Presentaci

1
LIGAMIENTO Y MAPEO GENICO
2
Loci A y B en DISTINTOS CROMOSOMAS
INDEPENDENCIA
? (aa bb)
? (Aa Bb)
X
1/4
1/4
1
1/4
1/4
Probabilidad de genotipos en filial 1
Gametos parentales AB Ab aB ab
Gametos maternos ab 1/4 AaBb 1/4 Aabb 1/4 aaBb 1/4 aabb
3
A
Loci A y B en el MISMO cromosoma
LIGAMIENTO
B
? (Aa Bb)
X
Apareamiento
Repulsión
o
Probabilidad de genotipos en filial 1
Gametos parentales AB Ab aB ab
Gametos maternos ab AaBb Aabb aaBb aabb
Apareamiento 1 -T /2 T /2 T /2 1 -T /2
Repulsión T /2 1 -T /2 1 -T /2 T /2
4
Genes cercanos
Genes lejanos
A
a
B
b
La fracción de recombinación varía entre 0 y 0.5.
Unidad de distancia genética cM (1 de
recombinación)
equivalente promedio a 1Mb
5
Reconocimiento de recombinantes
6
Marcadores moleculares
MARCADOR LOCI CARACTERISTICAS
GRUPOS SANGUINEOS 1910-2960 20 Sangre fresca y anticuerpos. Epistasis. Localización física difícil
PROTEINAS DEL SUERO 1960-1975 30 Sangre fresca y ensayos especualizados. Pöco polimórficos. Localización física difícil
HLA 1970- 1 Muy informativos. Solo sirven para ligamiento a 6p21.3
RFLPS 105 Bi-alélicos (máxima heterocigosidad 0.5) Fácil ubicación física. Southern-PCR
MINISATELITES (VNTRs) 104 Muchos, muy informativos. Southern blot. Fácil ubicación física. Cerca de telómeros.
MICROSATELITES 105 Muchos, muy informativos. PCR multiplex. Fácil ubicación física. Distribución homogénea.
SNP 106 Menos informativos. Pueden usarse a gran escala automáticamente.
7
LOD Scores
Si la fracción de reocmbinación entre dos loci es
significativamente menor que 0.5, los loci se
consideran genéticamente ligados El test
estadístico más común para determinar la
existencia de ligamiento es el LOD score. LOD
logaritmo en base 10 de las diferencias
probabliidades (odds). Logaritmo 10 de las
probabilidaes de que los genotipos de u pedigree
se deban a dos loci ligados (FR o ? menor a 0.5)
sobre la probabilidad de que sean independientes
(todos los individuos con FR o ? 0.5).
LOD score log10 probabilidad del patrón
observado a ? lt 0.5 Z probabilidad del patrón
observado a ? 0.5
8
Cálculo de LOD scores dos puntos-
Recombinante
Fase desconocida
Fase conocida
9

1. No recombinantes
2. Ligamiento con RF 0.23
3. No ligamiento
4. 4. No concluyente

Si no hay recombinantes en el pedigree El LOD
máximo ocurre a ? 0. Si hay uno o más
recombinante el LOD Score será negativo a
infinito a ? 0.
10
Cuando más alto el LOD score mayor la
probabilidad de Ligamiento.
gt 3.0 evidencia significativa de ligamiento para
locus autosómico. 1000 1 de ligamiento gt
2.0 evidencia significativa de ligamiento para
locus ligado al X lt 2.0 gt -2 evidencia
inconclusiva para ligamiento. ? -2.0 evidencia
en contra de ligamiento 100 1 contra
ligamiento o más Análisis de X2 p lt 0.05
(nivel de significación)
11
Cálculo de LOD scores multipoint-
Màs eficiente para ordenar genes. Menos sensible
a la informatividad de los marcadores (màs para
SNPs) Funcionan sobre ventanas de marcadores
dando CURVAS de proba- bilidad en cada posición
del cromosoma.
12
http//linkage.rockefeller.edu/soft/
ACT Analysis of Complex Traits ADMIXMAP Admxture
mapping ALLASS ALLEGRO (see also GENEHUNTER,
GENEHUNTER-PLUS, GENEHUNTER-IMPRINTING, GE)
ALLELIX Allelix - Paternity Linkage Analysis
Online ALP Automated Linkage Preprocessor
ANALYZE APM Affected Pedigree-Member Method
ARLEQUIN (French translation of "Arlecchino", a
character of the Italian ASP/ASPSHARE ASPEX
Affected Sib Pairs EXclusion map AUTOSCAN BDGEN
BETA BLOCK BOREL (see also PANGAEA) B-TEST
CARTHAGENE CASPAR CEPH2CRI CEPH2MAP C-GEN
CHECKHET CHRSIM CINTMAX CLUMP CMAP COMBIN
COMDS COPE . CPROP CRIMAP
CRI-MAP-PVM CROSSFIND CYRILLIC DBLINK DGENE
DHSMAP DISEQ DMAP DMLE DMS DOLINK ECLIPSE
(see also PANGAEA) EH (see also EH) EH (see
also EH) ERPA ESPA ETDT ET-TDT EXCLUDE
FASTLINK (see also LINKAGE) FAST-MAP FASTMAP
FASTSLINK (see also SLINK ) FBAT FINETTI
FISHER FSPEED FTM FTREE
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Utilidad del ligamiento en genética molecular
1. Permite determinar rápidamente qué gene está
afectado en un familia con una enfermedad
genéticamente heterogénea ? Consejo genético
? Terapéutica 2. Permite la clonación
posicional de genes causantes de enfermedades
(monogénicas) 3. Junto con los tests de
asociación permite la búsqueda de genes causantes
de enfermedades complejas.
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LIGAMIENTO Y DIAGNOSTICO DE ENFERMEDADES
15
Fig. 2. Map with the (GCN) repeat region in
PABPN1 gene (GenBank Accesion Number AF026029)
with relative positions in bp of the SNPs, each
polymorphism was identified by the NCBI cluster
ID, SNP2622 was described by Blumen et al. 12.
16
Table 1. Genotypic frequencies. Uruguayan control
sample, Uruguayan OPMD affected individuals, and
16 individuals from seven countries carrying the
(GCG)11 mutation. The Hardy-Weinberg equilibrium
(HWE) and linkage disequilibrium were tested for
the Uruguayan control population.
17
(No Transcript)
18
(No Transcript)
19
SINDROME DE MARFAN
Autosomica dominante Desordenes sistemicos del
tejido conectivodilatacion prog de aorta,

regurgitacion valvular Alta
variacion en la expresion. GEN
fibrilina 1 (15p21.1) Baja
heterogeneidad de locus (nuevo locus en 3p25) no
excluyente- Alta heterogeneidad intragenica
PRONOSTICO riesgo de ruptura de aneurisma de
aorta CONDUCTA TERAPEUTICA beta bloqueantes
Evitar ejercicios competitivos. Controles
ecocardiograficos periodicos.
ICI
2001
20
(No Transcript)
21
Analisis de ligamiento al gen FBN1
Joaquina
Jorge J.
Barrera
Rosa
165
167
165
165
MTS2
191
193
191
193
D15S119
200
186
200
202
D15S126
198
206
212
198
D15S209
Pablo
Marta
Claudio A.
Rosa
Rosa
Rodriguez
165
165
165
165
149
149
MTS2
191
193
191
191
191
193
D15S119
200
200
200
200
188
200
D15S126
198
212
198
212
198
202
D15S209
Rosa
165
149
MTS2
191
193
D15S119
200
200
D15S126
198
202
D15S209
Diagnostico complementario al clinico
22
El primer paso en la clonación posicional es
definir la región candidata lo mas exactamente
posible

• La estrategia para mapear genes involucra la
  combinación de aproximaciones conocimiento
  previo de la posicion del gen, su función patron
  de expresión, u homologia con otros genes, sus
  manifestaciones clínica, etc.
• Una aproximación independiente de la posición
  por si sola raramente permite el mapeo de un gen.
  
• Una aproximación exclusivamente posicional
  también es ineficiente ya que las regiones
  candidatas identificadas usualmente contienen
  decenas de genes.

23
El primer paso en la clonación posicional es
definir la región candidata lo mas exactamente
posible
24
Algunos genes ortologos en ratones y humanos
25
Determinación de la región candidata por la
presencia de alteraciones cromosómicas
26
Delimitación de la región del gen causante de la
enfermedad de Darier-White
Es una enfermedad dominante cuyo locus había sido
mapeado en el cromosoma 12q. Se refino el mapeo y
se ubico el gen entre los marcadores S84 y S29.
27
Desequilibrio de ligamiento
El sindrome de Nijmegen fue mapeado en una región
de 8 Mb del cromosoma 8p. La determinación de la
región donde se encuentra el gen se se determino
por la presencia de desequilibrio de ligamiento
entre marcadores que determinan un haplotipo
ancestral.
28
(No Transcript)
29
MAPEO DE CARACTERES COMPLEJOS
30
Dificultades del mapeo de caracteres complejos.
Criterios de diagnóstico. Cuales de los
caracteres de un paciente son parte del síndrome
y cuales son azarosos. Diferencias en
penetrancia, ambiente, etc. Muchos genes de poco
efecto. Identificar el modo más probable de
herencia.
Buscar familias donde la enfermedad segrega de
forma cuasi-mendeliana. Usar solo miembros
afectados en análisis de ligamiento comun. Usar
métodos no-paramétricos de análisis de ligamiento.
31
Análisis no-paramétricos de análisis de
ligamiento.
No es necesario establecer un modelo de herencia.
Ignoran personas no afectadas y se buscan alelos
o segmentos cromósomicos compartidos entre
individuos afectados. Ejemplo analisis de pares
de hermanos en familias.
Se observa que haplotipos se comparten y no entre
hermanos de acuerdo al modo de herencia
establecido.
32
Asociación y ligamiento
Asociación es simplemente la ocurrencia conjunta
de dos fenómenos. Una enfermedad y un alelo en
particular. Esto puede ser por muchas causas y no
todas genéticas. El ligamiento es una relación
física entre locus. Por sí solo no produce
asociación.
Causas de la asociación
Relación directa. La presencia del alelo A
aumenta la susceptibilidad a una
enfermedad. Selección natural. Personas con la
enfermedad tienen mayor probabilidad de
sobrevivir y reproducirse si tienen el alelo
A. Estratificación poblacional. Artefactos
estadísticos. Desequilibrio de ligamiento.
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Evidencia de ligamiento para caracteres complejos

• Indicios de ligamiento. Lod score o p que es
  esperado ocurra solo una vez por azar en un scan
  genomico.
• Ligamiento significativo. Lod score o p valor que
  es esperado ocurra por azar 0.05 veces en un scan
  genomico
• Highly suggestive linkage. Lod score o p valor
  que es esperado ocurra por azar 0.001 veces en un
  scan genomico
• Confirmed linkage Lod score o p valor que puede
  ser esperado ocurra 0.01veces por azar en una
  busqueda específica de la región candidata.

34
MALD. Mapeo por desequilibrio de ligamiento
debido a mezcla poblacional
35
Mapeo de locis de susceptibilidad a la
hipertensión por MALD