La recherche d

1
La recherche damorces pour la PCR
Christian.Fondrat_at_univ-paris5.fr
2
Des programmes daide
3
Principe
4
Épingle à cheveux (hairpin)
Définir le nombre maximum d'appariements
consécutifs toléré dans l'épingle. les oligos
susceptibles de former une épingle à cheveux dont
le nombre de bases consécutives appariées est
supérieur à la valeur choisie seront éliminés
5
Recherche dhairpin
Si la valeur maximale est fixée à 3, l'oligo n2
sera rejeté (1,3,4,5 retenus).Si elle est fixée
à 2, les oligos n2 et n3 seront rejetés (1,4,5
retenus). Si elle est fixée à 1, les oligos n2,
3 et 4 seront rejetés ( l,5 retenus).
6
Premiers résultats
7
Appariement entre 2 oligos
Définir le nombre maximal autorisé de bases
appariées consécutives dans le dimère susceptible
de se former entre deux oligos. Tous les couples
dont le dimère à un nombre de bases appariées
supérieur à une valeur choisie sont rejetés.
8
Appariement entre 2 oligos
Si la valeur choisie est de 4, le couple n3 sera
éliminé (1,2,4,5 retenus). Si la valeur choisie
est de 3, le couple n3 sera éliminé (1,2,4,5
retenus). Si la valeur choisie est de 2, les
couples n3, 4, 5 seront éliminés (1,2 sont
retenus).
9
Que faire si jai trop doligos ?

• diminuer la marge de recherche des oligos
• b) diminuer l'intervalle de recherche du
  pourcentage GC de quelques unités
• c) augmenter la taille des oligos de une à deux
  bases
• d) diminuer de une unité la valeur des
  appariements consécutifs autorises dans l'épingle
  à cheveux

10
Que faire si je nai pas doligos
a) augmenter la marge de recherche des oligos.  
b) augmenter l'intervalle de recherche du GC
autorisé (une à deux unités peuvent être
suffisantes) c) diminuer la taille des oligos de
une à deux bases d) augmenter de une unité la
valeur des appariements consécutifs autorisée
dans l'épingle à cheveux.
11
programme recherche 2 oligos
12
programme recherche 1 oligo
13
Table dorientation
14
Température
La température de fusion du produit PCR (Tmpcr)
est calculée suivant la relation suivante
applicable à des molécules de plus 50 nucléotides
5   Tmpcr 81.5 16.6 logNa
0.41(GC)   où Na désigne la concentration en
sels et GC le pourcentage GC