Sin ttulo de diapositiva

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Introducción a la bioinformática Utilización de
bases de datos a través de Ineternet.
25 de enero de 2007
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A T S W Y F G D E I V R C H K L M N P Q
DCQVQRIWGVVAAQMNPATSWYFHKLMNPQYFHVAAQMGDEICHTSYFFA
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Proteínas posibles de 50 Aminoácidos

• MALRTGGPAL VVLLAFWVAL GPCHLQGTDP GASADAEGPQ
  CPVACTCSHD
• MRCAPTAGAA LVLCAATAGL LSAQGRPAQP EPPRFASWDE
  MNLLAHGLLQ
• 5020 100000000000000000000000000000000 proteínas
  posibles
• Proteínas distintas que existen en la naturaleza
  unas 200.000
• Porcentaje de reales sobre posibles
  0.0000000000000000000000002 (o sea nada,
  prácticamente)

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Cómo llegar a tenerlas?

• Una célula sencilla puede dividirse cada media
  hora
• En un día 48 generaciones (hombre 960 años)
• 18.000 generaciones en un año (hombre 360.000
  años
• 17 billones de generaciones en mil millones de
  años
• Pero...Cuantas células podrían generarse en mil
  millones de años si pudiese dividirse
  indefinidamente?
• 1 día 248 células, 1 año 217520, 1000 millones de
  años...
• 217520x10expon9 !!!!! Mucho más que todos los
  átomos que hay en todo el universo

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Bases de datos Tipos de bases de datos
Primarias Principales depósitos de información.
Datos de secuencia o estructura. Pueden contener
datos adicionales. Derivadas Preparadas a
partir de primarias. Información adicional
procesada manual o automáticamente
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Tipos de bases de datos

• Primarias
• Principales depósitos de información. Datos de
  secuencia o estructura. Pueden contener datos
  adicionales.
• Derivadas
• Preparadas a partir de primarias. Información
  adicional procesada manual o automáticamente

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Bases de datos de secuencia

• Contienen todas las secuencias obtenidas
  experimentalmente
• DNA genómico
• cDNA, RNA
• EST
• Proyectos genoma (HTS)
• Proteína
• ...

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(No Transcript)
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Información cruzada

• La mayoría de archivos de bases de datos incluyen
  enlaces a otras bases de datos
• Secuencia DNA Secuencia proteína
• Secuencia Estructura 3D
• Secuencia Datos bibliográficos
• ....

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Comparación de secuencias
Objetivo Aprovechar información funcional y/o
estructural identificando homología entre
secuencias
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Objetivo

• Objetivo
• Aprovechar información funcional y/o estructural
  identificando homología entre secuencias

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Homología(diferencia entre homología e identidad)

• Dos secuencias se consideran homólogas cuando
• Tienen el mismo origen evolutivo
• Tienen función y estructura similares

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Más definiciones

• Ortólogos secuencias que corresponden
  exactamente a la misma función/estructura en
  organismos distintos
• Parálogos secuencias producto de duplicaciones
  en un mismo organismo. Normalmente implican
  cambios de función.

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Homología y predicción

• La comparación de secuencias es el método más
  simple para identificar homología.
• Identidad gt 30 en proteína implica homología
• Identidad gt 80-90 es normal en ortólogos de
  especies cercanas
• Identidad 10-30. Si existe homología, es
  indetectable (twilight zone)

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DNA o proteína?

• Ambas proporcionan información sobre homología
• DNA Solamente la identidad entre bases es
  relevante
• Proteína Existen equivalencia funcional entre
  aminoácidos

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Apareamientos canónicos (Watson-Crick)
Unicamente la identidad es relevante
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• Código genético

• Trp, Met (1)
• Leu, Ser, Arg (6)
• resto (2)
• Iniciación AUG
• Stop (3)

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Aminoácidos equivalentes

• Hidrofóbicos
• Ala (A), Val (V), Met (M), Leu (L), Ile (I), Phe
  (F), Trp (W), Tyr (Y)
• Pequeños
• Gly (G), Ala (A), Ser (S)
• Polares
• Ser (S), Thr (T), Asn (N), Gln (Q), Tyr (Y)
• En la superficie de la proteína polares y
  cargados son equivalentes
• Cargados
• Asp (D), Glu (E) / Lys (K), Arg (R)
• Dificilmente sustituibles
• Gly (G), Pro (P), Cys (C), His (H)

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(No Transcript)
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• Banco de datos de estructuras 3D
• Primer banco bioinformático en el mundo
• 1971
• 7 Moléculas, tarjetas perforadas

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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)