???????? ????????? pBS72 ??? ?????? ??? ???????? ????????? ?????? - PowerPoint PPT Presentation

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???????? ????????? pBS72 ??? ?????? ??? ???????? ????????? ??????

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Title: ???????? ????????? pBS72 ??? ?????? ??? ???????? ????????? ??????


1
???????? ????????? pBS72 ??? ?????? ??? ????????
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(???. 2). RepA 263 MTTEEEKVDSTLKSEMQNRVSKPSFDT
WFKNTKI-KIENKNCL-LLV--PSEFAFEWIKKRYLETIKTVLEEA-GYV
FE 336 M EE TLK SKPSFTW
KTK - K L- --PEFA W RYL I L E 1
(13-68) AQIEKKLSKPSFETWMKSTKA-HSLQG
DTLTITA--PNEFARDWLESRYLHLIADTIYE 2
(14-63) QIEKKLSKPSFETWMKSTKA-HSLQG
DTLIITA--PNEFARDWLESRYLHLI 3 (9-66)
NSALK-ELEKKVSKPSYETWLKSTTA-HNLKKDVLTITA--PNEFARDWL
ESHYSELISETL 4 (14-69)
EMKKKVSKPSYETWLRATKA-NALQNNDT-IIVTAPNEFARDWLEDHYSG
LTSDIIEQ 5 (3-68) EQEIWEKVLTLAQEKVSSASYQT
FLKDTKLFKLQNEQAI-VVTDDDFVANWLKMNYAEIIKAALYEA 6
(3-74) EQEIWKKVLEVAESEISKSTFNTFLKDTELKEIRDN
VAI-IFV--IHEFYAEWLNSNYKEVIQTIMKDVIGYEVE 7
(2-71) SEKEIWDKVLEIA-QERISNTSYQTFIKDTQLYSLKND
EAI-ILV--SLPFNASWLNQRYSEIMQAIIYDVIGY 8 (13-74)
EEELSAQQFNTWIKPLRF-EAREGTLR-LLA--
PNRFVQQWVKDRFLQKISALAEEVLSTPVQIEL 9 (2-71)
SEKEIWDKVLEIA-QERISNTSYQTFIKDTQLYSLKNDEAI-ILV--SLP
FNASWLNQRYSEIMQAIIYDVIGY 10 (12-65)
QLQEELPATEFSMWVRPLQA-ELNDNTLT-LFA--PNRFVLDWVRDK
YLNSINRLLQE 11 (13-65)
LQEELPSAEFSMWVRPLQA-ELNDNTLT-LFA--PNRFVLDWVRDKYLNS
INSLLNE 12 (13-67)
LRDELPAQQFNTWIRPLQV-EAEGDELR-VYA--PNRFVLDWVNEKYLGR
VLELLDEH-G 13 (13-67)
LRDELPSQQFNTWIRPLQV-EAEGDELR-VYA--PNRFVLDWVNEKYLGR
LLELLGER-G 14 (1-68) MENIEELWSATLK-KIEEKLSKPSFD
TWLKNTKA-EALEKDTL-IIS-APNEFARDWLENQYTNLISQMLLE
15 (9-68) ERALKS-MEKKVSKPSFETWLKQTKA-NS
IEDSTI-IIT-APNEFARDWLEKHYDELISETIDD 16 (11-72)
VQKSLQKTLSKPSFETWIRPAKF-NCFENGLL-TLI-AP
NTFSSDWLRKNYCETIEKTAKEICGY 17 (15-69)
SKLENELSKPSFETWLSSTYL-LDIEGDTL-IVSV-PNEFAKDWLE
SRYAPIIRSTVQ 18 (13-72)
AEIEQKISKPSFETWLKSTKA-HSLRGDTL-VIV-APNEFARDWLDSRYS
HLIAETIYTITGE 19 (16-76)
LQLQLSKPTFETWIKTATA-EQLENNCL-VIR-APNPFARNWLQKYYIKT
IADVVHDILGYPVE 20 (11-69)
SQVLERLQIELSRPTFETWIKTANA-ERLENNCL-VII-TPNPFARNWLQ
KYYISTIANVVQ 21 (10-68)
SQVLERLQIELSRPTFETWIKTANA-ERLENNCL-VII-TPNPFARNWLQ
KYYITTIANVVQ   Figure 2 Sequence analysis of
the ?-terminal region of RepA (pBS72) with
N-terminal domain of the DnaA protein of some
Gram-positive and Gram-negative bacteria 1
DnaA B. subtilis subsp. subtilis str. 168 (the
level of identity, similarity and the E-value are
35, 63, and 110-5, respectively) 2 DnaA
B. licheniformis DSM13 3 - DnaA B. anthracis
B. thuringiensis serovar konkukian str. 97-27,
B. cereus E33L 4 - DnaA B. clausii KSM-K16 5 -
DnaA Staphylococcus saprophyticus subsp.
saprophyticus ATCC 15305 6 - DnaA Staphylococcus
haemolyticus JCSC1435 7 - DnaA Staphylococcus
epidermidis ATCC 12228 8 - DnaA Methylobacillus
flagellatus KT 9 DnaA Haemophilus parasuis10
- DnaA Vibrio harveyi 11 - DnaA Vibrio fischeri
ES11412 - DnaA Pseudomonas fluorescens Pf-513 -
DnaA Pseudomonas aeruginosa PAO114 DnaA
Oceanobacillus iheyensis15 DnaA B. halodurans
C-125 (the level of identity, similarity and the
E-value are 42, 64, and 910-9, respectively)
16 - DnaA Prochlorococcus marinus str. MIT
931217 - DnaA Desulfitobacterium hafniense
DCB-218 DnaA Geobacillus kaustophilus HTA426
19 - DnaA Trichodesmium erythraeum IMS101 20
DnaA Nostoc sp. PCC 7120 21 - DnaA Anabaena
variabilis ATCC 29413.
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????? ???????? ?????? ???????, (kb) ?????? ???????????, (kb) ???????? ????-?????????
19 pBS19 5,5 9,0 pMTLBS19
57 pBS57 2,9 6,4 pMTLBS57
72 pBS72 3,1 6,6 pMTLBS72
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rep-??????? ???????? pBS72 ???????? B. subtilis
???????? B. subtilis. ??????????? (???????? ????2
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B.subtilis ?????????? ?????? ??????? rep-???? ?
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????????? ??????? ? ??????? E. coli, ????????????
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(Amp), ???????????? ? E. coli, ? ??? ????????????
? ?????????????? (Cm), ????????????????? ?
????????? B. subtilis, ? ????? ??????????,
?????????? ? ??? lacZÒ‘. ??????? ???????????,
??????????? 21 ?????????? ????, ?????????
??????????? ????????? ???, ??????? ??? ????
??????????? ???? lacZÒ‘, ?????????? ??
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?????, ?????????? IPTG ? ?-Gal. ????? ????, ?
??????? ???????? pMTL21C ?????????? ?????????
?????????? ?????? (? ?????????, AflII-????),
??????? ?? ??????????? ?? ???? ?? ????????? ????
?????????????? ?????? ? ????? ???? ????????????
??? ???????????? rep-??????? ????????
pBS72. ????? ???????????? ???????? ????????????
rep-??????? ???????? pBS72 ? ???? AflII ???????
pMTL21C ???? ???????? ??????????? pMTL7-1,
pMTL7-2 ? pAL1. ?????????? ??????????? ????????
????????? ?????? ?????????? ? ???????? ???
???????????? ? ?????????????? ?????????????
?????????. ??? ???? ?????????? ??????????
?????????? ??? ? ??????? ?????? ????????? ???????
?????????????? ? tac-?????????, ????????????? ?
??????? E. coli ? ?????????? ?????????? ???????
??????? ?????????? ? ??????? B. subtilis.
???? ???? ????????, ??? ??????????
????????????? rep-??????? ?? ????????? ??????? ??
??????????? ???????? ????????????? ? ??????? E.
coli ? B. subtilis. ? ????????? ?????
????????????? ???? ???????????, ??? ?????????????
????????????? ?????? E. coli ? B. subtilis
??????????? ?????????? ??? ?????????? 106 ? 105
?????? ?? 1µg ???, ??????????????. ?????????
?????? ? ?????? ??????? ???????? ??? ????????????
? ???????? E. coli ? B. subtilis. ??? ???? ?????
?????????? ????? ? ???????????? ????????? E. coli
????????????? ColEI-?????????, ? ? ?????????
B. subtilis - ????????? ?BS72 (5-6 ?????).
?????????? ?????? ??????????????? ???????
???????? (?? 10 kb) ? ?????????? ??????????? ?
?????????????? ????????????? ? ???????
????????????? ?????? E. coli ? B. subtilis. ???
????????? ??????????? ???????? ??????
???????????? ?????????????????? ???, ???
????????? ???????????? ? ??? ?????????? ????
???????????, ? ??? ????? ????????? ?????
????????? ???????? (????????, ???????
???????????? ??????????), ??? ? ???? ???????????
? ??????????. ???????? ? ?????????? ?????? ?????
????? ??????? ??????? ??? ???????????????
????????? ??????, ? ????? ??? ???????? ??????
?????????? ?????????? ? ??????????. ???
????????? ????? ????? ????-????????? ????????
pBS72, ???????????????? ???????????? ?
?????????????? ? ???????????? 5 ???/??
???????????? ?????????? ????????? in vitro
(?????????????). ????????? ??????????? ????
???????? ????? ?????? ???????? ??????????????
 B. subtilis 168 trp?2 ?? ?????? ? ??????????
????????????? ????????????? (50 ???/??).
??????????? ?????????, ?????????? ? ??????????
????? ????? ??????????? ?????????, ????
??????????? ????? ??????????????. ?? ?????????
??????? ???????????????? ???? ???????????
?????????? ????????? ??????? ?????????? ??? ?
??????????? ?? 2 ?? 10 ??? ?? ????????? ?
???????? ?????????, ??? ????????????????? ??
?????????? ????? ????? ??????????? ????????.
??????? ???? ???????? ? ??????? dnaA-?????,
oriV-????? ? repA-????. ? ??????????????????
dnaA-?????, ???????????? ? ????? oriV, ??????????
??? ???????? ??????????? ???????, ?????? ???? ??
???, ?????????????? ?? ???? ??????????????????
?????????. ? ??????? oriV ?????????? ?????
?????????????? ?????? ??????? ?? ?????? ?
?????????????????? ???????????????? ???????
(?????????? ? ???? ?? ???? ??????????????????
????????). ? ???????? repA-???? ????????
??????????? ? ?????????, ?????????? ? ????????? ?
??????? ?????? ????????????? ???? RepA,
???????????????? ??????????? ???-???????????
???????????, ? ????? ????????? ? ???????
??????????? ??? ??????? ? ???-????? ???????????.
??????? ????????? ????-????????? ???????? pBS72
??? ????????????? ????????? ????????
????????????????? ????????????? ???????????? ?
??????? ???????? ?????? B. subtilis 168 trp?2 ?
???????????? ? ???????? ????? 90 ?? ????????
B. subtilis L1432, ??????? ??????? ???? dnaB19.
?????????? ???????? ???????, ?????????? ?????????
? ??????? ???????????????? ??????? oriV ????? ?
??????? ?????????????????? dnaA-?????
(???????????? ???????????? ??????????? ? 10 ???).
?????? ?? ????????? ?????? ????? DnaB, ?????
????????????, ??? ????????? ? ??????? ?????????
?????????? ???????? ?? ?????? ? ????????? ?????
?????, ?? ????? ?????? ?? ???????? ?????????????
???????? ??????? ?????????? ??? ? ????????
???????.
???. 5. ??????????? ??????? ? ????????
rep-??????? ???????? pBS72. ??????????? ???????
???????? (?), ??????? (?), ????????? ?
??????????? (T). ? ???? ???????? ???? ??????????
????????? ? ???????????? ??????? orf2. ?????????
? ?????????????? ????-????????? orf2 ????????
????????, ? ???? ?? ??????? ?????????? ??? ????
?????????????????? ????????, ?? ?????????
????????? ?????????? ????? ???? ??????? ? ?.?. ?
???????? dnaA-?????, ??????????????? ? ????????
orf2, ? ??????????? ? ???? ????????. ?????????,
??? ???? ?? ????????? mut7 ???????????
??????????? ????? ???????????????? ???????
??????? oriV (ttaaAatttaat ? ttaaGatttaat), ?
????? ???????? ??? ?????????????? ??????? ??????
??? ??????? ???????????? ????????. ??????
????????? ???? ??????? ? mut4 ? ????????
repA-???? ???????? ??????????? G?T ? ???????
286, ?????????? ? ?????? A?S (97) ? ???????
???-???????????? ?????? ????????????? ???? RepA,
? ? mut7 - 4 ????????? A?G ? ???????? 82, 85,
152, 607, ?????????? ? ?????????????? ???????
K?E (28), R?G (29), E?G (51) ???? ?? ??????
RepA, ? ? ??????? ??????, ?????????????? ??
???-????? ?????????? - N?D (223). ? mut5
???????? ???????? ? ????? ?????-??????? repA-????
? ??????????????????? ????-????????? (RBS) 5-
gatcgcggagggCacattATG 3, ??? ????? ????????
??????? ?????????? repA-???? ?, ??? ?????????,
???????????? RepA ? ??????. ?? ????????? ?????
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???????????? ????? ????? ????? ????????????
????????? ? ??? ?????????????? ???????????,
????????????? ?? ?????? ???????????? ?
???????????, ?????? ???????????? ?? (??? 5).
tac- region
1 lacOid operator M13/pUC reverse
sequencing primer (-26), 17-mer 5- AA TTG TGA
GCG GAT AAC AAT TTC ACA CAG GAA ACA GCT ATG ACC
ATG ATT ACG CCA AGC TTG CAT GCC TGC AGG CCT CGA
GAT CTC
M T M I T P S
L H A C R P R
D L
M13/pUC
sequencing primer (-20), 17-mer CAT GGA CGC GTG
ACG TCG ACT CTA GAG GAT CCC CGG GTA CCG AGC TCG
AAT TCA CTG GCC GTC GTT TTA CAA CGT CGT GAC TGG
GA 3H G R V T S T
L E D P R V P S
S N S L A V V L
? LacZ
???. 4. ???????????-???????????? ???????????
???????? ?????? ??????????. ?? ??????? ???????
??????????? ?????? ?????????? ? ???????????
oriEc ColE1-????????, ???????????? ????????????
? ??????? E. coli oriV ? Rep rep-???????
???????? pBs72, ???????????? ????????????
????????? ? ??????? B. subtilis MCS -
?????????? ???????? 78 bp, ??????? 16 ??????,
????????? ??? ????????????? ????????????,
??????????? ?????????? M13/pUC, ?????????? ?
N-???????????? ?????????????????? ???? lacZÒ‘
??????? ???????????? ? ??????????? (Amp) ?
?????????????? (Cm), ???????????? ? ?????????
E. coli ? B. subtilis, ??????????????.
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?????????? ??????? ????????????? ???????? ????
??????? ?? ???? ????????? ????? ????????
????-???? pBS72 ? ????????? ???????? pBR322.
?????? ??????? ?????????? ?????????????? ??????
E. coli ? B. subtilis (106 ? 105 ?????? ?? 1 ???
???), ?????????? ? ????????????? ?????????,
?????? ?????????? ????????? ???????? ? ???????
B. subtilis ?? ?????? (5-6 ?????). ?
?????????????? ??????????? ?????????? ???????
???????? ????????, ??????????????? ???????????? ?
?????????? ????????????? ???????????.
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