Evaluaci

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Evaluación Funcional de Redes Biológicas para
laPredicción de la Estructura de las Proteínas

• Qué es una proteína?

H R O H R O H-N-C-C-N-C-C-
H H H

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• Qué es una proteína? Representaciones
  tradicionales

7TAA PDB
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• Axioma No existen dos seres vivos idénticos

-Consecuencia La estructura molecular de los
seres vivos es distinta entre
individuos.

• Como demostrarlo?
• Modelo de estudio Estructura de proteínas
  (83,000 estructuras,
• 2,800 plegamientos)

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• Observación No existen 2 proteínas que realicen
  la misma función en un organismo, si éstas no son
  idénticas.

• Mapeo de los aminoácidos críticos para la función
  de las proteínas a partir
• de la estructura 3D.

• Evaluación de distintas formas de construcción de
  redes a partir de la estructura
• 3D de las proteínas de gráficas y diversas
  medidas de centralidad
• Closeness centrality (BMC Bioinformatics 2005,
  6213)
• y Betweeness (trabajo en preparación)

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• Closeness Centrality todo en uno.

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• Betweeness todos pero en partes.

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• Betweeness Confórmeros funcionales

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• Predicción de la estructura de proteínas

Red
AA críticos
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• Predicción de la estructura de proteínas (NIM)

-Correlacionar los residuos conservados con los
centrales observados en modelos
-CASP6 Los modelos generados estuvieron a 2.0 A
de la estructura experimental
ASDFRGWENMVCLKPY
A F M Y
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• Predicción de la estructura de las proteínas
  UniGraph

• Conjetura Las redes derivadas de la estructura
  de las proteínas poseen
• conjuntos únicos de aa centrales.

- Aproximaciones NIM, UniGraph.
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• Propiedades topológicas de las gráficas derivadas
  de la estructura 3D de las proteínas

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• Propiedades topológicas de las gráficas derivadas
  de la estructura 3D de las proteínas

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• Propiedades topológicas de las gráficas derivadas
  de la estructura 3D de las proteínas

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• Propiedades topológicas de las gráficas derivadas
  de la estructura 3D de las proteínas

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• UniGraph

- Evaluación en CASP7 (Mayo-Agosto 2006)
- Generación de grafos tipo estructura 3D de
proteínas

• Planteamiento de ecuaciones diferenciales para la
  combinatoria de
• plegamientos observados.