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Séquençage du génome de Staphylococcus xylosus


INRA CR Clermont-Ferrand Theix UR 370
Microbiologie (jusquen décembre 2005) UR 454
Microbiologie (janvier 2006)
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• Staphylococcus xylosus
• - groupe des Firmicutes Bacillus-Streptococcus-L
  actobacillus
• proche des genres Bacillus, Listeria,
  Enterococcus
• bactérie à Gram positif, bas GC (32-37)
• 2 grands groupes de Staphylococcus
• - coagulase-positif S. aureus
• (6 souches séquencées 2,81- 2,90 Mb, GC 37)
• coagulase-négatif 30 aines despèces CNS
• S. epidermidis (2 souches séquencées 2,56-2,64
  Mb, GC 32)
• S. haemolyticus (1 souche séquencée 2, 69 Mb, GC
  32,8)
• S. saprophyticus (1 souche séquencée 2,58 Mb,
  GC 33,2)
• S. carnosus (1 souche séquencée 2,56 Mb, non
  disponible)
• S. xylosus (1 souche en cours 2,85 Mb)

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• S. xylosus
• fréquemment isolé de la peau homme et animal
• habituellement décrit dans la famille des
  staphylocoques non pathogènes
• utilisé comme ferment pour les salaisons et les
  fromages
• activité nitrate réductase
• propriétés aromatiques catabolisme des acides
  aminés
• propriétés anti-oxydantes
• pigmentation

- diversité génomique des souches analyse des
profils PFGE SmaI, ApaI
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• S. xylosus souches pathogènes opportunistes
• - mammites bovins, caprins, ovins
• infections nosocomiales cathéters, plaies
  post-opératoires
• immunodéprimés oesophagites, infections
  dentaires, pyélonéphrites,
  septicémies
• dermite souris de laboratoire
• souches productrices de toxines
• isolées de produits alimentaires
• entérotoxines C et D jambon
• entérotoxines D et E lait , fromage de
  chèvre, de brebis
• isolées de mammites
• entérotoxine C en forte quantité
• TSST-1 choc toxique
• - souches possédant gènes codant entC, entD, entE

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• S. xylosus souches résistantes aux antibiotiques
• - R aux ?-lactamines pénicilline, amoxicilline,
  oxacilline
• R aux macrolides érythromycine
• R aux glycopeptides lyncomycine
• souches multirésistantes à plusieurs familles
  dATB
• Grande diversité des souches au sein de lespèce
  S. xylosus
• - souches utilisées comme ferment
• - souches potentiellement à risque

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• S. xylosus souche C2a (DSM 20267 curée pSx267)
• - souche commensale isolée de la peau
• - taille du génome estimée par analyse des
  profils PFGE
• AscI, ApaI, IceuI, SmaI, SfiI 2850 kb
• 5 opérons ribosomaux IceuI
• Carte physique et génétique 39 sites de
  restriction positionnés
• 27 gènes localisés
• souche C2a  référence 
• seule souche de S. xylosus transformable
• 70 kb de séquences GenBank sucres, SOD,
  KatA
• - pSx267 29,5 kb dont 4,3 kb GenBank
  (résistance arsenic, ori)

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Séquençage au Génoscope, projet payant génome
séquencé à une profondeur de 12X à partir de
trois banques  ?15 000 inserts de 3 kb clonés
dans le vecteur pcdna2.1 ?7 500 inserts de 10 kb
clonés dans le vecteur pCNS ?1 000 inserts de
20-25 kb clonés dans un vecteur miniBAC
(pBBC) Assemblage en une seule molécule
circulaire avec trous - à partir de 8
supercontigs - 8 autres contigs non utilisés
dans assemblage plasmide pSx267 29,5 kb OK
http//www.genoscope.cns.fr/secure-nda/projet_NN/
Genome/
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• Principales attentes du séquençage du génome de
• S. xylosus
• - gènes spécifiques de S. xylosus comparaison
  S. aureus, S.epidermidis , S. haemolyticus, S.
  saprophyticus, S. carnosus
• mise en évidence des IS, prophages et autres
  éléments mobiles pour déterminer leur importance
  dans la diversité génétiques des souches de S.
  xylosus évolution commensalisme vers
  pathogénicité
• gènes impliqués dans la formation des biofilms
  (étude protéomique en cours)
• - gènes impliqués dans la survie, ladaptation
  aux environnements carnés comparaison avec
  Lactobacillus sakei (INRA, FLEC)
• - évaluation des potentiels métaboliques et
  régulateurs de S. xylosus
• ? Développement puce à ADN diversité
  génomique, transcriptome