Diapositiva 1

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Spline cúbico natural (B-spline) usando cuantiles
Se elige un array blanco(array basal), v
Intensidad blanco
i spot, j array, m nº de arrays
X puede ser R o G
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Se extraen 100 percentilos para cada array
(incluso el target), se desestima el resto de los
datos
target
array
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Se ajusta una función spline cúbica natural sj
f(cuantil xj, cuantil v) para cada array j
Definición spline es una función polinomial
fragmentada en intervalos
S a,b ? Rd consite en la piezas polinómicas
Pi ti,ti1) ? Rd donde a t0 lt t1 lt lt tk-1
b
Spline natural spline de grado 3 con continuidad
C2. Natural porque
En nuestro caso definimos al spline para el
intervalo k, array j
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Se puede calcular con R o S-plus. Se minimiza
(S-plus)
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• Selección de un set invariante
• Se calcula para cada array a los rangos de
  intensidad correspondientes al spot i (ria)
• Selección del set invariante
• PRDi ( ri1 ri2 ) / n lt 0.003 ó 0.007
• Obtenemos un nuevo set y repetimos
• Paramos cuando no decrece más el tamaño del set
• Se aplica spline usando como array basal al set
  invariante

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(No Transcript)
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Normalización de escala
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Datasets
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Inspección visual
Bias local
Bias global
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MA plots (lymphoma)
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Clasificación k-NN

• Suficientemente sensible para evaluar la pérdida
  de variabilidad biológica
• Disponible en varios paquetes
• Empíricamente aceptables
• No hace suposiciones sobre la distribución
• Algoritmo sencillo
• Se aplico a TODOS los spots (sin selección)
• Los artefactos son más fáciles de detectar
• Se incluyeron spots de baja intensidad porque
  son importantes también!

Validación cruzada por LOOCV
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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(No Transcript)
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Conclusiones

• Métodos simples mejoran los datos
• Métodos dobles mejoran a los simples
• IGLOESS-SLFILTERW7, ISTSPLINE-SLLOESS y
  IGLOESS-SLLOESS fueron los mejores
• La elección del mejor método aún depende mucho
  del array (artefactos, verdaderas diferencias
  biológicas?)
• Normalización de escala no tiene efectos
  benéficos
• La normalización tiene un impacto fuerte en el
  subsiguiente análisis

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Software

• R language
• Bioconductor http//www.bioconductor.org
• MAANOVA
• http//www.jax.org/staff/churchill/labsite/softwar
  e/download.html
• tRMA http//www.pi.csiro.au/gena/tRMA
• braju http//www.maths.lth.se/help/R/aroma