Amino Asitler

1
Amino Asitler
2
Siklikla karsilasilan amino asitler için kisaltma
ve semboller

• Her amino asit ismi bir tane üç- harfli kisaltma
  ve bir tane de tek harfli sembol vardir.
• Tek harf kodlari asagidaki kurallara göre
  saptanmistir.

3
--- Tek ilk harf Eger sadece bir amino asit
belli bir harfle basliyorsa, bu harf onun sembolü
olarak kullanilir.

• Sistein (Cystein) Cys
  C
• Histidin (Histidine) His
  H Izolösin (Isoleucine) Ile
  I
• Metyonin (Methionine) Met M
• Serin (Serine) Ser
  S
• Valin (Valine) Val
  V

4
En sik kullanilan amino asitler öncelige
sahiptir.Eger birden fazla amino asit ayni
harfle basliyorsa, bu harf amino asitlerden en
sik görülen sembolü olur.

• Alanin (Alanine) Ala A
• Glisin ( Glycine) Gly G
• Lösin (Leucine) Leu L
• Prolin ( Proline) Pro P
• Treonin (Treonine) Thr T

5
Benzer isimler Bazi tek- harf sembolleri
temsil ettikleri amino asidin ismiyle benzerlik
gösterir

• Arginin (Arginine) Arg R
  (aRginin)
• Asparagin (Asparagine) Asn N (N
  tasir)
• Aspartat (Aspartate) Asp D
  (aspar Dik)
• Glutamat (Glutamine) Glu E
  (glut Emate)
• Glutamin (Glutamine) Gln Q
  (Q-tamin)
• Fenilalanin (Phenylalanine) Phe F
  (Fenilalanin)
• Trozin (Tryrosine) Tyr Y
  (tYrosine)
• Triptofan (Tryptophan) Trp W
  (molekülde çift halka

6

• Ilk Harfe Yakin Harf
• Geri kalan amino asitleri için,
  alfabede amino asidin ilk harfine yakin olan harf
  tek- harf sembolü olarak verilmistir.
• Bundan baska, B hem aspartik asiti hem
  de asparagini gösteren Asx için, Z hem glutamik
  asiti hem de glutamini gösteren Gl x için ve X
  belirlenmeyen bir amino asit için kullanilir.

7

• Aspartat veya asparagin Asx B
• Glutamat veya glutamin Glx Z
• Lizin (Lysine) Lsy K
  (lye yakin)
• Bilinmeyen amino asit X

8
Amino Asitlerin Optik Özellikleri

• Her amino asidin a-karbonu dört fakli kimyasal
  gruba baglidir ve bu yüzden siral veya optikçe
  aktif karbon olarak adlandirilir. Glisin bir
  istisnadir, çünkü a-karbonuna iki hidrojen
  baglidir ve bu yüzden inaktiftir. Bu iki forma
  stereoizomerler, optik izomerler veya
  enantiyomerlerdenir.
• Proteinlerin yapisindaki bütün amino asitler
• L-konfigürasyonundadir.ancak, bazi
  antibiyotiklerde ve bakteri hücre duvarlarinda D-
  amino asitlere de rastlanir.

9
Amino Asitlerin Asit/ Baz Özellikleri

• Sulu çözeltilerdeki amino asitler zayif asidik
  a-karboksil ve zayif bazik a- amino gruplarina
  sahiptirler. Ayrica, her asidik ve bazik amino
  asidin yan zincirinde iyonize olabilen bir grup
  vardir. Bu yüzden hem serbest amino asitler hem
  de peptit baginda yer alan bazi amino asitler
  potansiyel tamponlar olarak davranabilirler.
  Zayif bir asitle (HA) onu konjuge bazi(A-)
  arasindaki kantitatif iliski Henderson-Hasselbalch
  denklemiyle açiklanir.

10
Henderson- Hasselbalch denklemi

• Bir protonun HA olarak gösterilen zayif bir
  asitten ayrildigini varsayalim

11
Tuz veya konjuge baz A- , zayif bir asidin
iyonize formudur. Asidin dissosiayon sabiti olan
Ka asagidaki gibi tanimlanir.
12

• ( Ka ne kadar büyükse, HAnin çogu H ve
  A-1 e çevrildiginden asit o kadar kuvvetlidir.
  Tam tersine Ka ne kadar küçükse, daha az asit
  dissosiye olmustur ve bu yüzden, asit daha
  zayiftir).

13

• Yukaridaki denklem H için çözülüp, denklemin
  iki tarafinin da logaritmasi alinip, iki tarafi
  da -1 ile çarpip, pH -log H ve pKa
  -logKa olarak ifade edildiginde Henderson-
  Hasselbalch denklemi elde edilir.

14
Henderson- Hasselbalch denkleminin uygulanimi

• Molekülde titre edilebilen ikinci bir grup
  oldugu için, karboksil grubunun dissosiyasyon
  sabitine Ka yerine K1 denir. Henderson-
  Hasselbalch denklemi asetik asit için tarif
  edildigi gibi alaninin karboksil grubunun
  dissosiyasyon unu incelemek içinde
  kullanilabilir.

15
(No Transcript)
16

• Sekilde görüldügü gibi alaninin tamamen
  protonlasmis hali ve II alaninin izoelektrik
  formudur. Bu denklem asagidaki gibi
  düzenlenebilir.