Description g

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Description génétique de deux lignées de lapins
sélectionnés

• Groupe 24 GOBIER Ludwig
• GOYAULT Mathieu
• GRELLET Aurélien

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Introduction

• analyse de pedigree pour démontrer la
  complémentarité dindicateurs utiles à la
  description de la variabilité génétique
• coefficients de consanguinité (inbreeding)
• population efficace
• probabilité dun gène dorigine
• schema de reproduction par accouplement aléatoire
  de groupes non-parents

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Matériel et méthodes

• Animaux
• deux souches de lapins (souches 1077 et 2066)
  sélectionnées depuis 1974 pour une augmentation
  de la taille de portée
• générations discrètes et nombre danimaux
  constant
• schema de reproduction visant à limiter
  laugmentation de la consanguinité
• accouplement aléatoire des femelles
• pas de migration des mâles dun groupe à lautre
• informations connues depuis les grand-parents de
  la 1ère génération de sélection jusquà la 20ème
  génération

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• Méthodes
• coefficient de consanguinité (F)
• à long terme
• à court terme (sur 4 générations dancêtres)
• comparaison des variances (impact du long terme
  sur les générations)
• F(t) 1 (1 DF)t 1 (1 1/2Nef)t
  (1)
• avec F(t) coefficient de consanguinité à la
  génération t
• Nef estimation première du nombre
  efficace danimaux
• et DF F(t) F(t-1) / 1- F(t-1)

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• taille de la population efficace
• 1/Neh 1/16M 2 s²mm 2 (M/F) cov(mm,mf)
  (M/F)²s²mf
• 1/16F 2 (F/M)²s²fm 2 (F/M)
  cov(fm,ff) s²ff
• avec Neh seconde estimation du nombre efficace
  danimaux
• M (F) nombre de mâles (femelles)
  atteignant lâge adulte à chaque
  génération
• s²mm (s²fm) variance du nombre de
  descendants mâles dun
  individu mâle (femelles)
• s²mf (s²ff ) variance du nombre
  de descendants femelles dun
  individu mâle (femelles)

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• analyse de probabilité dun gène dorigine chez
  différents groupes à travers les générations
• cinq générations de sélection 6, 9, 13, 16 et
  20ème
• 1ère méthode simulations de Monte-Carlo
• Ng 1 / (2ft ) avec Ng
  nombre efficace des génomes
  fondateurs
• 
  ft moyenne de paires de gènes
  ancestraux dans la génération actuelle
• 2ème méthode les ancêtres majeurs et le goulet
  détranglement
• (contribution génétique et nombre efficace des
  ancêtres)

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Résultats

• Description générale de la structure familiale
• subdivision des lignées
• lignée 1077 14 groupes durant les 4 premières
  générations, puis 11
• lignée 2066 9 groupes
• moyennes (déviations standards) calculées entre
  G11 et G19 (démographie stable)

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• variance et covariance moyennes entre G11 et G19

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• consanguinité à long terme
• en augmentation régulière chez les deux souches
• augmentation plus forte dans la souche 2066
• consanguinité à court terme
• stable à travers les générations

• Coefficient de consanguinité à long terme vs
  court terme

• déviation standard moyenne des coefficients de
  consanguinité individuels entre G1 et G20

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• Taille de la population efficace

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• Probabilité dun gène dorigine
• certains fondateurs ont une plus grande
  influence
• diminution régulière du nombre efficace des
  génomes fondateurs dans le pool
  génétique

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• Conclusion comparaison des deux souches
• ? En résumé, souche 1077 variabilité génétique
  mieux préservée
• nombre efficace de génomes fondateurs plus grand
• taille de la population efficace plus grande
• coefficient de consanguinité à long terme moins
  grand
• nombre efficace des fondateurs majeurs stable
• moins de goulets détranglement
• ? Progrès génétique identique dans les 2
  souches
• Mais la diminution de la variabilité
  génétique dans la souche 2066 est néfaste à la
  lignée par augmentation de la consanguinité et
  détérioration de la fitness

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• Conclusion
• ? indicateurs utiles à la description de la
  variabilité génétique
• à long terme
• taille de population efficace
• nombre efficace des fondateurs

• à court terme
• coefficient de consanguinité à court terme
• nombre efficace des fondateurs
• nombre efficace des ancêtres majeurs