Nuevas tcnicas de deteccin de poblaciones minoritarias en infeccin por VIH: posibles usos y limitaci

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Nuevas técnicas de detección de poblaciones
minoritarias en infección por VIH posibles usos
y limitaciones

• Rafael Delgado
• Laboratorio de Microbiología Molecular
• Hospital Universitario 12 de Octubre. Madrid

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VIH Mutaciones de Resistencia

• VIH evoluciona rápidamente
• Alta replicación
• Alta tasa de mutación
• Reversión a WT en ausencia de ARV
• Frecuencia de mutaciones disminuye
• Pueden no ser detectadas por Secuenciación
  convencional
• Mutaciones minoritarias pueden rápidamente
  conducir a fallo terapéutico?

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Información insuficiente sobre

• Transmisión e inicio de la infección
• Relación entre resistencia y transmisión
• Consecuencias de mutaciones de resistencia de
  bajo nivel
• Transmisión de resistencias por naïve?

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Secuenciación poblacional solo detecta
frecuencias gt 20
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Nuevas técnicas de genotipado

• PASS Parallel Allele-Specific Sequencing
• SGS Secuenciación de genomas individuales
• AS-PCR PCR alelo-específica
• Pirosecuenciación Ultra-deep sequencing

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SGS/SGA Secuenciación de Genomas Únicos

• Concentración
• RT-PCR ultrasensible
• Dilución límite
• Secuenciación individual de clones
• Análisis filogenético

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SGS/SGA


1/3 1/9 1/27 30



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AS-PCR
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Mutaciones añadidas utilizando AS-PCR
Johnson J. 14th CROI, Los Angeles 2007, 61
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Mutaciones añadidas utilizando AS-PCR
Marin L at al. Reunión SEIMC 2007
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Importancia clínica de las mutantes resistentes
minoritarias de VIH-1

• Clinicamente relevantes Johnson J. 14th CROI,
  Los Angeles 2007, 61
• CNA 30021/30024 EFV/3TC ABC or ZDV
• AS-PCR para K103N , Y181C and M184V
• Fracaso Virológico en 7/9 con variantes
  minoritarias
• Riesgo de fracaso con variantes minoritarias x 11
  (p0.004)
• Clínicamente NO relevantes Peuchant et al. 14th
  CROI, Los Angeles 2007, 666
• AS-PCR Las mutaciones mayoritarias pero no las
  minoritarias modifican la respuesta a ART

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Respuesta al tratamiento y mutaciones
minoritarias Estudio FIRST NRTI
(PI)/(NNRTI)/(PINNRTI)
Mutaciones NNRTI Trat NNRTI Fallo virológico
a los 12 meses 72,7 con muts 28,0 sin muts
Mutaciones RT Trat NNRTI Fallo virológico a
los 12 meses 59,1 con muts 24,8 sin mut
Kozal et al 16th Intl HIV Drug Resistance
Workshop, Barbados 2007
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Nuevas técnicas de genotipado