena na dokazima

45
Usporedba

• ono što usporedujemo
• lako se identificira ako se radi o terapiji npr.,
  no ako je pitanje o predvidanju ishoda možda nece
  biti usporedbe

46
Predvideni ishod

• predvideni ishod prema kojem ce se prosudivati
  intervencija i usporedba
• rizik bolesti
• tocnost dijagnoze
• ucestalost pojavljivanja drugacijeg ishoda

47
Vremenski okvir

• ne koristi se uvijek
• svaki aspekt PICOT formata vodi do uspješnog i
  ucinkovitog pretraživanja

48
Oblikovanje pitanja

• Da li steroidi pomažu pacijentima oboljelima od
  sepse?
• pacijenti sa sepsom (grupacija)
• da li tretman steroidima (intervencija)
• usporedujuci ih s onima koji ne uzimaju steroide
  (usporedba)
• mijenja smtnost (ishod)?

49
Kljucni koraci u strategiji pretraživanja

• Dobro formulirajte klinicko pitanje, bez žargona
• Odaberite bazu podataka
• Unesite izraz po kojem pretražujete, kombinirajte
  medusobno rezultate
• Ogranicite rezultate sukladno studijama,
  metodama, jeziku, publikaciji, etc.

50
Bibliotekari su tu da vam pomognu!

• Dodite na naše tecajeve!
• Pitajte nas ako ne znate nešto pronaci!
• Zovite nas i šaljite nam poruke
• help_at_baze.szi.hr

51
Planovi

• POVECATI BROJ BAZA PODATAKA POD ŠTO POVOLJNIJIM
  LICENCNIM UVJETIMA
• EMBASE
• CINAHL
• SCIFINDER (CHEMICAL ABSTRACTS)
• ULRICHS INTERNATIONAL
• PROQUEST (DISSERTATION ABSTRACTS)
• ULLMANNS ENCYCLOPEDIA OF INDUSTRIAL CHEMISTRY
• PROŠIRITI I OBOGATITI IZOBRAZBU KORISNIKA
• NACIONALNE LICENCIJE
• INTEGRIRATI SUSTAVE ECASOPISA, BAZA PODATAKA,
  OPAC-a i dr. SEARCHSOLVER