Ley de HW

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(No Transcript)
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Ley de H-W
Tamaño poblacional muy grande. Apareamientos al
azar. Todos sean igualmente competentes para
dejar descendencia. No lleguen alelos de fuentes
externas.
No hay evolución.
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Problemas de la estimación de las frecuencias
alélicas.
Problemas de la estimación de las frecuencias
alélicas.
Problemas de la estimación de las frecuencias
alélicas.
Problemas de la estimación de las frecuencias
alélicas.
Sesgo por el tamaño de la muestra y el método de
muestreo. Para conocer la precisión de nuestros
datos necesitamos aplicar alguna prueba
estadística.
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Máxima Verosimilitud (ML, Maximum Likelihood)
Pr (Datosp)
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Podemos calcular las frecuencias alélicas y su
varianza asociada, en sistemas con alelos
recesivos y para más de dos alelos.
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Probando las proporciones de Hardy-Wienberg.
Observado
Esperado
Clases (k)
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Para más de dos alelos



(Nii -pi2 N)2
(Nij-2pipj N)2
?
?
?2





pi2 N
2pipj N
i gt j
i
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Índice de fijación F
H
F 1 -
?2 F2N
2pq
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Para muestras pequeñas, se puede sobreestimar el
número de heterócigos esperados, así como
subestimar el número de homócigos.
Npi (2Npi - 1)
E(Hom)
2N - 1
4N2 pi pj
E(Het)
2N - 1
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(No Transcript)
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Una de las medidas más comunes es la
Heterocigosis.

• Usar métodos estadísticos, así como factores de
  corrección que sean consistentes con
• Tipo de datos.
• Tipo de Marcador.
• Sistema biológico (Autofertilización,
  haloploidía, etc).
• Características de la población(es).

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Otras medidas de variación genética.
Polimorfismo genético. La ocurrencia de
conjunta en el mismo hábitat de dos o más formas
discontinuas, en tal proporción que la más rara
no puede ser mantenida por mutación (Ford
1940). Es la ocurrencia de dos o más alelos en
un locus. dentro de la misma población, cada uno
con una frecuencia apreciable (Cavalli-Sforza y
Bodmer, 1971).
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Pero entonces, es necesario definir que es una
frecuencia apreciable. Se puede definir
arbitrariamente en el límite de la frecuencia del
alelo más común. (p.ej 0.99).
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Proporción de loci polimórficos.
x
loci polimórficos
P
m
muestra de m loci

• Funciona muy bien para aloenzimas.
• No tan útil para marcadores con valores demasiado
  altos de loci polimórficos.

• Número de alelos observados en una población.
• Influenciado por el tamaño de la población, no
  digamos si se comparan poblaciones de distintos
  tamaños.

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Lewontin (1972) propone otra medida de diversidad.
H' - pi Inpi
?
i

• A diferencia de HE, su límite máximo va a ser In
  (n).

• Puede ser útil para loci muy variables, pero su
  significado biológico no es del todo claro.

Número efectivo de alelos (ne), que es el inverso
de HE.
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Medidas de diversidad nucleotídica y de
aminoácidos.
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Medidas de diversidad nucleotídica y de
aminoácidos.
La manera más simple es la proporción de sitios
segregantes.
S
pn
N
N 67
S 6
p (1 - p)
Vpn
N
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Diversidad nucleotídica a partir de la
diferencias pareadas.
?
Proporción de diferentes nucleótidos entre la i y
la j secuencia.
? pipj?ij
ij
Frecuencia de la secuencia j
Número de secuencias
Frecuencia de la secuencia i


N
?

? pipj?ij

N - 1
ij
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Muy bien, calculemos la diversidad nucleotídica.
ACTTCTAATGCGTGTGTG AATTCTAATGCGTGTGTG ACTTCTAA
TGCGTGTGTG AATTGTAATGCGTATGTG AATTGTAATGCGTATGTG
AATTCTAATCCCTGTGTT
1 2 3 4 5 6
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De la misma manera para secuencias de
aminoácidos.
S
?
paa
?' pipj?'ij
N
ij
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Medidas de distancia genética.
Sirven para evaluar la cantidad de variación
compartida entre grupos. Visualizar las
relaciones entre grupos.
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Se puede perder información, ya que se reducen
las frecuencias de los datos a un solo
número. No obstante, se pueden detectar patrones
entre poblaciones usando estas medidas.
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• Factores a considerar.
• El tiempo de separación entre las poblaciones.
• El flujo genico que ha ocurrido etnre ellas.
• Tamaño.
• Presiones selectivas.

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Antes de ponernos a medir distancias genéticas,
debemos determinar si las frecuencias alélicas
son diferentes.
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Prueba de heterogeneidad para poblaciones con dos
alelos.
Tamaño población j
Varianza ponderada

Nj


?
p2
V(p)
- p2
2NV(p)
N
j
?2
p q
Frecuencia del alelo en la población j
Estimados de la media de la frecuencia para A1 y
A2

V(p)
n
?
?2
2N
i
p
i 1
i
(m - 1)(n - 1) grados de libertad
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Bueno, ya podemos saber si hay diferencias en las
frecuencias alélicas......... y luego?
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Se ha propuseto diferentes medidas de distancia
genética. La mayoría dan resultados similares,
en particualr cuando las diferencias entre las
poblaciones son pequeñas. Sin embargo, cuando
las diferencias entre las poblaciones son grandes
suelen haber diferencias substanciales entre las
medidas.
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La más común es la distancia de Nei (1972). En
neutralidad (no selección) y bajo un modelo de
alelos infinitos (cada mutación da origen a un
nuevo alelo), incrementa linearmente con el
tiempo.
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Primero, calcular la identidad genética.
frecuencia del i alelo en la población x
Jxy
n
I
?
Jxy pi x pi y
.
.
Donde
(JxJy)½
i 1
n
?
Jx
pi x
2
.
i 1
n
?
pi y
Jy
2
.
i 1
La distancia entre las poblaciones se define como
D -In(I) -InJxy ½InJx ½InJy
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Para múltiples loci, se suman todos los alelos en
todos los loci.
Para obtener el valor promedio por locus se
divide cada una de las sumas entre el número de
loci. Con esto se obtienen valores promedio J'xy
, J'x, J'y y se aplican de la misma manera para
oobtener I'
D' -In(I')
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Los estimados de identidad tienen valores que van
de 0 a 1 0 si no comparten ningún alelo 1 si
son iguales. La distancia genética D y D' puede
tener valores 0 si no hay diferencias entre los
alelos. Infinito para poblaciones que no
comparten alelo alguno.
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Un estimado D con corrección de homócigos (sólo
necesario cuando una de las muestras es menor a
50.
?

2Nx pi -1
2
Jx
2Nx - 1
Aunque si la homocigosis es muy baja puede dar
resultados engañosos.
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La precisión del estimado de distancia genética
aumenta con el número de loci examinados. Kalino
wski (2002), comprobó por medio de simulaciones
de computadora que la precisión aumenta con el
número de alelos independientes.
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Un ejemplo
Frecuencias alélicas en loci de grupos sanguíneos
en humanos.
Africanos N120
Europeos N1059
Secretor
Se 0.523 0.573 se 0.477 0.427
Lewis
Le 0.816 0.319 le 0.184 0.681