Datamodellering en

1
Datamodellering en verwerking8C020 college 9
2
Terugblik college week 8

• Terugkoppeling opdracht deel A
• Toepassingen van Petri-netten in biologie
• Oefeningen

3
Onderwerpen college week 9

• Booleanse regulatie netwerken
• Motieven (Motifs)
• Koppelling SQL met programmeertalen
• On-line biomedische databases
• Petri-net tools
• Yasper
• Andere formalismen voor procesmodellering
• Promela/Spin
• Afronding

4
Motieven (patronen) in netwerken met drie
genen(Alon et al.)
Bron publicaties van Uri Alon
5
Motieven in echte biologische en random netwerken
Bron publicaties van Uri Alon
6
Types van Feed Forward Loop Netwerken
Bron publicaties van Uri Alon
7
Tools voor Petri-netten

• PEP
• Misschien de meest populaire gereedschap
• Modellering en analyse van systemen
• Yasper
• Ontwikkeld op TUE
• Editor en stap-voor-stap simulatie
• Gekoppeld met INA (Integrated Network Analysis)

8
SQL en andere programmeertalen

• Embedded SQL
• Dynamic SQL
• ODBC (Open Data Base Connectivity)
• JDBC (Java Data Base Connectivity)
• Web technologies, Data driven sites
• MySQL php/python, Java scripts

9
JDBC

• Model for communicating with the database
• Open a connection
• Create a statement object
• Execute queries using the Statement object to
  send queries and fetch results
• Exception mechanism to handle errors

10
JDBC Code

• public static void JDBCexample(String dbid,
  String userid, String passwd)
• try
• Class.forName ("oracle.jdbc.driver.OracleDriver"
  )
• Connection conn DriverManager.getConnection(
  "jdbcoraclethin_at_aura.bell-labs.com2000bankdb
  ", userid, passwd)
• Statement stmt conn.createStatement()
• Do Actual Work .
• stmt.close()
• conn.close()
• catch (SQLException sqle)
• System.out.println("SQLException "
  sqle)

11
JDBC Code (Cont.)

• Update to database
• try
• stmt.executeUpdate( "insert into account
  values
  ('A-9732', 'Perryridge', 1200)")
• catch (SQLException sqle)
• System.out.println("Could not insert tuple.
  " sqle)
• Execute query and fetch and print results
• ResultSet rset stmt.executeQuery( "select
  branch_name, avg(balance)
  from
  account
  group by branch_name")
• while (rset.next())
• System.out.println( rset.getString("bra
  nch_name") " " rset.getFloat(2))

12
JDBC Code Details

• Getting result fields
• rset.getString(branchname) and
  rset.getString(1) equivalent if branchname is the
  first argument of select result.
• Dealing with Null values
• int a rset.getInt(a)
• if (rset.wasNull()) Systems.out.println(Got null
  value)

13
Extensible Markup Language (XML)

• XML
• Een alternatieve manier voor representatie van
  databases
• Handig voor transfer van databases via WWW
• Gedefinieerd door de WWW consortium
• Afgeleid van HTML
• Uitbreidbaar, in tegenstelling tot HTML

14
Formele Methoden en Model Checking

• Formele Methoden
• Ontwikkeld voor verificatie van parallelle
  (concurrent) systemen
• Hardware en software
• Een alternatieve voor de trial and error aanpak
• Model checking
• Geautomatiseerde techniek voor de analyse van
  software en hardware
• Push-button technologie/relatief gemakkelijk te
  gebruiken
• Als er een fout is krijgen we een tegenvoorbeeld
  - de scenario die tot de fout leidt
• Spin model checker
• Promela Modellering taal, input voor Spin

15
Wrap-up

• Data Base Modeling
• Entiteit-Relatie Model/UML
• Relationeel Model
• Implementatie SQL, QBE, MS Access
• Process Modeling
• Petri Netten
• Booleanse networken
• Modelleren van biologische netwerken

16
Wrap-up

• Wat was helaas niet in de colleges
• Web gebaseerd database applicaties
• Combinatie van SQL met programmeer/scripting
  -talen (b.v. Java, Python)

17
Wrap-up

• Toekomst(?)
• Meer (geautomatiseerd?) processeanalyse
• (b.v. Model checking)
• Meer biomedische context/applicaties
• Meer Microsoft Access of een andere DBMS?