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www.rcsb.org/pdb/
- El Protein Data Bank (PDB) es una base de datos
que recoge las estructuras tridimensionales
(determinadas experimentalmente) de
macromoléculas biológicas.
Base de datos de estructuras 3D de proteínas PDB
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Pincha aquí para acceder a datos estadísticos
Pincha aquí para acceder a un tutorial narrado
que explica cómo utilizar la base de datos
Página principal del Protein Data Bank
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Pincha aquí
Pincha aquí
Datos estadísticos del Protein Data Bank
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- Más del 90 de las estructuras almacenadas en
el PDB corresponden a proteínas
Estructuras almacenadas en el PDB (Febrero de
2008)
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Estructuras almacenadas en el Protein Data Bank
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Introduce aquí el término de búsqueda. Por
ejemplo equinatoxin
Inicia la búsqueda
Búsquedas en el Protein Data Bank (PDB)
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NMR
Pincha aquí para ver este registro de la base de
datos
Difracción de Rayos-X
Resultados de la búsqueda
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Pinchando en cada pestaña se accede a distintos
tipos de información
Por defecto, aparece la información que resumen
los parámetros estructurales
Un registro del Protein Data Bank
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Datos de los autores del trabajo y del artículo
donde se ha publicado el trabajo
Los parámetros en color azul son datos primarios
obtenidos experimentalmente
Parámetros estructurales (1)
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Los parámetros en color azul son datos primarios
obtenidos experimentalmente
Clasificación estructural de la proteína
Los parámetros en color rojo son datos obtenidos
tras analizar los datos primarios
Familia a la que pertenece la proteína
Función de la proteína
Parámetros estructurales (2)
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Ayuda
Pinchando aquí se puede ver directamente el
fichero pdb en 3D (necesitas tener el plug-in
CHIME instalado en tu ordenador)
PDB ID (Identificador)
Pinchando aquí te puedes descargar el fichero pdb
para visualizarlo después con RASMOL
Hay varias opciones para visualizar la molécula
Un registro del Protein Data Bank
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Estructura de un fichero pdb encabezamiento
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Estructura de un fichero pdb secuencia
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Estructura de un fichero pdb estructura
secundaria
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Estructura de un fichero pdb coordenadas atómicas
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Estructura de un fichero pdb conexiones - final
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Vista en 3D de la proteína (se requiere el
plug-in CHIME)
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Propiedades biológicas y químicas de la proteína
Propiedades biológicas y químicas
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Detalles experimentales sobre cómo se ha obtenido
la estructura
Detalles experimentales
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Detalles sobre la estructura primaria
Secuencia en formato FASTA
Enlace a la base de datos UNIPROT
Estructura primaria y estructura secundaria
Detalles sobre la estructura primaria
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Detalles sobre la geometría de la molécula
Detalles sobre la geometría de la molécula
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Capítulo 11 Working with Protein 3D-structures
Bibliografía